基因總覽
STX7 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 syntaxin 7。其產物參與細胞內膜系統相關過程;現有資料描述它可能參與從質膜到早期內體的蛋白質運輸,也與內吞胞器融合及內體間的運輸有關。這些資料提供的是功能概述,未說明該基因產物的其他基本分子特徵。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000367941 ★ | 132,445,867–132,513,116 | 10 |
| ENST00001130746 | 132,409,374–132,513,315 | 3 |
| ENST00001139390 | 132,445,867–132,513,315 | 10 |
| ENST00000862289 | 132,452,625–132,512,853 | 10 |
| ENST00000862290 | 132,457,915–132,512,805 | 10 |
| ENST00000942368 | 132,457,932–132,513,315 | 8 |
| ENST00000862291 | 132,459,023–132,513,315 | 11 |
| ENST00000862292 | 132,459,513–132,513,315 | 4 |
| ENST00000942369 | 132,459,514–132,513,116 | 10 |
| ENST00000862293 | 132,460,583–132,513,999 | 10 |
| ENST00000367937 | 132,461,714–132,513,315 | 10 |
顯示 11/11 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
syntaxin 7 可能參與內吞路徑中的蛋白質運輸與膜融合。資料指出,它可能協助蛋白質由質膜運送至早期內體,也可能參與內吞胞器之間的同型融合;「可能參與」反映來源所保留的不確定性。
此外,syntaxin 7 介導由早期內體前往晚期內體及溶酶體的內吞運輸。這項作用將內吞貨物在不同胞器間的移動與後續路徑連結起來;來源未進一步說明其所運送的特定貨物或調控方式。
Promoter 與基因調控
>STX7 ENST00000367941 GRCh38 chr6:132513016-132514116 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TGTGTTCCTTCAATGATTGAAATGTTTCTTCCTACGTTCACCAGCCACTTCCTAATTCTCAAGTACAATG CACTACTTTCAGTTCTTTATTTACTTGAACTTTGTGTAACAGGTGACATCATGGACAATTCCCTCCTTTT TTCCTTCATTCTCTAGTTTACCTTTTCCTGGTTTATTTCCTATCTTGTGGGTTACTCGTTTTCAGGGTTA TTCTTTCTCTGTCCATCTCTCTTAAGCAGACAACATTCCACACTTAGTGTTGGTGAGTTCCAATCAGAAT TCTATCCTGGGTTTTGTTTTTTTCCACCTAAGTGCGTCTGGACTTTTGATATCACCTATCCGGGTAATCA TTTTAGAAAATAGTGTTGCCTTAATATAGGCAAAGGCTAAGCCAATCTATCTTCTAATTAATTTGGAGAG GGCTTTCTTTCATTTGTAGCAATTGATGCTTTTCATCTAACAATTACAATATATTTGCATATTTATCATT GGAACTGTCTCTGCTTGTTTTAAACCCTGTGAAAACTACGCCCTGCTTTTCAGGAATGCTTAGAATGACT TGTATGTACTAGGAAAACTTGTTTACAAGTGAGCACCCAGAGATGACTCTTCACTTATTCCTTCATTGTT CCTGCTAGGATTGTGTACTCGCCTTTGCATTTTTCGATAGAGCTGTCAACGCGATCTACTGCAGTTAAAG GTTAGCAAACAAGACAGGCAAGAGCTAATGGGGCGGGGTGAAGACCCGCGTGCAAGAAGGCTGGCTTCAC CAGATAAAGAAGACAACTGTCCTCCATTCTGTCCTTTTTTGCACGCAGGCTAAGAGGCGTTCACCATCTC TACGTCAGGCTTCAAAGAACAGCTCCCTTGCAATTTTGCTGATACCCCCATTCCTTAGCTTGGAACCGGA GGGGCGGTGAGGGCCGCTGTCACTCAGCCCCGCGGGCCAATAGAAAAGGGGTGAACCCCGCCTTCTTCCT GAGTTGTGCTGCGGGCATGCGCACTGGGCGTCCCCACGCCACCGCCCATCAGCTGAGAATTGCAGCTGAG GGCTCCGGGGTAGGTGGGTGACGGCGGTCGGAGGTGTAGGAGGGAGCCGTG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| STX7_1 ↗ | 6:132,513,116 | 負股 | 132,513,106–132,513,165 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR6_BZB37 · enhancer · 132510988–132511783 · regulatory
ENSR6_CH62N · enhancer · 132511930–132513105 · regulatory
ENSR6_5366JL7 · CTCF_binding_site · 132512365–132512386 · regulatory
ENSR6_5366JNR · CTCF_binding_site · 132512921–132512942 · regulatory
ENSR6_BZB3H · promoter · 132513106–132513688 · regulatory
· motif · 132510482–132510497 · motif
· motif · 132510482–132510497 · motif
· motif · 132511325–132511341 · motif
· motif · 132511325–132511341 · motif
· motif · 132511336–132511352 · motif
· motif · 132511336–132511352 · motif
· motif · 132511411–132511426 · motif
· motif · 132511713–132511728 · motif
· motif · 132511750–132511762 · motif
· motif · 132511752–132511774 · motif
· motif · 132511752–132511774 · motif
· motif · 132512290–132512301 · motif
· motif · 132512293–132512308 · motif
· motif · 132512367–132512383 · motif
· motif · 132512557–132512570 · motif
· motif · 132512567–132512580 · motif
· motif · 132512606–132512619 · motif
· motif · 132512609–132512624 · motif
· motif · 132512615–132512627 · motif
· motif · 132512617–132512624 · motif
· motif · 132512617–132512632 · motif
· motif · 132512714–132512727 · motif
· motif · 132512923–132512939 · motif
· motif · 132512932–132512949 · motif
· motif · 132512987–132513000 · motif
· motif · 132513029–132513038 · motif
· motif · 132513114–132513125 · motif
· motif · 132513114–132513125 · motif
· motif · 132513234–132513245 · motif
· motif · 132513993–132514006 · motif
· motif · 132513993–132514006 · motif
· motif · 132514058–132514071 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:261 aa
syntaxin 7 屬於 syntaxin family,全長 261 個胺基酸。其第 2–238 位胺基酸位於細胞質側,第 239–259 位形成跨膜螺旋,作為單次跨膜蛋白的錨定區;第 260–261 位位於囊泡側。第 165–227 位具有 t-SNARE coiled-coil homology domain;第 129–148 位則註解為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
