基因總覽
SRPX 的正式名稱為 sushi repeat containing protein X-linked,屬於蛋白質編碼基因,位於 X 染色體。現有資料將其產物描述為可能參與數種細胞相關作用,但尚未提供足以進一步界定其家族歸屬或完整生物學角色的資訊;因此,這些功能應保留為可能性,而非確定結論。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000378533 ★ | 38,149,339–38,220,871 | 10 |
| ENST00000432886 | 38,149,336–38,220,941 | 9 |
| ENST00000544439 | 38,149,336–38,220,941 | 9 |
| ENST00000538295 | 38,149,336–38,220,941 | 9 |
| ENST00000898757 | 38,149,336–38,220,941 | 11 |
| ENST00000898758 | 38,149,336–38,220,941 | 7 |
| ENST00000969690 | 38,149,336–38,220,941 | 8 |
| ENST00000969691 | 38,149,336–38,220,941 | 10 |
| ENST00000969692 | 38,149,336–38,220,941 | 8 |
| ENST00000969693 | 38,149,336–38,220,941 | 9 |
| ENST00000969694 | 38,149,336–38,220,941 | 10 |
| ENST00001132431 | 38,149,336–38,220,941 | 10 |
顯示 12/13 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SRPX 產物可能參與感光細胞外節盤膜脫落過程中的吞噬作用。此描述將可能的角色限定於盤膜脫落相關情境,並未指出具體吞噬對象、作用機制或該過程中的必要性,因此不能據此推定其在其他吞噬情境也具有相同功能。
資料也指出,SRPX 可能參與細胞黏附,但所述黏附對象限於色素上皮細胞以外的細胞。來源未進一步說明涉及哪些細胞、黏附如何形成,或此作用與盤膜脫落是否相關;因此,這項可能功能應與吞噬作用分開理解,不宜延伸為特定組織或細胞間的已知黏附機制。
此外,SRPX 可能參與訊號傳遞。現有描述未指出訊號的來源、傳遞途徑或下游結果,也沒有說明訊號傳遞是否與前述細胞黏附或吞噬作用相連。整體來說,來源提出了三類可能相關的作用,但沒有提供足以確認其因果關係、分子機制或生理影響的細節。
Promoter 與基因調控
>SRPX ENST00000378533 GRCh38 chrX:38220771-38221871 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TTGCCTTACTGATTTAACAAGAACTAAACAACCAAAACAACAAACAAACAAACAAAACTATGAGAGGCTT ACTCAAATGCCTCAAAGAAACCAGATCCGTCCTGCGGGCAGCCTAGAAACCCTGTCCTGATGCCAGGATC CAGCGATGCCAAGCCACAGGGAAGAGGCTCCAGTCTGGTCGTGGTATCTTTGGGGTGGTTGAGAACAACC CAGGAAATGAGGAAATCTGGCTGCAGGAACCTACAGCTGGATCCCCATGGCTGTGGGTGAGACAGAGAAC TTTCTGTGCCTTGTGCTCTCCCATCAGCTGATCCTGGAAGGAGAACCTCAAGCCCCATCCTAAACCGCAG CAGAGCAGGCACGCACCCGGTCCAGTCCTTGATTTATTCCTTTGCAAAAGAGAAACAAACTAACAAAAAA TCTGTAGTATGGACTTTGACGTCGGCAGAACTACACACCTAAGTTCCAGTCCCTGCTCTGCCAGTAACGG GGGTGAATCTGGGCAAGTTTCTAAGCGTCGGTGTCTTATTGGAGAAAGTGGACATGGTAATAGCGAACTT GGGGCATGGTCGTGAGGATCAAAACAGAGAACATGGCCATAGTATCCGGCCGCAGTGGGCCACTCTGAAT CCCCTCGGTTGCCCCTTCTGTTTCCGTGTGACTCACGCAGCTTTCTGCACAGATGGTATCCTTCTAGACG TCTGGGATGTTCGAGGCGGTTGTATTGAATACCGTGTGTGTATTCCGGGTGAGGGGGCGCGCAAATTGGG GCAAAGAAAGCTACTTCAGGATATTTCGCTCTGCTGGGGCTTGTCTCCAGCGCTCTCTGGCCAGAAAAAG CGCTGGCACAAAAGGAGGAGGTGGGTGGGTCAGAGCCCCGAACCGCGCAGTGTTCCAGGGGGGGCGGAGA AAGGAGGGCAGGCCCCAGGCAGGAAGGAGGGAGGGAAAGAGGCGAGAGGAGGAGTTTTCCAGCCCGGCCT TCGCCCGCCCGCTAGCACGCAGTCCCTTGGTCTCTTCGGTCTCCTGCCGCCCCCGGGAAGCGCGCTGCGC TGCCGAGGCGAGCTAAGCGCCCGCTCGCCATGGGGAGCCCCGCACATCGGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SRPX_1 ↗ | X:38,220,860 | 負股 | 38,220,850–38,220,909 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSRX_C5RDR · enhancer · 38219756–38220860 · regulatory
