演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

SRPXETX1

sushi repeat containing protein X-linked

SRPX 是位於 X 染色體的蛋白質編碼基因;其產物可能參與視網膜感光細胞外節盤膜脫落時的吞噬作用、細胞黏附或訊號傳遞。

Homo sapiensXp11.4UniProt P78539
OFFICIAL SYMBOL
SRPX
CHROMOSOME
X
UNIPROT
P78539
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SRPX 的正式名稱為 sushi repeat containing protein X-linked,屬於蛋白質編碼基因,位於 X 染色體。現有資料將其產物描述為可能參與數種細胞相關作用,但尚未提供足以進一步界定其家族歸屬或完整生物學角色的資訊;因此,這些功能應保留為可能性,而非確定結論。

Official symbol
SRPX
Gene name
sushi repeat containing protein X-linked
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:11309
UniProt
P78539
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
ETX1SRPX1

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome XXp11.4
chrX · 156,040,895 bp · GRCh38chrXp22.33 · 1–4400000 · gnegchrXp22.32 · 4400001–6100000 · gpos50chrXp22.31 · 6100001–9600000 · gnegchrXp22.2 · 9600001–17400000 · gpos50chrXp22.13 · 17400001–19200000 · gnegchrXp22.12 · 19200001–21900000 · gpos50chrXp22.11 · 21900001–24900000 · gnegchrXp21.3 · 24900001–29300000 · gpos100chrXp21.2 · 29300001–31500000 · gnegchrXp21.1 · 31500001–37800000 · gpos100chrXp11.4 · 37800001–42500000 · gnegchrXp11.3 · 42500001–47600000 · gpos75chrXp11.23 · 47600001–50100000 · gnegchrXp11.22 · 50100001–54800000 · gpos25chrXp11.21 · 54800001–58100000 · gnegchrXp11.1 · 58100001–61000000 · acenchrXq11.1 · 61000001–63800000 · acenchrXq11.2 · 63800001–65400000 · gnegchrXq12 · 65400001–68500000 · gpos50chrXq13.1 · 68500001–73000000 · gnegchrXq13.2 · 73000001–74700000 · gpos50chrXq13.3 · 74700001–76800000 · gnegchrXq21.1 · 76800001–85400000 · gpos100chrXq21.2 · 85400001–87000000 · gnegchrXq21.31 · 87000001–92700000 · gpos100chrXq21.32 · 92700001–94300000 · gnegchrXq21.33 · 94300001–99100000 · gpos75chrXq22.1 · 99100001–103300000 · gnegchrXq22.2 · 103300001–104500000 · gpos50chrXq22.3 · 104500001–109400000 · gnegchrXq23 · 109400001–117400000 · gpos75chrXq24 · 117400001–121800000 · gnegchrXq25 · 121800001–129500000 · gpos100chrXq26.1 · 129500001–131300000 · gnegchrXq26.2 · 131300001–134500000 · gpos25chrXq26.3 · 134500001–138900000 · gnegchrXq27.1 · 138900001–141200000 · gpos75chrXq27.2 · 141200001–143000000 · gnegchrXq27.3 · 143000001–148000000 · gpos100chrXq28 · 148000001–156040895 · gnegSRPXpq1 bp156,040,895 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chrX:38,149,336–38,220,941
Gene span
71,606 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000378533 ★38,149,339–38,220,87110
ENST0000043288638,149,336–38,220,9419
ENST0000054443938,149,336–38,220,9419
ENST0000053829538,149,336–38,220,9419
ENST0000089875738,149,336–38,220,94111
ENST0000089875838,149,336–38,220,9417
ENST0000096969038,149,336–38,220,9418
ENST0000096969138,149,336–38,220,94110
ENST0000096969238,149,336–38,220,9418
ENST0000096969338,149,336–38,220,9419
ENST0000096969438,149,336–38,220,94110
ENST0000113243138,149,336–38,220,94110

