基因總覽
STRN 是蛋白質編碼基因,其產物 striatin 屬於 WD repeat striatin family。這是一種可結合 calmodulin 的支架蛋白,並構成 striatin-interacting phosphatase and kinase(STRIPAK)複合體的核心。蛋白質序列具有多個 WD 重複區,也含有 calmodulin-binding 區域、caveolin-binding 區域及 tankyrase-binding motif;部分區段則被註記為無序區。這些特徵構成 striatin 的基本分子組成,並與其支架蛋白身分相符。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000263918 ★ | 36,837,698–36,966,536 | 18 |
| ENST00000874611 | 36,837,698–36,966,625 | 17 |
| ENST00000874612 | 36,837,698–36,966,625 | 19 |
| ENST00000927774 | 36,837,698–36,966,625 | 18 |
| ENST00000950119 | 36,837,698–36,966,625 | 18 |
| ENST00000950120 | 36,837,698–36,966,625 | 20 |
| ENST00000950121 | 36,837,698–36,966,625 | 16 |
| ENST00000950122 | 36,837,698–36,966,625 | 17 |
| ENST00001140353 | 36,837,698–36,966,625 | 18 |
顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
striatin 是 STRIPAK 複合體的核心支架蛋白,能結合 calmodulin。STRIPAK 組合多種蛋白質,參與蛋白質去磷酸化與磷酸化的調節;藉由組成不同的複合體,striatin 所在的分子平台可連結磷酸酶、激酶及其他相關因子。來源指出,STRIPAK 對這些磷酸化狀態的調控具有關鍵作用,但未進一步限定 striatin 本身對各個作用步驟的直接貢獻。
STRIPAK 也被描述為多種訊息傳遞路徑的調節者,包括 Hippo、MAPK、核受體相關路徑,以及細胞骨架重塑。這些路徑涵蓋不同的細胞調控面向;現有資料支持 STRIPAK 參與其調節,並未提供各路徑中 striatin 直接作用的細節或方向,因此不宜將複合體層級的角色簡化為單一分子機制。
不同類型的 STRIPAK 複合體與多種生物過程相關,包括細胞生長、分化、凋亡、代謝及免疫調節。這些過程並非都由同一組成或同一作用方式支配;資料將其描述為不同 STRIPAK 類型所涉及的功能,並以「可能」表述這些關聯。因而,striatin 的功能意義主要在於作為複合體核心,參與協調蛋白質磷酸化調節及多路徑訊息,而非來源已明確證實的單一、固定下游效應。
Promoter 與基因調控
>STRN ENST00000263918 GRCh38 chr2:36966436-36967536 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TTTGTGATATTTGATTATACGCCAATCTTTGATGACAGAAACGATGTCATTTATCTTAATATTCCCAGCG CAAGAGAAAACCGATAATCAAAATATTTGTTCAATTAAGTAGAGTAAAAATCAGCGGGAATAAGATAGGA AAAATGAGACCGAAATAACAGAACATCTATTATTGGATGCTAAAACTTTTACAGGATTTACTGCAGGAGG ACTGCAAAGGGAAAGAAACTTCAACGGAGCAGTTTTTCAGATGGGCTGTCAACAAACCACAATTTGGAAG CAGCAGCAGAAAGCTGCGGCGTTGTCTTAGAAAGGTGATCGGCGTTCCTTAGAAATGAAAACTGGTCAGG TAACAGGTTTGAGCCCCTCGAGTCAAAAGAGAAAGGCAAGAGCGACAGCGACCCGCAGATTGGCAGAATG GAGGAGCGTCTAGGGTGAGAGAAACTCCGAACACGAAGCCGAAGCGAGAGCACGCAGGGCAGCTGGCGGG AGAACCCCGGTCCCGCGGCCGCACCGGGTAGCTCGCTTTGAGCCTGTTCCTTCACAGAACGGCCAGGAAG CCTTAAAAGATGTGCAGCTCGGGCAGGTATCTTGGCGTGACAACTTCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT GTGTGTGTTTTTGAATGCAACAGGGTGCGCCGCCCGCGAACTTCCGCGTGCGAGGAAGACTGGAGACCCG CCCGCCCGCGCCCAGCCGGCCCCAGAGGAAACCCGCTCTCCCCGCCCAGCCGGCCCCCTACGCGGCGAGC CGGGGCGGGGCGGGCCCGAGGCCACGCCCAAGCTGAGGCACAGCCCTACAGGCCGCCCGGGCCGCGCTAG CCCGCGCCCCGCCCCGCGACTACATTTCCCGGCAAGCCCCGGGCCGCCAGCGCGCCGCAGTTGACCCATT TCCCGGCCCGTCACGGGCTCGGCCGGCCCCCGCGCCCAGGAGGCTGCTCCCTGCTGACTGGGGTGTGGGC GGGAGCGGCGGAGGGAGGAGGAGGCGCTGCTTGCCGCCGCTGTTGCCTCCGCTGCTGGGCGCCGGGGCAG CTCCCCGGGTATCTGCGGCCGCCATGGACGAGCAGGCGGGTCCCGGCGTCT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| STRN_2 ↗ | 2:36,902,891 | 負股 | 36,902,881–36,902,940 |
