基因總覽
SUCO 是人類的蛋白質編碼基因,正式名稱為 SUN domain containing ossification factor。其產物為含有 SUN domain 的蛋白質;現有資料將其與骨骼塑形及成骨細胞中的 type I collagen 合成相關聯。這些功能註記提供了蛋白質在骨骼發育與成骨細胞成熟階段的基本角色,但沒有進一步說明其分子作用方式。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000263688 ★ | 172,533,150–172,611,833 | 24 |
| ENST00000367723 | 172,532,349–172,613,183 | 23 |
| ENST00000616058 | 172,533,118–172,613,183 | 22 |
| ENST00001145596 | 172,533,150–172,613,183 | 24 |
| ENST00000610051 | 172,533,183–172,613,183 | 23 |
顯示 5/5 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SUCO 產物與骨骼形成過程中的兩項功能相關:胚胎晚期的骨骼塑形,以及出生後成骨細胞成熟期間對 type I collagen 合成的調節。來源將前者描述為該蛋白質在胚胎晚期骨骼塑形所必需;對後者則指出其調節成熟成骨細胞的 type I collagen 合成。兩項描述分別涉及發育階段的骨骼塑形與出生後成骨細胞的基質合成。
這些功能註記未提供作用機制的細節,例如 SUCO 如何影響 type I collagen 的合成,也未說明其調節方向或相關分子。因此,可依據資料指出其與上述骨骼相關過程有關,但不能進一步推定具體的分子途徑或作用方式。
功能資料標示為 By similarity,表示相關功能主張屬於相似性推定,而非此處直接呈現的實驗證明。依此限制,SUCO 的資料支持其可能在胚胎晚期骨骼塑形中具有必要性,並於出生後成骨細胞成熟時參與 type I collagen 合成的調節;但不宜將這些敘述延伸為其他階段、細胞或骨骼相關過程中的確定作用。
Promoter 與基因調控
>SUCO ENST00000263688 GRCh38 chr1:172532150-172533250 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TCCGTCCCCTCAGCGGCGTAAACACTTGGAATGGGCATGCTGCCCCGTTACTTAGTATTGAGAAGTGGTC ACTTTTTGCTCTTCTTAGGTGAGTGTAAGCGACTGCCTTCCCCACTTTAGGTGAACCCCAGGACTTGGAG CGTCTGTGGGTGCTCCTCTAATGGGGACAACTCCTCCCTTCCGACTCCATCGCAGAGAACCCAAAGTTCG AAACCAACAGAACGAAAAGCAACGAAGCACACTTAAAGTGAGGAACCCGGCAAGCGGCGAAATTCTTGCT GAAGAGAAGAAAAAGCGAAAGGTTTTCCGCTGCAACCAATCAGATGAGAGGATTCTTGGCACGCCCCTTT CTATCTACCAATCAACATCTAGCTCAATGGGGCAGTCCATTGCCACAGGGAAAGGGCTTGGTGCAGCTTC CCTCACAACACACACGTCATTCTAGGCCATTCCACGAACTGTGCTCAAAAGAGGAAAACAGTGCAACAGT TCCAAAGCTGATCAGTCTCGTGGTGAGCAGCGAAACTATAGACTTCTCTAACAAAACCATGGATTCTAGG AGGGACTGGGAAAGAGAAAAACGAATTCTGGAAGGCAAACTACAACTCCCAAAGGCCCTTGCGCGGACTC AGCGCGCGAGGGACGAAGGGCGGTCCACTGTAAGGGGAAATGCTGAGGATCACTGGGCTCCTCCCGGCTT TCTGAACGCAAGCCAGCAAGTGGGCGGGACCTGGGGCGGGCGGAGCGGCGAGAGCATCTGCTCCTGCGCT TTGTGGTCTCCTGCCTCCGGCTTCTCCGCCTGCGACGTCGAAGGGGGCGTGGCCTGCGCAGAGGCTGGTG GGGGTGCGGGCGCCGCGGGACTTGGGTGACGCGTCCCTTTCCAGCTCAGCGGTGTGTGAGGTGTCGCGGC CCCGCCGGCGATTGGCTGTTGAGAGGCGAGTACGCGGCGGCCGTTGGTCGCTGGCCTCACGGAGCAAGGC CCCCGGCGGGCGGGGAGGATATGGGGCGGCAGTGGCGGCTGCAGGAGGCGGGCGTGGACGAGCCGGTGGC TGCAGCGGCGGCGGTCCCCGGAGTCCTGTGAAGCGCCCCTGTCCGCGCCTC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SUCO_1 ↗ | 1:172,533,150 | 正股 | 172,533,101–172,533,160 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR1_94JGXX · enhancer · 172530017–172530377 · regulatory
ENSR1_94JGZH · promoter · 172531859–172532359 · regulatory
ENSR1_B398HC · promoter · 172532404–172533193 · regulatory
