基因總覽
SUPT3H(SPT3 homolog, SAGA and STAGA complex component)是人類的蛋白質編碼基因,其產物屬於 SPT3 family。資料將此蛋白描述為可能的轉錄活化因子,並指出它是數種轉錄相關複合體的組成成分。蛋白質長度為 317 個胺基酸;其第 1 至 20 個胺基酸區段被註記為無序區。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000371459 ★ | 44,826,726–45,377,934 | 11 |
| ENST00000889037 | 44,826,726–45,377,934 | 12 |
| ENST00000371460 | 44,828,732–45,377,933 | 13 |
| ENST00000371458 | 44,829,767–44,955,510 | 5 |
| ENST00000637763 | 44,931,716–45,106,019 | 9 |
| ENST00001112729 | 45,211,047–45,377,934 | 3 |
顯示 6/6 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SUPT3H 的功能註解將其列為可能的轉錄活化因子,表示其具有促進轉錄的可能角色;該註解未進一步說明作用的基因、調控步驟或分子機制,因此不能據此推定更具體的作用方式。
Promoter 與基因調控
>SUPT3H ENST00000371459 GRCh38 chr6:45377834-45378934 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TATTTGACAACACAGGTGTGAAGGTGAGCATGGATAACCAGTTTTCTTCTCTAAGCAGGCAATAAGAATG TTAAATATAAATAAGACTTCATATAATATAAAGAGTGAAAGACTGAAAGCATTGTCTTACGACTACTGTA TTATTTAAAGAACTACATCTATATCAATTAAATGTGGCAGGACAGAATGTACAGTACAATACTGGGGGTG CAAGATTTTAAAATGAGGAACAGGCCAAAATCTAAACACAGAATCGTCCAAAAAAAAAAAAAAGCCTTCA AGTAGAAAAAGTTTTCAATAACAAAACATGGTAGTTAAACGCCTGCGTCTAGTAACATGAGTTGGGGAAA AAACATTAATAGCAGATTAATGAAACAGATTCTGTGCGAGGTCAGGGTAGGGAGTGATGGCGCGCGGAAG CGGCGTAAGAGCTGGTTTCGCCGTCCCAGAAAGGGTTCCACATCCACACGCCTGTACTGCGGCCCTGCGG GGAGCGTTCAGACCCCTCCGTTTCCCTTCACCATTGTAAACGCGCAATCCCATTAAGATCCCGTTCACTC CAATTCCTGGAAAGAAGCTTAGAACGGTGAATCTCTTCCTCGGAGTTGAAAATCAACTTCCAGTGCCGGT CACCCAATCCTTCAAAAATCCTAGCCCTCTCGGGCCCAATTCCTAAAGAATTCAAGCCTGCACCCTGTAC ACCCTGACCGATCTCAGCTCGTCCCCACTCCGCTCCCAGCGTCCCCAGCTCTAAACGCCGCCGCGTGGCT CAGCGCTGCCCAAGCCGGGCCCTGAAGGCCGCGCACAACGCCCCGCCCCCGGCGAGCGTGGCGGAAGTAG CTCGCTCGGGCTGGGAGAGCGCGCGCCACCTGGCCAAGCGCGCATGCGCCCGCACTGCCAGTGCGGGGGG CGTCCGTATCGCTTACTCCTCAGTCTCCGCAACCCCCGCCCCACCGAGAGTCGGGCTCACGCCATCTTGT ACCCCCCCCATCGCCCCGTCACACAGCCGAGTCACCTTTTCCCTTTCTACACTCCACACTCTCAGTCCCC CACCCCGCCCCTTTCCAAGCGTGTCCCGGGCCGCAGCAGCAGAAACCGCAC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SUPT3H_1 ↗ | 6:45,377,891 | 負股 | 45,377,881–45,377,940 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR6_C6HKH · enhancer · 45376324–45377922 · regulatory
ENSR6_83C2LF · promoter · 45377923–45378165 · regulatory
ENSR6_5DN6W5 · CTCF_binding_site · 45378163–45378184 · regulatory
ENSR6_BC267 · enhancer · 45378166–45378959 · regulatory
· motif · 45377235–45377245 · motif
· motif · 45377287–45377299 · motif
· motif · 45377289–45377296 · motif
· motif · 45377495–45377508 · motif
· motif · 45377612–45377629 · motif
· motif · 45377652–45377665 · motif
· motif · 45377816–45377829 · motif
· motif · 45377834–45377842 · motif
· motif · 45377859–45377875 · motif
· motif · 45378045–45378056 · motif
· motif · 45378045–45378056 · motif
· motif · 45378096–45378105 · motif
· motif · 45378096–45378107 · motif
· motif · 45378096–45378107 · motif
· motif · 45378110–45378123 · motif
· motif · 45378165–45378181 · motif
