演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

STX10hsyn10

syntaxin 10

STX10 編碼 syntaxin 10,屬於 syntaxin 家族,是參與胞內體至 trans-Golgi network 囊泡運輸的 SNARE。

Homo sapiens19p13.13UniProt O60499
OFFICIAL SYMBOL
STX10
CHROMOSOME
19
UNIPROT
O60499
PDB / ALPHAFOLD
4DND
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

STX10 是蛋白質編碼基因,產物為 syntaxin 10,屬於 syntaxin 家族。syntaxin 10 是 SNARE 蛋白,參與胞內體與 trans-Golgi network 之間的囊泡運輸。其蛋白質全長 249 個胺基酸,包含細胞質區域與膜錨定區,並具有 t-SNARE coiled-coil homology 結構域。

Official symbol
STX10
Gene name
syntaxin 10
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:11428
UniProt
O60499
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
hsyn10SYN10

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1919p13.13
chr19 · 58,617,616 bp · GRCh38chr19p13.3 · 1–6900000 · gnegchr19p13.2 · 6900001–12600000 · gpos25chr19p13.13 · 12600001–13800000 · gnegchr19p13.12 · 13800001–16100000 · gpos25chr19p13.11 · 16100001–19900000 · gnegchr19p12 · 19900001–24200000 · gvarchr19p11 · 24200001–26200000 · acenchr19q11 · 26200001–28100000 · acenchr19q12 · 28100001–31900000 · gvarchr19q13.11 · 31900001–35100000 · gnegchr19q13.12 · 35100001–37800000 · gpos25chr19q13.13 · 37800001–38200000 · gnegchr19q13.2 · 38200001–42900000 · gpos25chr19q13.31 · 42900001–44700000 · gnegchr19q13.32 · 44700001–47500000 · gpos25chr19q13.33 · 47500001–50900000 · gnegchr19q13.41 · 50900001–53100000 · gpos25chr19q13.42 · 53100001–55800000 · gnegchr19q13.43 · 55800001–58617616 · gpos25STX10pq1 bp58,617,616 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr19:13,144,058–13,150,383
Gene span
6,326 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000587230 ★13,144,058–13,150,3758
ENST0000034358713,144,058–13,150,3757
ENST0000096422113,144,058–13,150,3758
ENST0000096422213,144,058–13,150,3757
ENST0000096422313,144,058–13,150,3758
ENST0000096422413,144,058–13,150,3758
ENST0000098361613,144,058–13,150,3759
ENST0000102869613,144,059–13,150,3757
ENST0000058731813,144,062–13,149,8857
ENST0000024277013,144,062–13,150,3758
ENST0000058908313,144,062–13,150,3757
ENST0000059312613,144,271–13,149,8397

顯示 12/15 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

syntaxin 10 是參與囊泡運輸的 SNARE,作用路徑連接晚期胞內體與 trans-Golgi network。現有資料支持其參與這兩個區域之間的囊泡運輸,但未提供更細節的分子步驟或運輸方向。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 13150375 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>STX10 ENST00000587230 GRCh38 chr19:13150275-13151375 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TTCCCCCCTAAAATACCCTTCCCAAACTCGTCCCCATTCAACGATGGTGCCAGACTGCGACGACCTGCCG
AAGACGCAGGCCGTCCCCACCCCGCTAACCTTACCACGGAGACCCCACAATGATTTCCCCAGCCCAGGCG
CTATCTCTGAGACCCCACGCAGCAACTCTGACGCGCAAGGGGGCGACCCTCCGAGGACTCCCTCAGATAA
CCCGCCCACCCTCCAGGGGAGACCAGGCCCCCTATCACTCAAAAAAAGTGCTTTCCCGAAGCTCCCCAAC
ACACAGCGCCACTGTCACACATAGGGACGACCCTGAGTCCCTCCGCTGATATTCCTGGCCCCTACCCAGA
CGGAGACCCCACACACAGAGGGCCCCCCTGGAGACCATCCTCAAAGCCACCACCCGCTACCCCCAGGCTC
GCACCCAGAAAGACTCCGCGCTTCTGAAGAAACCCACCTCCACGCACTTTCTCAAAGGTGACCTCCCCCC
GCTGCTGGCATATCTGGGACCCCCTCACGACCACCTCGCCCCAAGGCGACCTCGAAGTGCCCCCAACTCC
GCCACTTCTCAGGAAAGAGATTGGGAGAATGCGGCAGAACTCCCCGGAGGAGCAGGCCCGCTCCTCACCG
CGCCCCCGCAGGGAGAAGGGAGGACCACCTCTCCCCCAGACCCTAGCCAAACCTGACACTCGGGACCCTG
GGATGGGACGATCTCCCAGGTGCCAGCTCAGGGAGTCCATGAAAAGCTTCAACGAATCGAATGAGCCCCT
TCCCCAGCCATAATACCCAGCCGCCAGAGATGAGGGAGGCTATCATTATTTACATTGCCCGTGCCTGGAA
GGGAAACTGAAGTTGCGCAGGAACAATCCGAGGAACTGGGCCTTGAACCGAAATTCCGAACTCGGACCCG
AATAGGCCCAGACAGAACTCCGACACCGCCCCCTACGGTGCGGCACGAGAGGGCTAAGGGGCGGGGGCAT
GTGCACCGGAAGCTGCCTCTGCCCACAACCAAGATGGCTGAGGAGAGGGCGGAAGTGTCCGCACGTCGGG
CCTCCGAGGCTTCTCTTTCTCCCCTGGCGGTCCGGCTCTCGATGGTGGCGT
STX10 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
STX10_1 ↗19:13,150,285負股13,150,275–13,150,334

