基因總覽
SUCLG2 是蛋白質編碼基因,其產物為 succinate-CoA ligase GDP-forming subunit beta,屬於 succinate/malate CoA ligase beta subunit 家族中的 GTP-specific subunit beta 分支。此蛋白質為 GTP-specific succinyl-CoA synthetase 的 β 次單元,與 α 次單元組成異源二聚體。蛋白質全長 432 個胺基酸,具有粒線體轉運胜肽,並含 ATP-grasp 結構域;這些特徵描述其蛋白質組成與家族歸屬。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000307227 ★ | 67,374,719–67,654,612 | 11 |
| ENST00001115966 | 67,240,707–67,654,630 | 12 |
| ENST00001130828 | 67,240,707–67,654,630 | 9 |
| ENST00001115967 | 67,357,269–67,654,630 | 12 |
| ENST00001115968 | 67,357,448–67,654,630 | 12 |
| ENST00001115969 | 67,358,590–67,654,630 | 12 |
| ENST00000493112 | 67,360,460–67,654,630 | 11 |
| ENST00000906413 | 67,373,485–67,654,630 | 10 |
| ENST00000460567 | 67,374,719–67,528,222 | 5 |
| ENST00000951870 | 67,374,719–67,654,630 | 11 |
| ENST00001040529 | 67,374,719–67,654,630 | 11 |
| ENST00001092390 | 67,374,719–67,654,630 | 8 |
顯示 12/25 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SUCLG2 的蛋白質產物是 GTP-specific succinyl-CoA synthetase 的 β 次單元,參與檸檬酸循環(TCA)。該酵素催化 succinyl-CoA 水解,並與 GTP 合成相偶聯;這是 TCA 中唯一的受質層級磷酸化步驟。反應可表示為 GTP、succinate 與 CoA 生成 succinyl-CoA、GDP 與 phosphate,亦即 succinate 與 CoA 轉為 succinyl-CoA 時伴隨 GTP 消耗及 GDP、磷酸生成。
β 次單元負責酵素的核苷酸專一性,並結合受質 succinate;CoA 與 phosphate 的結合位置則位於 α 次單元。這些分工說明反應所需的不同受質與核苷酸辨識由異源二聚體的不同次單元提供。每個次單元結合一個 Mg(2+) 離子。
除 succinyl-CoA 相關反應外,該酵素也能以 GTP 專一性催化 itaconyl-CoA synthetase 與 malyl-CoA synthetase 反應。來源並將其功能列於碳水化合物代謝及 TCA 中由 succinyl-CoA 經 ligase 路徑生成 succinate 的步驟。上述不同反應共同呈現此蛋白質所在酵素在有機酸與 CoA 形式轉換中的催化範圍;其中次單元對核苷酸專一性的作用,依來源所述為相似性推定。
Promoter 與基因調控
>SUCLG2 ENST00000307227 GRCh38 chr3:67654512-67655612 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GCTTTTATTCCCTTATTTGGCCCCACCCTCATCCTGCTGATTGGTCCATTTTACAGAGTGCCAATTGGTC CATTTTACAGAGTGCTGATTGGTCCCTTTTTAAAGAGTGCTGATTGGTGCATTTACAAACGTTTAGCTAG ACACAGAGCGCTGATTGGTGCGTTTTTACAGAGTGCCGATTGGTGTGTTTACAAACCTTTAGCCAGACAC AGAGCACTGATTGGTGCATTTACAATCCTTTAGCTAACAGAAAAGTTCTCCAAGTCCCCACCTGATTAGC TAGACACAGAGGGCTGGCTGGTGTATTTACAAACCTTTAGCTAGACACAGAGCGCTGATTGGTGCATTTA CAATCATTTAGCTAGACAGAGAAGTTCTCCAAGTCCCCAACCGACCCACCCGGCTTCATCTCTCAGCTTT ACATTGATTTTAGGTTAAGGATAGAACAAAACAAAACACCCACAACTCCTTAAGGGATGGAGAGCCTCCA ATGGCCTCTCCTTGACTCACCTGAAGCCCTGGGCTGCAGGAACCTCACCTGTCTCTATTCGTTAAAGTCT CAGCTCAAACACCACTGTCCCAGATAGGCCTCGTGACCGCAGGACTAGACCACGGTTCTCTGCGGAGGGC GTCAGCTCCGTGAGCCACCCTTCCAGCACCCACTGCCATGGCGAATATTTGCTTGTTTGGCCATCCAGGG ACTGTTTGAGCCCCAAGACCGCAGGGCTCGGGGTCTGTCTTTGCTCAGGACGATAACCTGGGGACTGGAC AGTAGGCCCTCAGGCCTTGGGACCGCTCAAAGTGAACCGGGGCCGGGTGGGGGACCCAGGGCTCTGCAGC