基因總覽
SRPK2（SRSF protein kinase 2）是蛋白質編碼基因，其產物屬於蛋白質激酶超家族中的 CMGC Ser/Thr protein kinase 家族。這種激酶與 SR 剪接因子的磷酸化及 RNA 剪接調控有關，也參與剪接體形成等過程。蛋白質具有廣泛的 protein kinase 結構域；此外，序列中有數段被註解為無序區域。這些特徵概述其酵素家族與基本結構，具體的磷酸化標的及相關細胞作用另見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000393651 ★ | 105,116,374–105,388,921 | 16 |
| ENST00000477925 | 105,114,749–105,389,341 | 16 |
| ENST00000482862 | 105,114,749–105,389,391 | 17 |
| ENST00000460391 | 105,114,749–105,388,901 | 18 |
| ENST00000357311 | 105,114,749–105,269,015 | 15 |
| ENST00000489828 | 105,114,749–105,298,779 | 17 |
| ENST00000885296 | 105,114,749–105,388,946 | 16 |
| ENST00000936068 | 105,114,749–105,388,905 | 12 |
| ENST00000936069 | 105,114,749–105,388,956 | 12 |
| ENST00000936070 | 105,114,749–105,388,907 | 15 |
| ENST00000981432 | 105,114,749–105,388,920 | 16 |
| ENST00001008994 | 105,114,749–105,388,949 | 16 |
顯示 12/18 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SRPK2 是具底物選擇性的蛋白質激酶，能磷酸化富含精胺酸／絲胺酸雙胜肽的區域，即 RS domains，並參與 SR 剪接因子的磷酸化與剪接調控。其反應可將 ATP 的磷酸基轉移至蛋白質上的絲胺酸；來源也列出可在蘇胺酸上進行的磷酸化反應。
在剪接體組裝方面，SRPK2 透過磷酸化 DDX23/PRP28，對剪接體 B 複合體的形成具有重要作用。來源並指出，SRPK2 可能藉由磷酸化 DDX23，抑制轉錄期間形成的不適當 R-loops；這類結構由 DNA:RNA hybrid 與相關的非模板單股 DNA 組成。此處對 R-loops 的調控以可能性表述。
SRPK2 也能磷酸化 ACIN1，使其由核斑重新分布至核質，並伴隨 cyclin A1 上調；來源特別指出，此效應不包括 cyclin A2。另一條涉及細胞週期調控的路徑中，SRPK2 磷酸化 SRSF2，抑制 p53/TP53 的磷酸化，因而解除 p53/TP53 對 cyclin-D1（CCND1）表現的抑制。CCND1 表現上升與神經元凋亡促進作用相關。
在病毒相關作用上，SRPK2 可介導 hepatitis B virus（HBV）核心蛋白磷酸化；但其抑制 HBV 複製的作用並非透過核心蛋白磷酸化，而是降低前基因組 RNA（pgRNA）的包裝效率，且不影響病毒核心顆粒形成。另有資料指出 SRPK2 可磷酸化 ERC1 的 N 端，該項證據標示為相似性推論。
Promoter 與基因調控
>SRPK2 ENST00000393651 GRCh38 chr7:105388821-105389921 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TCTGATTTATCATCCTTAGTGTAAGCCACCTTGTCAAAGATACAGTTGTGTGACCAATGAGGGAGTTAAT AGTCAGAATGCGTATCTTTCAAAAACTATTGTAATTATTTACATAAATAAGAGAACATTGCAGTTATCTT TTTGTGTCACTATCAACTTGATTCACATCTTTTGTAGGCAGCCTGATAAGGTGGTTTGTCGACGGCCAGG CCTGAATTTCGATCCTGGCTGGTTAAACTTTTTAACCTCGTTGGGACTCAGTTTCCTCATTGTAGGATGC AGAAAATAACTACTTGGTGTGATTGTTGTTTTGAATTGTTATACACCTGGTGTTTACGGAAGCGAGTTTC AATTCATGTGCAAAACCTTTGTCCTACCTTGAATGCTATCTGTATCTTTTCCTTCATTAAACTCATGCAA TCCTGGAGGGCACTTAGAGGTGGGAGAGAAAATGACTTCTCCAAGGTCACACCGCTAATCGCGGACCCAG GTTTCCCAGCTTTTGGTCGTGTGCCCTTTCCACGCCTGCCGGAGAGGAGGAAGCGGCGCTCATGGGGTTG CAAGGATGTAGAGGAGCAAAGGGAGAGAAGAGGCCGCGGGAAGAGAGGTGGTGCGAGACCCGCGGAGGCG CCGGCCAAGGACGGGCGCATGGAGCAGCGGGCGGCGCGACCGGCCGGGGTGCGGAGGGGAGAGGCCGCGG CGGGGAGGGAGGGTCCCGCGGGTCCGGTGCCCGGGAGAGGCGGGCGGCCTGGGCCAGCCGCAGGATCGCA GGAGGCGGAGGCCCGGGCCGCGGGCTGGGGTGGGGGAGGCCGAGGGCCAGCGCGGCCATGGGCGGCGGCC ACTTCTGCACAGGTGGGTGGGGCGGGGGCGCGGGGCGCTGGGCGCGCGGCGCTGGGGTCCCGACCCCCGG GGCCGGCGGGTGGGGGCGGGGCGGGGGCGGGGCCGGACGGGGGCGGGTCTTGCTGGGTCCCTGCTGGAGC GGCGGCGGCGGCGGCGGCGCAGGCGCGGTTCTCGTCTCCTCCCGGCCGGCGGAGCGAGTGGAGGCTGCAG CCCAGCTCGTCTCGGCGCCCGCGTCGCCGTCGCGAAGCCCCCCGCCCCGCT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SRPK2_1 ↗ | 7:105,269,050 | 負股 | 105,269,040–105,269,099 |
| SRPK2_2 ↗ | 7:105,399,357 | 負股 | 105,399,347–105,399,406 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR7_CDGCK · enhancer · 105387559–105388890 · regulatory