顯示 12/13 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

SRPX 產物可能參與感光細胞外節盤膜脫落過程中的吞噬作用。此描述將可能的角色限定於盤膜脫落相關情境,並未指出具體吞噬對象、作用機制或該過程中的必要性,因此不能據此推定其在其他吞噬情境也具有相同功能。

資料也指出,SRPX 可能參與細胞黏附,但所述黏附對象限於色素上皮細胞以外的細胞。來源未進一步說明涉及哪些細胞、黏附如何形成,或此作用與盤膜脫落是否相關;因此,這項可能功能應與吞噬作用分開理解,不宜延伸為特定組織或細胞間的已知黏附機制。

此外,SRPX 可能參與訊號傳遞。現有描述未指出訊號的來源、傳遞途徑或下游結果,也沒有說明訊號傳遞是否與前述細胞黏附或吞噬作用相連。整體來說,來源提出了三類可能相關的作用,但沒有提供足以確認其因果關係、分子機制或生理影響的細節。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 38220871 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SRPX ENST00000378533 GRCh38 chrX:38220771-38221871 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TTGCCTTACTGATTTAACAAGAACTAAACAACCAAAACAACAAACAAACAAACAAAACTATGAGAGGCTT
ACTCAAATGCCTCAAAGAAACCAGATCCGTCCTGCGGGCAGCCTAGAAACCCTGTCCTGATGCCAGGATC
CAGCGATGCCAAGCCACAGGGAAGAGGCTCCAGTCTGGTCGTGGTATCTTTGGGGTGGTTGAGAACAACC
CAGGAAATGAGGAAATCTGGCTGCAGGAACCTACAGCTGGATCCCCATGGCTGTGGGTGAGACAGAGAAC
TTTCTGTGCCTTGTGCTCTCCCATCAGCTGATCCTGGAAGGAGAACCTCAAGCCCCATCCTAAACCGCAG
CAGAGCAGGCACGCACCCGGTCCAGTCCTTGATTTATTCCTTTGCAAAAGAGAAACAAACTAACAAAAAA
TCTGTAGTATGGACTTTGACGTCGGCAGAACTACACACCTAAGTTCCAGTCCCTGCTCTGCCAGTAACGG
GGGTGAATCTGGGCAAGTTTCTAAGCGTCGGTGTCTTATTGGAGAAAGTGGACATGGTAATAGCGAACTT
GGGGCATGGTCGTGAGGATCAAAACAGAGAACATGGCCATAGTATCCGGCCGCAGTGGGCCACTCTGAAT
CCCCTCGGTTGCCCCTTCTGTTTCCGTGTGACTCACGCAGCTTTCTGCACAGATGGTATCCTTCTAGACG
TCTGGGATGTTCGAGGCGGTTGTATTGAATACCGTGTGTGTATTCCGGGTGAGGGGGCGCGCAAATTGGG
GCAAAGAAAGCTACTTCAGGATATTTCGCTCTGCTGGGGCTTGTCTCCAGCGCTCTCTGGCCAGAAAAAG
CGCTGGCACAAAAGGAGGAGGTGGGTGGGTCAGAGCCCCGAACCGCGCAGTGTTCCAGGGGGGGCGGAGA
AAGGAGGGCAGGCCCCAGGCAGGAAGGAGGGAGGGAAAGAGGCGAGAGGAGGAGTTTTCCAGCCCGGCCT
TCGCCCGCCCGCTAGCACGCAGTCCCTTGGTCTCTTCGGTCTCCTGCCGCCCCCGGGAAGCGCGCTGCGC
TGCCGAGGCGAGCTAAGCGCCCGCTCGCCATGGGGAGCCCCGCACATCGGC
SRPX 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
SRPX_1 ↗X:38,220,860負股38,220,850–38,220,909

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSRX_C5RDR · enhancer · 38219756–38220860 · regulatory

