演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

SUPT3HSPT3

SPT3 homolog, SAGA and STAGA complex component

SUPT3H 是 SPT3 family 蛋白,可能具有轉錄活化作用,並是 SAGA、STAGA 等轉錄相關複合體的組成成分。

Homo sapiens6p21.1UniProt O75486
OFFICIAL SYMBOL
SUPT3H
CHROMOSOME
6
UNIPROT
O75486
PDB / ALPHAFOLD
7KTR
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SUPT3H(SPT3 homolog, SAGA and STAGA complex component)是人類的蛋白質編碼基因,其產物屬於 SPT3 family。資料將此蛋白描述為可能的轉錄活化因子,並指出它是數種轉錄相關複合體的組成成分。蛋白質長度為 317 個胺基酸;其第 1 至 20 個胺基酸區段被註記為無序區。

Official symbol
SUPT3H
Gene name
SPT3 homolog, SAGA and STAGA complex component
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:11466
UniProt
O75486
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
SPT3SPT3L

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 66p21.1
chr6 · 170,805,979 bp · GRCh38chr6p25.3 · 1–2300000 · gnegchr6p25.2 · 2300001–4200000 · gpos25chr6p25.1 · 4200001–7100000 · gnegchr6p24.3 · 7100001–10600000 · gpos50chr6p24.2 · 10600001–11600000 · gnegchr6p24.1 · 11600001–13400000 · gpos25chr6p23 · 13400001–15200000 · gnegchr6p22.3 · 15200001–25200000 · gpos75chr6p22.2 · 25200001–27100000 · gnegchr6p22.1 · 27100001–30500000 · gpos50chr6p21.33 · 30500001–32100000 · gnegchr6p21.32 · 32100001–33500000 · gpos25chr6p21.31 · 33500001–36600000 · gnegchr6p21.2 · 36600001–40500000 · gpos25chr6p21.1 · 40500001–46200000 · gnegchr6p12.3 · 46200001–51800000 · gpos100chr6p12.2 · 51800001–53000000 · gnegchr6p12.1 · 53000001–57200000 · gpos100chr6p11.2 · 57200001–58500000 · gnegchr6p11.1 · 58500001–59800000 · acenchr6q11.1 · 59800001–62600000 · acenchr6q11.2 · 62600001–62700000 · gnegchr6q12 · 62700001–69200000 · gpos100chr6q13 · 69200001–75200000 · gnegchr6q14.1 · 75200001–83200000 · gpos50chr6q14.2 · 83200001–84200000 · gnegchr6q14.3 · 84200001–87300000 · gpos50chr6q15 · 87300001–92500000 · gnegchr6q16.1 · 92500001–98900000 · gpos100chr6q16.2 · 98900001–100000000 · gnegchr6q16.3 · 100000001–105000000 · gpos100chr6q21 · 105000001–114200000 · gnegchr6q22.1 · 114200001–117900000 · gpos75chr6q22.2 · 117900001–118100000 · gnegchr6q22.31 · 118100001–125800000 · gpos100chr6q22.32 · 125800001–126800000 · gnegchr6q22.33 · 126800001–130000000 · gpos75chr6q23.1 · 130000001–130900000 · gnegchr6q23.2 · 130900001–134700000 · gpos50chr6q23.3 · 134700001–138300000 · gnegchr6q24.1 · 138300001–142200000 · gpos75chr6q24.2 · 142200001–145100000 · gnegchr6q24.3 · 145100001–148500000 · gpos75chr6q25.1 · 148500001–152100000 · gnegchr6q25.2 · 152100001–155200000 · gpos50chr6q25.3 · 155200001–160600000 · gnegchr6q26 · 160600001–164100000 · gpos50chr6q27 · 164100001–170805979 · gnegSUPT3Hpq1 bp170,805,979 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr6:44,809,317–45,377,953
Gene span
568,637 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000371459 ★44,826,726–45,377,93411
ENST0000088903744,826,726–45,377,93412
ENST0000037146044,828,732–45,377,93313
ENST0000037145844,829,767–44,955,5105
ENST0000063776344,931,716–45,106,0199
ENST0000111272945,211,047–45,377,9343

