演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

SUCOCH1

SUN domain containing ossification factor

SUCO 編碼 SUN domain containing ossification factor,來源註記其參與胚胎晚期骨骼塑形,並在出生後成熟的成骨細胞中調節 type I collagen 合成;後者為相似性推定。

Homo sapiens1q24.3UniProt Q9UBS9
OFFICIAL SYMBOL
SUCO
CHROMOSOME
1
UNIPROT
Q9UBS9
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SUCO 是人類的蛋白質編碼基因,正式名稱為 SUN domain containing ossification factor。其產物為含有 SUN domain 的蛋白質;現有資料將其與骨骼塑形及成骨細胞中的 type I collagen 合成相關聯。這些功能註記提供了蛋白質在骨骼發育與成骨細胞成熟階段的基本角色,但沒有進一步說明其分子作用方式。

Official symbol
SUCO
Gene name
SUN domain containing ossification factor
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:1240
UniProt
Q9UBS9
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
CH1SLP1OPTC1orf9

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 11q24.3
chr1 · 248,956,422 bp · GRCh38chr1p36.33 · 1–2300000 · gnegchr1p36.32 · 2300001–5300000 · gpos25chr1p36.31 · 5300001–7100000 · gnegchr1p36.23 · 7100001–9100000 · gpos25chr1p36.22 · 9100001–12500000 · gnegchr1p36.21 · 12500001–15900000 · gpos50chr1p36.13 · 15900001–20100000 · gnegchr1p36.12 · 20100001–23600000 · gpos25chr1p36.11 · 23600001–27600000 · gnegchr1p35.3 · 27600001–29900000 · gpos25chr1p35.2 · 29900001–32300000 · gnegchr1p35.1 · 32300001–34300000 · gpos25chr1p34.3 · 34300001–39600000 · gnegchr1p34.2 · 39600001–43700000 · gpos25chr1p34.1 · 43700001–46300000 · gnegchr1p33 · 46300001–50200000 · gpos75chr1p32.3 · 50200001–55600000 · gnegchr1p32.2 · 55600001–58500000 · gpos50chr1p32.1 · 58500001–60800000 · gnegchr1p31.3 · 60800001–68500000 · gpos50chr1p31.2 · 68500001–69300000 · gnegchr1p31.1 · 69300001–84400000 · gpos100chr1p22.3 · 84400001–87900000 · gnegchr1p22.2 · 87900001–91500000 · gpos75chr1p22.1 · 91500001–94300000 · gnegchr1p21.3 · 94300001–99300000 · gpos75chr1p21.2 · 99300001–101800000 · gnegchr1p21.1 · 101800001–106700000 · gpos100chr1p13.3 · 106700001–111200000 · gnegchr1p13.2 · 111200001–115500000 · gpos50chr1p13.1 · 115500001–117200000 · gnegchr1p12 · 117200001–120400000 · gpos50chr1p11.2 · 120400001–121700000 · gnegchr1p11.1 · 121700001–123400000 · acenchr1q11 · 123400001–125100000 · acenchr1q12 · 125100001–143200000 · gvarchr1q21.1 · 143200001–147500000 · gnegchr1q21.2 · 147500001–150600000 · gpos50chr1q21.3 · 150600001–155100000 · gnegchr1q22 · 155100001–156600000 · gpos50chr1q23.1 · 156600001–159100000 · gnegchr1q23.2 · 159100001–160500000 · gpos50chr1q23.3 · 160500001–165500000 · gnegchr1q24.1 · 165500001–167200000 · gpos50chr1q24.2 · 167200001–170900000 · gnegchr1q24.3 · 170900001–173000000 · gpos75chr1q25.1 · 173000001–176100000 · gnegchr1q25.2 · 176100001–180300000 · gpos50chr1q25.3 · 180300001–185800000 · gnegchr1q31.1 · 185800001–190800000 · gpos100chr1q31.2 · 190800001–193800000 · gnegchr1q31.3 · 193800001–198700000 · gpos100chr1q32.1 · 198700001–207100000 · gnegchr1q32.2 · 207100001–211300000 · gpos25chr1q32.3 · 211300001–214400000 · gnegchr1q41 · 214400001–223900000 · gpos100chr1q42.11 · 223900001–224400000 · gnegchr1q42.12 · 224400001–226800000 · gpos25chr1q42.13 · 226800001–230500000 · gnegchr1q42.2 · 230500001–234600000 · gpos50chr1q42.3 · 234600001–236400000 · gnegchr1q43 · 236400001–243500000 · gpos75chr1q44 · 243500001–248956422 · gnegSUCOpq1 bp248,956,422 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr1:172,532,349–172,613,183
Gene span
80,835 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000263688 ★172,533,150–172,611,83324
ENST00000367723172,532,349–172,613,18323
ENST00000616058172,533,118–172,613,18322
ENST00001145596172,533,150–172,613,18324
ENST00000610051172,533,183–172,613,18323

