基因總覽
STAU1 的正式名稱為 staufen double-stranded RNA binding protein 1，是一種蛋白質編碼基因，其產物屬於雙股 RNA 結合蛋白。蛋白質長 577 個胺基酸，含有三個 double-stranded RNA-binding motif（DRBM），並有兩段被註記為無序區域。這些結構特徵與其結合 RNA 的性質相符；來源亦指出它能結合 tubulin。STAU1 的基本角色涉及 RNA 與細胞骨架成分的聯繫，並有感染相關的病毒顆粒生成作用報告。其具體分子作用及感染情境中的相關關係詳見功能與交互作用說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000371856 ★ | 49,113,339–49,188,334 | 14 |
| ENST00000371828 | 49,113,324–49,188,367 | 13 |
| ENST00000340954 | 49,113,324–49,188,367 | 14 |
| ENST00000347458 | 49,113,324–49,188,367 | 12 |
| ENST00000360426 | 49,113,324–49,188,367 | 13 |
| ENST00000371792 | 49,113,324–49,188,367 | 12 |
| ENST00000371802 | 49,113,324–49,188,367 | 12 |
| ENST00000851259 | 49,113,324–49,188,417 | 15 |
| ENST00000851260 | 49,113,324–49,188,417 | 13 |
| ENST00000851261 | 49,113,324–49,188,417 | 15 |
| ENST00000851262 | 49,113,324–49,188,417 | 14 |
| ENST00000851263 | 49,113,324–49,187,108 | 14 |
顯示 12/30 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
STAU1 可結合雙股 RNA，且該結合不受 RNA 序列限制；它也能結合 tubulin。來源提出，STAU1 可能藉由連結細胞骨架與 RNA 成分，協助特定 mRNA 移至細胞內指定位置，並促進 mRNA 在該處翻譯。這項描述包含「可能」的功能表述，指出其作用不只在 RNA 結合，也可能涉及 RNA 的細胞內定位與局部蛋白質生成。
在微生物感染情境中，STAU1 被報告參與多種病毒顆粒的生成，包括 HIV-1、HERV-K、Ebola virus 與 influenza virus。來源所述的作用方式，是與參與病毒顆粒出芽過程的不同病毒蛋白互相作用。這些資料說明 STAU1 在感染相關過程中的角色，但未將其描述為所有病毒共通或唯一的顆粒生成因子。
Promoter 與基因調控
>STAU1 ENST00000371856 GRCh38 chr20:49188234-49189334 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CCCTCTCTCCAACCTCCCATACAATACAGCTGCTAAAAACCACTTAGTTTATCTAGGTCTGGGTGAAATA AATAGTAATCTGGCACTTCTCGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACCA GTGTCTCTTTGTCGCCAAGGCTGGAGTGCAGCGGCGCGATCTCAGCTCACTGCAATCTCCGCCTCCCGGG TTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGTTTACCTACAGGCGCCCGCCACCACGCCCGGC TAATTTTTTGTATTTTCAGTAGAGACGGGGGTTTCACCGTGGTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCTTGACC TAGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCCGGGATTAGAGGCCTGAGCCAACGCGCCCGGGCCATT GTCTTTTATCTCACTACACATTTTTCAATTTTATTTATTGTGTATTTTACTTACACAAGAATGTAAGCTC CACGAGGGCAGGGATTTTTGTCAGTTCACCACTACATTCTTAGCTCTTGGAGCAATGCCTTGCATATGGC AAGCATTTAATGAACATTTACAGATGGAGGAAGAAACAACTGCAGGAAGGAGAGAAAGGAAGGCCAGAGG CAGGACAAGAGGAAGAAGCGACAGCAAGGAAGGAAAAAGGAAGTGGAGGAGGAAAGAAGGTAGGCTGGGT TCTCCCAGACCCGCTTCGAGTCCAGCAGGCAGCGCGAAACTCCCACCAGAACTACAACTCCCGGCAGGCC CCGGGACTCAGGACGGGCCGCTGCGGTCCAGGCGGGACAGGGCGCTCCTCCCGCTGGGCCCCCGGCGTGC CTTGCGAGCGCAGGCTCCGCCGCAGTGCCAGCCGGAACTTGTGGTTCGGACCGTGGGTGGGGGTGGGGCC GGGGCCGGGCCTGGAGGCGGGCGGGGGCCGGGGGCGGGCGCCTGCCCCTCCCCCGTCACTTCCTGCCGGG CTGCGGGCGCCTGAGCGGCTCTTCAGCGTTTGCGCCGGCGGCTGCCGCGTCTCTCTCGGCTCCCGCTTCC TTTGACCGCCTCCCCCCCCCGGCCCGGCGGCGCCCGCCTCCTCCACGGCCA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| STAU1_1 ↗ | 20:49,188,334 | 負股 | 49,188,324–49,188,383 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR20_C6TR5 · enhancer · 49186482–49188323 · regulatory
ENSR20_BCQKD · promoter · 49188324–49188857 · regulatory
