基因總覽
STX8 是一個蛋白質編碼基因,產物 syntaxin 8 屬於 syntaxin 家族,為囊泡運輸相關蛋白。其功能註解指出它參與早期分泌途徑,並可能與細胞內膜系統之間的運輸有關。蛋白質具有單次穿膜的第四型膜蛋白架構:大部分區域位於細胞質側,另有短小區段位於囊泡側。這種拓樸配置是 syntaxin 8 的基本結構特徵。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000306357 ★ | 9,250,471–9,575,820 | 8 |
| ENST00000574431 | 9,250,471–9,575,837 | 7 |
| ENST00000951848 | 9,250,471–9,575,864 | 5 |
| ENST00001042558 | 9,250,471–9,575,864 | 8 |
| ENST00001099902 | 9,250,471–9,575,864 | 5 |
| ENST00001135461 | 9,250,471–9,575,864 | 8 |
| ENST00001108213 | 9,490,553–9,575,864 | 5 |
| ENST00000573016 | 9,505,148–9,576,591 | 6 |
顯示 8/8 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
syntaxin 8 是囊泡運輸蛋白,來源註記將其功能置於早期分泌途徑。這表示它與細胞內膜系統間的運輸過程相關,但現有資料沒有進一步說明它在此途徑中的具體作用方式或運輸貨物。
另一項可能功能是介導由順面高基氏體膜返回內質網的逆向運輸。此作用以「可能」描述,因此應視為推定,而非已確立的機制;資料也未提供其發生條件、所需分子或實驗觀察細節。
因此,現有功能資訊支持的重點是 syntaxin 8 與囊泡運輸及早期分泌途徑的關聯,以及它可能參與順面高基氏體至內質網的逆向運輸。來源未進一步界定這些作用的分子步驟或更廣泛的生物學後果。
Promoter 與基因調控
>STX8 ENST00000306357 GRCh38 chr17:9575720-9576820 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CTACACGTCCTCCGAATTCCTAAACCAGCCAGCCCAAAGATGCTGGAGGCCTCACCATTGAAGCCGATCA CGGCGTCAAGTTCCAGCTCCGCCACTTGGGCCTCCGGCGAAATTTTGTTATCCATCCTTGGGAGGTTCTG ATTACTTTGCTCTCCTCCCTAGTGGCTGCAGCGTCTTCTGGTCGTTATGGTAACGGACGAGCGCATGCGC TCCAGCTCCACGCCCGCGCAGAAACCCAGCCTGCCGAGTTCGAGTTCATTAGCATTCTTGGAAATGAAGG GGTATGGGGACTGGAAGAGAGATGGGGTGGGACTCCTCTTCTTTTTTTTTGTGCTATTTCTCTGGAAATT TAGGGGATGGCACTAACTGCGCAGAACTAATTCCTCCATCCCCTTGTGTAGAGTCTGTGACTTCTTAGTA ACTCTAAAATCAAGCACCGAATGAATGGCATTTAAAAAATATGTAATCAGGCGTACAGGACTGATAGGAA GGCTGCTATAAAAAATATATATAATTGATACTTCTTTGGGCCCCTGTTTGGAGCAGTGTGAAAAAAATTT TAAAGATTTTTTAAAAAGCGTTGAGGTATAATTTACATATCATAAAGTTAACTTAAAGTAGGTTGTAGTG AGTTTACGCAGCGTGCAAGTCTCACCGCAATCTAGTGTTTTGTTTATTGTTTTGTTTTTGAAGCAGGATA AATTTTTAAGTAACTGCTACAGAGAGGTCTTGCAGCGCTCCCACCTTCCTGGGAAAATGCTTTGTTTCTA TTTAACAATTTTAACTGAGCTTAGCAGTTCGCGTCTCTTGGTGGGAGTAGATTGCTCCAGTGTACTGTCC GCAGGGGAGCGCTTTGCTTTCTCTGATTATAGTTCTGAGGCCCTAGCTACTCACTTTGCAAACTCCAGGC TCCGGTCGCGCACGGGACGAACTGCGGGGAGTGAGCCGCGCGGGCCGCCGTAGTCAGCTGCTAAGAGCAG GAAGAGTCCGAGCGGCGGGCGGAGTCTGCAGGATGGCACCGGACCCCTGGTGAGTCCCGGGTGAGGGCGG CGGTGCGTGGAGGGACCTTCGGGGAGGCCGGGCTTCCGGAGAGCAGGCAAT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| STX8_1 ↗ | 17:9,575,820 | 負股 | 9,575,810–9,575,869 |
| STX8_2 ↗ | 17:9,576,591 | 負股 | 9,576,581–9,576,640 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR17_B3WBC · enhancer · 9575180–9575809 · regulatory
ENSR17_B3WBG · promoter · 9575810–9576692 · regulatory
ENSR17_548S23 · CTCF_binding_site · 9576149–9576170 · regulatory
ENSR17_B3WBK · enhancer · 9576693–9577642 · regulatory
ENSR17_548S7K · CTCF_binding_site · 9577339–9577360 · regulatory
· motif · 9575759–9575775 · motif
· motif · 9576003–9576014 · motif
· motif · 9576151–9576167 · motif
· motif · 9576591–9576602 · motif