顯示 5/5 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

SUCO 產物與骨骼形成過程中的兩項功能相關:胚胎晚期的骨骼塑形,以及出生後成骨細胞成熟期間對 type I collagen 合成的調節。來源將前者描述為該蛋白質在胚胎晚期骨骼塑形所必需;對後者則指出其調節成熟成骨細胞的 type I collagen 合成。兩項描述分別涉及發育階段的骨骼塑形與出生後成骨細胞的基質合成。

這些功能註記未提供作用機制的細節,例如 SUCO 如何影響 type I collagen 的合成,也未說明其調節方向或相關分子。因此,可依據資料指出其與上述骨骼相關過程有關,但不能進一步推定具體的分子途徑或作用方式。

功能資料標示為 By similarity,表示相關功能主張屬於相似性推定,而非此處直接呈現的實驗證明。依此限制,SUCO 的資料支持其可能在胚胎晚期骨骼塑形中具有必要性,並於出生後成骨細胞成熟時參與 type I collagen 合成的調節;但不宜將這些敘述延伸為其他階段、細胞或骨骼相關過程中的確定作用。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 172533150 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SUCO ENST00000263688 GRCh38 chr1:172532150-172533250 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TCCGTCCCCTCAGCGGCGTAAACACTTGGAATGGGCATGCTGCCCCGTTACTTAGTATTGAGAAGTGGTC
ACTTTTTGCTCTTCTTAGGTGAGTGTAAGCGACTGCCTTCCCCACTTTAGGTGAACCCCAGGACTTGGAG
CGTCTGTGGGTGCTCCTCTAATGGGGACAACTCCTCCCTTCCGACTCCATCGCAGAGAACCCAAAGTTCG
AAACCAACAGAACGAAAAGCAACGAAGCACACTTAAAGTGAGGAACCCGGCAAGCGGCGAAATTCTTGCT
GAAGAGAAGAAAAAGCGAAAGGTTTTCCGCTGCAACCAATCAGATGAGAGGATTCTTGGCACGCCCCTTT
CTATCTACCAATCAACATCTAGCTCAATGGGGCAGTCCATTGCCACAGGGAAAGGGCTTGGTGCAGCTTC
CCTCACAACACACACGTCATTCTAGGCCATTCCACGAACTGTGCTCAAAAGAGGAAAACAGTGCAACAGT
TCCAAAGCTGATCAGTCTCGTGGTGAGCAGCGAAACTATAGACTTCTCTAACAAAACCATGGATTCTAGG
AGGGACTGGGAAAGAGAAAAACGAATTCTGGAAGGCAAACTACAACTCCCAAAGGCCCTTGCGCGGACTC
AGCGCGCGAGGGACGAAGGGCGGTCCACTGTAAGGGGAAATGCTGAGGATCACTGGGCTCCTCCCGGCTT
TCTGAACGCAAGCCAGCAAGTGGGCGGGACCTGGGGCGGGCGGAGCGGCGAGAGCATCTGCTCCTGCGCT
TTGTGGTCTCCTGCCTCCGGCTTCTCCGCCTGCGACGTCGAAGGGGGCGTGGCCTGCGCAGAGGCTGGTG
GGGGTGCGGGCGCCGCGGGACTTGGGTGACGCGTCCCTTTCCAGCTCAGCGGTGTGTGAGGTGTCGCGGC
CCCGCCGGCGATTGGCTGTTGAGAGGCGAGTACGCGGCGGCCGTTGGTCGCTGGCCTCACGGAGCAAGGC
CCCCGGCGGGCGGGGAGGATATGGGGCGGCAGTGGCGGCTGCAGGAGGCGGGCGTGGACGAGCCGGTGGC
TGCAGCGGCGGCGGTCCCCGGAGTCCTGTGAAGCGCCCCTGTCCGCGCCTC
SUCO 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
SUCO_1 ↗1:172,533,150正股172,533,101–172,533,160

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR1_94JGXX · enhancer · 172530017–172530377 · regulatory

ENSR1_94JGZH · promoter · 172531859–172532359 · regulatory

ENSR1_B398HC · promoter · 172532404–172533193 · regulatory

ENSR1_53HKNWQ · CTCF_binding_site · 172533397–172533418 · regulatory

ENSR1_94JH37 · enhancer · 172537817–172538266 · regulatory

· motif · 172532487–172532497 · motif

· motif · 172532770–172532784 · motif

· motif · 172532770–172532784 · motif

· motif · 172532815–172532826 · motif

· motif · 172532869–172532879 · motif

· motif · 172532908–172532919 · motif

· motif · 172532913–172532928 · motif

· motif · 172532920–172532928 · motif

· motif · 172532962–172532972 · motif

· motif · 172532989–172532999 · motif

· motif · 172533036–172533053 · motif

· motif · 172533399–172533415 · motif

· motif · 172534337–172534349 · motif

· motif · 172535100–172535115 · motif

· motif · 172535105–172535117 · motif

· motif · 172535256–172535268 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:1254 aa