· motif · 49183614–49183625 · motif
· motif · 49186858–49186870 · motif
· motif · 49187861–49187870 · motif
· motif · 49188283–49188297 · motif
· motif · 49188359–49188368 · motif
· motif · 49188387–49188400 · motif
· motif · 49188527–49188544 · motif
· motif · 49188660–49188671 · motif
· motif · 49188660–49188671 · motif
· motif · 49188660–49188673 · motif
· motif · 49188688–49188701 · motif
· motif · 49189656–49189670 · motif
· motif · 49189656–49189670 · motif
· motif · 49189663–49189674 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：577 aa
STAU1 蛋白質長 577 個胺基酸，包含三個 double-stranded RNA-binding motif：DRBM 1 位於第 72–162 個胺基酸，DRBM 2 位於第 184–251 個胺基酸，DRBM 3 位於第 286–354 個胺基酸。第 34–55 與第 360–397 個胺基酸區段則被註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
STAU1 的定位註記包括細胞質與粗面內質網，並另記載其僅與粗面內質網定位。 來源未提供兩項定位描述之間的條件或差異，因此不據此推定定位變化的原因或動態。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 18 個夥伴
- ADARB1P78563-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- APPP05067-4 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- CFTRP13569 · UniProt INTERACTION · 13 experiments
- GLRX3O76003 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- IGF2BP1Q9NZI8 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- LONRF1Q17RB8 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- NKRFO15226 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NXT1Q9UKK6 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- PRKRAO75569 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- RPL7AP62424 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- RPLP0P05388 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- STRBPQ96SI9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UPF1Q92900 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- ZMAT3Q9HA38 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- Klf4Q60793 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- NSP03496 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- SNF8Q96H20 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- gagP04591 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
STAU1 可結合 tubulin，並以低親和力結合單股 RNA 或 DNA 同聚物。它與 CASC3 的互作依賴 RNA，但此項資訊標示為依相似性推定。STAU1 也被辨識於 mRNP 複合體中，該複合體至少包含 DHX9、DDX3X、ELAVL1、HNRNPU、IGF2BP1、ILF3、PABPC1、PCBP2、PTBP2、STAU1、STAU2、SYNCRIP 與 YBX1；這項複合體紀錄不等同於其中所有成員均與 STAU1 直接結合。感染情境下，STAU1 分別與 HERV-K rec 及 gag 蛋白、HIV-1 GAG polyprotein、influenza virus NS1 protein，以及 Ebola virus NP、VP30 和 VP35 互作。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 8 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | STAU1 可結合不受序列限制的雙股 RNA，也能結合 tubulin。它可能藉由連結細胞骨架與 RNA 成分，協助 mRNA 移至細胞內特定位置，並促進 mRNA 在該位置進行翻譯；此定位與翻譯作用以可能性描述。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Binds double-stranded RNA (regardless of the sequence) and tubulin. May play a role in specific positioning of mRNAs at given sites in the cell by cross-linking cytoskeletal and RNA components, and in stimulating their translation at the site |