· motif · 9576591–9576602 · motif
· motif · 9576610–9576621 · motif
· motif · 9576610–9576621 · motif
· motif · 9577341–9577357 · motif
· motif · 9577750–9577759 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:236 aa
syntaxin 8 全長 236 個胺基酸,屬於 syntaxin 家族。其第 1–215 位胺基酸區段位於細胞質,第 216–232 位形成螺旋狀穿膜區,作為第四型膜蛋白的錨定段;第 233–236 位位於囊泡側。第 145–207 位含有 t-SNARE coiled-coil homology 結構域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
syntaxin 8 是單次穿膜蛋白,主要與早期內體相關;依相似性推定,它也較少出現在晚期內體、細胞膜與被覆小窩。
未繪示構造:Membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 66 個夥伴
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STX8 與 STX7、VTI1B、VAMP8 形成 SNARE 複合體,並屬於含有 STX7、VAMP8 與 VTI1B 的 SNARE 核心複合體;該複合體參與晚期內體的同型融合。另有依相似性註記的互作:STX8 與 VAMP8、HECTD3 及 TPC1 互作。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | STX8 是參與囊泡運輸的蛋白質,功能與早期分泌途徑相關;它可能藉由介導順面高基氏體膜至內質網的逆向運輸發揮作用。此運輸機制以可能性描述,並非確定的功能結論。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Vesicle trafficking protein that functions in the early secretory pathway, possibly by mediating retrograde transport from cis-Golgi membranes to the ER |
| 交互作用 | STX8 與 STX7、VTI1B、VAMP8 形成 SNARE 複合體,並屬於包含 STX7、VAMP8、VTI1B 的 SNARE 核心複合體;該複合體參與晚期內體的同型融合。此外,STX8 與 VAMP8、HECTD3、TPC1 的互作均以相似性證據註記。 | 推論支持 | 證據與來源Forms a SNARE complex with STX7, VTI1B and VAMP8 which functions in the homotypic fusion of late endosomes. Part of the SNARE core complex containing STX7, VAMP8 and VTI1B. Interacts with VAMP8 (By similarity). Interacts with HECTD3 (By similarity). Interacts with TPC1 (By similarity) |
| 細胞定位 | STX8 是單次穿膜的第四型膜蛋白,主要與早期內體相關;依相似性推定,它也少量存在於晚期內體、細胞膜及被覆小窩。早期內體是其偏好的定位,其他位置則屬較次要的分布。 | 推論支持 | 證據與來源Membrane / Single-pass type IV membrane protein; Preferentially associated with the early endosome. To a lesser extent, also present in late endosome, the plasma membrane and coated pits (By similarity) |
核酸與蛋白質序列
GGAGTCTGCAGGATGGCACCGGACCCCTGGTTCTCCACAT40ACGATTCTACTTGTCAAATTGCCCAAGAAATTGCTGAGAA80AATTCAACAACGAAATCAATATGAAAGAAAAGGTGAAAAG120GCACCAAAGCTTACCGTGACAATCAGAGCTTTGTTGCAGA160ACCTGAAGGAAAAGATCGCCCTTTTGAAGGACTTATTGCT200AAGAGCTGTGTCAACACATCAGATAACACAGCTTGAAGGG240GACCGAAGACAGAACCTCTTGGATGATCTTGTAACTCGAG280AGAGACTACTTCTGGCATCCTTTAAGAATGAGGGTGCCGA320ACCAGATCTAATCAGGTCCAGCCTGATGAGTGAAGAGGCT360AAGCGAGGAGCACCCAACCCTTGGCTCTTTGAGGAGCCAG400AGGAGACCAGAGGCTTGGGTTTTGATGAAATCCGGCAACA440GCAGCAGAAAATTATCCAAGAACAGGACGCAGGCCTTGAT480GCCCTTTCCTCTATCATAAGTCGCCAAAAACAAATGGGGC520AGGAAATTGGGAATGAATTGGATGAACAAAATGAGATAAT560TGACGACCTTGCCAACCTAGTGGAGAACACAGATGAAAAA600CTTCGCAATGAAACCAGGCGGGTAAACATGGTGGACAGAA640AGTCAGCCTCTTGTGGGATGATCATGGTGATTTTACTGCT680GCTTGTGGCTATCGTGGTTGTTGCAGTCTGGCCGACCAAC720TGATGGCAGTAAAGAGACCACCAGCAGTGACACCTGCCAA760TGACAGATGCAAGCCCAACACCCTTTTGGTACGCAAAACC800TGCTCTCAATAAATTCCCCCAAAGCTCTGA830cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。