ENSR1_53HKNWQ · CTCF_binding_site · 172533397–172533418 · regulatory
ENSR1_94JH37 · enhancer · 172537817–172538266 · regulatory
· motif · 172532487–172532497 · motif
· motif · 172532770–172532784 · motif
· motif · 172532770–172532784 · motif
· motif · 172532815–172532826 · motif
· motif · 172532869–172532879 · motif
· motif · 172532908–172532919 · motif
· motif · 172532913–172532928 · motif
· motif · 172532920–172532928 · motif
· motif · 172532962–172532972 · motif
· motif · 172532989–172532999 · motif
· motif · 172533036–172533053 · motif
· motif · 172533399–172533415 · motif
· motif · 172534337–172534349 · motif
· motif · 172535100–172535115 · motif
· motif · 172535105–172535117 · motif
· motif · 172535256–172535268 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:1254 aa
SUCO 產物長 1254 個胺基酸,具有 N 端訊號序列(第 1–29 位)、SUN domain(第 284–453 位)及螺旋型跨膜區(第 1011–1031 位)。資料另註記多段預測為無序的區域,分布於第 58–88、118–270、282–304、530–553、583–605、759–788 及 1152–1172 位。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SUCO 被註記為粗面內質網膜上的單次跨膜 I 型膜蛋白。 此資料描述的是 SUCO 本身的膜定位與跨膜型態,未提供定位隨條件改變或異構型差異的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SUCO 被註記為胚胎晚期骨骼塑形所必需,並在出生後成骨細胞成熟期間調節 type I collagen 合成。來源以相似性作為此功能敘述的依據,因此應保留其推定性,不視為直接證實的機制。 | 推論支持 | 證據與來源Required for bone modeling during late embryogenesis. Regulates type I collagen synthesis in osteoblasts during their postnatal maturation (By similarity) |
| 細胞定位 | SUCO 被定位於粗面內質網膜,並註記為單次跨膜 I 型膜蛋白。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
ATGGGGCGGCAGTGGCGGCTGCAGGAGGCGGGCGTGGACG40AGCCGGTGGCTGCAGCGGCGGCGGTCCCCGGAGTCCTGTG80AAGCGCCCCTGTCCGCGCCTCTGTGGGGCCCTCAGAGAGG120GCTGCCAGGACGCGAGCCACTGAGGAGCCGCTCAGCCAGC160GCCATAGCCCTTAGGACTATCGGTCACATTCTCGCGCTCC200TGCTCCGGCTCCTCCATCTTGGCCTCGGCAGTGGCGGCTG240CCGGGAGGATGTGCCGCCTTCTGGCAGGGGGAAGAAGGAG280GAGAAGATGAAGAAGCACCGGCGGGCCTTGGCCCTGGTCT320CCTGCCTCTTTCTGTGCTCTCTGGTCTGGCTTCCCAGCTG360GCGTGTATGTTGTAAAGAGAGTTCTTCAGCTTCAGCGTCA400TCATATTACTCTCAAGATGACAACTGCGCACTAGAAAATG440AAGATGTACAATTCCAGAAAAAGGATGAAAGAGAGGGACC480TATCAATGCCGAATCATTGGGAAAATCAGGTTCAAATTTA520CCTATTTCTCCAAAAGAACATAAATTAAAAGATGATTCTA560TTGTGGATGTACAAAATACAGAGTCAAAAAAGTTAAGTCC600ACCGGTGGTGGAGACACTCCCTACAGTTGATTTGCATGAA640GAGTCTTCCAATGCAGTTGTGGACAGTGAAACTGTTGAAA680ATATTTCCAGCTCATCTACCTCAGAAATCACTCCAATCTC720AAAGCTTGATGAAATAGAAAAATCTGGTACTATTCCGATA760GCCAAACCAAGTGAAACTGAGCAGTCTGAAACTGATTGTG800ATGTTGGTGAGGCCCTTGATGCTAGTGCTCCAATTGAACA840ACCTTCCTTTGTCAGTCCACCTGACAGCCTTGTTGGCCAG880CATATAGAAAATGTATCATCTTCACATGGTAAAGGAAAGA920TAACAAAATCAGAATTTGAATCAAAAGTTTCAGCAAGTGA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。