基因總覽
ST8SIA4 是蛋白質編碼基因,其產物為 ST8 alpha-N-acetyl-neuraminide alpha-2,8-sialyltransferase 4,屬於 glycosyltransferase 29 family。這種酵素參與蛋白質醣鏈的修飾,能在受體醣鏈上形成 alpha-2,8 連結;其作用涉及多聚唾液酸的合成。蛋白質具有單次穿膜的第二型膜蛋白拓樸:短小的細胞質區域之後接著穿膜區,較大的部分位於膜腔側。這些特徵概述了其酵素家族、膜蛋白結構與主要生化角色。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000231461 ★ | 100,806,933–100,903,282 | 5 |
| ENST00000881366 | 100,806,933–100,903,290 | 4 |
| ENST00000881367 | 100,806,933–100,903,290 | 4 |
| ENST00000956904 | 100,806,933–100,903,290 | 4 |
| ENST00001132544 | 100,806,933–100,903,290 | 5 |
| ENST00001108396 | 100,849,060–100,903,290 | 5 |
| ENST00001127062 | 100,856,000–100,903,290 | 4 |
| ENST00001127063 | 100,863,736–100,903,290 | 4 |
| ENST00000451528 | 100,885,311–100,903,290 | 3 |
顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ST8SIA4 的產物催化唾液酸轉移,使用 CMP 連結的唾液酸作為供體,將唾液酸加到蛋白質受體的 N-連結醣鏈末端。受體末端可帶有 alpha-2,3、alpha-2,6 或 alpha-2,8 連結的唾液酸;酵素則以 alpha-2,8 連結方式延長醣鏈。此反應可使既有的唾液酸化醣鏈進一步形成多聚唾液酸。
其作用底物包括多種唾液酸化的 N-acetyllactosaminyl 寡醣,來源列出 NCAM1 的 N-醣鏈、FETUB 的 N-醣鏈及 AHSG。這表示 ST8SIA4 可參與不同蛋白質受體上的多聚唾液酸合成,而非只作用於單一受體。來源指出,alpha-2,3 連結的唾液酸看來比 alpha-2,6 連結者更適合作為受體;這是相對偏好,並不表示其他列出的受體類型不能被利用。
反應中,CMP-N-acetyl-beta-neuraminate 提供唾液酸,使既有的 alpha-2,8 連結唾液酸鏈增加一個單位,同時產生 CMP 與 H⁺。因此,ST8SIA4 的直接功能屬於蛋白質醣基化相關修飾,具體而言是催化多聚唾液酸鏈的延伸。現有資料支持其酵素反應與受體範圍,但未提供足以進一步界定特定生理情境或下游效應的資訊。
Promoter 與基因調控
>ST8SIA4 ENST00000231461 GRCh38 chr5:100903182-100904282 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AGGTACTCAGAGTGAACAATCGAACACAGAACTCTTGAAAAGTGTCCCTGCCACCCAATACAAGTACGAA AAATGGTGGGACGGAGGAGAGGTGACAATCAGAGGCTATATATATAATTGAGACTTTTAGAGAGGACTTT GCTCTTCCTTCCTCCCCTCCCTTTTCTTTCCTTTCTTTCTTTCCTTCCTTCCTTGGTATCCGAATGTGTG TGGGTGTACTTGCGTTTAAAAGAGAGGTCCATGGTAGCTGCTTTTTTTTCAGAACTCTGTTTCTCCGCAA TGAAGTTTAAGTGGGATTGGAGTTTCCTTGACTTCTGCGTGAGGAGTTTCCAAATGGCAATGAAAGGGAG GCGCATAAATATCCATAAAGTTCCTAATGACACCTCTATCATCACTTGTTTCCTGCAGAATCCTGAGCCA GGGTCGTCGTCCACCACCCATGCAGAGTGGGCCCATCGGCTAACAGGTTCATGTGTGTATTTGCACTTTC CAGATTGAGTAATAAAAGTCTTCTTCCTTCCACCGCCGTCCCCACCCCCGCACCCCGTTTCACTCCACCT TGGAGGGCGTGTTTTTGCGTGTGAGGGTGTGTGTTTAGCAAAAGCGATTGAAAGAAGGTACTCTTCTTGC AATCCACCCCTAGCTCTACCTGAAGCATTCCTCTGGCGGGACGCTTTTGTAATCTGTCCCCAGGCGAGGT GCCCTCTCACCTAGATGCGGATAGACTATCTTGGAGCTCCCAGGTCCAGAGAGCTGATGCTTTGATGTCC CAGGAGAGTGTGTGTGATTCTGCGTGTACGTGTGTGTGCATATGTATGTATGTGTGTATGTATGTATATG TGTATGTGCGCGAGCTCGCAGGCGCGTAGCACTGTGAGCTTCCTCTCCCGGCACAGAGCAGGCAGAGCCG GGGACGTTACTCTCCAAGCAGCCTCCGCCCCCTCAGCCTGGTGATTGGCTTTGCGCAGCGTTTATCTCCT AGCAAGAGGGAAGGGCCAGTGACGCCCCCGAACCCAGCTGCAGAAGCTGCCGCCACCTCCAATGCACAAG GTGTCTCATCTGAAAAGAAACCTGAGCCCCAGGGAGGCGGCGCGGAGCGAC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ST8SIA4_1 ↗ | 5:100,903,263 | 負股 | 100,903,253–100,903,312 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR5_BQ2MM · enhancer · 100898537–100899461 · regulatory
