基因總覽
TACC1(transforming acidic coiled-coil containing protein 1)是由蛋白質編碼基因產生的蛋白質,屬於 TACC 家族。其來源資料指出,TACC1 與核受體誘導的轉錄調控有關,也可能參與分化組織形成前、促進細胞分裂的過程。蛋白質序列註解包含兩個 SPAZ 結構域,以及多段無序區域;另標示有兩個雙部分核定位訊號。這些特徵描述了 TACC1 的家族歸屬與序列組成,來源未進一步說明各結構特徵的作用機制。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000317827 ★ | 38,787,236–38,853,028 | 13 |
| ENST00000520340 | 38,728,157–38,839,449 | 10 |
| ENST00000990619 | 38,728,157–38,853,028 | 14 |
| ENST00000885319 | 38,728,166–38,853,028 | 12 |
| ENST00000519416 | 38,728,186–38,853,028 | 13 |
| ENST00000520615 | 38,728,190–38,853,028 | 13 |
| ENST00000885321 | 38,728,213–38,853,028 | 14 |
| ENST00000943626 | 38,728,292–38,853,028 | 13 |
| ENST00000885325 | 38,728,302–38,853,028 | 15 |
| ENST00000885320 | 38,728,314–38,853,028 | 12 |
| ENST00001016163 | 38,728,420–38,853,028 | 15 |
| ENST00000885326 | 38,728,490–38,853,028 | 15 |
顯示 12/55 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TACC1 與核受體所誘導的轉錄調控有關,來源列出的訊號途徑包括甲狀腺素 T3 與 all-trans retinoic acid。資料也指出,TACC1 可能促進核受體進入細胞核;此項描述帶有可能性,並未將它表述為已確立的作用機制。
此外,TACC1 可能參與促進細胞分裂的過程,時間上是在分化組織形成之前。來源未進一步說明這項作用涉及哪些細胞分裂步驟,也未交代它與核受體相關轉錄調控之間是否存在直接因果關係。因此,TACC1 的功能資料涵蓋核受體相關的轉錄調控,以及分化組織形成前的細胞分裂相關過程,但後者同樣以可能參與的方式描述。
Promoter 與基因調控
>TACC1 ENST00000317827 GRCh38 chr8:38786236-38787336 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GTGGTTTTGAGAGGAACAATCCCTACATGAAATCCCTCCATGGGAAATGGAGAACATCAGCTATTTCCCA TTGCCTTCAAACCTAAAGATGTCGCCAGGCCTCTTGGCTTGTTACTGAAGCAGCGAAATAAGTCAGAAAT CAAAGACTTAGAAGTTACGAAAAGAAAATCTCAAAAAGGAGAATGGGGTCAGGCGCGGTGTCAGGCCTGG AATCCTAGCATTTTGGGAGGCAGAGGCGGGAGGATCGCTTGTGGCCAAGAGTTCAAGACCAGCCTGGGCA ACATATCGAGACGCCTGTCTGTATTTTAAATAAATAAATATGGAGAATGGGAAACCCATCAGGCTGTAAT CTCACAGGGAATTTAGTACCCTTTACCTAAGACAAGACCTGGGCACTTGGGAAGCCTCCCCGAGTGCGGT TTGGGGAGGGGGAGGGCATCTTAAATTCCAGTCCTCGGTCACTCTTGTGGCTTTGCCAAGGGATTTTCAA ATCCCGGGAATGCCAGGGATGGAGATGAACAGGCTGAAATCCCCCACGCTGCCAGGGTTAGGGAGGGGAA AACAACAGTCCACAGCGGCCGCGAAGGTTTGTATTTTTTTTTTTTTGGTAACAAGGGGCTTGTGTGCAGT CCAATATCACCATCGCCGTGAAGTCACAGTGGCAAGATGAAAATGTTTAAAAAAATTTTAAAAAGGAATA AGGAAAGAGGAAGAGGACAGCGTGCCCCGGCTCAGAAAACGGTCCTCCTCTGCCCCGGACGCCGGCGGAC CTGTGGGGTATGACCGAATCTCCCCGCGCAGCCGGCAAGCCCCGGCCCTCAGTCGGGCCGCGACCAGCGT GACGCCGCGGTAGGGGGATCCGGCGGGCGCGCGGCCGTCTTCAAAGCCCCGGCGCCGCCGCCGCCCCCGC GCGCGCGCGCGAGTAGTACGGTCCGAGGGGGCGGCTTCTGGGGCGCGGCTCCGGCGGCAGCTGATGCGCG CCCCGCCGGCCGGGAGGCGGGAGTCCGCGAGCCGGGAGCGGGAGCAGCAGAGGTCTAGCAGCCGGGCGCC GCGGGCCGGGGGCCTGAGGAGGCCACAGGACGGGCGTCTTCCCGGCTAGTG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TACC1_3 ↗ | 8:38,728,582 | 正股 | 38,728,533–38,728,592 |
| TACC1_2 ↗ | 8:38,757,277 | 正股 | 38,757,228–38,757,287 |
| TACC1_1 ↗ | 8:38,787,237 | 正股 | 38,787,188–38,787,247 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR8_C5SWN · enhancer · 38784737–38786370 · regulatory
ENSR8_5C5BF2 · CTCF_binding_site · 38785172–38785193 · regulatory
ENSR8_5C5BLB · CTCF_binding_site · 38786313–38786334 · regulatory
ENSR8_B9NSJ · promoter · 38786746–38787273 · regulatory
ENSR8_9KDNC · promoter · 38787616–38788116 · regulatory
ENSR8_5C5C84 · CTCF_binding_site · 38789941–38789962 · regulatory
· motif · 38784303–38784315 · motif