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR19_977W4 · enhancer · 13146819–13147180 · regulatory

ENSR19_8DFRG · enhancer · 13147355–13147537 · regulatory

ENSR19_977X3 · promoter · 13150168–13150425 · regulatory

ENSR19_977XG · promoter · 13151485–13151985 · regulatory

ENSR19_B4LGS · enhancer · 13151986–13152902 · regulatory

ENSR19_977XW · promoter · 13152903–13153403 · regulatory

ENSR19_977Z9 · promoter · 13154183–13154683 · regulatory

· motif · 13149602–13149615 · motif

· motif · 13149607–13149619 · motif

· motif · 13149609–13149616 · motif

· motif · 13149639–13149652 · motif

· motif · 13149639–13149652 · motif

· motif · 13150257–13150270 · motif

· motif · 13150261–13150271 · motif

· motif · 13150263–13150276 · motif

· motif · 13150339–13150348 · motif

· motif · 13150339–13150350 · motif

· motif · 13150339–13150350 · motif

· motif · 13150382–13150391 · motif

· motif · 13150395–13150408 · motif

· motif · 13150399–13150409 · motif

· motif · 13150433–13150443 · motif

· motif · 13150521–13150541 · motif

· motif · 13151073–13151085 · motif

· motif · 13151448–13151461 · motif

· motif · 13151453–13151465 · motif

· motif · 13151455–13151462 · motif

· motif · 13151700–13151709 · motif

· motif · 13151764–13151774 · motif

· motif · 13151786–13151796 · motif

· motif · 13151796–13151806 · motif

· motif · 13151801–13151811 · motif

· motif · 13151851–13151866 · motif

· motif · 13151851–13151866 · motif

· motif · 13151865–13151876 · motif

· motif · 13151867–13151876 · motif

· motif · 13151975–13151985 · motif

· motif · 13152048–13152059 · motif

· motif · 13152167–13152177 · motif

· motif · 13152209–13152220 · motif

· motif · 13152223–13152232 · motif

· motif · 13152223–13152232 · motif

· motif · 13152298–13152309 · motif

· motif · 13152642–13152651 · motif

· motif · 13153005–13153018 · motif

· motif · 13153005–13153018 · motif

· motif · 13153126–13153135 · motif

· motif · 13153261–13153276 · motif

· motif · 13153380–13153393 · motif

· motif · 13153383–13153395 · motif

· motif · 13153540–13153555 · motif

· motif · 13153540–13153557 · motif

· motif · 13153959–13153976 · motif

· motif · 13154022–13154035 · motif

· motif · 13154022–13154035 · motif

· motif · 13154113–13154122 · motif

· motif · 13154374–13154383 · motif

· motif · 13154375–13154383 · motif

· motif · 13154412–13154425 · motif

· motif · 13154486–13154501 · motif

· motif · 13154494–13154507 · motif

· motif · 13154585–13154598 · motif

· motif · 13154696–13154706 · motif

· motif · 13154938–13154948 · motif

· motif · 13154943–13154953 · motif

· motif · 13154949–13154964 · motif

· motif · 13155075–13155085 · motif

· motif · 13155241–13155251 · motif

· motif · 13155337–13155350 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:249 aa

