基因總覽
SRSF3 的正式名稱為 serine and arginine rich splicing factor 3，屬於 SR family 的蛋白質。它是 RNA 結合蛋白，具有 RRM，可辨識前體 mRNA 上的特定序列。除參與 RNA 剪接外，SRSF3 也能作為 mRNA 核輸出的適配因子，將 RNA 結合與輸出過程連結。其蛋白質序列另含重複區段及較長的無序區域，呈現結構上的不同區域配置。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000373715 ★ | 36,594,362–36,605,600 | 6 |
| ENST00000855356 | 36,593,777–36,602,782 | 6 |
| ENST00000930976 | 36,593,777–36,605,911 | 6 |
| ENST00000930977 | 36,593,777–36,603,431 | 5 |
| ENST00000930978 | 36,593,777–36,605,911 | 5 |
| ENST00000930979 | 36,593,777–36,605,911 | 6 |
| ENST00000930980 | 36,593,777–36,605,911 | 6 |
| ENST00000930981 | 36,593,777–36,605,911 | 5 |
| ENST00000930982 | 36,593,777–36,605,911 | 5 |
| ENST00000930983 | 36,593,777–36,603,417 | 4 |
| ENST00000930984 | 36,593,777–36,605,911 | 6 |
| ENST00000930985 | 36,593,777–36,605,911 | 4 |
顯示 12/20 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SRSF3 參與前體 mRNA 的選擇性剪接。它會結合前體 mRNA 上的共識序列 5'-C[ACU][AU]C[ACU][AC]C-3'，並促進特定外顯子的納入；因此，其作用與剪接時外顯子選擇有關。這種序列辨識使 SRSF3 能在 RNA 上特定位置參與剪接調控。
SRSF3 的剪接作用也可與 RNA 上的修飾訊號相連。YTHDC1 是辨識並結合含 N6-methyladenosine（m6A）RNA 的 RNA 結合蛋白；它與 SRSF3 的交互作用可促進 SRSF3 被招募至外顯子內、鄰近 m6A 位點的 RNA 結合元件。這提供了由 YTHDC1 辨識含 m6A RNA，進而協助 SRSF3 定位至特定外顯子區域的途徑。
除了剪接，SRSF3 也作為適配因子參與 mRNA 的核輸出。它會結合 mRNA，而這些 RNA 被認為可轉交給 NXF1-NXT1 異源二聚體，經由 TAP/NXF1 路徑輸出；SRSF3 並可增強 NXF1-NXT1 的 RNA 結合活性。對含 m6A 的 mRNA，SRSF3 與 YTHDC1 的交互作用可促進該 RNA 同時結合 SRSF3 與 NXF1，進而推動 mRNA 輸出細胞核。由此，SRSF3 的功能涵蓋外顯子選擇及 mRNA 核輸出，並能透過 RNA 結合及蛋白質交互作用連結這些過程。
Promoter 與基因調控
>SRSF3 ENST00000373715 GRCh38 chr6:36593362-36594462 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCGCCTGCCACCATGCCCGGCCATTTGTATTTTTAATAGAGACG GGATTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCGCCTGCCTCGGCCTCCC AAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGCGCCCGGCCCTTGGTGATTTTTCTAACCCAATCACAGTC TCTCTCCCCTTAATTACTCTTGCGGCTCTGTCTTCGTAAGGGAAGTGGCCCGGACAAAATACATGCCAGG CAGTGCAACGGCTGCTAGGAGAAAGGCTCGAGATACCCCTCCTGGCATTTGCTTGGGGGCCAGAATTTAC ATTCAATCTTCTTCAGAAACTTCCCTTTCCGGGTGTTTGCTAAAGGTGATAGTTTCCAGGTCACCTGACC GGTCTCCTTTGCTGTCGGCGCCAAGTCCTGCAAGTTTGCTTGAGAGACGAGAAACCAGCAAGAGTTGGGC AAACTTTCCAAACCAGGCTTTTCCTTCAGTGTGGAATCTAGGCGGCCACAGTCTGGTGCCAGCTGGGTCA CAAACAGCTCCGTGACCTGTTTGTAAACGCGATGCTCTTAGTTCCAGACTAACCGCTCACAAGGGTGAAG CACTTAATTAATTCATCTCTTAATCTTGTTAGGGGCCAACGGCTCCTATTAGTGTTTGAGCGTGACGGCG ACGGTGCTGTTTATGAAGCCCTAGCCTATTTGGAGGTGAGGAAGAGGAGTCTGTGGGTAACCTGGAGGTC GACAGACCGGGAGGAACGCTCGAGGGAGCACCAGGCCTGTTACAACGAGCGCGCGCCGACGCACGTCTCC ACCCACCCGGCGCAACCGCCAGAGCGCGCTCCCAGCAACCGCGGCTCTCGCTGCGTTTGTAGCCATACGT CACGGCCTCTTCTGCTTCTCATTGGGGGAGCCCGTCCAATCATGTGATTCCAGTATGGCGTATAAATAAA GGCGAGGAGAAGGCGGTGGTCCGCCATTTCGTGGACGCCGGGTGAGTGAGAGAGTTGGTTGGTGTTGGGC CGGAGGAAAGCGGGAAGACTCATCGGAGCGTGTGGATTTGAGCCGCCGCAT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SRSF3_1 ↗ | 6:36,594,364 | 正股 | 36,594,315–36,594,374 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR6_9JJ5H · enhancer · 36590230–36590621 · regulatory
ENSR6_B9943 · enhancer · 36592075–36592783 · regulatory
ENSR6_B994B · promoter · 36593872–36594602 · regulatory
