演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

SSPNSPN1

sarcospan

SSPN 編碼 sarcospan,是 dystrophin-glycoprotein complex(DGC)的組成部分,並優先與其中的 sarcoglycan 子複合體關聯。

Homo sapiens12p12.1UniProt Q14714
OFFICIAL SYMBOL
SSPN
CHROMOSOME
12
UNIPROT
Q14714
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SSPN 是蛋白質編碼基因,產物 sarcospan 為多次穿膜蛋白,參與 dystrophin-glycoprotein complex(DGC)。DGC 橫跨肌肉細胞的質膜,連結 F-actin 細胞骨架與細胞外基質;sarcospan 優先與 DGC 中的 sarcoglycan 子複合體關聯。這些特性將 sarcospan 定位為肌肉膜複合體的組成成員,而非單獨描述其為連結兩側結構的蛋白質。

Official symbol
SSPN
Gene name
sarcospan
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:11322
UniProt
Q14714
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
SPN1SPN2KRAG

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1212p12.1
chr12 · 133,275,309 bp · GRCh38chr12p13.33 · 1–3200000 · gnegchr12p13.32 · 3200001–5300000 · gpos25chr12p13.31 · 5300001–10000000 · gnegchr12p13.2 · 10000001–12600000 · gpos75chr12p13.1 · 12600001–14600000 · gnegchr12p12.3 · 14600001–19800000 · gpos100chr12p12.2 · 19800001–21100000 · gnegchr12p12.1 · 21100001–26300000 · gpos100chr12p11.23 · 26300001–27600000 · gnegchr12p11.22 · 27600001–30500000 · gpos50chr12p11.21 · 30500001–33200000 · gnegchr12p11.1 · 33200001–35500000 · acenchr12q11 · 35500001–37800000 · acenchr12q12 · 37800001–46000000 · gpos100chr12q13.11 · 46000001–48700000 · gnegchr12q13.12 · 48700001–51100000 · gpos25chr12q13.13 · 51100001–54500000 · gnegchr12q13.2 · 54500001–56200000 · gpos25chr12q13.3 · 56200001–57700000 · gnegchr12q14.1 · 57700001–62700000 · gpos75chr12q14.2 · 62700001–64700000 · gnegchr12q14.3 · 64700001–67300000 · gpos50chr12q15 · 67300001–71100000 · gnegchr12q21.1 · 71100001–75300000 · gpos75chr12q21.2 · 75300001–79900000 · gnegchr12q21.31 · 79900001–86300000 · gpos100chr12q21.32 · 86300001–88600000 · gnegchr12q21.33 · 88600001–92200000 · gpos100chr12q22 · 92200001–95800000 · gnegchr12q23.1 · 95800001–101200000 · gpos75chr12q23.2 · 101200001–103500000 · gnegchr12q23.3 · 103500001–108600000 · gpos50chr12q24.11 · 108600001–111300000 · gnegchr12q24.12 · 111300001–111900000 · gpos25chr12q24.13 · 111900001–113900000 · gnegchr12q24.21 · 113900001–116400000 · gpos50chr12q24.22 · 116400001–117700000 · gnegchr12q24.23 · 117700001–120300000 · gpos50chr12q24.31 · 120300001–125400000 · gnegchr12q24.32 · 125400001–128700000 · gpos50chr12q24.33 · 128700001–133275309 · gnegSSPNpq1 bp133,275,309 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr12:26,121,991–26,299,290
Gene span
177,300 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000242729 ★26,195,573–26,234,7773
ENST0000053814226,121,991–26,231,0143
ENST0000054026626,134,967–26,234,7793
ENST0000042262226,195,340–26,234,7793
ENST0000085802326,195,573–26,234,7792
ENST0000113560526,195,573–26,234,7793
ENST0000053550426,195,673–26,252,9203

顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

Sarcospan 是 dystrophin-glycoprotein complex(DGC)的組成部分。DGC 橫跨肌肉質膜,形成 F-actin 細胞骨架與細胞外基質之間的連結;因此,sarcospan 所屬的複合體位於細胞骨架與細胞外環境的連接關係中。

