基因總覽
SYN3 是一個蛋白質編碼基因,正式名稱為 synapsin III,產物 Synapsin-3 長 580 個胺基酸,屬於 synapsin family。其蛋白質由多個區域組成,包括 N 端的 A 區與 B 區、中段的 C 區,以及較後段的富含脯胺酸連接區 J 和末端 E 區;部分區域被註記為無序區。這些序列區域構成 Synapsin-3 的基本結構輪廓,C 區則帶有與 actin 和突觸囊泡結合相關的註記。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000358763 ★ | 32,507,820–33,058,381 | 14 |
| ENST00001132702 | 32,507,820–33,058,388 | 14 |
| ENST00000441821 | 32,980,645–33,057,858 | 3 |
| ENST00000412575 | 32,980,673–33,014,529 | 3 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Synapsin III 可能參與神經傳導物質釋放的調節,也可能參與突觸生成。來源以「可能」描述這些作用,未進一步說明其調節方向、分子步驟或作用條件,因此目前只能將其視為可能涉及的生物學角色,不能據此判定它如何改變釋放量或突觸形成過程。
在神經傳導物質釋放方面,Synapsin III 被指可能參與調節;但現有資料沒有指出這種調節是促進或抑制,也沒有提供特定刺激、細胞或實驗系統的資訊。因此,這項功能應保留為概括性的可能關聯,而非已確立的作用機制。
在突觸生成方面,資料同樣僅指出 Synapsin III 可能參與此過程,未描述其影響突觸形成的具體方式,也未說明與神經傳導物質釋放調節之間的關係。這些資訊支持將它列為可能涉及突觸生成與神經傳遞相關過程的蛋白質,但不足以推導更細節的功能或因果關係。
Promoter 與基因調控
>SYN3 ENST00000358763 GRCh38 chr22:33058281-33059381 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CTCTGGCTGTAACCCACTCTCCCCTTGCTCACCTCACTCAGCCACCCTGGGGGCCAGTTCCAGCTTCAGA ACCATGCATCGGCCGACCCCTCTGTCAGCAATGCTCTTGCTTCAGCCCTGGAATCGTTTTTGTCCTCCAA GTATCCAATATCACAAGCGGCCCGGAGACCACCCTAGGTATAGCAGTCCTAGACCCCTTTCTTTTTCTTT TCTTTTTTTTGGAGACGGCATCTAGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCTCTAACTCGGCTTACT GTAACTTCCACCTCCCGGGTCCAAGCAATTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTAGGACTACAGGTGAGGG CCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTTATCATCTTGGCCAGGCTGGTCTT GAACTCCCGACCTCGTGATTCACCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACAGG CACCCAGCCGACATTCTCTTGTTTTTTTCGTTTGTTGTATATAACCTACCCCCACCTCCACCCCATGCAA AGTCCACGAGGACGATAGACTTTGTCTTGTTCCCTGTTGCATCCTGGCCCTAGGGCCTAGCCCACAACCT GGGACATTTCCTGACAAGGGGCCCTGGTTTCTCTGAGGTGCCACCTGAGGTCCGGGAGGTCAGCTGACTT TCCCAAAGGTGGATTCCAAGGACACTGCATTCTTCGCACTCCCCGAGGGGCGTCTAGACACTCCTGGGAC CCAGAATTATTAGCTAACTGGGCTCCTGAGTCCGGTGAGAGCTCAGAGTCTAGAAGCAACTTTCCCTGCC TGGAGAGGTGAACCCAGCAAGGCGTTGGGGAGAGGCGTGGGCGAGGGAGTGGGCGCGGGTGGGCGGGGCC GTCCGGGGGCCTCGTTGCCCGAGCCAATGGGGCGCCGCGGCGCGGGGAGGCCGGGCCGCCGGGCGGGGGC GCTCGCGCGCGTTGAGGGGCAGAGGCTGAGCTCCCGGGACCCGGAGCGGATCGACTGGCGGGCGCCGCGC CGAGGCACCACCGGGCGCCGAGTTCCTGGCGGCTCGCACGGTAAGCGGCGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SYN3_1 ↗ | 22:33,058,381 | 負股 | 33,058,371–33,058,430 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR22_59QXBJ · CTCF_binding_site · 33057611–33057632 · regulatory
ENSR22_B8K5P · enhancer · 33057769–33058370 · regulatory
ENSR22_59QXF6 · CTCF_binding_site · 33058175–33058196 · regulatory