ENSR6_5BLDPD · CTCF_binding_site · 36594143–36594164 · regulatory
· motif · 36591473–36591495 · motif
· motif · 36591473–36591495 · motif
· motif · 36592238–36592255 · motif
· motif · 36592380–36592391 · motif
· motif · 36592426–36592439 · motif
· motif · 36592438–36592447 · motif
· motif · 36592440–36592452 · motif
· motif · 36592446–36592454 · motif
· motif · 36593460–36593475 · motif
· motif · 36593465–36593477 · motif
· motif · 36593468–36593475 · motif
· motif · 36593735–36593746 · motif
· motif · 36593969–36593991 · motif
· motif · 36593969–36593991 · motif
· motif · 36594042–36594058 · motif
· motif · 36594145–36594161 · motif
· motif · 36594360–36594370 · motif
· motif · 36594547–36594557 · motif
· motif · 36594580–36594590 · motif
· motif · 36594611–36594621 · motif
· motif · 36594717–36594732 · motif
· motif · 36595407–36595416 · motif
· motif · 36598022–36598033 · motif
· motif · 36598211–36598223 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：164 aa
SRSF3 長 164 個胺基酸，屬於 SR family。其 RRM 位於第 10–83 位；第 1–90 位區域足以與 NXF1 和 SRSP 交互作用。第 81–164 位被註記為無序區域，另有兩段近似的鹼性重複區，分別位於第 119–133 位與第 149–164 位。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SRSF3 位於細胞核、核斑點及細胞質。 與 YTHDC1 交互作用後，SRSF3 會被招募至核斑點；這項資訊描述的是 SRSF3 的定位變化。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 24 個夥伴
- CIRBPQ14011 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CLK1P49759-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CLK2P49760 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CLK3P49761 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CNNM3Q8NE01 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HMGB1P09429 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HNRNPKP61978-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LNX1Q8TBB1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NXF1Q9UBU9 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- PCBP2Q15366 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PCBP3P57721-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PCDHB14Q9Y5E9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PRPF31Q8WWY3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RBM3P98179 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RBMXP38159 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RNPS1Q15287 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RPL9P9P32969 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SDCBPO00560 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SRPK1Q96SB4 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- SRPK2P78362 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- SRSF8Q9BRL6-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- U2AF1Q01081 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- U2AF2P26368-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- Srek1Q9JKL7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SRSF3 與 CPSF6、RBMY1A1、SREK1/SFRS12、NXF1、YTHDC1 及 SRSP 有交互作用。與 YTHDC1 的交互作用會促使 SRSF3 被招募至鄰近 m6A 位點的 RNA 元件；與 SRSP 的交互作用則會增加 SRSF3 對特定外顯子的結合。