基因總覽
STK10(serine/threonine kinase 10)是蛋白質編碼基因,產物屬於 protein kinase 超家族中的 STE Ser/Thr protein kinase 家族,並歸於 STE20 亞家族。其蛋白質長 968 個胺基酸,具有蛋白激酶結構域;序列中另有多段預測為無序的區域。這些基本特徵界定了 STK10 作為激酶的分子身分,而其受質磷酸化及相關細胞功能則另見下方說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000176763 ★ | 172,042,079–172,188,224 | 19 |
| ENST00000877786 | 172,042,079–172,188,411 | 19 |
| ENST00000877787 | 172,042,079–172,188,411 | 18 |
| ENST00000877788 | 172,042,079–172,188,411 | 18 |
| ENST00000877789 | 172,042,079–172,188,411 | 19 |
| ENST00000877790 | 172,042,079–172,188,411 | 20 |
| ENST00000916144 | 172,042,079–172,188,411 | 18 |
| ENST00000916145 | 172,042,079–172,188,411 | 18 |
| ENST00000916146 | 172,042,079–172,188,411 | 19 |
| ENST00001132032 | 172,042,079–172,188,411 | 19 |
| ENST00000520476 | 172,044,668–172,061,168 | 7 |
| ENST00001113273 | 172,111,860–172,188,411 | 5 |
顯示 12/12 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
STK10 是絲胺酸/蘇胺酸蛋白激酶,參與淋巴球移動的調控。它可磷酸化 ERM 蛋白,例如 MSN;此磷酸化作用與 STK10 調節淋巴球移動的功能相關。酵素反應中,STK10 利用 ATP 將蛋白質上的絲胺酸或蘇胺酸磷酸化,並產生 ADP 與 H⁺。
除了與淋巴球移動相關的作用,STK10 也被描述為 MAP3K1/MEKK1 的負向調節因子。這項功能關係指出 STK10 對 MAP3K1/MEKK1 活性具有抑制方向的調控,但來源未進一步提供其作用機制或細胞情境,因此不宜延伸解讀。
STK10 可能也參與細胞週期調控,方式是作為 polo kinase kinase,促進 PLK1 磷酸化。相關磷酸化已在體外觀察到,但其是否在體內發生仍需更多證據;因此,STK10 對 PLK1 的作用及其細胞週期意義目前仍帶有不確定性,不能視為已在生理情境中確立的功能。
Promoter 與基因調控
>STK10 ENST00000176763 GRCh38 chr5:172188124-172189224 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CTCCTTAGATTCAGGTAAAAGCATGTTATAACCGTCTATAGGACAAACAGGCAACAGTAGCAGTGAAGTG ACTCAAGTAGCCAGGATCGAGAATGAAGGTGCTCAAAGAAGACTTTAGTTTGATCTGTATGTAGTGCGCT CATCTTTTTTGAAACTAGGAAATTAAAAATTAGAATAAAGTTTTTATTTAATATGCAAATACATCCGCAA ACCCATCAGGAAACATAAGAGAAATCAGTGCCAAAGGAGCTCTTTCTCCCAGCCCTCTAATCCTGGCAGG TTTGTGGATCGTGGACGGGGAGCCCCTGGAAAGGACCGCGCCGGGAAGCCGGGCCCTGCAGGGACTGGCC GCGGCTGCACCGGCGTTGCCCGTCGCACACTAGGAGGCAGCACCGCGCCGAGGAACCCGCAGCAGACGGG CAGCCAGCGTGTGTGCCTGGGGCGAGTGCCCTCGCCTGCCGGCGTCCCCATCGGAAAAGTGGGGGCGAGG GCAGCCTAGCGGAATAGCTGCGGGAGGATTAAATGAACGAGTGCAGGTTCACCTTCTGGGCGCTGACAAC GATCCGTGGGCTCTCGCGAAATGCCAAGTCGCCGTCCCGCTTGCTCCCATAAAAGTTTTGGGAGCCACGC GGCGCGGCGGGCGGGCTCCTGAGTCCATGAGCGGTCCCACCGAGCGGTCCCCGAAGCTTCCCCAAAGCCC AGCCCGCGGCTCGCGGAGCGTGGTGTGGGGGGACTACAGTTTCCAGAGTGCCCTGCGGCGACGGGCGGAG CCGGGGAGCGCCCGCAGCCAATTAGGGGGTCCCGGGGCTCTGCCGGGGAGCGGCGGGTGGAGCCGGGCCG GTGGGCGGGCGCGGGGACGGTCCCCTGGAACGGGTCCGAGGCTCTCGCAGGCAGGGCTGGGCCGGGCAGG AGCTGCGAGGCCGGCACAAGGGAGGCGGCCCTGGGGACCTGACAGGGCGGGGGCGGGGGCGGGCACGCCG CCGCCTGCGCGGTTCCGGGTGCTCCCGGCGCGGCGCTGCCCAGGGCACACTTGACCGAGGTCGGGCTGCG GGGAAAGGCGGGTCTGGGGAGAACCCCGAGAGACGCGGCGTCCTCCAACTC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| STK10_1 ↗ | 5:172,188,196 | 負股 | 172,188,186–172,188,245 |
