基因總覽
SRSF1 是蛋白質編碼基因，產物 serine and arginine rich splicing factor 1 屬於 SR 剪接因子家族。此蛋白質具有兩個 RNA recognition motif（RRM），並含有具內在無序特性的區域；這些結構註解提供其分子組成的基本資訊。SRSF1 是 RNA 剪接相關蛋白，主要角色包括協助維持剪接準確性及調節選擇性剪接。不同異構型可能具有不同功能，其中 ASF-2 與 ASF-3 被描述為剪接抑制因子。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000258962 ★ | 58,000,919–58,007,246 | 4 |
| ENST00000584773 | 57,996,889–58,007,273 | 5 |
| ENST00000585096 | 57,996,889–58,007,273 | 3 |
| ENST00001003179 | 57,996,889–58,007,273 | 4 |
| ENST00001058591 | 57,996,889–58,007,273 | 4 |
| ENST00001139466 | 58,000,919–58,007,273 | 4 |
| ENST00000582730 | 58,003,360–58,007,273 | 3 |
| ENST00001003180 | 58,003,362–58,007,273 | 4 |
| ENST00001058593 | 58,003,503–58,007,273 | 4 |
顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SRSF1 參與 pre-mRNA 剪接，能協助避免外顯子跳躍，維持剪接準確性，並調節選擇性剪接。其作用涉及剪接體中的多個組成部分：SRSF1 可透過 RS 結構域與其他剪接體成分作用，在辨識 5′ 與 3′ 剪接位點的組件之間形成橋接，相關組件包括 U1 snRNP 與 U2AF。它也能促進 U1 snRNP 與含有 5′ 剪接位點的 pre-mRNA 結合。
SRSF1 可辨識富含嘌呤的 RNA 序列，包括八核苷酸 5′-RGAAGAAC-3′（R 代表 A 或 G），以及 AGGACAGAGC／AGGACGAAGC 兩種十核苷酸序列。在體外，它對 5′-CGAGGCG-3′ 基序有較高結合偏好。三個八核苷酸序列拷貝在體外可構成強效剪接增強子 ASF/SF2 splicing enhancer（ASE），並特異性活化依賴 ASE 的剪接。
不同異構型的功能並非一致：ASF-2 與 ASF-3 具有剪接抑制作用。這表示 SRSF1 相關的剪接調控可因異構型而異，不能將所有異構型概括為促進剪接。
此外，SRSF1 可能作為輸出接頭，參與 mRNA 經 TAP/NXF1 路徑由細胞核輸出；來源將此功能表述為可能性，而非確定結論。
Promoter 與基因調控
>SRSF1 ENST00000258962 GRCh38 chr17:58007146-58008246 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GGTTCTCACATCCATTTTGCTCCATTTTATTACCTGAGAGGACCGGTATTTTCAAAACCTGGTGTATCAG TAACTTTTAGGGAAAACTTTTGAAAAAAGGACTGCACACACGCACCCTTTCTTCCTTCTCGTTCTTTGAA AGGAAACAACAGAAACGATTCATTCTGCAGGCATTCTGCGCTAGTCCCACGGACAGGCGACTAACAAGAG ATAAAAAGGTGTGGGTCCCATAGGCGGTACGGTGTTACCCCTTCTGGTTGGCGGGTACCACGTTGCCGGT CGGGATACGGACCCACTGCGACTAGCACTAGGAGTGCTGACCCGAGCTATGCAAAGTTCTGACGAGAAGG CGGAACGGTACTTAATGAAGAGGATTAAGGAATCTAAATCGGTTTCGCTAAATTAGACACATCTGTCTAA GCAGCCACGGTCTATTCGCAGCAGGGGCGGGAAGACAAACCAACGCCCCAGCTCTCCGTTCAATCACCCG CAACTCAGCTCTGGATTAGACGCACCCTACGAAGATACCCGGGTTTCCGGAGCAACCGCCCGGGCCGTCC CCCTTTGGCCCCGCCTCCGAGACTCTTTCCCGCCAAAGGCCGTTATCGCCGCAGAGCATGGTGGGACAAC GCTTTAGGCTAGGTTTCACCAAGTGCTTTGAAGGCGCCGAGTTGCTTTCAAAGATCCTCATTCCTGGAGA AATCGACCATCCTTCAAGACCCGACCTGGATGACTAGCTCCTTTAACGAAAGTTCGTTATTTAACTTTTA CCAAACGGCTGGTCACTCTGTTCGCAAACCACCCCAAGCTGGGAACGCGGGGGACTTTTTTACCCCCTTC GTGGGGAGGGTGACGTCGCGCGTGCGTGCGCGTGCGCTGAACGTAGCCCTCGCAGCACCCGTTGCGCTCC CGCGCGTGCGTGTTGGGATCGAATCGCTGTTTCCTTCCGCTTCTCTTCCTCTGTCTCCCCCCCATATCCG TGCGCCGAGCTGATAAAGGCGCCATTTTGGAGGGGCCGCGGGAGACGTGGTGCCGCTGCGGGCTCGCTCT GCCGTGCGCTAGGCTTGGTGGGAAGGCCTGTTCTCGAGTCCGCGCTTTTCG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SRSF1_2 ↗ | 17:58,005,083 | 負股 | 58,005,073–58,005,132 |
| SRSF1_1 ↗ | 17:58,007,246 | 負股 | 58,007,236–58,007,295 |
