基因總覽
SYPL1 是人類蛋白質編碼基因，正式名稱為 synaptophysin like 1。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 7q22.3。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000455385 ★ | 106,090,505–106,112,312 | 5 |
| ENST00000011473 | 106,086,672–106,112,618 | 6 |
| ENST00000706299 | 106,086,672–106,112,618 | 7 |
| ENST00000895750 | 106,086,672–106,112,312 | 4 |
| ENST00001139547 | 106,086,672–106,112,312 | 5 |
| ENST00000464029 | 106,091,407–106,097,862 | 4 |
| ENST00000470347 | 106,091,457–106,112,221 | 6 |
| ENST00000706298 | 106,091,634–106,112,618 | 7 |
顯示 8/8 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>SYPL1 ENST00000455385 GRCh38 chr7:106112212-106113312 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ATTCGTGCTTGAAATTCAGGTAAGTCCTTGGAAGCTGGTTTTTCATATACACGAATATGACCACATTCCA GCTGTCCAGGAACTTTCCAGGTACTGAAGAAGCCAGGAAGGAGATCACACTACCTTGGGGCTCCCGTAAC TGCGTGCCAAGAGGAAAGTATCACCTAAGCCGAATCTTAAAGGGGTCAGCTTCTTGAAGAAAGATACCAA CGATGCCTTAAAAAGAGGACTGTCGACCGACAGCGTAGAAGAGGTGAAAGTGTAGGTCACCGAGGGCCTG TCCGGCCACGCCTTTCCTTTTAGGTATAAACTTACTTCATTTTTCAACCATGGCTGCGATGGTAACTTTG AAAATAAACCTAATTTCCATACGAATATTTGGTGATTCACACTTTCGAGGCACCCCACAGCACGGTAGCC AGAAGTCTGTTGTTTTGCAATTTTAATCAAAGGCCCCTAACACATGCCTTGAAACACAACTTCATCTGTG CCAATACATTATAAATTCATAAAAAAGTTGAGATCTGTTAAGGGAAGGAGAGGTCAGCTTCGGTGTAGTG AGCTCAGCTGTGGTGAGCTCGGGGTCAAGTGAGGGTGTCTCTGAGGCCAGCGCCCCCAAGCTGCGCAGGA GCGGGCGTGGGCGCCCCCGGGTCAGGGCTCTTCGCAGTCGCGCGGGTCCGGAAGCGCGGCGCGGGCCCAA CGAGCGCACGCGTACACGCGTGCGCAGGGGAAGACCGAGTGCCAGGGGCTGAACCGCAGGGAAGGGGGCG CGGCGCACGCAGTATGGCGCCCAACATCTACTTGGTTCGCCAGCGGATCAGTCGACTCGGCCAGGTGCGG CCTGAGGAGAAGCCTCCCGGTCTCCGCCCCGGCCCGCCCCTCGCCTCCCCAGCCGCCCCACTCCGTTTCC GCCCCAGAGTCTCAGCCAGCAGCTCAACCGCCGCCGCTCCGCCCCGCCCCGCCCCACGGCCGCCCGGGCC CGCCTCCGAGCCCGGCCAGCGCGCCAGCCCCGCCTGCCCTTCCTCGCCACCGGGCTGCTCTGGTCTCGTC GGTCCCCTCCTCCGCCCCGTCGTCCTGACTCTCTCTCCCTCCTTTCCTCAG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SYPL1_1 ↗ | 7:106,112,290 | 負股 | 106,112,280–106,112,339 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR7_85589S · enhancer · 106109150–106109372 · regulatory
ENSR7_8558B4 · enhancer · 106109659–106109796 · regulatory
ENSR7_93K568 · enhancer · 106110203–106110686 · regulatory
ENSR7_5WXTPZ · CTCF_binding_site · 106111710–106111731 · regulatory
ENSR7_BR3KX · promoter · 106112211–106113079 · regulatory
ENSR7_5WXTWH · CTCF_binding_site · 106112686–106112707 · regulatory
ENSR7_93K57J · enhancer · 106114642–106115135 · regulatory
· motif · 106109195–106109208 · motif
· motif · 106109195–106109208 · motif
· motif · 106111041–106111052 · motif
· motif · 106111616–106111627 · motif
· motif · 106111712–106111728 · motif
· motif · 106111752–106111767 · motif
· motif · 106111779–106111789 · motif
· motif · 106111796–106111807 · motif
· motif · 106111851–106111864 · motif
· motif · 106111891–106111901 · motif
· motif · 106111902–106111915 · motif
· motif · 106111902–106111915 · motif
· motif · 106112055–106112071 · motif
· motif · 106112176–106112191 · motif
· motif · 106112326–106112336 · motif
· motif · 106112347–106112357 · motif
· motif · 106112352–106112362 · motif
· motif · 106112363–106112376 · motif
· motif · 106112432–106112442 · motif
· motif · 106112474–106112483 · motif
· motif · 106112539–106112549 · motif