· motif · 45378583–45378594 · motif
· motif · 45378702–45378715 · motif
· motif · 45378910–45378922 · motif
· motif · 45378912–45378934 · motif
· motif · 45378912–45378934 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:317 aa
SUPT3H 蛋白長 317 個胺基酸,屬於 SPT3 family。序列第 1 至 20 位胺基酸被註記為無序區;來源未提供其他結構域或功能區域資訊。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SUPT3H 的細胞定位為細胞核。 來源未提供定位變化條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
SUPT3H 是 PCAF、TFTC-HAT 與 STAGA 轉錄相關複合體的組成成分,並與 TAFII31、GCN5L2 有關聯。STAGA 核心複合體另與由 ATXN7L3、ENY2 和 USP22 組成、與組蛋白去泛素化相關的次複合體相連;來源未指出這些次複合體成員與 SUPT3H 直接結合。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SUPT3H 被描述為可能的轉錄活化因子,表示它可能參與促進轉錄的作用;此註解沒有指出特定目標基因、作用步驟或分子機制。 | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | SUPT3H 是 PCAF、TFTC-HAT 與 STAGA 轉錄相關複合體的組成成分,並與 TAFII31 和 GCN5L2 有關聯。STAGA 核心複合體另連接由 ATXN7L3、ENY2、USP22 組成、與組蛋白去泛素化相關的次複合體;來源未明確指出 SUPT3H 與該次複合體成員直接結合。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the PCAF complex, at least composed of TADA2L/ADA2, SUPT3H, TADA3L/ADA3, TAF5L/PAF65-beta, TAF6L/PAF65-alpha, TAF10/TAFII30, TAF12/TAFII20, TAF9/TAFII31 and TRRAP. Associates with TAFII31 and GCN5L2. Component of the TFTC-HAT complex, at least composed of TAF5L, TAF6L, TADA3L, SUPT3H/SPT3, TAF2/TAFII150, TAF4/TAFII135, TAF5/TAFII100, GCN5L2/GCN5, TAF10 and TRRAP. Component of the STAGA transcription coactivator-HAT complex, at least composed of SUPT3H, GCN5L2, TAF5L, TAF6L, SUPT7L, TADA3L, TAD1L, TAF10, TAF12, TRRAP and TAF9. The STAGA core complex is associated with a subcomplex required for histone deubiquitination composed of ATXN7L3, ENY2 and USP22 PMID 10373431 ↗ · PMID 11564863 ↗ · PMID 18206972 ↗ · PMID 9885574 ↗ |
| 細胞定位 | SUPT3H 的細胞定位為細胞核。此資料未提供定位改變的條件、細胞狀態或異構型差異。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
ACACAGCCGAGTCACCTTTTCCCTTTCTACACTCCACACT40CTCAGTCCCCCACCCCGCCCCTTTCCAAGCGTGTCCCGGG80CCGCAGCAGCAGAAACCGCACCATCTCCACCCCCACATTC120TCCTCGCGGGAAGCGCAGCAGTGCCTCCAAGGGTTCTTAA160AGCAGAGATGAATAATACGGCAGCTAGTCCAATGTCTACT200GCAACTTCAAGTAGTGGAAGGAGTACAGGGAAGTCTATAA240GCTTTGCAACAGAATTACAGAGTATGATGTATTCTTTAGG280TGATGCTAGAAGGCCTCTTCATGAAACAGCAGTTTTGGTA320GAAGATGTGGTACACACTCAGTTAATTAATCTGTTACAGC360AAGCTGCTGAAGTTTCTCAGCTGCGGGGAGCAAGGGTAAT400CACTCCTGAAGATCTTCTGTTTTTGATGCGCAAAGATAAG440AAAAAACTTAGAAGACTGCTAAAATACATGTTTATCCGAG480ACTACAAATCAAAGATTGTCAAAGGCATCGATGAGGATGA520TCTTCTCGAAGACAAATTGAGTGGCAGCAATAATGCGAAC560AAAAGACAAAAGATTGCTCAGGACTTCCTCAACTCTATTG600ACCAGACAGGAGAACTTTTAGCAATGTTTGAAGATGACGA640AATTGATGAAGTTAAACAAGAAAGAATGGAGAGAGCAGAA680AGACAAACTCGAATTATGGATTCAGCTCAATATGCAGAAT720TCTGTGAAAGTCGACAATTAAGTTTCTCCAAAAAAGCTTC760CAAATTTCGAGACTGGTTGGACTGCAGCAGTATGGAGATA800AAACCCAATGTTGTCGCAATGGAAATCTTAGCATATTTAG840CGTATGAAACTGTGGCACAGTTAGTGGATCTGGCTCTTCT880TGTGAGGCAAGACATGGTAACCAAGGCAGGGGACCCCTTC920AGCCATGCCATTTCTGCAACCTTCATTCAGTATCACAACT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。