顯示 6/6 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

SUPT3H 的功能註解將其列為可能的轉錄活化因子,表示其具有促進轉錄的可能角色;該註解未進一步說明作用的基因、調控步驟或分子機制,因此不能據此推定更具體的作用方式。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 45377934 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SUPT3H ENST00000371459 GRCh38 chr6:45377834-45378934 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TATTTGACAACACAGGTGTGAAGGTGAGCATGGATAACCAGTTTTCTTCTCTAAGCAGGCAATAAGAATG
TTAAATATAAATAAGACTTCATATAATATAAAGAGTGAAAGACTGAAAGCATTGTCTTACGACTACTGTA
TTATTTAAAGAACTACATCTATATCAATTAAATGTGGCAGGACAGAATGTACAGTACAATACTGGGGGTG
CAAGATTTTAAAATGAGGAACAGGCCAAAATCTAAACACAGAATCGTCCAAAAAAAAAAAAAAGCCTTCA
AGTAGAAAAAGTTTTCAATAACAAAACATGGTAGTTAAACGCCTGCGTCTAGTAACATGAGTTGGGGAAA
AAACATTAATAGCAGATTAATGAAACAGATTCTGTGCGAGGTCAGGGTAGGGAGTGATGGCGCGCGGAAG
CGGCGTAAGAGCTGGTTTCGCCGTCCCAGAAAGGGTTCCACATCCACACGCCTGTACTGCGGCCCTGCGG
GGAGCGTTCAGACCCCTCCGTTTCCCTTCACCATTGTAAACGCGCAATCCCATTAAGATCCCGTTCACTC
CAATTCCTGGAAAGAAGCTTAGAACGGTGAATCTCTTCCTCGGAGTTGAAAATCAACTTCCAGTGCCGGT
CACCCAATCCTTCAAAAATCCTAGCCCTCTCGGGCCCAATTCCTAAAGAATTCAAGCCTGCACCCTGTAC
ACCCTGACCGATCTCAGCTCGTCCCCACTCCGCTCCCAGCGTCCCCAGCTCTAAACGCCGCCGCGTGGCT
CAGCGCTGCCCAAGCCGGGCCCTGAAGGCCGCGCACAACGCCCCGCCCCCGGCGAGCGTGGCGGAAGTAG
CTCGCTCGGGCTGGGAGAGCGCGCGCCACCTGGCCAAGCGCGCATGCGCCCGCACTGCCAGTGCGGGGGG
CGTCCGTATCGCTTACTCCTCAGTCTCCGCAACCCCCGCCCCACCGAGAGTCGGGCTCACGCCATCTTGT
ACCCCCCCCATCGCCCCGTCACACAGCCGAGTCACCTTTTCCCTTTCTACACTCCACACTCTCAGTCCCC
CACCCCGCCCCTTTCCAAGCGTGTCCCGGGCCGCAGCAGCAGAAACCGCAC
SUPT3H 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
SUPT3H_1 ↗6:45,377,891負股45,377,881–45,377,940

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR6_C6HKH · enhancer · 45376324–45377922 · regulatory

ENSR6_83C2LF · promoter · 45377923–45378165 · regulatory

ENSR6_5DN6W5 · CTCF_binding_site · 45378163–45378184 · regulatory

ENSR6_BC267 · enhancer · 45378166–45378959 · regulatory

· motif · 45377235–45377245 · motif

· motif · 45377287–45377299 · motif

· motif · 45377289–45377296 · motif

· motif · 45377495–45377508 · motif

· motif · 45377612–45377629 · motif

· motif · 45377652–45377665 · motif

· motif · 45377816–45377829 · motif

· motif · 45377834–45377842 · motif

· motif · 45377859–45377875 · motif

· motif · 45378045–45378056 · motif

· motif · 45378045–45378056 · motif

· motif · 45378096–45378105 · motif

· motif · 45378096–45378107 · motif

· motif · 45378096–45378107 · motif

· motif · 45378110–45378123 · motif

· motif · 45378165–45378181 · motif

· motif · 45378583–45378594 · motif

· motif · 45378702–45378715 · motif

· motif · 45378910–45378922 · motif

· motif · 45378912–45378934 · motif

· motif · 45378912–45378934 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:317 aa

1 aa317 aa功能區域
依 O75486 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

SUPT3H 蛋白長 317 個胺基酸,屬於 SPT3 family。序列第 1 至 20 位胺基酸被註記為無序區;來源未提供其他結構域或功能區域資訊。

功能區域Disordered1–20 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 7KTR…

PDB · 7KTR

EM · 2.93 A · I=1-317

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Nucleus

SUPT3H 的細胞定位為細胞核。 來源未提供定位變化條件或異構型差異。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
SPT3SUPT3H
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