ENSRX_835C7L · promoter · 38220861–38221054 · regulatory
ENSRX_B9KRP · enhancer · 38221055–38221728 · regulatory
ENSRX_748NL5 · promoter · 38225138–38225238 · regulatory
ENSRX_9K6MK · enhancer · 38225239–38225530 · regulatory
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:464 aa
SRPX 蛋白質長 464 個胺基酸,序列註解包含位於第 1–30 位的訊號胜肽,以及三個 Sushi domain 和一個 HYR domain。Sushi 1、Sushi 2、HYR 與 Sushi 3 分別位於第 57–117、118–176、177–259 與 260–319 位。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SRPX 被註記位於細胞表面;資料另以「可能」描述其位於感光細胞表面,這項定位仍屬不確定。
未繪示構造:Cell surface。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- PELOQ9BRX2 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SRPX 可能參與感光細胞外節盤膜脫落時的吞噬作用,也可能涉及與色素上皮細胞以外細胞的黏附,或參與訊號傳遞。來源以可能性描述這些角色,未指出其作用機制、涉及的特定細胞或彼此之間的關聯。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源May be involved in phagocytosis during disk shedding, cell adhesion to cells other than the pigment epithelium or signal transduction |
| 細胞定位 | SRPX 的定位資料記載於細胞表面,並提出其可能位於感光細胞表面。感光細胞表面的定位帶有不確定性;這筆敘述沒有提供其他定位改變條件或實驗細節。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
AGTCCCTTGGTCTCTTCGGTCTCCTGCCGCCCCCGGGAAG40CGCGCTGCGCTGCCGAGGCGAGCTAAGCGCCCGCTCGCCA80TGGGGAGCCCCGCACATCGGCCCGCGCTGCTGCTGCTGCT120GCCGCCTCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCGCGTCCCGCCC160AGCCGCAGCTTCCCAGGATCGGGAGACTCACCACTAGAAG200ACGATGAAGTCGGGTATTCACACCCTAGATATAAAGATAC240CCCGTGGTGCTCCCCCATCAAGGTGAAGTATGGGGATGTG280TACTGCAGGGCCCCTCAAGGAGGATACTACAAAACAGCCC320TGGGAACCAGGTGCGACATTCGCTGCCAGAAGGGCTACGA360GCTGCATGGCTCTTCCCTACTGATCTGCCAGTCAAACAAA400CGATGGTCTGACAAGGTCATCTGCAAACAAAAGCGATGTC440CTACCCTTGCCATGCCAGCAAATGGAGGGTTTAAGTGTGT480AGATGGTGCCTACTTTAACTCCCGGTGTGAGTATTATTGT520TCACCAGGATACACGTTGAAAGGGGAGCGGACCGTCACAT560GTATGGACAACAAGGCCTGGAGCGGCCGGCCAGCCTCCTG600TGTGGATATGGAACCTCCTAGAATCAAGTGCCCAAGTGTG640AAGGAACGCATTGCAGAACCCAACAAACTGACAGTCCGGG680TGTCCTGGGAGACACCCGAAGGAAGAGACACAGCAGATGG720AATTCTTACTGATGTCATTCTAAAAGGCCTCCCCCCAGGC760TCCAACTTTCCAGAAGGAGACCACAAGATCCAGTACACAG800TCTATGACAGAGCTGAGAATAAGGGCACTTGCAAATTTCG840AGTTAAAGTAAGAGTCAAACGCTGTGGCAAACTCAATGCC880CCAGAGAATGGTTACATGAAGTGCTCCAGCGACGGTGATA920ATTATGGAGCCACCTGTGAGTTCTCCTGCATCGGCGGCTA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。