ENSR5_5TPR7L · CTCF_binding_site · 100900630–100900651 · regulatory
ENSR5_5TPRGB · CTCF_binding_site · 100902079–100902100 · regulatory
ENSR5_84Z4P5 · promoter · 100903204–100903402 · regulatory
ENSR5_CD2C7 · enhancer · 100903403–100904687 · regulatory
ENSR5_93H3D2 · promoter · 100904688–100905188 · regulatory
· motif · 100898571–100898583 · motif
· motif · 100898602–100898609 · motif
· motif · 100898662–100898675 · motif
· motif · 100898662–100898675 · motif
· motif · 100898681–100898693 · motif
· motif · 100900026–100900037 · motif
· motif · 100900133–100900146 · motif
· motif · 100900140–100900155 · motif
· motif · 100900264–100900281 · motif
· motif · 100900281–100900292 · motif
· motif · 100900438–100900446 · motif
· motif · 100900507–100900518 · motif
· motif · 100900632–100900648 · motif
· motif · 100900689–100900706 · motif
· motif · 100900774–100900787 · motif
· motif · 100901037–100901050 · motif
· motif · 100901160–100901169 · motif
· motif · 100901248–100901261 · motif
· motif · 100901613–100901629 · motif
· motif · 100901771–100901784 · motif
· motif · 100901771–100901784 · motif
· motif · 100902081–100902097 · motif
· motif · 100902132–100902144 · motif
· motif · 100902294–100902305 · motif
· motif · 100902294–100902305 · motif
· motif · 100902401–100902412 · motif
· motif · 100902590–100902601 · motif
· motif · 100902630–100902645 · motif
· motif · 100903417–100903428 · motif
· motif · 100903465–100903478 · motif
· motif · 100903465–100903478 · motif
· motif · 100903504–100903517 · motif
· motif · 100903504–100903517 · motif
· motif · 100903696–100903709 · motif
· motif · 100903739–100903752 · motif
· motif · 100903796–100903811 · motif
· motif · 100904185–100904198 · motif
· motif · 100904349–100904358 · motif
· motif · 100904507–100904524 · motif
· motif · 100904567–100904578 · motif
· motif · 100904569–100904578 · motif
· motif · 100904613–100904624 · motif
· motif · 100905375–100905386 · motif
· motif · 100905419–100905430 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:359 aa
ST8SIA4 蛋白質長 359 個胺基酸,屬於 glycosyltransferase 29 family。序列註解指出,其第 1–7 位為細胞質區域,第 8–20 位為螺旋狀穿膜區,並作為第二型膜蛋白的訊號錨定區;第 21–359 位位於膜腔側。
蛋白質三維結構
細胞內定位
