基因總覽
SUMO3（small ubiquitin like modifier 3）是由蛋白質編碼基因產生的 ubiquitin-like protein，歸屬於 ubiquitin 家族的 SUMO subfamily。它可作為共價修飾分子，連接到其他蛋白質的 lysine；連接形式可為單體，也可形成以 lysine 相連的聚合物。這些基本特性使 SUMO3 能參與細胞內多種蛋白質調控過程。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000332859 ★ | 44,805,617–44,818,062 | 4 |
| ENST00000997829 | 44,805,612–44,818,144 | 4 |
| ENST00000397898 | 44,805,617–44,818,144 | 4 |
| ENST00000411651 | 44,805,617–44,818,144 | 4 |
| ENST00000889596 | 44,805,617–44,818,144 | 3 |
| ENST00000889597 | 44,805,617–44,818,144 | 3 |
| ENST00000932423 | 44,805,617–44,818,144 | 4 |
| ENST00001131440 | 44,805,617–44,818,144 | 4 |
| ENST00000889598 | 44,805,619–44,818,144 | 4 |
| ENST00000889599 | 44,805,864–44,818,144 | 4 |
| ENST00000932424 | 44,806,072–44,818,144 | 4 |
| ENST00000397893 | 44,808,271–44,817,968 | 4 |
顯示 12/12 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SUMO3 可共價連接至目標蛋白質的 lysine，並以單體或 lysine 相連的聚合物形式存在。這類修飾涉及核內運輸、DNA 複製與修復、有絲分裂及訊號傳遞等多種細胞過程，因而能參與不同生物學活動的調節。來源指出，SUMO3 似乎不參與蛋白質降解，並可能在降解過程中拮抗 ubiquitin；此功能關係仍以「可能」描述，不能視為已確立的直接作用。
SUMO3 接到受質蛋白前，須先由 E1 complex SAE1-SAE2 活化，接著連接至 E2 enzyme UBE2I。E3 ligase 可促進這項共價修飾，來源列出的例子包括 PIAS1-4、RANBP2 與 CBX4。此活化與酵素傳遞流程說明，SUMO3 對受質的修飾具有特定的酵素步驟，而非單純自行附著。
SUMO3 也參與調節 SETX 的 sumoylation 狀態。另有來源指出，SUMO3 與 USP25 互作時會使 USP25 發生 sumoylation，並抑制其 ubiquitin 水解活性；這提供了 SUMO3 修飾如何影響其他蛋白質活性的具體例子。SUMO3 亦與 BMAL1 有互作報告，但該項資訊標示為 By similarity，證據性質不同於明確描述的功能結果。
Promoter 與基因調控
>SUMO3 ENST00000332859 GRCh38 chr21:44817962-44819062 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CCCAGCTGAGCCTGAAGTGCGGCCTCCCCCGCCTTCGGCCGGGCTCACCATCAGATGAGACCTCCGCCAC GCCCCGGCTGGCACCACCCGGGCACTCCTGAGGGACGCAGGGGTGTCCGCCCTCAGGTCCGTTCCATCCG AGGCCCTGGGATCACAGACATGGAGGCCGGGGCGGGCCAGGCACCCCAGGAATGGCGCCCGCAAGTCCGG GGAGGCCGTCCTGCCGGCCCAGCGCGTTTCCCGCGTCCACGAGGTCCCCGTTCCGCCGGCACTGGCGGCG TCCAGCCTGGGTTTGCCCGCGCTCGCCGACGTGGCGGCCTGGCCAAGCTCGGCGCCGCTCACCAGCGCTG ACCTGGGGGTGGTTTGACCTCCCAGTGCCTCAGTTTCTTCACAGGTAAAACGGGTCTTCTTGAGGACGGG TGTGGAGGGCCCGGGGCAGCCCCGTAGGAGCGTTGGCCAAAGGAGCCCGGCCTGGGGCTGACAGGAAACC GCGGCGGCAGGGAGGCGGGTGGCGCCCCCAATCGTCTAGGGTGCTGGCCCGATTCGCGCGGCCCCCGCGG ACGGGACCCCGCGGGCCGCCTTCTCCGCTCTGTCCGCGGCTCCTGAGAGGGAACGTCACCCCCAGCGTCC TCCCTCCTCCGCCCCAGGTCCCTGCGGCCATGGGCGGCGGCCCCGGCCTCACTTCCCGGCGCCCCAGGAA CGCGGCCCCCAGGAAAGGAGTCGGGGCCCGGGCGACGCGGGGAGGCGGGCAAGGGTCCCCAGGGCCCGGG CTCCCCGTAAACGCTCCTGGCCCGCGCCCCACAGCGCCCTAGGGCTTCCGCGCCCGACGGGGTCGCGCGG GACCCGCCCCGTGACGCATCTCCAACCGCCCAGAGCCGCGGCCCGGCCTGCGCGCGCCCGACGCCCCGGG GAGCGCGCCTCGTGAACGCGCGCAGCCACGTGACCCCCGTGCCGGCCAACGGGTGCGCCGGGATTTGGGG GATAAAGCGCGGCCCCGCGCACAGTTGCGGCGGGAGAGCGGCGGGGCCGAGAGCGTGACTCGCCCGCTCC GCGCTGCTTCCCCCGCGCCGCCTCCCCGCGCCGCTCGCGCAGCCATGTCCG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SUMO3_1 ↗ | 21:44,818,060 | 負股 | 44,818,050–44,818,109 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR21_83BKJF · enhancer · 44814636–44814788 · regulatory
