基因總覽
SSRP1 是由蛋白質編碼基因 SSRP1 產生的蛋白質，屬於 SSRP1 family，長度為 709 個胺基酸。它是 FACT complex 的組成成員；此複合體是參與染色質調節的一般因子，主要角色與核小體重組相關。SSRP1 的 C 端包含 HMG box，並有一段被註解為無序區域的序列，這些特徵構成其可辨識的蛋白質結構輪廓。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000278412 ★ | 57,325,988–57,335,892 | 17 |
| ENST00000857851 | 57,325,982–57,335,892 | 16 |
| ENST00000857852 | 57,325,982–57,335,892 | 17 |
| ENST00000857853 | 57,325,982–57,335,892 | 17 |
| ENST00000857854 | 57,325,982–57,335,892 | 17 |
| ENST00000857855 | 57,325,982–57,335,879 | 16 |
| ENST00000857856 | 57,325,982–57,335,892 | 17 |
| ENST00000857857 | 57,325,982–57,335,892 | 17 |
| ENST00000857858 | 57,325,982–57,335,892 | 17 |
| ENST00000857859 | 57,325,982–57,335,730 | 17 |
| ENST00000939970 | 57,325,982–57,335,890 | 17 |
| ENST00000939971 | 57,325,982–57,335,892 | 17 |
顯示 12/24 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SSRP1 是 FACT complex 的組成成員。FACT complex 參與多種以 DNA 為模板的過程，包括 mRNA 延伸、DNA 複製與 DNA 修復；在轉錄延伸期間，它以組蛋白伴護蛋白的方式協助核小體暫時改變結構，使 RNA polymerase II 能通過染色質。
具體而言，FACT complex 促進核小體中一個組蛋白 H2A-H2B 二聚體解離，讓 RNA polymerase II 通過；聚合酶通過後，該複合體又促進核小體結構重新建立。這種先調整、再復原核小體的作用，使轉錄機器能沿 DNA 前進，同時協助恢復核小體結構。
SSRP1 也會專一結合雙股 DNA，並以低程度結合經抗腫瘤藥物 cisplatin 修飾的 DNA。來源指出，它可能藉由阻礙這類受修飾 DNA 的複製與修復，增強 cisplatin 誘導的細胞死亡；此處描述的是可能作用，而非確定結果。
此外，FACT complex 可能透過與 CK2 的關聯，參與 p53/TP53 的 Ser-392 磷酸化；這項功能的表述仍帶有推測性。SSRP1 也可作為 p63/TP63 的轉錄共活化因子，顯示其功能不僅涉及核小體重組，也包括協助轉錄調控。
Promoter 與基因調控
>SSRP1 ENST00000278412 GRCh38 chr11:57335792-57336892 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GAATAGCCACTACTCAGAGGTTAAAGCTATGAGTTCAGGGGAGAAGGGTGCATTCCTGTTGTCTCTTACC CCAGGATTGATTTAGCAAGCTGGTGTATTGATTGTCAGGGAAATCTTGAGCTTACATATTCTGTACTAAT GTCTTCATGTAGGACACATATCAATAGTCATTCTGAACATACAGTCACTGTGATTATGACAGAAGATAAC TGGACTGGTGGTGTTAAGGAGGTCTGGGTCCTACCTAGCCTTGTTGCCAACGCACTGAGACCCTGGGCAA CTCACTCCCCTTTGGGTCTCAGTTTTCCCATCAGTAAAAGGAGGTTGGGGTAGAAAAACTAAAACATCTT TTCCAGGTCTGGTCTCTGATGTTGCAAAATGCACTCTGGGATTATACGGGGGAGACCTGGCTTCCGCAAC CACAGGATGATGTGGTTTCAAATCAGTTCTGGCTCCAAGGTGAATCTGACACCAGGACTTGAACTGGATA AGGCCGTTTGCCAGCCTCTTGGAGGTACCTATAATTTTCGGTTAAGGATGTGAAAATTTTGGGTGTAGAC AGTGAACTTGACAGTTCAGCCAGAAAGCAGTGCACCCACGATGACACCAACACCCGCATACTCTCCGCAG CCAGTGGGAGAGGTCGTTTCCTCCCACAACTGTTCAAATACTTCTCTTCTTGTCCCATCGACTCCTTTCC ATGACATAGAAACTATTTTGCAGAGAAACGGGCACGCATCATTCCAATACACACCCCCACCCCACCCCTG TACTAAGTCTGATACAATAAAACTACACAATTTCTCTTTAGTATCTAGTCTCGACTGAAGAAGTGTCTGT AGTTTCTAAAGAGCCCTACACACATTTTCTAGGCCGGATTCCCCCTGGGTGAGAGAGGCTTCACGGCAAC CACCCTTCCCTCAGGTCCTCCAGAGTCGCTGACGCTCTATGCGACTGTCTCGCAGGCGGGCCCGACTCGC GTCTCTCTAGCCAGCTCATCCTCTCTGTGGCCTGTGTACGGCTTCCGGTGGCGGGACGCGGGGCCGCGCA CGCGGGAAAAGCTTCCCCGGTGTCCCCCCATCCCCCTCCCCGCGCCCCCCC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SSRP1_1 ↗ | 11:57,335,868 | 負股 | 57,335,858–57,335,917 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR11_9SQGB · promoter · 57335882–57336382 · regulatory
ENSR11_83NHXT · promoter · 57338155–57338362 · regulatory