| STRN_1 ↗ | 2:36,966,518 | 負股 | 36,966,508–36,966,567 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR2_9JN5D · enhancer · 36963136–36963431 · regulatory
ENSR2_9JN6D · promoter · 36966526–36967026 · regulatory
ENSR2_B9C4F · enhancer · 36968027–36968638 · regulatory
· motif · 36966293–36966304 · motif
· motif · 36966295–36966304 · motif
· motif · 36966336–36966349 · motif
· motif · 36966451–36966467 · motif
· motif · 36966460–36966470 · motif
· motif · 36966548–36966561 · motif
· motif · 36966552–36966562 · motif
· motif · 36966554–36966567 · motif
· motif · 36966558–36966568 · motif
· motif · 36966591–36966604 · motif
· motif · 36966627–36966639 · motif
· motif · 36966681–36966691 · motif
· motif · 36966731–36966744 · motif
· motif · 36966736–36966746 · motif
· motif · 36966756–36966766 · motif
· motif · 36966832–36966842 · motif
· motif · 36966857–36966868 · motif
· motif · 36966857–36966868 · motif
· motif · 36966924–36966935 · motif
· motif · 36966924–36966935 · motif
· motif · 36967265–36967273 · motif
· motif · 36967265–36967280 · motif
· motif · 36968252–36968265 · motif
· motif · 36968252–36968265 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:780 aa
striatin 長 780 個胺基酸,屬於 WD repeat striatin family。其序列含六個 WD 重複區(第 461–500、514–553、567–606、662–701、704–743 與 750–780 位),以及 caveolin-binding 區域(55–63 位)和 calmodulin-binding 區域(149–166 位)。第 302–309 位註記為 tankyrase-binding motif;第 124–150、289–310 與 365–387 位則標示為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
striatin 位於細胞質、周邊膜及樹突棘等細胞突起。 資料指出它是周邊膜蛋白,並將樹突棘分布的調節與 CTTNBP2 結合相連;這描述的是可能的調節關係,未提供定位隨條件變化的更多細節。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
未繪示構造:Membrane;Cell projection, dendritic spine。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 12 個夥伴
- CTTNBP2NLQ9P2B4 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- MOB4Q9Y3A3 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- PDCD10Q9BUL8 · UniProt INTERACTION · 7 experiments · 2 筆來源紀錄
- PPP2CAP67775 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- PPP2R1AP30153 · UniProt INTERACTION · 11 experiments · 2 筆來源紀錄
- RINT1Q6NUQ1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- STK24Q9Y6E0 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- STK25O00506 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- STRN3Q13033 · UniProt INTERACTION · 12 experiments
- TFIP11Q9UBB9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TNKS2Q9H2K2 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TRAF3IP3Q9Y228 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