ENSR21_9MR9Q · enhancer · 44816449–44816725 · regulatory
ENSR21_C6G3Z · enhancer · 44816834–44817957 · regulatory
ENSR21_5DJLRW · CTCF_binding_site · 44817813–44817834 · regulatory
ENSR21_BBW65 · promoter · 44817958–44818619 · regulatory
ENSR21_5DJLX9 · CTCF_binding_site · 44818534–44818555 · regulatory
ENSR21_83BKM6 · enhancer · 44819360–44819513 · regulatory
· motif · 44816312–44816327 · motif
· motif · 44816314–44816327 · motif
· motif · 44816345–44816359 · motif
· motif · 44816515–44816528 · motif
· motif · 44817556–44817564 · motif
· motif · 44817714–44817727 · motif
· motif · 44817735–44817748 · motif
· motif · 44817767–44817780 · motif
· motif · 44817776–44817789 · motif
· motif · 44817815–44817831 · motif
· motif · 44818114–44818126 · motif
· motif · 44818116–44818123 · motif
· motif · 44818119–44818128 · motif
· motif · 44818119–44818128 · motif
· motif · 44818204–44818212 · motif
· motif · 44818236–44818250 · motif
· motif · 44818536–44818552 · motif
· motif · 44818569–44818584 · motif
· motif · 44818692–44818699 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：103 aa
SUMO3 全長為 103 個胺基酸，屬於 ubiquitin 家族的 SUMO subfamily。其第 15 至 92 位胺基酸區段被註記為 Ubiquitin-like domain。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SUMO3 被註記位於細胞質、細胞核及細胞核內的 PML body；來源未提供其在不同條件或異構型間定位變化的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 14 個夥伴
- ATXN1P54253 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- ATXN2Q99700-5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CARM1Q86X55 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- FAM221AA4D161 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HTTP42858 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- SART1O43290 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- SENP2Q9HC62 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- SP100P23497 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- USPL1Q5W0Q7 · UniProt INTERACTION · 17 experiments
- ZBTB33Q86T24 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZBTB39O15060 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZCCHC12Q6PEW1 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- ZNF496Q96IT1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UBCP62990 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
