基因總覽
ST13 Hsp70 interacting protein 是由 ST13 編碼的蛋白質,歸屬於 FAM10 family。其蛋白質長度為 369 個胺基酸,含有三個連續的 TPR 重複區,以及位於蛋白質末端的 STI1 結構域;序列中另有兩段被註記為無序區。這些特徵構成其基本的蛋白質架構。其名稱指出與 Hsp70 相關,而來源所述的具體作用方式與交互作用,詳見功能及交互作用欄位。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000216218 ★ | 40,824,535–40,856,639 | 12 |
| ENST00001134306 | 40,824,535–40,856,734 | 12 |
| ENST00000930430 | 40,824,595–40,856,734 | 5 |
| ENST00000893861 | 40,824,599–40,856,734 | 10 |
| ENST00000893862 | 40,824,599–40,856,734 | 12 |
| ENST00000893863 | 40,824,599–40,856,734 | 12 |
| ENST00000995221 | 40,824,599–40,856,734 | 12 |
| ENST00001009084 | 40,824,599–40,856,734 | 10 |
| ENST00001009078 | 40,824,607–40,856,734 | 12 |
| ENST00000995222 | 40,824,781–40,856,734 | 11 |
| ENST00000893864 | 40,825,138–40,856,734 | 12 |
| ENST00001079888 | 40,825,138–40,856,734 | 10 |
顯示 12/48 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ST13 Hsp70 interacting protein(HIP)可形成寡聚體,並與 HSC70 的 ATPase 結構域結合。此結合依賴 HSP40 活化 HSC70 ATPase;來源指出,一個 HIP 寡聚體可結合至少兩個 HSC70 分子。這項作用與 HSC70 的核苷酸狀態相關,而非單純描述兩者接觸。
HIP 可穩定 HSC70 的 ADP 狀態。處於此狀態的 HSC70 對底物蛋白具有較高親和力,因此這種穩定作用與 HSC70 保持底物結合能力有關。來源並未進一步說明底物種類或這項作用所涉及的特定細胞過程。
此外,HIP 本身具有伴護蛋白活性,可能有助於 HSC70 與多種目標蛋白的交互作用。這項功能以「可能」表述,且相關註記為 By similarity,應視為依相似性推定的功能,而非在此來源中直接確立的結論。現有資料支持 HIP 參與 HSC70 相關的伴護作用,但未提供更進一步的下游效應或生理結果。
Promoter 與基因調控
>ST13 ENST00000216218 GRCh38 chr22:40856539-40857639 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GAATTTGTTACTAAACATGCTTCGTGTATATTCTGGAGCAAGCTCTCACGCCTAACAGAAACAAGAGCTA CTTGATGTGAGACACTTTGTCACTTAAGTGTGATAATTGCCACAACTTCGGAGTCCGAGTAACTTGGAAG ACAGCCCCTCTGGGGGATGGCACACTTTTCTCTCTGCAGTCATTTCGGCTTCACAAAATACCTCAACGGT AGAGAACACACTGGGCCCACCCCTTTCCAGGAGCAGCCGGTATAGAAGAAATCCGCGGAGCACAGAGGGT TGGGGAGCGGAGGCCCCACCAGGAGAAGGGTCAGCCGAACCAGGGATCGCCTGAGACCAACTTGGGTCCC TCCAGGGGACACCATGGGAGGAGACCGTGGGAGAAGAGTCTAACCTGAGAGGCCGCGGACGTTTGCTACA GCGGGAACCAGCTTGGGGGCTGAGAGCAGCCAAGGCATTACGGCCTAACTCACGCGTCGGGAAGAGAAAG AGGGTAACGACGGGGAACGCAACCGCCTGCAGGGCCGCGTCGCCAGGAAACCGGGCCAGCCGCACCTCCC CTTCCGGCGGAGGCGGCTCGCGGGCCTTCCTTGCGCGGCGGCGCAGGTTGTGACGTCATGCCCCGAGCTG GGACCGACCCTCCGGCTCCACGCCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGGTCCCGGGCGTTGAGCTCTACTCAG TGCACGCAGCCACACAATATGCTCTTGGACGTCGCCCCCTGGAGGGGATGTTATCTCCCGCCTCCTTGAA GTCGCCCATTTCTGGGGTTGCCCCATCCAGGGAGCTGGTTCCTAGTTAAGAATATGAGAATGTATGCGCA GGGAGGCAGGCAACAGCACGAACAGCCACGCTTCTAGAAGATTCTAGGGAGCGCGCAGGAGCAGCGCAGA GGGAGTAGGAATGAGCAGGCGGAGGACCCGAGGTCACGAGACCGTTGGGTGGGAGGAGCCAGCGGCCGGG GAGGTTCTAGTCTGTTCTGTCTTGCGGCAGCCGCCCCCTTCTGCGCGGTCACGCCGAGCCAGCGCCTGGG CCTGGAACCGGGCCGTAGCCCCCCCAGTTTCGCCCACCACCTCCCTACCAT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ST13_1 ↗ | 22:40,856,639 | 負股 | 40,856,629–40,856,688 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR22_74DT9X · enhancer · 40854123–40854233 · regulatory
ENSR22_9L7SJ · enhancer · 40855060–40855512 · regulatory
ENSR22_9L7SP · promoter · 40855679–40856138 · regulatory
ENSR22_BB4X2 · promoter · 40856629–40857158 · regulatory
ENSR22_5CLGMB · CTCF_binding_site · 40856891–40856912 · regulatory
ENSR22_BB4X4 · enhancer · 40857159–40857841 · regulatory
· motif · 40853515–40853530 · motif
· motif · 40853545–40853554 · motif
· motif · 40855555–40855568 · motif
· motif · 40856203–40856225 · motif
