基因總覽
supervillin 是由 SVIL 編碼的蛋白質，屬於 villin/gelsolin 家族。其蛋白質長 2,214 個胺基酸，序列包含多個 gelsolin-like 重複區，另有位於末端的 HP 結構域；部分區域被註記為無序區。supervillin 的特點是同時具有細胞骨架相關作用與調節其他蛋白質功能的角色，來源亦記載其參與肌肉細胞分化、細胞移動相關活動及基因活化。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000355867 ★ | 29,457,338–29,634,971 | 38 |
| ENST00000375400 | 29,457,332–29,735,954 | 36 |
| ENST00000674475 | 29,457,332–29,737,123 | 39 |
| ENST00000375398 | 29,457,332–29,635,007 | 37 |
| ENST00000860287 | 29,457,332–29,737,123 | 36 |
| ENST00000860288 | 29,457,332–29,737,123 | 39 |
| ENST00000860289 | 29,457,332–29,737,123 | 40 |
| ENST00000860290 | 29,457,332–29,737,123 | 37 |
| ENST00000860291 | 29,457,332–29,737,123 | 38 |
| ENST00000860292 | 29,457,332–29,648,639 | 34 |
| ENST00000860293 | 29,457,332–29,648,676 | 34 |
| ENST00000860294 | 29,457,332–29,635,975 | 34 |
顯示 12/47 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
supervillin 可在肌動蛋白細胞骨架與細胞膜之間形成高親和力連結。肌肉生成過程中，它是較早組裝的肌節膜下 costamere 蛋白之一，並有助於肌肉生成相關的膜結構形成與細胞分化。
在細胞骨架調節方面，supervillin 可能參與 myosin II 的組裝；在細胞展開、也就是細胞移動的初始步驟中，它可能透過 MLCK 調節 myosin II。來源亦指出它可能參與 invadopodium 的功能，以及 focal adhesion 的調節；supervillin 與 TRIP6 結合涉及 focal adhesion 的下調。這些描述包含「可能」的功能推論，不應視為所有作用均已確立。
supervillin 也具有細胞骨架以外的功能：它可作為 KDM1A 的輔因子或支架，促進 H3K9me2 去甲基化及基因活化，尤其是在神經元相關情境。此作用與 supervillin 和 KDM1A 特定異構型的互作有關。
此外，來源指出 supervillin 透過與 KIF14 互作參與細胞質分裂；此功能註記為相似性推論。
Promoter 與基因調控
>SVIL ENST00000355867 GRCh38 chr10:29634871-29635971 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AGTAACAGGAATTTAGATCCTGCTTTGAGAGGCCTCCTGTGCTGGCCGAAGCAGCTGGTGGTCTGAGAAC CCTGACACCCAGAGGCATACCACTGGGAGGCCCCGCGCAGCACACAGCTTTTGCTGTACTCCAGCCCAAG TCTTATGGGGTTTGTGGTTTATACTGAAGTTGGTGCAGACAATTAAGACTCTCTGTTCTTGGTACCGACA GGGACAGAGACCTACAATTGTAAGTATTTTGTAAACAGGGTTGTGATATTTGTTTGAGTGTATTCAACAT GTCAGTGGCCTTTTAATGTTTAAAAAAATGCATATGGCCATTTAAGAAGTGGTTGTGCTTCATAGTTAAT ATTTTTTTCATTAGGTTAGGTTCATCTGGTTTTTCAGTGAGGTGAGCTACCTGAGAGCCATAGGAAGATA GATCTTGCCAGTTCAGAGGACTGACTTTGGCTTTAAGAGAAAATATTTGTGTCATTTTCGAGAAAGTACT TCCAGCACAATGCTTTCTTCTGATGATTCATTTTCTACAGTTATTGGAAGTGGGAAGAAATCCACAGAGG TTACAGAATTTGTAAACTTGTAGAGACATGTGCCATTATATCATGCTGTTTCATAGATGTGTATGTCTGT TAGTTACTTTTCGGGCATTCATTGTATATATGTCTGTTACTTACTTTTGGGGTGTTCAGTGTCTGAGCTT TGTCAACGATTGTGTGCTCTTTTTTTAGCCTAAAAAAACTAAGTTAGAGAAATGTTTGCTCATCCAAATC TGTATTGTTGTAGCTTATTCAGTAGACTGCTGTTGTATTTTTAATTTCTCTATACAACAAGCTGAAAGAC AGTGTGGACAACCTAATTGCATTTGAAGTAGCTGCTGGCCAGGCCTGCTGCAACAGCTGATGGGCTCCTC TGAATTTCCAGGGCTATTTCTGGTAGATGAGCTGGTATCAAGGCTCTCGAGTTCAGGCCATAAAAGGCCC GTCCCATGTGAAGTTGCTTCACTGCTCTGACTGCGTCCTCCCCAGGCTGAAGTGTCCTCAGGTTTCATGT GGATTTGCCCAGTAATGGATGGCTCCACCGAGGCCAGGTTGGGGAAGTTCA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 4 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SVIL_2 ↗ | 10:29,634,971 | 負股 | 29,634,961–29,635,020 |
| SVIL_4 ↗ | 10:29,648,275 | 負股 | 29,648,265–29,648,324 |
| SVIL_3 ↗ | 10:29,735,827 | 負股 | 29,735,817–29,735,876 |
