基因總覽
ST6GAL2 是蛋白質編碼基因,其產物為 ST6 beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase 2,歸屬於 glycosyltransferase 29 family。這種酵素具有 alpha-2,6-sialyltransferase 活性,可將唾液酸轉移至特定含半乳糖的受體寡醣。來源資料指出,它對特定寡醣受體具有活性,但對糖蛋白與糖脂的活性較弱或沒有活性。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000409382 ★ | 106,801,600–106,886,167 | 6 |
| ENST00000361686 | 106,801,600–106,887,124 | 6 |
| ENST00001017728 | 106,801,600–106,887,286 | 6 |
| ENST00001081494 | 106,801,600–106,887,277 | 6 |
| ENST00001081495 | 106,801,600–106,886,641 | 6 |
| ENST00001145321 | 106,801,600–106,886,641 | 6 |
| ENST00000868339 | 106,801,602–106,887,286 | 6 |
| ENST00000868340 | 106,801,605–106,887,277 | 6 |
| ENST00000361803 | 106,801,608–106,830,079 | 3 |
| ENST00000964517 | 106,806,109–106,844,034 | 5 |
| ENST00000977352 | 106,812,794–106,887,277 | 6 |
| ENST00000409087 | 106,813,076–106,887,124 | 6 |
顯示 12/15 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ST6GAL2 的產物可催化唾液酸轉移反應:以 CMP-sialic acid 作為供體,將唾液酸轉移至含半乳糖的受體。反應產物為帶有 N-acetyl-alpha-neuraminyl-(2->6) 結構的半乳糖衍生物,並同時生成 CMP 與 H+。
其 alpha-2,6-sialyltransferase 活性具有受體結構偏好。當寡醣的非還原端具有 Gal-beta-1,4-GlcNAc 序列時,ST6GAL2 可對其進行唾液酸化;相較之下,對糖蛋白與糖脂的活性較弱或沒有活性。這表示來源所支持的受體範圍主要是符合該末端序列的寡醣,不能據此推定它普遍修飾各類糖蛋白或糖脂。
Promoter 與基因調控
>ST6GAL2 ENST00000409382 GRCh38 chr2:106886067-106887167 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GGTAGCCCGGCCTTCCGCGCTGGCGGGGGGAGGTGTTGGACAGGGTACACAAAGACTCACTTCCGCCGGG GCAGGCGCCGGGACTCCCTCCTGGCCGCCCACAGCCTGTGCGCATTCCTGCATTCCTGCCGCCGCCCGGG ACCCGAGTGCCCCGGAGGTGTCCAGGCGCGGTGCCAGGCGGGTACTGTGCAGGTAACCTTCGGAAGAACT AGGGCTGGATGGAGGCGGCGGCCGGGGAGAAACACGCCTTTTTAGGCAGCCGTGCTGCCCCGCACCGCCC CACGCAGCCCAAGTCTGCAGTCACTCTCCGCGACAAGCAGAAATCCGCGCGCAGCCAGGGAGCGCCCCGC CTGCGCTCGCCGGCGGGCCGAGCTGCCGGGCCGGGGGCGCGGGGAGGGGGCAGCCCAACTTCCCAGTGCC CGGCTCCCGCCAGCTAGGTGAGCCTGGAGCGGGAAGGATGAAAGGGATCGCGGAGAGGGAGGGGGCTCTG GGGCGAGCGGAGCTCGGGGGCGGGGCGCGGCGCAGCCTCGGTGCGTGGGCCGGGAACCGCCGCCTCTCCC CGGGGCTCGGGGCCGCGGTTCCTCTGGCCGCGGGAGCCGCCGCCGCGCTGCCCGAAACAATGAGGCGTGC AGCGCGGGGCTGAGCGTAGCCTCCCGCCGGCTTTGAGGCCGAGCCACCCGCTGTGCCCCGCCGCCCGCGC TTGCAGCTGCCGCCGGCGCGGAGCAGCGCTGGCCCCGGAGAGGTGATCCCGCAGGCCGCCTGGGACGGGA GCGCGGGGCAGCTCCGAGACCCCACGGTGGCAGGAGGAGGACTCGAGCCTGCGGCAGGACGACTCCCGCC GCGCACTCGCCTTCTGCAGCCCCCAAGTTCCGCGGCGTGAGTCGGGGACCCCGGCCAGGGTCCCAGCTCT AGCGGGCGCCAGCGTGAGTGTGGGAGCGCGTAGCGCGCGCACCCGAGCGGCTGCCGGGGAATAAAATGTG ACACGCACGCCTTGGACTCCAGTGCCGCGCTGCCAGGGGGAGCACCGAGCACCACGGTGTCGTGCGCTTC GAGGCGCGGCGTGGGAAGAAGGCTGGTAAGGGAGGGCACTGGGTAAGGGTT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 4 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ST6GAL2_3 ↗ | 2:106,886,167 | 負股 | 106,886,157–106,886,216 |
| ST6GAL2_4 ↗ | 2:106,886,576 | 負股 | 106,886,566–106,886,625 |
| ST6GAL2_2 ↗ | 2:106,887,088 | 負股 | 106,887,078–106,887,137 |
| ST6GAL2_1 ↗ | 2:106,887,277 | 負股 | 106,887,267–106,887,326 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR2_5X5QZN · CTCF_binding_site · 106882985–106883006 · regulatory
ENSR2_BR7PR · enhancer · 106885258–106886156 · regulatory
ENSR2_BR7PW · promoter · 106886157–106886862 · regulatory
ENSR2_5X5RJK · CTCF_binding_site · 106886204–106886225 · regulatory
ENSR2_855SXW · enhancer · 106886863–106887096 · regulatory
ENSR2_93KFH3 · promoter · 106887097–106887598 · regulatory
· motif · 106882987–106883003 · motif
· motif · 106886206–106886222 · motif
· motif · 106887048–106887057 · motif
· motif · 106888175–106888189 · motif
· motif · 106888175–106888189 · motif