· motif · 40856674–40856685 · motif
· motif · 40856690–40856702 · motif
· motif · 40856693–40856708 · motif
· motif · 40856893–40856909 · motif
· motif · 40857018–40857033 · motif
· motif · 40857018–40857033 · motif
· motif · 40857019–40857032 · motif
· motif · 40857019–40857032 · motif
· motif · 40857072–40857081 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:369 aa
ST13 Hsp70 interacting protein 長 369 個胺基酸,屬於 FAM10 family。蛋白質含有三個相鄰的 TPR 重複區(第 114–215 位),以及第 319–358 位的 STI1 結構域;第 38–97 位與第 256–300 位則註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ST13 Hsp70 interacting protein 的定位註記為細胞質。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 5 個夥伴
- APOEP02649 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CD209Q9NNX6-10 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HTTP42858 · UniProt INTERACTION · 13 experiments
- NOS3P29474 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PSEN1P49768 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
ST13 Hsp70 interacting protein 可形成同源四聚體。來源註記其與 HSC70、DNAJ homologs 及 HSP90 互作,並將這些關係標為 By similarity。另有資料指出,它透過 C 端第 303–319 位胺基酸區段與 GRK5 互作;來源未將此項互作標示為相似性推定。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | 一個 HIP 寡聚體可結合至少兩個 HSC70 分子的 ATPase 結構域,此作用依賴 HSP40 對 HSC70 ATPase 的活化。HIP 可穩定 HSC70 的 ADP 狀態,而此狀態對底物蛋白具有較高親和力;HIP 本身的伴護蛋白活性也可能有助於 HSC70 與多種目標蛋白交互作用,相關功能屬相似性推定。 | 推論支持 | 證據與來源One HIP oligomer binds the ATPase domains of at least two HSC70 molecules dependent on activation of the HSC70 ATPase by HSP40. Stabilizes the ADP state of HSC70 that has a high affinity for substrate protein. Through its own chaperone activity, it may contribute to the interaction of HSC70 with various target proteins (By similarity) |
| 交互作用 | ST13 Hsp70 interacting protein 可形成同源四聚體。來源以相似性推定註記其與 HSC70、DNAJ homologs 及 HSP90 互作;另指出其透過 C 端第 303–319 位胺基酸區段與 GRK5 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homotetramer. Interacts with HSC70 as well as DNAJ homologs and HSP90 (By similarity). Interacts (via the C-terminus 303- 319 AA) with GRK5 PMID 21728385 ↗ |
| 細胞定位 | ST13 Hsp70 interacting protein 的細胞定位註記為細胞質。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
CTTGCGGCAGCCGCCCCCTTCTGCGCGGTCACGCCGAGCC40AGCGCCTGGGCCTGGAACCGGGCCGTAGCCCCCCCAGTTT80CGCCCACCACCTCCCTACCATGGACCCCCGCAAAGTGAAC120GAGCTTCGGGCCTTTGTGAAAATGTGTAAGCAGGATCCGA160GCGTTCTGCACACCGAGGAAATGCGCTTCCTGAGGGAGTG200GGTGGAGAGCATGGGTGGTAAAGTACCACCTGCTACTCAG240AAAGCTAAATCAGAAGAAAATACCAAGGAAGAAAAACCTG280ATAGTAAGAAGGTGGAGGAAGACTTAAAGGCAGACGAACC320ATCAAGTGAGGAAAGTGATCTAGAAATTGATAAAGAAGGT360GTGATTGAACCAGACACTGATGCTCCTCAAGAAATGGGAG400ATGAAAATGCGGAGATAACGGAGGAGATGATGGATCAGGC440AAATGATAAAAAAGTGGCTGCTATTGAAGCCCTAAATGAT480GGTGAACTCCAGAAAGCCATTGACTTATTCACAGATGCCA520TCAAGCTGAATCCTCGCTTGGCCATTTTGTATGCCAAGAG560GGCCAGTGTCTTCGTCAAATTACAGAAGCCAAATGCTGCC600ATCCGAGACTGTGACAGAGCCATTGAAATAAATCCTGATT640CAGCTCAGCCTTACAAGTGGCGGGGGAAAGCACACAGACT680TCTAGGCCACTGGGAAGAAGCAGCCCATGATCTTGCCCTT720GCCTGTAAATTGGATTATGATGAAGATGCTAGTGCAATGC760TGAAAGAAGTTCAACCTAGGGCACAGAAAATTGCAGAACA800TCGGAGAAAGTATGAGCGAAAACGTGAAGAGCGAGAGATC840AAAGAAAGAATAGAACGAGTTAAGAAGGCTCGAGAAGAGC880ATGAGAGAGCCCAGAGGGAGGAAGAAGCCAGACGACAGTC920AGGAGCTCAGTATGGCTCTTTTCCAGGTGGCTTTCCTGGG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。