基因總覽
STX10 是蛋白質編碼基因,產物為 syntaxin 10,屬於 syntaxin 家族。syntaxin 10 是 SNARE 蛋白,參與胞內體與 trans-Golgi network 之間的囊泡運輸。其蛋白質全長 249 個胺基酸,包含細胞質區域與膜錨定區,並具有 t-SNARE coiled-coil homology 結構域。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000587230 ★ | 13,144,058–13,150,375 | 8 |
| ENST00000343587 | 13,144,058–13,150,375 | 7 |
| ENST00000964221 | 13,144,058–13,150,375 | 8 |
| ENST00000964222 | 13,144,058–13,150,375 | 7 |
| ENST00000964223 | 13,144,058–13,150,375 | 8 |
| ENST00000964224 | 13,144,058–13,150,375 | 8 |
| ENST00000983616 | 13,144,058–13,150,375 | 9 |
| ENST00001028696 | 13,144,059–13,150,375 | 7 |
| ENST00000587318 | 13,144,062–13,149,885 | 7 |
| ENST00000242770 | 13,144,062–13,150,375 | 8 |
| ENST00000589083 | 13,144,062–13,150,375 | 7 |
| ENST00000593126 | 13,144,271–13,149,839 | 7 |
顯示 12/15 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
syntaxin 10 是參與囊泡運輸的 SNARE,作用路徑連接晚期胞內體與 trans-Golgi network。現有資料支持其參與這兩個區域之間的囊泡運輸,但未提供更細節的分子步驟或運輸方向。
Promoter 與基因調控
>STX10 ENST00000587230 GRCh38 chr19:13150275-13151375 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TTCCCCCCTAAAATACCCTTCCCAAACTCGTCCCCATTCAACGATGGTGCCAGACTGCGACGACCTGCCG AAGACGCAGGCCGTCCCCACCCCGCTAACCTTACCACGGAGACCCCACAATGATTTCCCCAGCCCAGGCG CTATCTCTGAGACCCCACGCAGCAACTCTGACGCGCAAGGGGGCGACCCTCCGAGGACTCCCTCAGATAA CCCGCCCACCCTCCAGGGGAGACCAGGCCCCCTATCACTCAAAAAAAGTGCTTTCCCGAAGCTCCCCAAC ACACAGCGCCACTGTCACACATAGGGACGACCCTGAGTCCCTCCGCTGATATTCCTGGCCCCTACCCAGA CGGAGACCCCACACACAGAGGGCCCCCCTGGAGACCATCCTCAAAGCCACCACCCGCTACCCCCAGGCTC GCACCCAGAAAGACTCCGCGCTTCTGAAGAAACCCACCTCCACGCACTTTCTCAAAGGTGACCTCCCCCC GCTGCTGGCATATCTGGGACCCCCTCACGACCACCTCGCCCCAAGGCGACCTCGAAGTGCCCCCAACTCC GCCACTTCTCAGGAAAGAGATTGGGAGAATGCGGCAGAACTCCCCGGAGGAGCAGGCCCGCTCCTCACCG CGCCCCCGCAGGGAGAAGGGAGGACCACCTCTCCCCCAGACCCTAGCCAAACCTGACACTCGGGACCCTG GGATGGGACGATCTCCCAGGTGCCAGCTCAGGGAGTCCATGAAAAGCTTCAACGAATCGAATGAGCCCCT TCCCCAGCCATAATACCCAGCCGCCAGAGATGAGGGAGGCTATCATTATTTACATTGCCCGTGCCTGGAA GGGAAACTGAAGTTGCGCAGGAACAATCCGAGGAACTGGGCCTTGAACCGAAATTCCGAACTCGGACCCG AATAGGCCCAGACAGAACTCCGACACCGCCCCCTACGGTGCGGCACGAGAGGGCTAAGGGGCGGGGGCAT GTGCACCGGAAGCTGCCTCTGCCCACAACCAAGATGGCTGAGGAGAGGGCGGAAGTGTCCGCACGTCGGG CCTCCGAGGCTTCTCTTTCTCCCCTGGCGGTCCGGCTCTCGATGGTGGCGT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| STX10_1 ↗ | 19:13,150,285 | 負股 | 13,150,275–13,150,334 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_977W4 · enhancer · 13146819–13147180 · regulatory
ENSR19_8DFRG · enhancer · 13147355–13147537 · regulatory
ENSR19_977X3 · promoter · 13150168–13150425 · regulatory
ENSR19_977XG · promoter · 13151485–13151985 · regulatory
ENSR19_B4LGS · enhancer · 13151986–13152902 · regulatory
ENSR19_977XW · promoter · 13152903–13153403 · regulatory
ENSR19_977Z9 · promoter · 13154183–13154683 · regulatory
· motif · 13149602–13149615 · motif
· motif · 13149607–13149619 · motif
· motif · 13149609–13149616 · motif
· motif · 13149639–13149652 · motif
· motif · 13149639–13149652 · motif
· motif · 13150257–13150270 · motif
· motif · 13150261–13150271 · motif
· motif · 13150263–13150276 · motif
· motif · 13150339–13150348 · motif
· motif · 13150339–13150350 · motif
· motif · 13150339–13150350 · motif
· motif · 13150382–13150391 · motif
· motif · 13150395–13150408 · motif
· motif · 13150399–13150409 · motif
· motif · 13150433–13150443 · motif
· motif · 13150521–13150541 · motif
· motif · 13151073–13151085 · motif
· motif · 13151448–13151461 · motif
· motif · 13151453–13151465 · motif
· motif · 13151455–13151462 · motif
· motif · 13151700–13151709 · motif
· motif · 13151764–13151774 · motif
· motif · 13151786–13151796 · motif
· motif · 13151796–13151806 · motif
· motif · 13151801–13151811 · motif
· motif · 13151851–13151866 · motif