ENSR11_9SQHJ · enhancer · 57340117–57340582 · regulatory
ENSR11_5HH5ZP · CTCF_binding_site · 57340151–57340172 · regulatory
ENSR11_5HH635 · CTCF_binding_site · 57340456–57340477 · regulatory
ENSR11_5HH643 · CTCF_binding_site · 57340656–57340677 · regulatory
· motif · 57335864–57335873 · motif
· motif · 57340153–57340169 · motif
· motif · 57340196–57340207 · motif
· motif · 57340458–57340474 · motif
· motif · 57340658–57340674 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：709 aa
SSRP1 長 709 個胺基酸，屬於 SSRP1 family。其第 547–615 位胺基酸區段含有 HMG box，註解為 DNA 結合區域；第 458–709 位則被預測為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SSRP1 位於細胞核、核仁及染色體，並與染色質上的 RNA polymerase II 共定位。 它會被募集至正在進行轉錄的基因座，顯示其染色質定位與活躍轉錄位置相關。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Chromosome。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
- CSNK2A1P68400 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- H2BC21Q16778 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MCM2P49736 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- MCM4P33991 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- MCM6Q14566 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- MCM7P33993 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SUPT16HQ9Y5B9 · UniProt INTERACTION · 11 experiments
SSRP1 與 SUPT16H 形成穩定異二聚體，並共同構成 FACT complex；UV 照射後也可成為包含 CSNK2A1、CSNK2A2 與 CSNK2B 的 CK2-SPT16-SSRP1 complex 成員。它可結合組蛋白 H3-H4 四聚體，但不結合完整核小體，且曾被辨識於含多種組蛋白與著絲粒相關蛋白的複合體中。其他互作對象包括 TP63 的 gamma 異構型、FYTTD1/UIF、NEK9，以及依相似性註解的 MYOG 和 SRF。HSV-1 感染時，病毒蛋白 ICP22 與 SSRP1 互作，並使 FACT complex 重新定位至受感染細胞中的病毒基因組。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SSRP1 是 FACT complex 的組成成員；該複合體參與 mRNA 延伸、DNA 複製及 DNA 修復等以 DNA 為模板的過程。轉錄延伸時，FACT complex 促使一個 H2A-H2B 二聚體離開核小體以協助 RNA polymerase II 通過，之後再促進核小體重建。它可能經由 CK2 參與 p53/TP53 Ser-392 磷酸化，也會結合雙股 DNA，並以低程度結合 cisplatin 修飾的 DNA；可能藉阻礙受修飾 DNA 的複製與修復增強 cisplatin 誘導的細胞死亡。SSRP1 另是 p63/TP63 的轉錄共活化因子。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the FACT complex, a general chromatin factor that acts to reorganize nucleosomes. The FACT complex is involved in multiple processes that require DNA as a template such as mRNA elongation, DNA replication and DNA repair. During transcription elongation the FACT complex acts as a histone chaperone that both destabilizes and restores nucleosomal structure. It facilitates the passage of RNA polymerase II and transcription by promoting the dissociation of one histone H2A-H2B dimer from the nucleosome, then subsequently promotes the reestablishment of the nucleosome following the passage of RNA polymerase II. The FACT complex is probably also involved in phosphorylation of 'Ser-392' of p53/TP53 via its association with CK2 (casein kinase II). Binds specifically to double-stranded DNA and at low levels to DNA modified by the antitumor agent cisplatin. May potentiate cisplatin-induced cell death by blocking replication and repair of modified DNA. Also acts as a transcriptional coactivator for p63/TP63 PMID 10912001 ↗ · PMID 11239457 ↗ · PMID 12374749 ↗ · PMID 12934006 ↗ · PMID 16713563 ↗ · PMID 9489704 ↗ · PMID 9566881 ↗ · PMID 9836642 ↗ |