| SVIL_1 ↗ | 10:29,736,935 | 負股 | 29,736,925–29,736,984 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR10_B7TQS · enhancer · 29630169–29631093 · regulatory
ENSR10_B7TR9 · enhancer · 29633228–29633899 · regulatory
ENSR10_9FQKP · enhancer · 29634016–29634382 · regulatory
ENSR10_58Z7C2 · CTCF_binding_site · 29634327–29634348 · regulatory
ENSR10_9FQKT · enhancer · 29634552–29634960 · regulatory
ENSR10_58Z7FD · CTCF_binding_site · 29634845–29634866 · regulatory
ENSR10_9FQL2 · promoter · 29634961–29635462 · regulatory
ENSR10_8TJ7R · enhancer · 29636463–29636715 · regulatory
· motif · 29633271–29633282 · motif
· motif · 29633274–29633289 · motif
· motif · 29633881–29633903 · motif
· motif · 29633881–29633903 · motif
· motif · 29634329–29634345 · motif
· motif · 29634847–29634863 · motif
· motif · 29636282–29636295 · motif
· motif · 29636282–29636295 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：2214 aa
supervillin 長 2,214 個胺基酸，屬於 villin/gelsolin 家族。蛋白質包含五個 gelsolin-like 重複區，並在末端具有 HP 結構域。序列另有多段被預測為無序的區域；其 N 端第 1–174 個胺基酸區段註記為與 MYLK 互作，第 1,419–1,687 個胺基酸區段則註記為與 NEB 互作。
蛋白質三維結構
細胞內定位
supervillin 與肌動蛋白絲及質膜緊密相關，位於細胞膜的細胞質側，也見於細胞骨架、invadopodium、podosome、中體及分裂溝等位置。 來源未提供特定條件下定位改變或異構型間定位差異的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Cell projection, invadopodium；Cell projection, podosome；Midbody；Cleavage furrow。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- NEBP20929 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
supervillin 與 F-actin 相關，並與 NEB、MYH9、MYLK 及 KDM1A 互作；其中 KDM1A 互作涉及異構型 2 與 4，並有助於招募及穩定這些異構型，促進 H3K9me2 去甲基化。另有相似性資料記載 supervillin 與 TRIP6、DYNLT1 互作，並在細胞質分裂期間於中體與 KIF14 互作。來源未將這些關係一概描述為同一複合體。
疾病與遺傳關聯
SVIL 的變異與肌原纖維肌病 10（MFM10）相關；來源將此疾病描述為常染色體隱性遺傳。患者可有肌肉疼痛、抽筋、運動疲勞及逐漸加重的肌肉僵硬。肌原纖維肌病是一組慢性神經肌肉疾病，其超微結構特徵包括肌節 Z 盤與肌原纖維解體，正常肌原纖維紋理被小型緻密顆粒、較大的玻璃樣團塊或無定形物質取代。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 6 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | supervillin 在肌動蛋白細胞骨架與細胞膜之間形成高親和力連結，並在肌肉生成時較早參與 costamere 組裝，支持肌肉生成相關膜結構與分化。它可能參與 myosin II 組裝，並在細胞展開時經 MLCK 調節 myosin II，也可能影響 invadopodium 功能；另可協助 KDM1A 促進 H3K9me2 去甲基化與基因活化，尤見於神經元相關情境。 | 含實驗來源 | 證據與來源Forms a high-affinity link between the actin cytoskeleton and the membrane. Is among the first costameric proteins to assemble during myogenesis and it contributes to myogenic membrane structure and differentiation. Appears to be involved in myosin II assembly. May modulate myosin II regulation through MLCK during cell spreading, an initial step in cell migration. May play a role in invadopodial function. In addition to its cytoskeletal activities, acts as a cofactor or scaffold for KDM1A, facilitating H3K9me2 demethylation and promoting gene activation, especially in neuronal contexts PMID 12711699 ↗ · PMID 19109420 ↗ · PMID 25684206 ↗ |
| 功能 | supervillin 可能參與 focal adhesion 的調節；其介導的 focal adhesion 下調涉及與 TRIP6 結合。來源另指出，supervillin 可透過與 KIF14 互作參與細胞質分裂，但此功能註記為相似性推論。 | 推論支持 | 證據與來源May be involved in modulation of focal adhesions. Supervillin-mediated down-regulation of focal adhesions involves binding to TRIP6. Plays a role in cytokinesis through KIF14 interaction (By similarity) |