· motif · 13151851–13151866 · motif
· motif · 13151865–13151876 · motif
· motif · 13151867–13151876 · motif
· motif · 13151975–13151985 · motif
· motif · 13152048–13152059 · motif
· motif · 13152167–13152177 · motif
· motif · 13152209–13152220 · motif
· motif · 13152223–13152232 · motif
· motif · 13152223–13152232 · motif
· motif · 13152298–13152309 · motif
· motif · 13152642–13152651 · motif
· motif · 13153005–13153018 · motif
· motif · 13153005–13153018 · motif
· motif · 13153126–13153135 · motif
· motif · 13153261–13153276 · motif
· motif · 13153380–13153393 · motif
· motif · 13153383–13153395 · motif
· motif · 13153540–13153555 · motif
· motif · 13153540–13153557 · motif
· motif · 13153959–13153976 · motif
· motif · 13154022–13154035 · motif
· motif · 13154022–13154035 · motif
· motif · 13154113–13154122 · motif
· motif · 13154374–13154383 · motif
· motif · 13154375–13154383 · motif
· motif · 13154412–13154425 · motif
· motif · 13154486–13154501 · motif
· motif · 13154494–13154507 · motif
· motif · 13154585–13154598 · motif
· motif · 13154696–13154706 · motif
· motif · 13154938–13154948 · motif
· motif · 13154943–13154953 · motif
· motif · 13154949–13154964 · motif
· motif · 13155075–13155085 · motif
· motif · 13155241–13155251 · motif
· motif · 13155337–13155350 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:249 aa
syntaxin 10 長 249 個胺基酸,屬於 syntaxin 家族。其第 2 至 228 位胺基酸位於細胞質,第 157 至 219 位包含 t-SNARE coiled-coil homology 結構域;第 229 至 249 位則是螺旋狀跨膜區,作為 IV 型膜蛋白的錨定區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
syntaxin 10 位於高基氏體膜,屬於單次穿膜的 IV 型膜蛋白。 現有資料未提供其定位變化條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 6 個夥伴
- VPS51Q9UID3-1 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- COQ8AQ8NI60 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CXorf66Q5JRM2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- STX1AQ16623 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- STX4Q12846 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TMEM101Q96IK0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
syntaxin 10 與 VPS52 有交互作用;現有資料未進一步說明這是直接結合,或提供其複合體組成與功能關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | syntaxin 10 是參與 SNARE 相關囊泡運輸的蛋白質,所述運輸發生於晚期胞內體與 trans-Golgi network 之間;資料未詳述運輸方向或具體分子步驟。 | 含實驗來源 | 證據與來源SNARE involved in vesicular transport from the late endosomes to the trans-Golgi network PMID 18195106 ↗ |
| 交互作用 | 資料指出 syntaxin 10 與 VPS52 有交互作用,但未提供此交互作用是否為直接結合、相關複合體組成,或其功能後果等資訊。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | syntaxin 10 定位於高基氏體膜,並被註記為單次穿膜的 IV 型膜蛋白;資料未描述定位的變化條件或不同異構型的定位差異。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GCCCACAACCAAGATGGCTGAGGAGAGGGCGGAAGTGTCC40GCACGTCGGGCCTCCGAGGCTTCTCTTTCTCCCCTGGCGG80TCCGGCTCTCGATGGTGGCGTGACGGGGGCGGGGGTGGCG120GCGCGTTCTCCTCGGTTGGGAGGGAACCAGCCCGCGAACC160CAGGCCGGGAGGGGGGTTCGGCCTGGGGGGGAAGGGACTG200ACATGTCTCTCGAAGACCCCTTTTTTGTAGTCCGAGGCGA240GGTGCAGAAGGCGGTGAACACGGCCCGCGGGCTGTACCAG280CGCTGGTGCGAGCTCCTGCAGGAAAGCGCGGCGGTCGGAC320GCGAGGAGCTGGACTGGACGACCAATGAGCTGCGGAATGG360CCTGCGCAGCATCGAGTGGGACCTCGAGGACCTGGAAGAG400ACCATCGGTATAGTGGAAGCCAACCCAGGCAAGTTCAAGC440TCCCAGCCGGGGACCTGCAGGAGAGAAAGGTGTTCGTGGA480GCGGATGCGAGAGGCAGTCCAGGAAATGAAGGACCATATG520GTCAGCCCAACAGCCGTAGCATTTTTGGAGAGGAATAACA560GAGAGATACTCGCAGGCAAGCCAGCTGCCCAGAAGTCACC600CAGCGACCTGCTGGATGCCAGCGCAGTCTCGGCCACATCT640CGCTACATCGAGGAGCAGCAGGCCACACAGCAGCTGATCA680TGGATGAACAGGATCAACAGCTGGAGATGGTGTCTGGGAG720CATCCAGGTTCTGAAGCACATGTCCGGCCGCGTTGGAGAA760GAGCTGGACGAGCAGGGCATCATGCTGGATGCCTTCGCCC800AAGAGATGGACCACACCCAGTCCCGCATGGACGGGGTCCT840CAGGAAGTTGGCCAAAGTATCCCACATGACGAGTGACCGC880CGACAGTGGTGTGCCATCGCCGTGCTAGTGGGGGTGCTTC920TCCTCGTTCTCATCTTACTATTCTCTCTCTGACCCCAGCC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。