| SRSF1_3 ↗ | 17:58,007,557 | 負股 | 58,007,547–58,007,606 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR17_5HMD3X · CTCF_binding_site · 58005478–58005499 · regulatory
ENSR17_5HMD65 · CTCF_binding_site · 58005954–58005975 · regulatory
ENSR17_BFHS5 · promoter · 58006152–58006685 · regulatory
ENSR17_5HMD8W · CTCF_binding_site · 58006557–58006578 · regulatory
ENSR17_9T2MK · promoter · 58007236–58007718 · regulatory
ENSR17_BFHSD · enhancer · 58007719–58008711 · regulatory
ENSR17_5HMDHJ · CTCF_binding_site · 58007986–58008007 · regulatory
· motif · 58002329–58002344 · motif
· motif · 58002329–58002344 · motif
· motif · 58002649–58002657 · motif
· motif · 58002649–58002657 · motif
· motif · 58004284–58004293 · motif
· motif · 58004284–58004293 · motif
· motif · 58005206–58005219 · motif
· motif · 58005206–58005219 · motif
· motif · 58005480–58005496 · motif
· motif · 58005956–58005972 · motif
· motif · 58006559–58006575 · motif
· motif · 58006606–58006617 · motif
· motif · 58006606–58006617 · motif
· motif · 58006610–58006626 · motif
· motif · 58006610–58006626 · motif
· motif · 58006631–58006648 · motif
· motif · 58006986–58007003 · motif
· motif · 58007134–58007144 · motif
· motif · 58007172–58007183 · motif
· motif · 58007272–58007283 · motif
· motif · 58007292–58007305 · motif
· motif · 58007294–58007305 · motif
· motif · 58007325–58007336 · motif
· motif · 58007325–58007336 · motif
· motif · 58007369–58007380 · motif
· motif · 58007369–58007380 · motif
· motif · 58007379–58007390 · motif
· motif · 58007379–58007390 · motif
· motif · 58007509–58007525 · motif
· motif · 58007650–58007661 · motif
· motif · 58007669–58007679 · motif
· motif · 58007988–58008004 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：248 aa
SRSF1 蛋白質長 248 個胺基酸，屬於 SR 剪接因子家族。蛋白質特徵註解標示兩個 RNA recognition motif：RRM 1 位於第 16–91 個胺基酸，RRM 2 位於第 121–195 個胺基酸。第 88–134 與第 191–248 個胺基酸區段被註記為無序區；第 198–247 個胺基酸區段則標示與 SAFB1 互作。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SRSF1 可在細胞核與細胞質之間穿梭，並見於細胞核斑點。 其進入細胞核的過程由 TNPO3 介導；定位資訊未提供不同異構型之間的差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Chromosome。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 17 個夥伴
- CIR1Q86X95 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CLK1P49759-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NFYAP23511 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- NXF1Q9UBU9 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- RRP1BQ14684 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- SAP18O00422 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SNRNP70P08621 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- SRPK1Q96SB4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SRPK2P78362 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SRSF10O75494 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- THOC1Q96FV9 