資料將 ST8SIA4 標示為 Golgi apparatus 膜上的單次穿膜第二型膜蛋白,並另列為分泌型。 現有定位資訊未進一步說明這兩種標示的條件或轉換情形,因此不宜據此推定其定位動態。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ST8SIA4 以 CMP 連結的唾液酸為供體,將唾液酸以 alpha-2,8 連結加到蛋白質 N-連結醣鏈末端的 alpha-2,3、alpha-2,6 或 alpha-2,8 連結唾液酸上,參與多聚唾液酸合成。受體包括 NCAM1 與 FETUB 的 N-醣鏈及 AHSG;alpha-2,3 連結者看來比 alpha-2,6 連結者更適合作為受體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Catalyzes the transfer of a sialic acid from a CMP-linked sialic acid donor onto a terminal alpha-2,3-, alpha-2,6-, or alpha-2,8-linked sialic acid of an N-linked glycan protein acceptor through alpha-2,8-linkages. Therefore, participates in polysialic acid synthesis on various sialylated N-acetyllactosaminyl oligosaccharides, including NCAM1 N-glycans, FETUB N-glycans and AHSG. It is noteworthy that alpha-2,3-linked sialic acid is apparently a better acceptor than alpha-2,6-linked sialic acid PMID 10766765 ↗ · PMID 11279095 ↗ · PMID 28810663 ↗ · PMID 9774483 ↗ |
| 分子活性 | [N-acetyl-alpha-D-neuraminosyl-(2->8)](n) + CMP-N-acetyl-beta-neuraminate = [N-acetyl-alpha-D-neuraminosyl-(2->8)](n+1) + CMP + H(+) | 含實驗來源 | 證據與來源[N-acetyl-alpha-D-neuraminosyl-(2->8)](n) + CMP-N-acetyl-beta-neuraminate = [N-acetyl-alpha-D-neuraminosyl-(2->8)](n+1) + CMP + H(+) PMID 10766765 ↗ · PMID 11279095 ↗ · PMID 28810663 ↗ · PMID 9774483 ↗ |
| 分子活性 | ST8SIA4 的功能分類包含蛋白質修飾與蛋白質醣基化;此分類指出其作用屬於蛋白質的化學修飾與醣鏈相關處理,但未在這筆資料中提供更細的反應、受體或實驗條件。 | 資料庫紀錄 | |
| 細胞定位 | ST8SIA4 被標示為 Golgi apparatus 膜上的單次穿膜第二型膜蛋白,資料也列出分泌型。這筆定位資訊未說明分泌標示的條件、蛋白質形式或定位變化,因此不能據此推定其細胞內定位的動態。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GACGCCCCCGAACCCAGCTGCAGAAGCTGCCGCCACCTCC40AATGCACAAGGTGTCTCATCTGAAAAGAAACCTGAGCCCC80AGGGAGGCGGCGCGGAGCGACCCTGGCAGAGCTGGCGCAA120ACAGGGCGAGAGGTCGCTGGGCAGCGTTCGAGGACCAGAG160GGAGCTCGGCCACAGAAGACCCCAGTGATCTGATCCCGGG200ATCCCGGCTCCAAGCTCTCCTCGCATTTTACAGATTTCAC240CCCCGCGACTATCTCCCCAAAACGGAGCCTTTATATCAAG280AGAAGGTGCGGGAGCTGGGGCAACCAGGACTTTCTCGGGC320ACCCAAGATGCGCTCCATTAGGAAGAGGTGGACGATCTGC360ACAATAAGTCTGCTCCTGATCTTTTATAAGACAAAAGAAA400TAGCAAGAACTGAGGAGCACCAGGAGACGCAACTCATCGG440AGATGGTGAATTGTCTTTGAGTCGGTCACTTGTCAATAGC480TCTGATAAAATCATTCGAAAGGCTGGCTCTTCAATCTTCC520AGCACAATGTAGAAGGTTGGAAAATCAATTCCTCTTTGGT560CCTAGAGATAAGGAAGAACATACTTCGTTTCTTAGATGCA600GAACGAGATGTGTCAGTGGTCAAGAGCAGTTTTAAGCCTG640GTGATGTCATACACTATGTGCTTGACAGGCGCCGGACACT680AAACATTTCTCATGATCTACATAGCCTCCTACCTGAAGTT720TCACCAATGAAGAATCGCAGGTTTAAGACCTGTGCAGTTG760TTGGAAATTCTGGCATTCTGTTAGACAGTGAATGTGGAAA800GGAGATTGACAGTCACAATTTTGTAATAAGGTGTAATCTA840GCTCCTGTGGTGGAGTTTGCTGCAGATGTGGGAACTAAAT880CAGATTTTATTACCATGAATCCATCAGTTGTACAAAGAGC920ATTTGGAGGCTTTCGAAATGAGAGTGACAGAGAAAAATTT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。