1 aa249 aa結構域跨膜區拓樸區域
依 O60499 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

syntaxin 10 長 249 個胺基酸,屬於 syntaxin 家族。其第 2 至 228 位胺基酸位於細胞質,第 157 至 219 位包含 t-SNARE coiled-coil homology 結構域;第 229 至 249 位則是螺旋狀跨膜區,作為 IV 型膜蛋白的錨定區。

拓樸區域Cytoplasmic2–228 aa
跨膜區Helical; Anchor for type IV membrane protein229–249 aa
結構域t-SNARE coiled-coil homology157–219 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 4DND…

PDB · 4DND

X-ray · 1.40 A · A=1-108

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Golgi apparatus membrane

syntaxin 10 位於高基氏體膜,屬於單次穿膜的 IV 型膜蛋白。 現有資料未提供其定位變化條件或異構型差異。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 6 個夥伴 · 最多顯示 50 個
hsyn10STX10VPS51COQ8ACXorf66STX1ASTX4TMEM101
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 6 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

syntaxin 10 與 VPS52 有交互作用;現有資料未進一步說明這是直接結合,或提供其複合體組成與功能關係。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

3 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 3 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能syntaxin 10 是參與 SNARE 相關囊泡運輸的蛋白質,所述運輸發生於晚期胞內體與 trans-Golgi network 之間;資料未詳述運輸方向或具體分子步驟。含實驗來源
證據與來源

SNARE involved in vesicular transport from the late endosomes to the trans-Golgi network

PMID 18195106 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用資料指出 syntaxin 10 與 VPS52 有交互作用,但未提供此交互作用是否為直接結合、相關複合體組成,或其功能後果等資訊。含實驗來源
證據與來源

Interacts with VPS52

PMID 15878329 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位syntaxin 10 定位於高基氏體膜,並被註記為單次穿膜的 IV 型膜蛋白;資料未描述定位的變化條件或不同異構型的定位差異。推論支持
證據與來源

Golgi apparatus membrane / Single-pass type IV membrane protein

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 3 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000587230 · 1,304 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1GCCCACAACCAAGATGGCTGAGGAGAGGGCGGAAGTGTCC40
41GCACGTCGGGCCTCCGAGGCTTCTCTTTCTCCCCTGGCGG80
81TCCGGCTCTCGATGGTGGCGTGACGGGGGCGGGGGTGGCG120
121GCGCGTTCTCCTCGGTTGGGAGGGAACCAGCCCGCGAACC160
161CAGGCCGGGAGGGGGGTTCGGCCTGGGGGGGAAGGGACTG200
201ACATGTCTCTCGAAGACCCCTTTTTTGTAGTCCGAGGCGA240
241GGTGCAGAAGGCGGTGAACACGGCCCGCGGGCTGTACCAG280
281CGCTGGTGCGAGCTCCTGCAGGAAAGCGCGGCGGTCGGAC320
321GCGAGGAGCTGGACTGGACGACCAATGAGCTGCGGAATGG360
361CCTGCGCAGCATCGAGTGGGACCTCGAGGACCTGGAAGAG400
401ACCATCGGTATAGTGGAAGCCAACCCAGGCAAGTTCAAGC440
441TCCCAGCCGGGGACCTGCAGGAGAGAAAGGTGTTCGTGGA480
481GCGGATGCGAGAGGCAGTCCAGGAAATGAAGGACCATATG520
521GTCAGCCCAACAGCCGTAGCATTTTTGGAGAGGAATAACA560
561GAGAGATACTCGCAGGCAAGCCAGCTGCCCAGAAGTCACC600
601CAGCGACCTGCTGGATGCCAGCGCAGTCTCGGCCACATCT640
641CGCTACATCGAGGAGCAGCAGGCCACACAGCAGCTGATCA680
681TGGATGAACAGGATCAACAGCTGGAGATGGTGTCTGGGAG720
721CATCCAGGTTCTGAAGCACATGTCCGGCCGCGTTGGAGAA760
761GAGCTGGACGAGCAGGGCATCATGCTGGATGCCTTCGCCC800
801AAGAGATGGACCACACCCAGTCCCGCATGGACGGGGTCCT840
841CAGGAAGTTGGCCAAAGTATCCCACATGACGAGTGACCGC880
881CGACAGTGGTGTGCCATCGCCGTGCTAGTGGGGGTGCTTC920
921TCCTCGTTCTCATCTTACTATTCTCTCTCTGACCCCAGCC960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。