1 aa1254 aa結構域功能區域訊號胜肽跨膜區
依 Q9UBS9 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

SUCO 產物長 1254 個胺基酸,具有 N 端訊號序列(第 1–29 位)、SUN domain(第 284–453 位)及螺旋型跨膜區(第 1011–1031 位)。資料另註記多段預測為無序的區域,分布於第 58–88、118–270、282–304、530–553、583–605、759–788 及 1152–1172 位。

訊號胜肽1–29 aa
跨膜區Helical1011–1031 aa
結構域SUN284–453 aa
功能區域Disordered58–88 aa
功能區域Disordered118–270 aa
功能區域Disordered282–304 aa
功能區域Disordered530–553 aa
功能區域Disordered583–605 aa
功能區域Disordered759–788 aa
功能區域Disordered1152–1172 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · Q9UBS9…

AlphaFold · Q9UBS9

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Rough endoplasmic reticulum membrane

SUCO 被註記為粗面內質網膜上的單次跨膜 I 型膜蛋白。 此資料描述的是 SUCO 本身的膜定位與跨膜型態,未提供定位隨條件改變或異構型差異的資訊。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
CH1SUCO
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

目前未取得此類註解。
10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能SUCO 被註記為胚胎晚期骨骼塑形所必需,並在出生後成骨細胞成熟期間調節 type I collagen 合成。來源以相似性作為此功能敘述的依據,因此應保留其推定性,不視為直接證實的機制。推論支持
證據與來源

Required for bone modeling during late embryogenesis. Regulates type I collagen synthesis in osteoblasts during their postnatal maturation (By similarity)

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位SUCO 被定位於粗面內質網膜,並註記為單次跨膜 I 型膜蛋白。推論支持
證據與來源

Rough endoplasmic reticulum membrane / Single-pass type I membrane protein

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000263688 · 5,625 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ATGGGGCGGCAGTGGCGGCTGCAGGAGGCGGGCGTGGACG40
41AGCCGGTGGCTGCAGCGGCGGCGGTCCCCGGAGTCCTGTG80
81AAGCGCCCCTGTCCGCGCCTCTGTGGGGCCCTCAGAGAGG120
121GCTGCCAGGACGCGAGCCACTGAGGAGCCGCTCAGCCAGC160
161GCCATAGCCCTTAGGACTATCGGTCACATTCTCGCGCTCC200
201TGCTCCGGCTCCTCCATCTTGGCCTCGGCAGTGGCGGCTG240
241CCGGGAGGATGTGCCGCCTTCTGGCAGGGGGAAGAAGGAG280
281GAGAAGATGAAGAAGCACCGGCGGGCCTTGGCCCTGGTCT320
321CCTGCCTCTTTCTGTGCTCTCTGGTCTGGCTTCCCAGCTG360
361GCGTGTATGTTGTAAAGAGAGTTCTTCAGCTTCAGCGTCA400
401TCATATTACTCTCAAGATGACAACTGCGCACTAGAAAATG440
441AAGATGTACAATTCCAGAAAAAGGATGAAAGAGAGGGACC480
481TATCAATGCCGAATCATTGGGAAAATCAGGTTCAAATTTA520
521CCTATTTCTCCAAAAGAACATAAATTAAAAGATGATTCTA560
561TTGTGGATGTACAAAATACAGAGTCAAAAAAGTTAAGTCC600
601ACCGGTGGTGGAGACACTCCCTACAGTTGATTTGCATGAA640
641GAGTCTTCCAATGCAGTTGTGGACAGTGAAACTGTTGAAA680
681ATATTTCCAGCTCATCTACCTCAGAAATCACTCCAATCTC720
721AAAGCTTGATGAAATAGAAAAATCTGGTACTATTCCGATA760
761GCCAAACCAAGTGAAACTGAGCAGTCTGAAACTGATTGTG800
801ATGTTGGTGAGGCCCTTGATGCTAGTGCTCCAATTGAACA840
841ACCTTCCTTTGTCAGTCCACCTGACAGCCTTGTTGGCCAG880
881CATATAGAAAATGTATCATCTTCACATGGTAAAGGAAAGA920
921TAACAAAATCAGAATTTGAATCAAAAGTTTCAGCAAGTGA960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。