striatin 是 STRIPAK 核心的一員;此複合體包含 PP2A catalytic 與 scaffolding subunits、作為 PP2A regulatory subunits 的 striatins、MOB4、STRIP1、STRIP2、PDCD10,以及 STE20 kinases 成員,例如 STK24 和 STK26。另有資料指出 striatin 與 CTTNBP2 互作,且此互作可能調節樹突棘分布;glutamate receptors 活化時,striatin 與 CTTNBP2 的互作會減弱。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | striatin 是可結合 calmodulin 的支架蛋白,並位於 STRIPAK 複合體核心。STRIPAK 參與蛋白質磷酸化與去磷酸化調節,也調節 Hippo、MAPK、核受體及細胞骨架重塑等訊息路徑。不同類型的 STRIPAK 複合體可能涉及細胞生長、分化、凋亡、代謝及免疫調節。 | 含實驗來源 | 證據與來源Calmodulin-binding scaffolding protein which is the center of the striatin-interacting phosphatase and kinase (STRIPAK) complexes. STRIPAK complexes have critical roles in protein (de)phosphorylation and are regulators of multiple signaling pathways including Hippo, MAPK, nuclear receptor and cytoskeleton remodeling. Different types of STRIPAK complexes are involved in a variety of biological processes such as cell growth, differentiation, apoptosis, metabolism and immune regulation (Probable) PMID 18782753 ↗ · PMID 26876214 ↗ |
| 交互作用 | striatin 是 STRIPAK 核心成員之一;該複合體包含 PP2A catalytic 與 scaffolding subunits、striatins、MOB4、STRIP1、STRIP2、PDCD10 及部分 STE20 kinases,例如 STK24、STK26。striatin 也與 CTTNBP2 互作,這項互作可能調節樹突棘分布;glutamate receptors 活化會削弱兩者的互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Part of the core of STRIPAK complexes composed of PP2A catalytic and scaffolding subunits, the striatins (PP2A regulatory subunits), the striatin-associated proteins MOB4, STRIP1 and STRIP2, PDCD10 and members of the STE20 kinases, such as STK24 and STK26. Interacts with CTTNBP2; this interaction may regulate dendritic spine distribution of STRN. Activation of glutamate receptors weakens the interaction with CTTNBP2 (By similarity) PMID 18782753 ↗ |
| 細胞定位 | striatin 位於細胞質、周邊膜及樹突棘等細胞突起。資料指出,與 CTTNBP2 結合可能調節 striatin 在樹突棘的分布,但未提供更多定位變化條件。 | 推論支持 | 證據與來源Cytoplasm; Membrane / Peripheral membrane protein; Cell projection, dendritic spine; CTTNBP2-binding may regulate dendritic spine distribution |
核酸與蛋白質序列
GAGGCGCTGCTTGCCGCCGCTGTTGCCTCCGCTGCTGGGC40GCCGGGGCAGCTCCCCGGGTATCTGCGGCCGCCATGGACG80AGCAGGCGGGTCCCGGCGTCTTCTTCAGCAACAACCACCC120GGGCGCCGGCGGTGCCAAGGGGCTCGGGCCTCTGGCGGAG160GCTGCCGCGGCCGGCGACGGGGCGGCTGCGGCGGGGGCGG200CCCGAGCCCAGTACAGTCTCCCGGGGATCCTGCACTTCCT240GCAGCACGAGTGGGCCCGCTTCGAGGTGGAGAGAGCCCAG280TGGGAGGTGGAGCGGGCGGAGCTGCAGGCCCAGATTGCCT320TCCTGCAGGGAGAAAGGAAGGGCCAAGAAAATTTGAAGAA360GGATCTTGTGAGGAGGATCAAAATGTTGGAGTATGCTCTT400AAACAGGAAAGAGCCAAATACCACAAGTTGAAATACGGGA440CAGAATTGAATCAGGGAGATATGAAGCCTCCAAGCTATGA480TTCTGATGAAGGTAATGAAACAGAAGTGCAGCCACAACAA520AACAGCCAGTTAATGTGGAAACAAGGTCGACAACTACTCA560GACAGTATCTACAGGAGGTGGGTTATACAGATACTATTCT600AGATGTGAAATCTAAACGAGTGCGAGCTTTGTTGGGCTTT640TCAAGTGATGTCACGGACAGGGAAGATGACAAAAATCAGG680ACTCAGTTGTAAATGGCACAGAGGCTGAAGTTAAAGAGAC720AGCAATGATTGCAAAATCTGAGTTAACAGATTCTGCCTCC760GTGCTGGATAATTTCAAATTCCTTGAAAGTGCAGCTGCAG800ATTTCAGTGATGAAGATGAAGATGATGATGTTGATGGAAG840AGAGAAAAGCGTCATTGATACTTCAACAATTGTTAGGAAA880AAAGCATTGCCTGACAGCGGTGAAGATCGAGATACAAAAG920AAGCTCTAAAGGAGTTTGACTTCTTGGTTACATCAGAGGA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。