SUMO3 可共價連接至多種蛋白質。它與 SAE2、UBE2I 有互作；來源亦記載與 USP25 透過其 ts SIM domain 互作，並指出此互作會使 USP25 sumoylation、抑制其 ubiquitin 水解活性。SUMO3 與 BMAL1 的互作則標示為 By similarity。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SUMO3 是 ubiquitin-like protein，可單體形式或形成 lysine 相連的聚合物，共價接到標的 lysine。它似乎不參與蛋白質降解，並可能在降解過程中拮抗 ubiquitin；也參與核內運輸、DNA 複製與修復、有絲分裂及訊號傳遞。修飾受質前須經 E1 complex SAE1-SAE2 活化並連接至 E2 enzyme UBE2I，且可由 PIAS1-4、RANBP2 或 CBX4 等 E3 ligase 促進；另參與調節 SETX 的 sumoylation 狀態。 | 含實驗來源 | 證據與來源Ubiquitin-like protein which can be covalently attached to target lysines either as a monomer or as a lysine-linked polymer. Does not seem to be involved in protein degradation and may function as an antagonist of ubiquitin in the degradation process. Plays a role in a number of cellular processes such as nuclear transport, DNA replication and repair, mitosis and signal transduction. Covalent attachment to its substrates requires prior activation by the E1 complex SAE1-SAE2 and linkage to the E2 enzyme UBE2I, and can be promoted by an E3 ligase such as PIAS1-4, RANBP2 or CBX4. Plays a role in the regulation of sumoylation status of SETX PMID 11451954 ↗ · PMID 18538659 ↗ · PMID 21965678 ↗ |
| 交互作用 | SUMO3 可共價連接至多種蛋白質，並與 BMAL1（By similarity）、SAE2 及 UBE2I 互作。它透過 USP25 的 ts SIM domain 與 USP25 互作；此互作會使 USP25 發生 sumoylation，並抑制其 ubiquitin 水解活性。 | 含實驗來源 | 證據與來源Covalently attached to a number of proteins. Interacts with BMAL1 (By similarity). Interacts with USP25 (via ts SIM domain); the interaction sumoylates USP25 and inhibits its ubiquitin hydrolyzing activity. Interacts with SAE2 and UBE2I PMID 11451954 ↗ · PMID 12924945 ↗ · PMID 16553580 ↗ · PMID 18538659 ↗ |
| 細胞定位 | SUMO3 的定位包括細胞質、細胞核，以及細胞核內的 PML body。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
ACAGTTGCGGCGGGAGAGCGGCGGGGCCGAGAGCGTGACT40CGCCCGCTCCGCGCTGCTTCCCCCGCGCCGCCTCCCCGCG80CCGCTCGCGCAGCCATGTCCGAGGAGAAGCCCAAGGAGGG120TGTGAAGACAGAGAATGACCACATCAACCTGAAGGTGGCC160GGGCAGGACGGCTCCGTGGTGCAGTTCAAGATCAAGAGGC200ACACGCCGCTGAGCAAGCTGATGAAGGCCTACTGCGAGAG240GCAGGGCTTGTCAATGAGGCAGATCAGATTCAGGTTCGAC280GGGCAGCCAATCAATGAAACTGACACTCCAGCACAGCTGG320AGATGGAGGACGAGGACACCATCGACGTGTTCCAGCAGCA360GACGGGAGGTGTGCCGGAGAGCAGCCTGGCAGGGCACAGT400TTCTAGAGGGCCCGTCCCCAGCCCGGGCCGTCCATCCTCG440CATTGCTGTTGAATGGTGAGCACGTGACCATGCCGACCAC480AAAGGTGTCTGCGGAAACTCGAGGACATTCACCACGATGA520TTTTCCTCTCTTTGATGTACTTCAAGTGCAACTCAAAACT560ATATCTGCAGGGATGAATCTGTAACTTAAATTGGGCCAAT600CAGAATTGTTATCTTTGTTCAGGTAAAATGAGTTGCAAGA640TATTGTGGGTACTTTTGTGTGCTCATTTGTGTTTTCCCCC680CCTCCTACAACATTTTTTTAACCCCAAAATTATAGCCTGA720ATGTTCGCTTTTAGTCTGGCCAGGGATCTGACTCCTGAGT760TGGTTGCCTCTCCCCTGCTCACTCCAGTCACATAGAGAAT800TGGTGTTTCCCGCAGTGGGGATGCAGCTGTTGGACAGGTA840TTGGGGGCAAGGTTGGTAGGGAGGACAGACTGTCACTTGC880TGTTACAGGCACAGGTGATTAAAATGCTAAATATTGCAAA920TTTAAGCTTTGTCAGTATATGGAAAAGTTGAAGGGAAAAT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。