基因總覽
SSB 是蛋白質編碼基因，正式名稱為 small RNA binding exonuclease protection factor La，其產物為 La 蛋白。來源所述的功能包括與新生 RNA polymerase III 轉錄本結合，以及在 Coxsackievirus B3 感染情境中與病毒 IRES 相關的作用。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000260956 ★ | 169,798,871–169,812,064 | 12 |
| ENST00000422006 | 169,791,933–169,807,071 | 6 |
| ENST00000938525 | 169,798,822–169,812,091 | 12 |
| ENST00000906406 | 169,798,834–169,812,091 | 10 |
| ENST00000906407 | 169,798,834–169,812,091 | 12 |
| ENST00000938524 | 169,798,834–169,812,091 | 12 |
| ENST00000938526 | 169,798,834–169,812,091 | 11 |
| ENST00000938527 | 169,798,834–169,812,091 | 11 |
| ENST00000938528 | 169,798,834–169,812,091 | 11 |
| ENST00000938529 | 169,798,834–169,812,091 | 9 |
| ENST00001088055 | 169,798,834–169,812,091 | 12 |
| ENST00001088063 | 169,798,834–169,812,091 | 11 |
顯示 12/22 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
La 蛋白可結合新生 RNA polymerase III 轉錄本末端的 3' poly(U) 序列。這種結合能保護轉錄本免於核酸外切酶消化，並促進其摺疊與成熟，因而參與 RNA 生成後的處理過程。
在 Coxsackievirus B3 感染時，La 蛋白會結合病毒內部核糖體進入位點（IRES），並促進由該 IRES 介導的翻譯。此作用是感染情境下的病毒 RNA 翻譯相關功能；來源未提供可延伸至其他病毒或感染條件的結論。
Promoter 與基因調控
>SSB ENST00000260956 GRCh38 chr2:169797871-169798971 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CCCTCCACACTTGGGGATTATGGGGATTACAATTCGAGATGAGATTTGTGTGGGGACACAGAACCAAACT ATATCAGTCGCCATGCTTGGGGGGCAATTGTTTCAAGTCACTTTGTCCCTTACTACCTGCTTCATCCATT TTCATGTTCTTCGAATTTGTGATACAAAGAAGAATGTATAGCCAATCAATAGCTTGTTATTGTAATGTAA GTTATCGGTAAACAATTTAGGAACTGCCTCTTCTTTTTTCTTTAAAAGCTACTTGTAAGTGCTGCTAATC AGAGCATATATTCAGGGCAATTTGAATCCATGCTCTCATGTGGCAGTCCTCAAACTTGGCTCAAATAAAC TGTCTACTTATATTAATTTTGCCTCAGTTTTTCCCTTTAGGTTGACAATATTGCATCAAGTTGAATACTC ACAGCAATTGTATGAACTAGGTAGTATTTATTACCGGCCCTATTTATACCTGAGGAACAGAGAAGTTGAA CAACTTGTCCAAGATCACAGTTTCACAGCAGGAGGACCATTATTTGAAGCAGGCAGTCTGATTCCAGACA CCCAGTTTTTACACGCTGTACTGTATTGTTTTCAAAACTCTAAGATTTCATGGATCTTTGATTTTTTTTT TAAATTTCACTTGTCCTTTTTTTTTTTTTGAGAACTACTACAACACGATGTGTGTGTGTATTCACACACA TTTTTGGAAAATATCTGAAAAAAAACCCAAAGCACTTCACATGAATGGAGGGCCAAAGGAAGGGCTGGGG TACAGACGCCGTCCAGAAATACTTAAAAATAAATGTTTATACTAACACAAACTAGCAGCCATTCCCCTAC AACCTGGAGTACTTTTTAACCCAATCTGTTTGGGATTGAGGGCGGGACTCCAGGGTCCCTGGGAGGCCCC GGCAGCCGCGCATGCTCAGAGCACAGGGACCGCTCCACCTCGTCCGTGGCCCTGCCCACCCAGGCCGCAA GAGCTGCCGGGACGGTCCCCATCTTCTTGGAGCGCTTTAGGCTGGCCGGCGGCGCTGGGAGGTGGAGTCG TTGCTGTTGCTGTTTGTGAGCCTGTGGCGCGGCTTCTGTGGGCCGGAACCT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SSB_1 ↗ | 2:169,798,879 | 正股 | 169,798,830–169,798,889 |
| SSB_2 ↗ | 2:169,799,302 | 正股 | 169,799,253–169,799,312 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR2_B38NSR · promoter · 169798381–169799289 · regulatory
ENSR2_B38NSX · enhancer · 169799290–169800195 · regulatory
· motif · 169795418–169795427 · motif
· motif · 169795418–169795427 · motif
· motif · 169798787–169798798 · motif
· motif · 169798787–169798798 · motif
· motif · 169798833–169798850 · motif