· motif · 38784667–38784680 · motif
· motif · 38784667–38784680 · motif
· motif · 38784668–38784681 · motif
· motif · 38784668–38784681 · motif
· motif · 38785131–38785141 · motif
· motif · 38785143–38785153 · motif
· motif · 38785149–38785159 · motif
· motif · 38785174–38785190 · motif
· motif · 38785595–38785601 · motif
· motif · 38785772–38785784 · motif
· motif · 38785774–38785789 · motif
· motif · 38785776–38785791 · motif
· motif · 38785964–38785970 · motif
· motif · 38786315–38786331 · motif
· motif · 38786649–38786657 · motif
· motif · 38786649–38786664 · motif
· motif · 38786880–38786895 · motif
· motif · 38786898–38786912 · motif
· motif · 38786930–38786950 · motif
· motif · 38786937–38786950 · motif
· motif · 38787129–38787142 · motif
· motif · 38787135–38787148 · motif
· motif · 38787167–38787180 · motif
· motif · 38787226–38787240 · motif
· motif · 38787247–38787261 · motif
· motif · 38787581–38787591 · motif
· motif · 38787634–38787649 · motif
· motif · 38788203–38788213 · motif
· motif · 38788244–38788257 · motif
· motif · 38788544–38788561 · motif
· motif · 38788591–38788606 · motif
· motif · 38789943–38789959 · motif
· motif · 38791639–38791650 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:805 aa
TACC1 蛋白質長 805 個胺基酸,屬於 TACC 家族,序列中註記有 SPAZ 1 與 SPAZ 2 兩個結構域。另有數段無序區域,以及與不同互作對象相關的區域;序列註解也標示兩個雙部分核定位訊號。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TACC1 在間期位於細胞核;有絲分裂期間則弱度集中於中心體,並於細胞質分裂時在中體與 AURKC 共定位。 不同異構型的定位註記有所差異:Isoform 5 標示為膜/脂質錨定,Isoform 10 則位於細胞質。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
未繪示構造:Midbody;Membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 20 個夥伴
- BTRCQ9Y297 · UniProt INTERACTION · 5 experiments · 2 筆來源紀錄
- CKAP5Q14008 · UniProt INTERACTION · 6 experiments · 3 筆來源紀錄
- HTTP42858 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- MEMO1Q9Y316 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- SH2D4AQ9H788 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- STX5Q13190 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TDRD7Q8NHU6 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- THAP12O43422 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- YEATS4O95619 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- LSM7Q9UK45 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- SNRPGP62308 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- AURKBQ96GD4 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- BTRCA0A0S2Z507 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BTRCB7Z3H4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ERCC4Q92889 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM50BQ9Y247 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- THRAP10827 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZFHX3Q15911-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZNF48Q96MX3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ThraP63059-1 · UniProt INTERACTION · 2 experiments · 2 筆來源紀錄