ENSRX_835C7L · promoter · 38220861–38221054 · regulatory

ENSRX_B9KRP · enhancer · 38221055–38221728 · regulatory

ENSRX_748NL5 · promoter · 38225138–38225238 · regulatory

ENSRX_9K6MK · enhancer · 38225239–38225530 · regulatory

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:464 aa

1 aa464 aa結構域訊號胜肽
依 P78539 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

SRPX 蛋白質長 464 個胺基酸,序列註解包含位於第 1–30 位的訊號胜肽,以及三個 Sushi domain 和一個 HYR domain。Sushi 1、Sushi 2、HYR 與 Sushi 3 分別位於第 57–117、118–176、177–259 與 260–319 位。

訊號胜肽1–30 aa
結構域Sushi 157–117 aa
結構域Sushi 2118–176 aa
結構域HYR177–259 aa
結構域Sushi 3260–319 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · P78539…

AlphaFold · P78539

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cell surface

SRPX 被註記位於細胞表面;資料另以「可能」描述其位於感光細胞表面,這項定位仍屬不確定。

未繪示構造:Cell surface。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 1 個夥伴 · 最多顯示 50 個
ETX1SRPXPELO
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能SRPX 可能參與感光細胞外節盤膜脫落時的吞噬作用,也可能涉及與色素上皮細胞以外細胞的黏附,或參與訊號傳遞。來源以可能性描述這些角色,未指出其作用機制、涉及的特定細胞或彼此之間的關聯。資料庫紀錄
證據與來源

May be involved in phagocytosis during disk shedding, cell adhesion to cells other than the pigment epithelium or signal transduction

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位SRPX 的定位資料記載於細胞表面,並提出其可能位於感光細胞表面。感光細胞表面的定位帶有不確定性;這筆敘述沒有提供其他定位改變條件或實驗細節。推論支持
證據與來源

Cell surface; Possibly surface of photoreceptor cell

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000378533 · 1,846 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AGTCCCTTGGTCTCTTCGGTCTCCTGCCGCCCCCGGGAAG40
41CGCGCTGCGCTGCCGAGGCGAGCTAAGCGCCCGCTCGCCA80
81TGGGGAGCCCCGCACATCGGCCCGCGCTGCTGCTGCTGCT120
121GCCGCCTCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCGCGTCCCGCCC160
161AGCCGCAGCTTCCCAGGATCGGGAGACTCACCACTAGAAG200
201ACGATGAAGTCGGGTATTCACACCCTAGATATAAAGATAC240
241CCCGTGGTGCTCCCCCATCAAGGTGAAGTATGGGGATGTG280
281TACTGCAGGGCCCCTCAAGGAGGATACTACAAAACAGCCC320
321TGGGAACCAGGTGCGACATTCGCTGCCAGAAGGGCTACGA360
361GCTGCATGGCTCTTCCCTACTGATCTGCCAGTCAAACAAA400
401CGATGGTCTGACAAGGTCATCTGCAAACAAAAGCGATGTC440
441CTACCCTTGCCATGCCAGCAAATGGAGGGTTTAAGTGTGT480
481AGATGGTGCCTACTTTAACTCCCGGTGTGAGTATTATTGT520
521TCACCAGGATACACGTTGAAAGGGGAGCGGACCGTCACAT560
561GTATGGACAACAAGGCCTGGAGCGGCCGGCCAGCCTCCTG600
601TGTGGATATGGAACCTCCTAGAATCAAGTGCCCAAGTGTG640
641AAGGAACGCATTGCAGAACCCAACAAACTGACAGTCCGGG680
681TGTCCTGGGAGACACCCGAAGGAAGAGACACAGCAGATGG720
721AATTCTTACTGATGTCATTCTAAAAGGCCTCCCCCCAGGC760
761TCCAACTTTCCAGAAGGAGACCACAAGATCCAGTACACAG800
801TCTATGACAGAGCTGAGAATAAGGGCACTTGCAAATTTCG840
841AGTTAAAGTAAGAGTCAAACGCTGTGGCAAACTCAATGCC880
881CCAGAGAATGGTTACATGAAGTGCTCCAGCGACGGTGATA920
921ATTATGGAGCCACCTGTGAGTTCTCCTGCATCGGCGGCTA960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。