SUPT3H 是 PCAF、TFTC-HAT 與 STAGA 轉錄相關複合體的組成成分,並與 TAFII31、GCN5L2 有關聯。STAGA 核心複合體另與由 ATXN7L3、ENY2 和 USP22 組成、與組蛋白去泛素化相關的次複合體相連;來源未指出這些次複合體成員與 SUPT3H 直接結合。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

3 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 3 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能SUPT3H 被描述為可能的轉錄活化因子,表示它可能參與促進轉錄的作用;此註解沒有指出特定目標基因、作用步驟或分子機制。含實驗來源
證據與來源

Probable transcriptional activator

PMID 9787080 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用SUPT3H 是 PCAF、TFTC-HAT 與 STAGA 轉錄相關複合體的組成成分,並與 TAFII31 和 GCN5L2 有關聯。STAGA 核心複合體另連接由 ATXN7L3、ENY2、USP22 組成、與組蛋白去泛素化相關的次複合體;來源未明確指出 SUPT3H 與該次複合體成員直接結合。含實驗來源
證據與來源

Component of the PCAF complex, at least composed of TADA2L/ADA2, SUPT3H, TADA3L/ADA3, TAF5L/PAF65-beta, TAF6L/PAF65-alpha, TAF10/TAFII30, TAF12/TAFII20, TAF9/TAFII31 and TRRAP. Associates with TAFII31 and GCN5L2. Component of the TFTC-HAT complex, at least composed of TAF5L, TAF6L, TADA3L, SUPT3H/SPT3, TAF2/TAFII150, TAF4/TAFII135, TAF5/TAFII100, GCN5L2/GCN5, TAF10 and TRRAP. Component of the STAGA transcription coactivator-HAT complex, at least composed of SUPT3H, GCN5L2, TAF5L, TAF6L, SUPT7L, TADA3L, TAD1L, TAF10, TAF12, TRRAP and TAF9. The STAGA core complex is associated with a subcomplex required for histone deubiquitination composed of ATXN7L3, ENY2 and USP22

PMID 10373431 ↗ · PMID 11564863 ↗ · PMID 18206972 ↗ · PMID 9885574 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位SUPT3H 的細胞定位為細胞核。此資料未提供定位改變的條件、細胞狀態或異構型差異。含實驗來源
證據與來源

Nucleus

PMID 11564863 ↗ · PMID 9726987 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 3 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000371459 · 4,211 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ACACAGCCGAGTCACCTTTTCCCTTTCTACACTCCACACT40
41CTCAGTCCCCCACCCCGCCCCTTTCCAAGCGTGTCCCGGG80
81CCGCAGCAGCAGAAACCGCACCATCTCCACCCCCACATTC120
121TCCTCGCGGGAAGCGCAGCAGTGCCTCCAAGGGTTCTTAA160
161AGCAGAGATGAATAATACGGCAGCTAGTCCAATGTCTACT200
201GCAACTTCAAGTAGTGGAAGGAGTACAGGGAAGTCTATAA240
241GCTTTGCAACAGAATTACAGAGTATGATGTATTCTTTAGG280
281TGATGCTAGAAGGCCTCTTCATGAAACAGCAGTTTTGGTA320
321GAAGATGTGGTACACACTCAGTTAATTAATCTGTTACAGC360
361AAGCTGCTGAAGTTTCTCAGCTGCGGGGAGCAAGGGTAAT400
401CACTCCTGAAGATCTTCTGTTTTTGATGCGCAAAGATAAG440
441AAAAAACTTAGAAGACTGCTAAAATACATGTTTATCCGAG480
481ACTACAAATCAAAGATTGTCAAAGGCATCGATGAGGATGA520
521TCTTCTCGAAGACAAATTGAGTGGCAGCAATAATGCGAAC560
561AAAAGACAAAAGATTGCTCAGGACTTCCTCAACTCTATTG600
601ACCAGACAGGAGAACTTTTAGCAATGTTTGAAGATGACGA640
641AATTGATGAAGTTAAACAAGAAAGAATGGAGAGAGCAGAA680
681AGACAAACTCGAATTATGGATTCAGCTCAATATGCAGAAT720
721TCTGTGAAAGTCGACAATTAAGTTTCTCCAAAAAAGCTTC760
761CAAATTTCGAGACTGGTTGGACTGCAGCAGTATGGAGATA800
801AAACCCAATGTTGTCGCAATGGAAATCTTAGCATATTTAG840
841CGTATGAAACTGTGGCACAGTTAGTGGATCTGGCTCTTCT880
881TGTGAGGCAAGACATGGTAACCAAGGCAGGGGACCCCTTC920
921AGCCATGCCATTTCTGCAACCTTCATTCAGTATCACAACT960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。