| 交互作用 | supervillin 與 F-actin、NEB、MYH9 及 MYLK 有互作或關聯，其中 MYH9 與 MYLK 的資料為相似性推論。它也與 KDM1A 的異構型 2、4 互作，協助招募並穩定這些異構型，促進 H3K9me2 去甲基化。 | 含實驗來源 | 證據與來源Associates with F-actin. Interacts with NEB. Interacts with MYH9 (By similarity). Interacts with MYLK (By similarity). Interacts with KDM1A (isoforms 2 and 4); this interaction recruits and stabilizes isoforms 2 and 4 facilitating their H3K9me2 demethylation PMID 18639526 ↗ · PMID 25684206 ↗ · PMID 9867483 ↗ |
| 交互作用 | 相似性資料記載 supervillin 與 TRIP6 及 DYNLT1 互作；它也與 KIF14 互作，且此互作發生於細胞質分裂期間的中體位置。 | 推論支持 | 證據與來源Interacts with TRIP6 (By similarity). Interacts with DYNLT1 (By similarity). Interacts with KIF14; at midbody during cytokinesis (By similarity) |
| 細胞定位 | supervillin 緊密連結肌動蛋白絲與質膜，位於細胞膜的細胞質側及細胞骨架，也記載於 invadopodium、podosome、中體和分裂溝。 | 推論支持 | 證據與來源Cell membrane / Peripheral membrane protein / Cytoplasmic side; Cytoplasm, cytoskeleton; Cell projection, invadopodium; Cell projection, podosome; Midbody; Cleavage furrow; Tightly associated with both actin filaments and plasma membranes |
| 疾病關聯 | SVIL 變異與常染色體隱性遺傳的肌原纖維肌病 10（MFM10）相關，患者可有肌肉疼痛、抽筋、運動疲勞及漸進性肌肉僵硬。此類慢性神經肌肉疾病的超微結構變化包括 Z 盤與肌原纖維解體，以及正常肌原纖維紋理被緻密顆粒、玻璃樣團塊或無定形物質取代。 | 含實驗來源 | 證據與來源Myopathy, myofibrillar, 10 MFM10 A form of myofibrillar myopathy, a group of chronic neuromuscular disorders characterized at ultrastructural level by disintegration of the sarcomeric Z disk and myofibrils, and replacement of the normal myofibrillar markings by small dense granules, or larger hyaline masses, or amorphous material. MFM10 is an autosomal recessive disorder characterized by muscle pain, cramping, exercise fatigue, and progressive muscle rigidity. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 619040 PMID 32779703 ↗ |
核酸與蛋白質序列
ACTGCTCTGACTGCGTCCTCCCCAGGCTGAAGTGTCCTCA40GGTTTCATGTGGATTTGCCCAGTAATGGATGGCTCCACCG80AGGCCAGGTTGGGGAAGTTCAGCCTCGAGGACACTAGGGG120ACGAAAAACTTCAAAAAGAAGACTCTTTTTATTAATATTT160TGGCGTTCTTTTTGGAGAGGAACTTTTGGGATGTAGCCTT200TACCTGTTTCCTGAATTTGACATCCAAAAAGCCTTTTGGA240AAACACCATTCTAAATTTATCCTGTTCTGAATCATCATCG280CTTCTGATAGATGCAGTTGCTTGCTGACATCGTGATCTTT320GATTTTGTACAACGCTATTTGGGCTAACTTTTGGGATTTT360ACTTTGTGCTTAGAATTTGAAAGTAGTATTCATTGGAAAG400AGACTCCAAGAAAATACTCGAAGACATCAAAAGCTGGATT440CGAGGGTATAACGTGTTTTGTTTTGTTTTTTAAATTAGAA480AAATAAGGAATTGCAGTGTGATTTTCTTTCCCCCTTTAAC520TTAGAGGAACGAGGATTATACAGAAATTTGAAATTTCAAC560AAGAAAAACTTAAGCTTCCTTGGATTCCCACGTCAAAGGA600AAGTTTCAAGCTTTCAGAAGGAGTTCTCACTCGAAGATAA640AGAACAGCTCGCTAACCACGAAAGAGGAATCGATGCTCAG680CTTTTAGTTGCACTTCCTAAAGTTGCAGAATTAAGACAAA720TCTTTGAACCAAAGAAGAAAGAATTCTTAGAAATGAAAAG760AAAAGAAAGAATTGCCAGGCGCCTGGAAGGGATTGAAAAT800GACACTCAGCCCATCCTCTTGCAGAGCTGCACAGGATTGG840TGACTCACCGCCTGCTGGAGGAAGACACCCCTCGATACAT880GAGAGCCAGCGACCCTGCCAGCCCCCACATCGGCCGATCA920AATGAAGAGGAGGAAACTTCTGATTCTTCTCTAGAAAAGC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。