CTTAAGAACGCCTGTGCCCCCGGGACGCAGGGGTCAGGCCCGGCCCGGCCCAGACCGCCTCTGCCTCCTC CTCCTTTTCCTCCCCGCGCCCGCTTCTCCTCTGACCCCTCCTCCCGCTGCTCCTCCTCCGCCTCCTTCCC CTGCCCGCGCCCGCCCTACTGCCCCGTGCCGAGTTTCCTGTTTAAGATGGCGTCCCCCGTAGCAGCGCAG GCCGGGAAGCTTCTGCGAGCCCTAGCGCTGCGGCCCCGCTTCCTGGCGGCC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SUCLG2_1 ↗ | 3:67,654,602 | 負股 | 67,654,592–67,654,651 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR3_9ZT2W · promoter · 67654095–67654595 · regulatory
ENSR3_9ZT33 · promoter · 67654597–67655057 · regulatory
ENSR3_9ZT37 · promoter · 67655143–67655643 · regulatory
ENSR3_BHFJ7 · enhancer · 67655644–67656514 · regulatory
· motif · 67650253–67650267 · motif
· motif · 67653383–67653395 · motif
· motif · 67653452–67653463 · motif
· motif · 67653987–67654009 · motif
· motif · 67653987–67654009 · motif
· motif · 67654023–67654032 · motif
· motif · 67654077–67654093 · motif
· motif · 67654086–67654095 · motif
· motif · 67654086–67654095 · motif
· motif · 67654088–67654104 · motif
· motif · 67654088–67654104 · motif
· motif · 67654227–67654237 · motif
· motif · 67654406–67654418 · motif
· motif · 67654408–67654415 · motif
· motif · 67654488–67654501 · motif
· motif · 67654639–67654652 · motif
· motif · 67654663–67654675 · motif
· motif · 67654665–67654672 · motif
· motif · 67654733–67654745 · motif
· motif · 67654736–67654743 · motif
· motif · 67654882–67654897 · motif
· motif · 67654937–67654947 · motif
· motif · 67655590–67655605 · motif
· motif · 67655590–67655605 · motif
· motif · 67655653–67655668 · motif
· motif · 67655660–67655668 · motif
· motif · 67655775–67655787 · motif
· motif · 67655777–67655784 · motif
· motif · 67655959–67655974 · motif
· motif · 67655972–67655994 · motif
· motif · 67655972–67655994 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:432 aa
蛋白質全長為 432 個胺基酸;第 1–37 位為粒線體轉運胜肽,第 46–274 位註記為 ATP-grasp 結構域。此蛋白質屬於 succinate/malate CoA ligase beta subunit 家族中的 GTP-specific subunit beta 分支。
蛋白質三維結構
細胞內定位
其序列第 1–37 位註記為粒線體轉運胜肽;來源未提供定位變動條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- HSCBQ8IWL3 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- SUCLG1P53597 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SUCLG2 的 β 次單元與 α 次單元形成異源二聚體。此複合體中,β 次單元決定對 GTP 的專一性;來源未進一步指出特定實體結合夥伴或其他互作關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 6 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | GTP-specific succinyl-CoA synthetase 參與檸檬酸循環,將 succinyl-CoA 水解與 GTP 合成偶聯,構成循環中唯一的受質層級磷酸化步驟。