ENSR22_9H59K · promoter · 33058371–33058766 · regulatory
ENSR22_59QXG6 · CTCF_binding_site · 33058397–33058418 · regulatory
· motif · 33056155–33056168 · motif
· motif · 33056399–33056412 · motif
· motif · 33057613–33057629 · motif
· motif · 33058177–33058193 · motif
· motif · 33058399–33058415 · motif
· motif · 33058793–33058808 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:580 aa
Synapsin-3 長 580 個胺基酸,屬於 synapsin family。其區域包括 A 區(1–28)、B 區連接段(28–90)、C 區(91–399)、富含脯胺酸的 J 區連接段(400–531)及 E 區(532–580);19–56 與 395–567 另標註為無序區。C 區具有 actin 結合及突觸囊泡結合註記。
蛋白質三維結構
細胞內定位
Synapsin III 被註記為位於細胞質囊泡與分泌囊泡,並可作為突觸囊泡膜的周邊膜蛋白,定位於囊泡的細胞質表面。 資料未提供定位隨條件或異構型改變的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- SYN2Q92777 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
Synapsin III 與 CAPON 有交互作用註記;資料未進一步說明這是何種結合形式、是否屬於特定複合體,或其功能後果。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | Synapsin III 可能參與神經傳導物質釋放的調節及突觸生成。資料未說明其作用方向、具體機制或發生條件,因此這些功能仍應視為可能涉及的角色。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | Synapsin III 與 CAPON 有交互作用,但資料未指出交互作用的具體形式、發生條件或功能意義。 | 推論支持 | |
| 細胞定位 | Synapsin III 位於細胞質囊泡及分泌囊泡,並作為周邊膜蛋白定位於突觸囊泡膜的細胞質側,也就是囊泡的細胞質表面。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Cytoplasmic vesicle, secretory vesicle, synaptic vesicle membrane / Peripheral membrane protein / Cytoplasmic side; Peripheral membrane protein localized to the cytoplasmic surface of synaptic vesicles |
核酸與蛋白質序列
AGAGGCTGAGCTCCCGGGACCCGGAGCGGATCGACTGGCG40GGCGCCGCGCCGAGGCACCACCGGGCGCCGAGTTCCTGGC80GGCTCGCACGCAGGTAAATAAAGGCAGCTAAAGCTGACTG120CTGGTTGCGCAAAATCCCCCTGGCTCTTCTGGCTAAAGTC160CTACCACTCCCTGTACCTGGCAGCAGCCTGTCTTCTGGGC200CTCACCTACACACGTCTGGGTAGGAGCCAGTCATCTCCAT240CCATCCACAGCCATGAATTTCCTCCGGCGACGTCTCTCTG280ACAGCAGCTTCATGGCCAACCTGCCTAATGGCTATATGAC320GGACCTGCAACGCCCAGATAGCTCCACCAGCTCACCTGCT360TCCCCCGCCATGGAGAGGAGGCACCCCCAGCCCCTGGCTG400CCTCCTTCTCCTCTCCAGGATCCAGCCTTTTTAGCTCCCT440CTCCAGTGCCATGAAGCAGGCCCCTCAGGCCACCTCAGGA480CTGATGGAGCCTCCAGGTCCCTCCACGCCCATTGTTCAAA520GACCCAGGATCCTGTTGGTGATCGATGATGCCCATACAGA560CTGGTCGAAGTATTTCCATGGGAAGAAGGTGAATGGAGAG600ATTGAGATCCGAGTGGAGCAGGCTGAATTCTCAGAGTTGA640ACCTAGCTGCCTATGTGACCGGGGGCTGCATGGTGGACAT680GCAGGTCGTGAGAAATGGGACCAAAGTGGTGAGCAGATCC720TTCAAGCCAGACTTCATCCTGGTCCGCCAGCATGCCTACA760GCATGGCCCTGGGGGAAGACTACCGCAGCCTGGTCATCGG800CCTGCAGTATGGAGGGCTGCCTGCTGTCAACTCTCTCTAC840TCCGTCTACAACTTCTGCAGCAAGCCCTGGGTGTTCTCTC880AGCTCATTAAGATCTTCCATTCCCTGGGTCCTGAGAAGTT920CCCGCTTGTGGAGCAAACATTTTTCCCCAACCATAAGCCA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。