syntaxin 7 位於早期內體膜,註解為單次跨膜的 type IV membrane protein。 資料未提供其在不同條件下的定位變化或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 43 個夥伴
- ANKS6Q68DC2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- AQP6Q13520 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ARL13BQ3SXY8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CERS4Q9HA82 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CISD2Q8N5K1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CREB3L1Q96BA8 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- CYBRD1Q53TN4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EBPQ15125 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ELOVL5Q9NYP7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM174AQ8TBP5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM210BQ96KR6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FKBP7Q9Y680 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GJC3Q8NFK1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HSD17B11Q8NBQ5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HSD17B13Q7Z5P4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- JAGN1Q8N5M9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LIME1Q9H400 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LSMEM2Q8N112 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- MFFQ9GZY8-5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MGST3O14880 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MRM1Q6IN84 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MTUS1Q9ULD2-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- REEP1Q9H902 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RETREG3Q86VR2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RIC3Q7Z5B4-5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
syntaxin 7 與 VTI1B、STX8 和 VAMP8 形成 SNARE 複合體,參與晚期內體的同型融合。它也被列為由 STX7、STX8、VAMP7 和 VTI1B 組成的 SNARE 複合體成員;此複合體被描述為晚期內體與溶酶體異型融合所需,並標註為依相似性推定。另有資料記載 syntaxin 7 與 VPS11、VPS16、VPS18、VPS33A 及 TPC1 互作;TPC1 的互作同樣標註為依相似性推定。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | syntaxin 7 可能參與由質膜至早期內體的蛋白質運輸,也可能參與內吞胞器的同型融合;此外,它介導由早期內體前往晚期內體及溶酶體的內吞運輸。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源May be involved in protein trafficking from the plasma membrane to the early endosome (EE) as well as in homotypic fusion of endocytic organelles. Mediates the endocytic trafficking from early endosomes to late endosomes and lysosomes |
| 交互作用 | syntaxin 7 與 VTI1B、STX8、VAMP8 形成參與晚期內體同型融合的 SNARE 複合體;另為 STX7、STX8、VAMP7、VTI1B 複合體成員,該複合體依相似性推定為晚期內體與溶酶體異型融合所需。syntaxin 7 亦與 VPS11、VPS16、VPS18、VPS33A 及 TPC1 互作;TPC1 互作依相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Forms a SNARE complex with VTI1B, STX8 and VAMP8 which functions in the homotypic fusion of late endosomes. Component of the SNARE complex composed of STX7, STX8, VAMP7 and VTI1B that is required for heterotypic fusion of late endosomes with lysosomes (By similarity). Interacts with VPS11, VPS16 and VPS18. Interacts with VPS33A. Interacts with TPC1 (By similarity) PMID 11382755 ↗ |
| 細胞定位 | syntaxin 7 定位於早期內體膜,並註解為單次跨膜的 type IV membrane protein。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GCACTGGGCGTCCCCACGCCACCGCCCATCAGCTGAGAAT40TGCAGCTGAGGGCTCCGGGGTAGGTGGGTGACGGCGGTCG80GAGGTGTAGGAGGGAGCCGTGGAGGTCCAGGTGACTGCTT120AGAAAACTGCACAGCATCTGATGAAATTAGCGAATAAGAA160CATCAACCATGTCTTACACTCCAGGAGTTGGTGGTGACCC200CGCCCAGTTGGCCCAGAGGATCTCTTCTAACATCCAGAAG240ATCACACAGTGTTCTGTGGAAATACAAAGAACTCTGAATC280AACTTGGAACACCTCAAGATTCACCTGAATTGAGGCAACA320GTTGCAACAGAAGCAGCAGTATACTAACCAGCTTGCCAAA360GAAACAGATAAGTACATTAAAGAGTTTGGATCTCTGCCCA400CCACCCCCAGTGAACAGCGTCAAAGGAAAATACAGAAGGA440TCGCTTAGTGGCAGAGTTCACAACATCACTGACAAACTTC480CAGAAGGTCCAGAGGCAGGCTGCTGAGCGAGAGAAAGAGT520TTGTTGCTCGAGTAAGAGCCAGTTCCAGAGTGTCTGGCAG560TTTTCCTGAGGACAGCTCAAAAGAAAGGAATCTTGTATCC600TGGGAAAGCCAAACTCAACCTCAAGTGCAGGTGCAGGATG640AAGAAATTACAGAGGATGACCTCCGTCTTATTCATGAGAG680AGAATCTTCTATCAGGCAACTTGAAGCTGATATTATGGAT720ATTAATGAAATATTTAAAGATTTGGGAATGATGATTCATG760AACAAGGAGATGTAATAGATAGCATAGAAGCCAATGTGGA800AAATGCAGAGGTGCACGTTCAGCAAGCAAATCAGCAGCTG840TCAAGGGCAGCAGATTATCAGCGCAAATCCAGAAAAACCC880TGTGCATCATCATTCTTATCCTTGTCATTGGAGTTGCGAT920TATCAGTCTCATCATATGGGGATTGAACCACTGAAGTTAT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。