| 功能 | 在微生物感染情境中，STAU1 參與多種病毒的顆粒生成，所列病毒包括 HIV-1、HERV-K、Ebola virus 與 influenza virus。來源描述其作用方式為與參與病毒顆粒出芽過程的不同病毒蛋白互相作用。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Plays a role in virus particles production of many viruses including of HIV-1, HERV-K, ebola virus and influenza virus. Acts by interacting with various viral proteins involved in particle budding process PMID 10325410 ↗ · PMID 18498651 ↗ · PMID 23926355 ↗ · PMID 30301857 ↗ |
| 交互作用 | STAU1 可結合 tubulin，並以低親和力結合單股 RNA 或 DNA 同聚物；與 CASC3 的互作依賴 RNA，且此互作標示為依相似性推定。STAU1 也被辨識於一個至少含 DHX9、DDX3X、ELAVL1、HNRNPU、IGF2BP1、ILF3、PABPC1、PCBP2、PTBP2、STAU1、STAU2、SYNCRIP 與 YBX1 的 mRNP 複合體中。 | 含實驗來源 | 證據與來源Binds tubulin. Binds with low affinity single-stranded RNA or DNA homopolymers. Interacts with CASC3 in an RNA-dependent manner (By similarity). Identified in a mRNP complex, at least composed of DHX9, DDX3X, ELAVL1, HNRNPU, IGF2BP1, ILF3, PABPC1, PCBP2, PTBP2, STAU1, STAU2, SYNCRIP and YBX1 PMID 19029303 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境中，STAU1 與 HERV-K 的 rec 蛋白及 gag 蛋白互作。來源未在此項敘述中進一步說明互作的條件或功能後果。 | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | 在微生物感染情境中，STAU1 與 HIV-1 GAG polyprotein 互作。此項資料描述的是兩者的互作，未另行指出其對病毒或細胞的功能結果。 | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | 在微生物感染情境中，STAU1 與 influenza virus NS1 protein 互作。來源未在此項敘述中提供互作發生的其他條件或其功能後果。 | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | 在微生物感染情境中，STAU1 與 Ebola virus 的 NP、VP30 及 VP35 蛋白互作。此項敘述列出互作對象，但未另行說明各互作的條件或個別功能。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | STAU1 的定位資料列有細胞質與粗面內質網，並另記載其僅與粗面內質網定位。來源沒有說明這些描述是否適用於不同條件，也未提供定位變化的時間或原因。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Rough endoplasmic reticulum; Localizes exclusively with the rough endoplasmic reticulum (RER) PMID 19029303 ↗ |
核酸與蛋白質序列
CTTCAGCGTTTGCGCCGGCGGCTGCCGCGTCTCTCTCGGC40TCCCGCTTCCTTTGACCGCCTCCCCCCCCCGGCCCGGCGG80CGCCCGCCTCCTCCACGGCCACTCCGCCTCTTCCCTCCCT120TCGTCCCTTCTTCCTCTCCCTTTTTTCCTTCTTCCTTCCC160CTCCTCGCCGCCACCGCCCAGGACCGCCGGCCGGGGGACG200AGCTCGGAGCAGCAGCCAGAGTTTATTAACCACTTAACCT240CTCAGAACTGAACAAAGACAACATTGTTCCTGGAACGCCC280TCTTTTTAAAAAAGGTAGAACTTTAGACTTCATAGCACTG320AATTAACCTGCACTGAAAGCTGTTTACCTGCATTTGTTCA360CTTTTGTTGAAAGTGACCATGTCTCAAGTTCAAGTGCAAG400TTCAGAACCCATCTGCTGCTCTCTCAGGGAGCCAAATACT440GAACAAGAACCAGTCTCTTCTCTCACAGCCTTTGATGAGT480ATTCCTTCTACTACTAGCTCTCTGCCCTCTGAAAATGCAG520GTAGACCCATTCAAAACTCTGCTTTACCCTCTGCATCTAT560TACATCCACCAGTGCAGCTGCAGAAAGCATAACCCCTACT600GTAGAACTAAATGCACTGTGCATGAAACTTGGAAAAAAAC640CAATGTATAAGCCTGTTGACCCTTACTCTCGGATGCAGTC680CACCTATAACTACAACATGAGAGGAGGTGCTTATCCCCCG720AGGTACTTTTACCCATTTCCAGTTCCACCTTTACTTTATC760AAGTGGAACTTTCTGTGGGAGGACAGCAATTTAATGGCAA800AGGAAAGACAAGACAGGCTGCGAAACACGATGCTGCTGCC840AAAGCGTTGAGGATCCTGCAGAATGAGCCCCTGCCAGAGA880GGCTGGAGGTGAATGGAAGAGAATCCGAAGAAGAAAATCT920CAATAAATCTGAAATAAGTCAAGTGTTTGAGATTGCACTT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。