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TRA2BP62995 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRAF5O00463 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- U2AF1Q01081 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- U2AF2P26368 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- Srpk1O70551 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- Srpk2O54781 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SRSF1 被辨識為剪接體 C 複合體的組成成分，也出現在含 mRNA 與多種 RNA 結合蛋白的核糖核蛋白複合體中。體外資料指出它可自我締合，並與 SRSF2、SNRNP70、U2AF1 等結合，但不與 U2AF2 結合；另有多項蛋白質互作記錄。與 SRPK1 的滑動式停靠互作對其依序、持續磷酸化至關重要；RS 結構域磷酸化時，與 TNPO3 的互作可促進核輸入。SRSF1 也與 NXF1 互作。
疾病與遺傳關聯
SRSF1 相關條目列出一種常染色體顯性神經發育疾病，特徵包括發育遲緩、智能障礙、語言遲緩、肌張力低下、行為異常及非特異性顏面特徵。部分患者另有程度不一的骨骼或心臟異常。來源指出，影響 SRSF1 的變異會造成此疾病。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SRSF1 參與防止外顯子跳躍、維持剪接準確性並調節選擇性剪接。它透過 RS 結構域與剪接體成分作用，連結 U1 snRNP 與 U2AF，並可促進 U1 snRNP 結合含 5′ 剪接位點的 pre-mRNA。SRSF1 結合特定富含嘌呤的 RNA 序列；特定八核苷酸重複可在體外形成剪接增強子。ASF-2 與 ASF-3 為剪接抑制型異構型；SRSF1 也可能參與 TAP/NXF1 路徑的 mRNA 核輸出。 | 含實驗來源 | 證據與來源Plays a role in preventing exon skipping, ensuring the accuracy of splicing and regulating alternative splicing. Interacts with other spliceosomal components, via the RS domains, to form a bridge between the 5'- and 3'-splice site binding components, U1 snRNP and U2AF. Can stimulate binding of U1 snRNP to a 5'-splice site-containing pre-mRNA. Binds to purine-rich RNA sequences, either the octamer, 5'-RGAAGAAC-3' (r=A or G) or the decamers, AGGACAGAGC/AGGACGAAGC. Binds preferentially to the 5'-CGAGGCG-3' motif in vitro. Three copies of the octamer constitute a powerful splicing enhancer in vitro, the ASF/SF2 splicing enhancer (ASE) which can specifically activate ASE-dependent splicing. Isoform ASF-2 and isoform ASF-3 act as splicing repressors. May function as export adapter involved in mRNA nuclear export through the TAP/NXF1 pathway PMID 37595559 ↗ · PMID 8139654 ↗ |
| 交互作用 | SRSF1 被辨識於剪接體 C 複合體，也是含 mRNA、DDX5、HNRNPH2 與 ARVCF 等成分的核糖核蛋白複合體成員。體外可自我締合，並結合 SRSF2、SNRNP70、U2AF1 等但不結合 U2AF2；另與多種蛋白質互作。它與 SRPK1 的滑動式停靠互作對連續磷酸化很重要；RS 結構域磷酸化後與 TNPO3 的互作可促進核輸入。與 FAM120 的互作則連結新轉錄的脂質生成基因及含 SRSF1、U1-70K 的剪接機制。 | 含實驗來源 | 證據與來源Consists of two polypeptides of p32 and p33. Identified in the spliceosome C complex. Component of a ribonucleoprotein complex containing mRNAs and RNA-binding proteins including DDX5, HNRNPH2 and SRSF1 as well as splicing regulator ARVCF. In vitro, self-associates and binds SRSF2, SNRNP70 and U2AF1 but not U2AF2. Binds SREK1/SFRS12. Interacts with SAFB/SAFB1. Interacts with PSIP1/LEDGF. Interacts with RSRC1 (via Arg/Ser-rich domain). Interacts with ZRSR2/U2AF1-RS2. Interacts with CCDC55 (via C-terminus). Interacts with SRPK1 and a sliding docking interaction is essential