在 DGC 內,sarcospan 優先與 sarcoglycan 子複合體關聯。這項偏好描述其在複合體中的關聯對象,並不表示 sarcospan 本身單獨完成 DGC 所述的膜跨越連結功能。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 26195573 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SSPN ENST00000242729 GRCh38 chr12:26194573-26195673 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
ACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTAGTCTTGAACTCCTGACCTTGTGATCCGCCCACCTCGGCCTCC
CAAAGTGTTGGGATTACAGGCGTGAGCCAACAGAGCTTTTAAAAACAAATACACGTGAGAGGCCGGGTGC
ATGGTGGCTCACGCCTGTAATTCCAGCACTTTGGGAAGCTGAAGCAGCAGGATCCCTTGAAGCCAGGAGT
TCAAGACCAGTTTGGACAACATAATGAGATCCCATCTCTATGAAAAAAATTTTAAAAAATTAGCCAGATG
TGGTGGTGATTGCCTGTAGTCCCAGCCACTTGGAGACTGAGGAGAGAGAAGCTGTTGAGTCCAGGAGTCT
GAGGCTGCAGTGAGCTAGGATGGTGACAATGCACTCCAGCCTGGGCAACACAGTGAGCCCCTGTTTGGAA
AATAATAATAATAATTAATAACATATGTGAAAGAGAGTTCACAATTAGTCCAATATCTTTAGAAAGATTC
AAAAACACCTAAATGCGAAAAATGCCTTTATTCATTTGTCAGCTGGATTACAGAAAGTAGGAAGAAAAGA
GCCTGTGCCTCTGTAGGAAAGTAACAACGACTTAACTTCTGGAAATGACTTCGCAGCTTAGAGCCCAGCA
GTGCCTATTTTGGATTAAACTGTGTATTAATTAAGCTCAAACGATTTCAACATTCATCACCTTGCATTGC
ACTTCACAGAAAGCAAAACCAAAACAATCCTGGAGTTTTGAGTGAGGAAAACAGACGCCCCGCACTCGCA
CACGCGCGCACTCGCAGCCTGTCTGAAGTGCAGAGGTTCAGGCGGCCAAGGGACCCGCGCCGGTTTCCGC
GGGCGACCTGCAAATCCTGCCCGGGGCCCGGCAGGCGCTGCGTCCCGGCGCGTTGGCAGTTGGCGACCCC
CCTCGAATCCCCCCTCTGCTGCGGGCTCCCCGTGGCCTTTGGAGGCTCGGTGAGTCGGCTCCAAATGTTT
TCCATATTTGTTCAGCCTCCATAATTCGAATACCAGGGCAGGCCGAGCCAGCCGTGCGCCGCGCTCCAGG
GCCCAGGGCGCCGCACACGCACCCACCCACCCACCCAGCCTCGCAGCGCCA
SSPN 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
SSPN_2 ↗12:26,121,991正股26,121,942–26,122,001
SSPN_1 ↗12:26,195,573正股26,195,524–26,195,583

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR12_B77CS · promoter · 26195004–26195683 · regulatory

ENSR12_9DDQP · enhancer · 26198676–26199183 · regulatory

· motif · 26192350–26192363 · motif

· motif · 26192350–26192363 · motif

· motif · 26195890–26195900 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:243 aa

1 aa243 aa功能區域跨膜區拓樸區域
依 Q14714 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

Sarcospan 長 243 個胺基酸,序列註解包含四段螺旋型跨膜區,分別位於第 54–74、87–107、123–143 與 194–214 位。其間標註有細胞質區域(第 1–53、108–122、215–243 位)及細胞外區域(第 75–86、144–193 位);第 1–43 位另註解為無序區。

拓樸區域Cytoplasmic1–53 aa
跨膜區Helical54–74 aa
拓樸區域Extracellular75–86 aa
跨膜區Helical87–107 aa
拓樸區域Cytoplasmic108–122 aa
跨膜區Helical123–143 aa
拓樸區域Extracellular144–193 aa
跨膜區Helical194–214 aa
拓樸區域Cytoplasmic215–243 aa
功能區域Disordered1–43 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · Q14714…