β 次單元提供核苷酸專一性並結合 succinate;CoA 與 phosphate 的結合位置在 α 次單元。該酵素也能以 GTP 專一性催化 itaconyl-CoA synthetase 與 malyl-CoA synthetase 反應;次單元分工的描述屬相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源GTP-specific succinyl-CoA synthetase functions in the citric acid cycle (TCA), coupling the hydrolysis of succinyl-CoA to the synthesis of GTP and thus represents the only step of substrate-level phosphorylation in the TCA. The beta subunit provides nucleotide specificity of the enzyme and binds the substrate succinate, while the binding sites for coenzyme A and phosphate are found in the alpha subunit (By similarity). Also able to act as a GTP-specific itaconyl- and malyl-CoA synthetase PMID 40108300 ↗ |
| 分子活性 | GTP + succinate + CoA = succinyl-CoA + GDP + phosphate | 含實驗來源 | |
| 分子活性 | 此蛋白質每個次單元結合一個 Mg(2+) 離子。來源僅提供每個次單元的結合數量,未描述結合條件、實驗系統或此離子結合所造成的功能結果。 | 資料庫紀錄 | |
| 分子活性 | 來源將此蛋白質相關反應列於碳水化合物代謝與三羧酸循環,並標示為經由 ligase 路徑由 succinyl-CoA 生成 succinate 的步驟。該路徑所列步驟數為一步中的一步,未提供其他條件或實驗細節。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Carbohydrate metabolism; tricarboxylic acid cycle; succinate from succinyl-CoA (ligase route): step 1/1 |
| 交互作用 | 該酵素由 α 次單元與 β 次單元組成異源二聚體。β 次單元負責決定酵素對 GTP 的專一性;來源未提供其他次單元特性或更具體的分子互作資訊。 | 推論支持 | 證據與來源Heterodimer of an alpha and a beta subunit. The beta subunit determines specificity for GTP |
| 細胞定位 | 來源將 SUCLG2 蛋白質定位於粒線體,未提供其他亞細胞位置、定位改變條件或不同異構型之間的定位差異。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GCCCCGTGCCGAGTTTCCTGTTTAAGATGGCGTCCCCCGT40AGCAGCGCAGGCCGGGAAGCTTCTGCGAGCCCTAGCGCTG80CGGCCCCGCTTCCTGGCGGCCGGGTCCCAGGCAGTTCAAT120TAACCTCCAGAAGATGGCTGAACCTGCAGGAATACCAGAG160CAAGAAACTGATGTCTGACAACGGAGTGAGAGTTCAAAGA200TTCTTTGTAGCAGACACTGCAAATGAAGCTCTCGAGGCTG240CTAAGAGACTAAATGCAAAAGAAATTGTTTTAAAAGCCCA280GATCTTAGCTGGAGGAAGAGGAAAAGGTGTCTTCAATAGT320GGTTTGAAAGGAGGTGTTCATTTAACAAAAGACCCTAATG360TTGTGGGACAGCTGGCTAAACAGATGATTGGGTACAATCT400AGCGACAAAACAAACTCCAAAAGAAGGTGTGAAAGTTAAC440AAGGTGATGGTTGCTGAAGCCTTGGATATTTCCAGAGAAA480CCTACCTGGCAATTCTGATGGACCGGTCCTGCAATGGCCC520CGTGCTGGTGGGCAGCCCCCAGGGGGGCGTCGACATTGAA560GAGGTGGCTGCTTCAAACCCGGAGCTCATTTTTAAGGAGC600AAATTGACATTTTTGAAGGAATAAAGGACAGCCAAGCTCA640GCGGATGGCCGAAAATCTAGGCTTCGTTGGGCCTTTGAAA680AGCCAGGCTGCAGATCAAATTACGAAGCTGTATAATCTCT720TCCTGAAAATTGATGCTACTCAGGTGGAAGTGAATCCCTT760TGGTGAAACTCCAGAAGGACAAGTTGTCTGTTTTGATGCC800AAGATAAACTTTGATGACAACGCAGAATTCCGACAAAAAG840ACATATTTGCTATGGACGACAAATCAGAGAATGAGCCCAT880TGAAAATGAAGCTGCCAAATATGATCTAAAATACATAGGA920CTAGATGGGAACATTGCCTGCTTTGTGAATGGTGCTGGGC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。