· motif · 169798947–169798964 · motif
· motif · 169799108–169799125 · motif
· motif · 169799110–169799123 · motif
· motif · 169799140–169799153 · motif
· motif · 169799166–169799179 · motif
· motif · 169800168–169800190 · motif
· motif · 169800313–169800325 · motif
· motif · 169800315–169800322 · motif
· motif · 169800315–169800330 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：408 aa
La 蛋白長 408 個胺基酸，含有 HTH La-type RNA-binding 結構域（第 7–99 位）、RRM（第 111–187 位）及 xRRM（第 227–348 位）。第 329–408 位另被註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
La 蛋白定位於細胞核。 來源未提供定位隨條件或異構型改變的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 5 個夥伴
- HSPA2P54652 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HTTP42858 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NDUFB10O96000 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RAPGEF4Q8WZA2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- Q99IB8Q99IB8 · UniProt INTERACTION · 2 experiments · 2 筆來源紀錄
La 蛋白與 DDX15 互作；來源另指出它可能與 RUFY1 互作，後者仍屬可能性描述。資料未說明這些互作是否形成特定複合體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | La 蛋白結合新生 RNA polymerase III 轉錄本末端的 3' poly(U)，保護轉錄本免於核酸外切酶消化，並促進其摺疊與成熟。Coxsackievirus B3 感染時，La 蛋白也會結合病毒 IRES，促進 IRES 介導的翻譯。 | 含實驗來源 | 證據與來源Binds to the 3' poly(U) terminus of nascent RNA polymerase III transcripts, protecting them from exonuclease digestion and facilitating their folding and maturation. In case of Coxsackievirus B3 infection, binds to the viral internal ribosome entry site (IRES) and stimulates the IRES-mediated translation PMID 12384597 ↗ · PMID 2470590 ↗ · PMID 3192525 ↗ |
| 交互作用 | La 蛋白與 DDX15 互作；此外，來源以可能性描述 La 蛋白與 RUFY1 的互作，並未將後者表述為確定互作。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | La 蛋白定位於細胞核。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
ATCTTCTTGGAGCGCTTTAGGCTGGCCGGCGGCGCTGGGA40GGTGGAGTCGTTGCTGTTGCTGTTTGTGAGCCTGTGGCGC80GGCTTCTGTGGGCCGGAACCTTAAAGATAGCCGCAATGGC120TGAAAATGGTGATAATGAAAAGATGGCTGCCCTGGAGGCC160AAAATCTGTCATCAAATTGAGTATTATTTTGGCGACTTCA200ATTTGCCACGGGACAAGTTTCTAAAGGAACAGATAAAACT240GGATGAAGGCTGGGTACCTTTGGAGATAATGATAAAATTC280AACAGGTTGAACCGTCTAACAACAGACTTTAATGTAATTG320TGGAAGCATTGAGCAAATCCAAGGCAGAACTCATGGAAAT360CAGTGAAGATAAAACTAAAATCAGAAGGTCTCCAAGCAAA400CCCCTACCTGAAGTGACTGATGAGTATAAAAATGATGTAA440AAAACAGATCTGTTTATATTAAAGGCTTCCCAACTGATGC480AACTCTTGATGACATAAAAGAATGGTTAGAAGATAAAGGT520CAAGTACTAAATATTCAGATGAGAAGAACATTGCATAAAG560CATTTAAGGGATCAATTTTTGTTGTGTTTGATAGCATTGA600ATCTGCTAAGAAATTTGTAGAGACCCCTGGCCAGAAGTAC640AAAGAAACAGACCTGCTAATACTTTTCAAGGACGATTACT680TTGCCAAAAAAAATGAAGAAAGAAAACAAAATAAAGTGGA720AGCTAAATTAAGAGCTAAACAGGAGCAAGAAGCAAAACAA760AAGTTAGAAGAAGATGCTGAAATGAAATCTCTAGAAGAAA800AGATTGGATGCTTGCTGAAATTTTCGGGTGATTTAGATGA840TCAGACCTGTAGAGAAGATTTACACATACTTTTCTCAAAT880CATGGTGAAATAAAATGGATAGACTTCGTCAGAGGAGCAA920AAGAGGGGATAATTCTATTTAAAGAAAAAGCCAAGGAAGC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。