· motif · 106112587–106112598 · motif
· motif · 106112587–106112598 · motif
· motif · 106112599–106112610 · motif
· motif · 106112599–106112610 · motif
· motif · 106112627–106112636 · motif
· motif · 106112627–106112638 · motif
· motif · 106112634–106112650 · motif
· motif · 106112668–106112681 · motif
· motif · 106112672–106112682 · motif
· motif · 106112680–106112691 · motif
· motif · 106112680–106112691 · motif
· motif · 106112688–106112704 · motif
· motif · 106112722–106112734 · motif
· motif · 106112725–106112732 · motif
· motif · 106112766–106112773 · motif
· motif · 106112918–106112930 · motif
· motif · 106113049–106113062 · motif
· motif · 106113124–106113131 · motif
· motif · 106116501–106116513 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：259 aa
Synaptophysin-like protein 1（Pantophysin）屬於 synaptophysin/synaptobrevin 家族，是一種長 259 個胺基酸的多次穿膜蛋白。其序列包含 MARVEL 結構域（第 28–237 位），並有四段螺旋型穿膜區；膜內外區段交替分布，兩端及部分區域位於細胞質側。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SYPL1 被註解位於細胞質囊泡膜，並以相似性推定存在於細胞質運輸囊泡。 質譜分析也在黑色素體各階段（I 至 IV）的分離組分中偵測到此蛋白質。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Melanosome。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 9 個夥伴
- ALG3Q92685 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ARFGAP3Q9NP61 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CIB3Q96Q77 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PBX3Q96AL5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PPIFP30405 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RBFAQ8N0V3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SDCBPO00560 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TARS2Q9BW92 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TEX44Q53QW1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 細胞定位 | SYPL1 被註解為多次穿膜蛋白，定位於細胞質囊泡膜；其位於細胞質運輸囊泡的資訊是依相似性推定。另以質譜分析在黑色素體第 I 至第 IV 階段的分離組分中偵測到此蛋白質。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasmic vesicle membrane / Multi-pass membrane protein; Melanosome; Cytoplasmic transport vesicles (By similarity). Identified by mass spectrometry in melanosome fractions from stage I to stage IV PMID 17081065 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GCGCCAGCCCCGCCTGCCCTTCCTCGCCACCGGGCTGCTC40TGGTCTCGTCGGTCCCCTCCTCCGCCCCGTCGTCCTGACT80CTCTCTCCCTCCTTTCCTCAGAGGATGTCCGGCTTCCAGA120TCAACCTCAACCCGCTCAAGGAGCCACTCGGCTTCATCAA160GGTCCTCGAGTGGATTGCTTCTATCTTTGCTTTTGCCACC200TGTGGAGGTTTTAAGGGCCAAACAGAAATTCAAGTGAATT240GTCCTCCTGCAGTTACTGAGAATAAAACTGTTACAGCTAC280TTTTGGTTATCCATTCAGGTTGAATGAGGCATCATTTCAG320CCACCTCCAGGTGTAAACATATGTGATGTAAATTGGAAAG360ATTACGTCCTCATAGGCGATTACTCTTCTTCTGCACAATT400CTATGTTACCTTTGCAGTCTTTGTGTTCCTGTACTGCATT440GCTGCCCTTCTGCTTTATGTTGGCTACACGAGTCTGTATC480TGGATAGTCGTAAACTTCCTATGATAGACTTTGTTGTTAC520ACTTGTTGCCACTTTTTTGTGGTTGGTGAGCACTTCAGCC560TGGGCTAAAGCTCTGACAGATATTAAAATAGCTACTGGTC600ACAATATTATTGATGAACTTCCGCCTTGTAAGAAGAAAGC640AGTACTGTGTTACTTTGGCTCTGTGACCAGTATGGGATCC680CTAAATGTATCTGTGATATTTGGCTTTCTAAATATGATAC720TCTGGGGAGGAAATGCTTGGTTTGTGTACAAGGAGACCAG760CCTACACAGTCCATCAAATACATCTGCCCCTCATAGCCAA800GGAGGTATTCCACCTCCTACCGGAATATAATTAAAGGGAG840AAATACACTGTATGAAGTATATGTTGATACTATGACATGT880TGCCAACACCTTGAGAAGCATTATTTGTTTCTAATAAAAG920TAATGGCTTTGTCAATATATTGGTGGGTTTAAAACTTTGC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。