| 交互作用 | SSRP1 與 SUPT16H 形成穩定異二聚體並構成 FACT complex；UV 照射後也參與含 SUPT16H、CSNK2A1、CSNK2A2 與 CSNK2B 的 CK2-SPT16-SSRP1 complex。它結合組蛋白 H3-H4 四聚體，但不結合完整核小體，並被辨識於含 H2A、H2B、H4及多種著絲粒相關蛋白的複合體中。其他互作包括 TP63 gamma 異構型、FYTTD1/UIF、NEK9，以及依相似性註解的 MYOG 和 SRF；MYOG 互作涉及其 C 端區域。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with MYOG (via C-terminal region) (By similarity). Component of the FACT complex, a stable heterodimer of SSRP1 and SUPT16H. Also a component of a CK2-SPT16-SSRP1 complex which forms following UV irradiation, composed of SSRP1, SUPT16H, CSNK2A1, CSNK2A2 and CSNK2B. Binds to histone H3-H4 tetramers, but not to intact nucleosomes. Identified in a centromere complex containing histones H2A, H2B and H4, and at least CENPA, CENPB, CENPC, CENPT, CENPN, HJURP, SUPT16H, SSRP1 and RSF1. Interacts with isoform gamma of TP63. Interacts with FYTTD1/UIF. Interacts with SRF (By similarity). Interacts with NEK9 PMID 10421373 ↗ · PMID 11239457 ↗ · PMID 12374749 ↗ · PMID 12393879 ↗ · PMID 14660563 ↗ · PMID 19836239 ↗ · PMID 27499292 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境中，SSRP1 與 Herpes simplex virus 1（HHV-1）蛋白 ICP22 互作；此互作會使 FACT complex 在受感染細胞中重新定位至病毒基因組。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with Herpes simplex virus 1 (HHV-1) protein ICP22; this interaction relocalizes the FACT complex to viral genomes in infected cells PMID 28611249 ↗ |
| 細胞定位 | SSRP1 位於細胞核、核仁及染色體，並與染色質上的 RNA polymerase II 共定位；它會被募集至活躍轉錄的基因座。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Nucleus, nucleolus; Chromosome; Colocalizes with RNA polymerase II on chromatin. Recruited to actively transcribed loci PMID 10421373 ↗ · PMID 22002106 ↗ |
核酸與蛋白質序列
CTCTCTGTGGCCTGTGTACGGCTTCCGGTGGCGGGACGCG40GGGCCGCGCACGCGGGAAAAGCTTCCCCGGTGTCCCCCCA80TCCCCCTCCCCGCGCCCCCCCCGCGTCCCCCCAGCGCGCC120CACCTCTCGCGCCGGGGCCCTCGCGAGGCCGCAGCCTGAG160GAGATTCCCAACCTGCTGAGCATCCGCACACCCACTCAGG200AGTTGGGGCCCAGCTCCCAGTTTACTTGGTTTCCCTTGTG240CAGCCTGGGGCTCTGCCCAGGCCACCACAGGCAGGGGTCG280ACATGGCAGAGACACTGGAGTTCAACGACGTCTATCAGGA320GGTGAAAGGTTCCATGAATGATGGTCGACTGAGGTTGAGC360CGTCAGGGCATCATCTTCAAGAATAGCAAGACAGGCAAAG400TGGACAACATCCAGGCTGGGGAGTTAACAGAAGGTATCTG440GCGCCGTGTTGCTCTGGGCCATGGACTTAAACTGCTTACA480AAGAATGGCCATGTCTACAAGTATGATGGCTTCCGAGAAT520CGGAGTTTGAGAAACTCTCTGATTTCTTCAAAACTCACTA560TCGCCTTGAGCTAATGGAGAAGGACCTTTGTGTGAAGGGC600TGGAACTGGGGGACAGTGAAATTTGGTGGGCAGCTGCTTT640CCTTTGACATTGGTGACCAGCCAGTCTTTGAGATACCCCT680CAGCAATGTGTCCCAGTGCACCACAGGCAAGAATGAGGTG720ACACTGGAATTCCACCAAAACGATGACGCAGAGGTGTCTC760TCATGGAGGTGCGCTTCTACGTCCCACCCACCCAGGAGGA800TGGTGTGGACCCTGTTGAGGCCTTTGCCCAGAATGTGTTG840TCAAAGGCGGATGTAATCCAGGCCACGGGAGATGCCATCT880GCATCTTCCGGGAGCTGCAGTGTCTGACTCCTCGTGGTCG920TTATGACATTCGGATCTACCCCACCTTTCTGCACCTGCAT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。