| STK10_2 ↗ | 5:172,188,336 | 負股 | 172,188,326–172,188,385 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR5_94JC94 · enhancer · 172184927–172185284 · regulatory
ENSR5_B396M5 · enhancer · 172185492–172186057 · regulatory
ENSR5_CM4BN · enhancer · 172186532–172188213 · regulatory
ENSR5_53HHHN5 · CTCF_binding_site · 172187874–172187895 · regulatory
ENSR5_94JCB3 · promoter · 172188214–172188714 · regulatory
ENSR5_53HHHSK · CTCF_binding_site · 172188832–172188853 · regulatory
· motif · 172184611–172184624 · motif
· motif · 172184909–172184931 · motif
· motif · 172184909–172184931 · motif
· motif · 172185076–172185089 · motif
· motif · 172185076–172185089 · motif
· motif · 172185515–172185537 · motif
· motif · 172185515–172185537 · motif
· motif · 172185622–172185639 · motif
· motif · 172185771–172185782 · motif
· motif · 172185840–172185855 · motif
· motif · 172185936–172185949 · motif
· motif · 172185938–172185949 · motif
· motif · 172185940–172185949 · motif
· motif · 172186195–172186206 · motif
· motif · 172186197–172186206 · motif
· motif · 172187630–172187639 · motif
· motif · 172187655–172187668 · motif
· motif · 172187723–172187734 · motif
· motif · 172187876–172187892 · motif
· motif · 172187882–172187897 · motif
· motif · 172187920–172187933 · motif
· motif · 172187933–172187955 · motif
· motif · 172187933–172187955 · motif
· motif · 172187936–172187945 · motif
· motif · 172188090–172188107 · motif
· motif · 172188230–172188247 · motif
· motif · 172188238–172188251 · motif
· motif · 172188252–172188265 · motif
· motif · 172188258–172188271 · motif
· motif · 172188276–172188289 · motif
· motif · 172188364–172188377 · motif
· motif · 172188834–172188850 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:968 aa
STK10 蛋白長 968 個胺基酸,屬於 protein kinase 超家族的 STE Ser/Thr protein kinase 家族與 STE20 亞家族。其 protein kinase 結構域位於第 36–294 位胺基酸,activation segment 位於第 175–224 位。另有多段區域被註記為無序,包括第 337–411、425–490、668–690、827–865、910–929 及 944–968 位胺基酸。
蛋白質三維結構
細胞內定位
STK10 被註記為細胞膜上的周邊膜蛋白;來源未提供其定位隨條件改變或不同異構型之間差異的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
STK10 可形成同源二聚體,且同源二聚化是其 activation segment 發生自體磷酸化所必需。這是蛋白質組裝與活化相關的證據;來源未指出其他結合夥伴或複合體。
疾病與遺傳關聯
來源將 STK10 與睪丸生殖細胞腫瘤(TGCT)列為疾病關聯,並指出影響該基因的變異可能造成此病,但未提供特定變異或因果機制。TGCT 約占男性睪丸腫瘤的 95%,涵蓋多種病理亞型,包括 seminoma、embryonal carcinoma、yolk sac tumor、choriocarcinoma 與 teratoma 等。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 6 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | STK10 是絲胺酸/蘇胺酸蛋白激酶,參與淋巴球移動調控,並可藉由磷酸化 MSN 等 ERM 蛋白發揮作用。它是 MAP3K1/MEKK1 的負向調節因子。STK10 也可能作為 polo kinase kinase 參與細胞週期調控,並在體外促進 PLK1 磷酸化;此作用是否在體內發生仍需更多證據。 | 含實驗來源 | 證據與來源Serine/threonine-protein kinase involved in regulation of lymphocyte migration. Phosphorylates MSN, and possibly PLK1. Involved in regulation of lymphocyte migration by mediating phosphorylation of ERM proteins such as MSN. Acts as a negative regulator of MAP3K1/MEKK1. May also act as a cell cycle regulator by acting as a polo kinase kinase: mediates phosphorylation of PLK1 in vitro; however such data require additional evidence in vivo PMID 11903060 ↗ · PMID 12639966 ↗ · PMID 19255442 ↗ |
| 分子活性 | L-seryl-[protein] + ATP = O-phospho-L-seryl-[protein] + ADP + H(+) | 含實驗來源 | |
| 分子活性 | L-threonyl-[protein] + ATP = O-phospho-L-threonyl-[protein] + ADP + H(+) | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | STK10 可形成同源二聚體,而同源二聚化是 activation segment 自體磷酸化所必需的。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer; homodimerization is required for activation segment autophosphorylation PMID 18239682 ↗ |
| 細胞定位 | STK10 位於細胞膜,並被註記為周邊膜蛋白。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | 來源指出,影響 STK10 的變異可能造成睪丸生殖細胞腫瘤(TGCT),但未列出特定變異。TGCT 約占男性所有睪丸腫瘤的 95%,病理亞型包括未分類的曲細精管內生殖細胞腫瘤、seminoma(含有合體滋養層細胞者)、精母細胞型 seminoma、胚胎癌、卵黃囊瘤、絨毛膜癌及畸胎瘤。 | 含實驗來源 | 證據與來源Testicular germ cell tumor TGCT A common malignancy in males representing 95% of all testicular neoplasms. TGCTs have various pathologic subtypes including: unclassified intratubular germ cell neoplasia, seminoma (including cases with syncytiotrophoblastic cells), spermatocytic seminoma, embryonal carcinoma, yolk sac tumor, choriocarcinoma, and teratoma. The disease may be caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 273300 PMID 16175573 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GCTCCCGGCGCGGCGCTGCCCAGGGCACACTTGACCGAGG40TCGGGCTGCGGGGAAAGGCGGGTCTGGGGAGAACCCCGAG80AGACGCGGCGTCCTCCAACTCCTCCTCCTTCTCCTCGCGG120CCGCCGAAGCCACAGCCCGAGCCCGAGCCCGAGCCCGAGC160CGGCGCCACCGCGCCCCCGGCCATGGCTTTTGCCAATTTC200CGCCGCATCCTGCGCCTGTCTACCTTCGAGAAGAGAAAGT240CCCGCGAATATGAGCACGTCCGCCGCGACCTGGACCCCAA280CGAGGTGTGGGAGATCGTGGGCGAGCTGGGCGACGGCGCC320TTCGGCAAGGTTTACAAGGCCAAGAATAAGGAGACGGGTG360CTTTGGCTGCGGCCAAAGTCATTGAAACCAAGAGTGAGGA400GGAGCTGGAGGACTACATCGTGGAGATTGAGATCCTGGCC440ACCTGCGACCACCCCTACATTGTGAAGCTCCTGGGAGCCT480ACTATCACGACGGGAAGCTGTGGATCATGATTGAGTTCTG520TCCAGGGGGAGCCGTGGACGCCATCATGCTGGAGCTGGAC560AGAGGCCTCACGGAGCCCCAGATACAGGTGGTTTGCCGCC600AGATGCTAGAAGCCCTCAACTTCCTGCACAGCAAGAGGAT640CATCCACCGAGATCTGAAAGCTGGCAACGTGCTGATGACC680CTCGAGGGAGACATCAGGCTGGCTGACTTTGGTGTGTCTG720CCAAGAATCTGAAGACTCTACAGAAACGAGATTCCTTCAT760CGGCACGCCTTACTGGATGGCCCCCGAGGTGGTCATGTGT800GAGACCATGAAAGACACGCCCTACGACTACAAAGCCGACA840TCTGGTCCCTGGGCATCACGCTGATTGAGATGGCCCAGAT880CGAGCCGCCACACCACGAGCTCAACCCCATGCGGGTCCTG920CTAAAGATCGCCAAGTCGGACCCTCCCACGCTGCTCACGC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。