TACC1 與 CH-TOG、YEATS4、AURKA、AURKB、AURKC、LSM7、TDRD7、SNRPG、GCN5L2 及 PCAF 有互作紀錄。它也與 THRA、THRB 及其他核受體互作;與 THRA isoform alpha-2 的互作較突出。T3 存在時,TACC1 與 THRA isoform alpha-1、THRB 的互作減少;與 ESR1、NR3C1、PPARG、RARA、RXRA 的互作則較偏向發生於缺乏相應荷爾蒙配體時。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TACC1 與核受體誘導的轉錄調控有關,涵蓋甲狀腺素 T3 與 all-trans retinoic acid 路徑;它可能促進核受體定位至細胞核。此外,TACC1 可能參與分化組織形成前促進細胞分裂的過程。 | 含實驗來源 | 證據與來源Involved in transcription regulation induced by nuclear receptors, including in T3 thyroid hormone and all-trans retinoic acid pathways. Might promote the nuclear localization of the receptors. Likely involved in the processes that promote cell division prior to the formation of differentiated tissues PMID 20078863 ↗ |
| 交互作用 | TACC1 與 CH-TOG、YEATS4、AURKA、AURKB、AURKC、LSM7、TDRD7、SNRPG、GCN5L2 及 PCAF 互作,也與 THRA、THRB 等核受體互作,且較常與 THRA isoform alpha-2 互作。T3 存在時,與 THRA isoform alpha-1、THRB 的互作減少;與 ESR1、NR3C1、PPARG、RARA、RXRA 的互作則較偏向缺少荷爾蒙配體時發生。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with KIAA0097/CH-TOG and with the oncogenic transcription factor YEATS4. Interacts with AURKA, AURKB and AURKC. Interacts with LSM7, TDRD7 and SNRPG. Interacts with GCN5L2 and PCAF. Interacts with the thyroid hormone receptors THRB and THRA, predominantly with isoform alpha-2. The interaction with THRA isoform alpha-1 and THRB is decreased in the presence of thyroid hormone T3. Also interacts with other nuclear receptors, including ESR1, NR3C1, PPARG, RARA and RXRA, preferentially in the absence of their hormonal ligands PMID 11903063 ↗ · PMID 12165861 ↗ · PMID 14603251 ↗ · PMID 14767476 ↗ · PMID 15064709 ↗ · PMID 20078863 ↗ · PMID 21531210 ↗ |
| 細胞定位 | TACC1 位於細胞質與細胞核;間期時位於細胞核,有絲分裂期間則弱度集中於中心體。細胞分裂時,TACC1 也會在中體與 AURKC 共定位。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Nucleus; Cytoplasm, cytoskeleton, microtubule organizing center, centrosome; Midbody; Nucleus during interphase. Weakly concentrated at centrosomes during mitosis and colocalizes with AURKC at the midbody during cytokinesis PMID 14767476 ↗ · PMID 21531210 ↗ |
| 細胞定位 | Isoform 5; Membrane / Lipid-anchor | 推論支持 | |
| 細胞定位 | TACC1 的 Isoform 10 定位於細胞質。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GAGTCCGCGAGCCGGGAGCGGGAGCAGCAGAGGTCTAGCA40GCCGGGCGCCGCGGGCCGGGGGCCTGAGGAGGCCACAGGA80CGGGCGTCTTCCCGGCTAGTGGAGCCCGGCGCGGGGCCCG120CTGCGGCCGCACCGTGAGGGGAGGAGGCCGAGGAGGACGC160AGCGCCGGCTGCCGGCGGGAGGAAGCGCTCCACCAGGGCC200CCCGACGGCACTCGTTTAACCACATCCGCGCCTCTGCTGG240AAACGCTTGCTGGCGCCTGTCACCGGTTCCCTCCATTTTG280AAAGGGAAAAAGGCTCTCCCCACCCATTCCCCTGCCCCTA320GGAGCTGGAGCCGGAGGAGCCGCGCTCATGGCGTTCAGCC360CGTGGCAGATCCTGTCCCCCGTGCAGTGGGCGAAATGGAC400GTGGTCTGCGGTACGCGGCGGGGCCGCCGGCGAGGACGAG440GCTGGCGGGCCCGAGGGCGACCCCGAGGAGGAGGATTCGC480AAGCCGAGACCAAATCCTTGAGTTTCAGCTCGGATTCTGA520AGGTAATTTTGAGACTCCTGAAGCTGAAACCCCGATCCGA560TCACCTTTCAAGGAGTCCTGTGATCCATCACTCGGATTGG600CAGGACCTGGGGCCAAAAGCCAAGAATCACAAGAAGCTGA640TGAACAGCTTGTAGCAGAAGTGGTTGAAAAATGTTCATCT680AAGACTTGTTCTAAACCTTCAGAAAATGAAGTGCCACAGC720AGGCCATTGACTCTCACTCAGTCAAGAATTTCAGAGAAGA760ACCTGAACATGATTTTAGCAAAATTTCCATCGTGAGGCCA800TTTTCAATAGAAACGAAGGATTCCACGGATATCTCGGCAG840TCCTCGGAACAAAAGCAGCTCATGGCTGTGTAACTGCAGT880CTCAGGCAAGGCTCTGCCTTCCAGCCCGCCAGACGCCCTC920CAGGACGAGGCGATGACAGAAGGCAGCATGGGGGTCACCC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。