AlphaFold · Q14714

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cell membrane;Cell membrane, sarcolemma;Postsynaptic cell membrane

Sarcospan 位於細胞膜,包括 sarcolemma,並見於肌腱肌肉接合處及神經肌肉接合處的突觸後膜。 來源亦將其標註為多次穿膜蛋白;上述定位描述的是 sarcospan 本身。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
SPN1SSPN
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

目前未取得此類註解。
10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能Sarcospan 是 dystrophin-glycoprotein complex(DGC)的組成部分。DGC 橫跨肌肉質膜,連結 F-actin 細胞骨架與細胞外基質;sarcospan 在 DGC 中優先與 sarcoglycan 子複合體關聯。資料庫紀錄
證據與來源

Component of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC), a complex that spans the muscle plasma membrane and forms a link between the F-actin cytoskeleton and the extracellular matrix. Preferentially associates with the sarcoglycan subcomplex of the DGC

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位Sarcospan 是多次穿膜蛋白,定位於細胞膜,包括 sarcolemma,也見於肌腱肌肉接合處及神經肌肉接合處的突觸後膜。推論支持
證據與來源

Cell membrane / Multi-pass membrane protein; Cell membrane, sarcolemma; Postsynaptic cell membrane / Multi-pass membrane protein; Also found in myotendinous junctions and in the postsynaptic membrane of neuromuscular junctions

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000242729 · 4,533 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ATAATTCGAATACCAGGGCAGGCCGAGCCAGCCGTGCGCC40
41GCGCTCCAGGGCCCAGGGCGCCGCACACGCACCCACCCAC80
81CCACCCAGCCTCGCAGCGCCATGGGCAAGAACAAGCAGCC120
121ACGCGGCCAGCAGAGGCAGGGGGGCCCGCCGGCCGCGGAC160
161GCCGCTGGGCCCGACGACATGGAGCCGAAGAAGGGCACGG200
201GGGCCCCCAAGGAGTGCGGGGAGGAGGAGCCCCGGACCTG240
241CTGCGGCTGCCGGTTCCCGCTGCTGCTCGCCCTGCTGCAG280
281CTGGCCCTGGGCATCGCCGTGACCGTGGTGGGCTTCCTCA320
321TGGCGAGCATCAGCTCCTCCCTGCTAGTCAGGGACACTCC360
361ATTTTGGGCTGGGATCATTGTCTGCTTAGTGGCCTATCTT400
401GGCTTGTTTATGCTTTGTGTCTCATATCAGGTTGACGAAC440
441GGACATGTATTCAATTTTCTATGAAACTGTTATACTTTCT480
481GCTGAGTGCCCTGGGCCTGACGGTCTGTGTGCTGGCCGTG520
521GCCTTTGCCGCCCACCACTATTCGCAGCTCACACAGTTTA560
561CCTGTGAGACCACACTCGACTCTTGCCAGTGCAAACTGCC600
601CTCCTCGGAGCCGCTCAGCAGGACCTTTGTTTACCGGGAT640
641GTGACGGACTGTACCAGCGTCACTGGCACTTTCAAACTGT680
681TCTTACTCATCCAGATGATTCTTAATTTGGTCTGCGGCCT720
721TGTGTGCTTGTTGGCCTGCTTTGTGATGTGGAAACATAGG760
761TACCAGGTCTTCTATGTGGGTGTCAGGATATGCTCCCTCA800
801CGGCTTCCGAAGGCCCCCAGCAAAAGATCTAACATTCTTG840
841CTCAAAGTTGCGAGAGAAAGTAGCACATGGAGTAGCTGAG880
881GTTAAACAAACAAAAAAAAATTTTAAACAAAGAAAGGAAA920
921AAAATTGACAATAAAAGTCACTCTTCTAATTGAATATTTT960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。