for its sequential and processive phosphorylation by SRPK1. Interacts with NXF1. Interacts with CCNL1, CCNL2 and CDK11B. Interacts with RRP1B. Interacts (when phosphorylated in its RS domain) with TNPO3; promoting nuclear import. Interacts with ILDR1 (via C-terminus) and ILDR2 (By similarity). Interacts with FAM120; this interaction bridges newly transcribed lipogenic genes from RNA polymerase II to the SRSF1 and U1-70K-containing RNA-splicing machinery PMID 10757789 ↗ · PMID 11991638 ↗ · PMID 12667464 ↗ · PMID 14555757 ↗ · PMID 15798186 ↗ · PMID 18216018 ↗ · PMID 18342604 ↗ · PMID 21296756 ↗ · PMID 23604122 ↗ · PMID 24449914 ↗ · PMID 24644279 ↗ · PMID 37595559 ↗ · PMID 8261509 ↗ · PMID 9237760 ↗ · PMID 9671816 ↗ · PMID 9885563 ↗ |
| 細胞定位 | SRSF1 位於細胞核斑點，並可在細胞核與細胞質之間穿梭。其核輸入由 TNPO3 互作介導；來源未提供不同異構型的定位差異。 | 含實驗來源 | 證據與來源Chromosome; Cytoplasm; Nucleus speckle; In nuclear speckles. Shuttles between the nucleus and the cytoplasm. Nuclear import is mediated via interaction with TNPO3 PMID 37595559 ↗ · PMID 12215544 ↗ · PMID 20308322 ↗ · PMID 24449914 ↗ · PMID 9420331 ↗ · PMID 24644279 ↗ |
| 疾病關聯 | 影響 SRSF1 的變異會造成一種常染色體顯性神經發育疾病，表現包括發育遲緩、智能障礙、語言遲緩、肌張力低下、行為異常及非特異性顏面特徵。部分患者另有程度不一的骨骼與心臟異常。 | 含實驗來源 | 證據與來源Neurodevelopmental disorder with dysmorphic facies and behavioral abnormalities NEDFBA An autosomal dominant disorder characterized by developmental delay, intellectual disability, speech delay, hypotonia, behavioral abnormalities, and non-specific dysmorphic facial features. Some patients have variable skeletal and cardiac anomalies. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 620489 PMID 37071997 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GCCATTTTGGAGGGGCCGCGGGAGACGTGGTGCCGCTGCG40GGCTCGCTCTGCCGTGCGCTAGGCTTGGTGGGAAGGCCTG80TTCTCGAGTCCGCGCTTTTCGTCACCGCCATGTCGGGAGG120TGGTGTGATTCGTGGCCCCGCAGGGAACAACGATTGCCGC160ATCTACGTGGGTAACTTACCTCCAGACATCCGAACCAAGG200ACATTGAGGACGTGTTCTACAAATACGGCGCTATCCGCGA240CATCGACCTCAAGAATCGCCGCGGGGGACCGCCCTTCGCC280TTCGTTGAGTTCGAGGACCCGCGAGACGCGGAAGACGCGG320TGTATGGTCGCGACGGCTATGATTACGATGGGTACCGTCT360GCGGGTGGAGTTTCCTCGAAGCGGCCGTGGAACAGGCCGA400GGCGGCGGCGGGGGTGGAGGTGGCGGAGCTCCCCGAGGTC440GCTATGGCCCCCCATCCAGGCGGTCTGAAAACAGAGTGGT480TGTCTCTGGACTGCCTCCAAGTGGAAGTTGGCAGGATTTA520AAGGATCACATGCGTGAAGCAGGTGATGTATGTTATGCTG560ATGTTTACCGAGATGGCACTGGTGTCGTGGAGTTTGTACG600GAAAGAAGATATGACCTATGCAGTTCGAAAACTGGATAAC640ACTAAGTTTAGATCTCATGAGGGAGAAACTGCCTACATCC680GGGTTAAAGTTGATGGGCCCAGAAGTCCAAGTTATGGAAG720ATCTCGATCTCGAAGCCGTAGTCGTAGCAGAAGCCGTAGC760AGAAGCAACAGCAGGAGTCGCAGTTACTCCCCAAGGAGAA800GCAGAGGATCACCACGCTATTCTCCCCGTCATAGCAGATC840TCGCTCTCGTACATAAGATGATTGGTGACACTTTTTGTAG880AACCCATGTTGTATACAGTTTTCCTTTATTCAGTACAATC920TTTTCATTTTTTAATTCAAACTGTTTTGTTCAGAATGGGC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。