來源未將上述交互作用一概描述為同一複合體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SRSF3 會結合前體 mRNA 上的特定共識序列，促進選擇性剪接時特定外顯子的納入。它與辨識含 m6A RNA 的 YTHDC1 交互作用，可被招募至外顯子內、鄰近 m6A 位點的 RNA 元件；此外，SRSF3 作為適配因子參與 mRNA 核輸出，並可增強 NXF1-NXT1 的 RNA 結合活性。 | 含實驗來源 | 證據與來源Splicing factor, which binds the consensus motif 5'-C[ACU][AU]C[ACU][AC]C-3' within pre-mRNA and promotes specific exons inclusion during alternative splicing. Interaction with YTHDC1, a RNA-binding protein that recognizes and binds N6-methyladenosine (m6A)-containing RNAs, promotes recruitment of SRSF3 to its mRNA-binding elements adjacent to m6A sites within exons. Also functions as an adapter involved in mRNA nuclear export. Binds mRNA which is thought to be transferred to the NXF1-NXT1 heterodimer for export (TAP/NXF1 pathway); enhances NXF1-NXT1 RNA-binding activity. Involved in nuclear export of m6A-containing mRNAs via interaction with YTHDC1: interaction with YTHDC1 facilitates m6A-containing mRNA-binding to both SRSF3 and NXF1, promoting mRNA nuclear export PMID 11336712 ↗ · PMID 17036044 ↗ · PMID 18364396 ↗ · PMID 26876937 ↗ · PMID 28984244 ↗ · PMID 32440474 ↗ |
| 交互作用 | SRSF3 與 CPSF6、RBMY1A1、SREK1/SFRS12、NXF1、YTHDC1 及 SRSP 交互作用。YTHDC1 可促使 SRSF3 被招募至鄰近 m6A 位點的 RNA 元件；與 SRSP 交互作用則會增加 SRSF3 對特定外顯子的結合。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with CPSF6. Interacts with RBMY1A1. Interacts with SREK1/SFRS12. Interacts with NXF1. Interacts with YTHDC1, leading to recruitment to RNA elements adjacent to m6A sites. Interacts with SRSP; increases SRSF3 binding to specific exons PMID 10757789 ↗ · PMID 12667464 ↗ · PMID 15169763 ↗ · PMID 15595951 ↗ · PMID 17036044 ↗ · PMID 26876937 ↗ · PMID 28984244 ↗ · PMID 32440474 ↗ |
| 細胞定位 | SRSF3 位於細胞核、核斑點及細胞質；與 YTHDC1 交互作用後，SRSF3 會被招募至核斑點。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Nucleus speckle; Cytoplasm; Recruited to nuclear speckles following interaction with YTHDC1 PMID 11336712 ↗ · PMID 26876937 ↗ |
核酸與蛋白質序列
CCGCCATTTCGTGGACGCCGGGTGAGTGAGAGAGTTGGTT40GGTGTTGGGCCGGAGGAAAGCGGGAAGACTCATCGGAGCG80TGTGGATTTGAGCCGCCGCATTTTTTAACCCTAGATCTCG120AAATGCATCGTGATTCCTGTCCATTGGACTGTAAGGTTTA160TGTAGGCAATCTTGGAAACAATGGCAACAAGACGGAATTG200GAACGGGCTTTTGGCTACTATGGACCACTCCGAAGTGTGT240GGGTTGCTAGAAACCCACCCGGCTTTGCTTTTGTTGAATT280TGAAGATCCCCGAGATGCAGCTGATGCAGTCCGAGAGCTA320GATGGAAGAACACTATGTGGCTGCCGTGTAAGAGTGGAAC360TGTCGAATGGTGAAAAAAGAAGTAGAAATCGTGGCCCACC400TCCCTCTTGGGGTCGTCGCCCTCGAGATGATTATCGTAGG440AGGAGTCCTCCACCTCGTCGCAGATCTCCAAGAAGGAGAA480GCTTCTCTCGCAGCCGGAGCAGGTCCCTTTCTAGAGATAG520GAGAAGAGAGAGATCGCTGTCTCGGGAGAGAAATCACAAG560CCGTCCCGATCCTTCTCTAGGTCTCGTAGTCGATCTAGGT600CAAATGAAAGGAAATAGAAGACAGTTTGCAAGAGAAGTGG640TGTACAGGAAATTACTTCATTTGACAGGAGTATGTACAGA680AAATTCAAGTTTTGTTTGAGACTTCATAAGCTTGGTGCAT720TTTTAAGATGTTTTAGCTGTTCAAATCTGTTTGTCTCTTG760AAACAGTGACACAAAGGTGTAATTCTCTATGGTTTGAAAT800GGATCATACGAGGCATGTAATACCAAGAATTGTTACTTTA840CAATGTTCCCTTAAGCAAAATTGAATTTGCTTTGAACTTT880TAGTTATGCACAGACTGATAATAAACCTCTAAACCTGCCC920AGCGGAAGTGTGTTTTTTTTTAAATTTAAATACAGAAACA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。