來源記載 ST6GAL2 的調控與 IL6(interleukin-6)及 IL8(interleukin-8)相關,但未提供調控方向或作用條件。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:529 aa
ST6GAL2 蛋白長 529 個胺基酸,屬於 glycosyltransferase 29 family。其第 1–11 位為細胞質區,第 12–32 位為螺旋型跨膜區,並作為 type II 膜蛋白的訊號錨定區;第 33–529 位則位於腔內。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ST6GAL2 位於高基氏體,並與高基氏體堆疊膜相關;其膜型態為單次跨膜的 type II 膜蛋白。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 14 個夥伴
- AQP6Q13520 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CD53P19397 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FNDC9Q8TBE3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GIPC3Q8TF64 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GOLM1Q8NBJ4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GPX8Q8TED1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HSD17B13Q7Z5P4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PGRMC2O15173 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SLC26A1Q9H2B4-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SLC39A2Q9NP94 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SLC7A1P30825 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TIMMDC1Q9NPL8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TMEM14BQ9NUH8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TMEM237Q96Q45-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ST6GAL2 以 CMP-sialic acid 為唾液酸供體,對受體寡醣進行 alpha-2,6 唾液酸轉移;活性偏向非還原端具有 Gal-beta-1,4-GlcNAc 序列的寡醣,對糖蛋白與糖脂則較弱或沒有活性。 | 含實驗來源 | 證據與來源Transfers sialic acid from the donor of substrate CMP-sialic acid to galactose containing acceptor substrates. Has alpha-2,6-sialyltransferase activity toward oligosaccharides that have the Gal-beta-1,4-GlcNAc sequence at the non-reducing end of their carbohydrate groups, but it has weak or no activities toward glycoproteins and glycolipids PMID 12235148 ↗ |
| 分子活性 | a beta-D-galactoside + CMP-N-acetyl-beta-neuraminate = an N-acetyl-alpha-neuraminyl-(2->6)-beta-D-galactosyl derivative + CMP + H(+) | 含實驗來源 | 證據與來源a beta-D-galactoside + CMP-N-acetyl-beta-neuraminate = an N-acetyl-alpha-neuraminyl-(2->6)-beta-D-galactosyl derivative + CMP + H(+) PMID 12235148 ↗ · PMID 12603328 ↗ · PMID 16439063 ↗ |
| 細胞定位 | ST6GAL2 位於高基氏體及其堆疊膜,屬於單次跨膜的 type II 膜蛋白。 | 推論支持 | |
| 調控 | ST6GAL2 的調控與 IL6(interleukin-6)及 IL8(interleukin-8)相關;資料未說明調控的方向、條件或具體方式。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
AGTGCCGCGCTGCCAGGGGGAGCACCGAGCACCACGGTGT40CGTGCGCTTCGAGGCGCGGCGTGGGAAGAAGGCTGGTTCA80TTCTGCCACCCATCTGCATTAAGACACAAGGTGCTGACCG120CAGAGACCTGCCATGAAACCACACTTGAAGCAATGGAGAC160AACGAATGCTTTTCGGAATATTCGCTTGGGGGCTCCTCTT200TTTGCTGATTTTCATCTACTTCACCGACAGCAACCCCGCT240GAGCCTGTACCCAGCTCCCTCTCCTTCCTGGAGACCAGGA280GGCTCCTGCCGGTGCAGGGGAAGCAGCGGGCCATCATGGG320CGCCGCACATGAGCCCTCCCCGCCTGGGGGCCTGGACGCA360CGCCAGGCGCTGCCCCGCGCCCACCCAGCCGGTTCCTTTC400ATGCGGGGCCTGGAGACCTGCAGAAATGGGCCCAGTCCCA440AGATGGGTTTGAACATAAAGAGTTTTTTTCATCCCAGGTG480GGGAGAAAATCTCAAAGTGCTTTCTACCCGGAGGATGACG520ACTACTTTTTTGCTGCTGGTCAGCCAGGGTGGCACAGCCA560CACTCAGGGGACATTGGGATTCCCTTCCCCCGGGGAGCCA600GGCCCACGGGAGGGGGCTTTTCCGGCTGCACAGGTCCAGA640GGAGGCGGGTGAAGAAGAGGCACCGGAGGCAGAGAAGGAG680CCACGTGTTGGAGGAGGGCGACGACGGCGACAGGCTGTAC720TCCTCCATGTCCAGGGCCTTCCTGTACCGGCTCTGGAAGG760GGAACGTCTCTTCCAAAATGCTGAACCCGCGCCTGCAGAA800GGCGATGAAGGATTACCTGACCGCCAACAAGCACGGGGTG840CGCTTCCGCGGGAAGCGGGAGGCCGGGCTGAGCAGGGCAC880AGCTGCTGTGCCAGCTGCGGAGCCGCGCGCGCGTGCGGAC920GCTGGACGGCACCGAGGCGCCCTTTTCTGCGCTGGGCTGG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。