ENSR7_BQWPB · promoter · 105388891–105389783 · regulatory
· motif · 105388293–105388304 · motif
· motif · 105388404–105388419 · motif
· motif · 105388412–105388427 · motif
· motif · 105388528–105388541 · motif
· motif · 105388528–105388541 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：688 aa
SRPK2 蛋白長 688 個胺基酸，具有涵蓋第 81 至 684 位胺基酸的 protein kinase 結構域，並歸屬於 CMGC Ser/Thr protein kinase 家族。序列註解指出，第 1–65、239–277、329–444 及 469–501 位胺基酸區段為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SRPK2 可在細胞質與細胞核間穿梭。 PKB/AKT1 對 Thr-492 的磷酸化促進其進入細胞核，而 KAT5/TIP60 會抑制核轉位。 轉錄期間，SRPK2 可聚集於出現非預期 R-loops 的染色質位置，並與暫停中的 Ser-5 磷酸化 POLR2A 及 DDX23 共定位。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Chromosome。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 58 個夥伴
- ACIN1Q9UKV3 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- ARGLU1Q9NWB6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ARL6IP4Q66PJ3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CDK7P50613 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- CHTOPQ9Y3Y2 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- CLK2P49760 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CLK3P49761 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- COILP38432 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DDX21Q9NR30 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DDX46Q7L014 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- DDX6P26196 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- DHX8Q14562 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- FXR1P51114-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FXR2P51116 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- HCN1O60741 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HNRNPCP07910 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- HOXB6P17509 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LUC7LQ9NQ29 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- LUC7L2Q9Y383 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- LUZP4Q9P127 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MMTAG2Q9BU76 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- NOM1Q5C9Z4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NSRP1Q9H0G5 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- PRPF38AQ8NAV1 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- PRR20DP86480 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SRPK2 與 U4/U6-U5 tri-snRNPs 相關，並與 ACIN1、SFN 及 POLR2A/RNA polymerase II 有交互作用；其中與 POLR2A 的交互作用發生於轉錄共轉錄形成不適當 R-loops 期間。SRPK2 也以磷酸化依賴方式與 PKB/AKT1 互作；經 PKB/AKT1 磷酸化後，會與 YWHAB、YWHAE 互作。YWHAB 的結合可抑制 SRPK2 被 caspases 切割，並抑制其 N 端促凋亡片段釋出。另有相似性證據指出，SRPK2 的 kinase domain 可直接結合 ERC1 的 N 端，此互作可能與 SRPK 蛋白定位有關。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SRPK2 是具底物選擇性的激酶，會磷酸化富含精胺酸／絲胺酸雙胜肽的 RS domains，並參與 SR 剪接因子磷酸化及剪接調控。它可經由 SRSF2、p53/TP53 與 CCND1 的調控促進神經元凋亡，也會磷酸化 ACIN1，影響其核內分布及 cyclin A1（但非 cyclin A2）表現。SRPK2 參與剪接體 B 複合體形成；可能透過 DDX23 抑制不適當 R-loops。它能介導 HBV 核心蛋白磷酸化，但抑制 HBV 複製是藉降低 pgRNA 包裝效率，且不影響核心顆粒形成；另可磷酸化 ERC1 N 端，此項為相似性證據。 | 含實驗來源 | 證據與來源Serine/arginine-rich protein-specific kinase which specifically phosphorylates its substrates at serine residues located in regions rich in arginine/serine dipeptides, known as RS domains and is involved in the phosphorylation of SR splicing factors and the regulation of splicing. Promotes neuronal apoptosis by up-regulating cyclin-D1 (CCND1) expression. This is done by the phosphorylation of SRSF2, leading to the suppression of p53/TP53 phosphorylation thereby relieving the repressive effect of p53/TP53 on cyclin-D1 (CCND1) expression. Phosphorylates ACIN1, and redistributes it from the nuclear speckles to the nucleoplasm, resulting in cyclin A1 but not cyclin A2 up-regulation. Plays an essential role in spliceosomal B complex formation via the phosphorylation of DDX23/PRP28. Probably by phosphorylating DDX23, leads to the suppression of incorrect R-loops formed during transcription; R-loops are composed of a DNA:RNA hybrid and the associated non-template single-stranded DNA. Can mediate hepatitis B virus (HBV) core protein phosphorylation. Plays a negative role in the regulation of HBV replication through a mechanism not involving the phosphorylation of the core protein but by reducing the packaging efficiency of the pregenomic RNA (pgRNA) without affecting the formation of the viral core particles. Phosphorylates the N-terminus of ERC1 (By similarity) PMID 12134018 ↗ · PMID 16122776 ↗ · PMID 18425142 ↗ · PMID 18559500 ↗ · PMID 19592491 ↗ · PMID 21056976 ↗ · PMID 21205200 ↗ · PMID 28076779 ↗ · PMID 9472028 ↗ |
| 分子活性 | L-seryl-[protein] + ATP = O-phospho-L-seryl-[protein] + ADP + H(+) | 含實驗來源 | 證據與來源L-seryl-[protein] + ATP = O-phospho-L-seryl-[protein] + ADP + H(+) PMID 12134018 ↗ · PMID 18559500 ↗ · PMID 9472028 ↗ · PMID 21157427 ↗ |
| 分子活性 | L-threonyl-[protein] + ATP = O-phospho-L-threonyl-[protein] + ADP + H(+) | 含實驗來源 | 證據與來源L-threonyl-[protein] + ATP = O-phospho-L-threonyl-[protein] + ADP + H(+) PMID 12134018 ↗ · PMID 9472028 ↗ · PMID 21157427 ↗ |
| 交互作用 | SRPK2 與 U4/U6-U5 tri-snRNPs 相關，並與 PKB/AKT1 以磷酸化依賴方式互作；經 PKB/AKT1 磷酸化後，SRPK2 會與 YWHAB、YWHAE 互作。YWHAB 結合可抑制 SRPK2 被 caspases 切割及其 N 端促凋亡片段釋出。SRPK2 也與 SFN、ACIN1 和 POLR2A/RNA polymerase II 互作；後者發生於不適當 R-loops 的共轉錄形成期間。相似性證據指出，SRPK2 kinase domain 可直接結合 ERC1 N 端，且此作用可能涉及 SRPK 蛋白定位。 | 含實驗來源 | 證據與來源Associates with U4/U6-U5 tri-small nuclear ribonucleoproteins (U4/U6-U5 tri-snRNPs). Interacts with PKB/AKT1 in a phosphorylation-dependent manner. The phosphorylated form (by PKB/AKT1) interacts with YWHAB and YWHAE. Interaction with YWHAB suppresses its cleavage by caspases and inhibits the release of its N-terminal pro-apoptotic fragment. Interacts with SFN. Interacts with ACIN1. Interacts with POLR2A/RNA polymerase II; the interaction occurs during the co-transcriptional formation of inappropriate R-loops. Interacts (via kinase domain) with ERC1 (via N-terminus); the interaction is direct and may be involved in SRPK protein localization (By similarity) PMID 18425142 ↗ · PMID 18559500 ↗ · PMID 19592491 ↗ · PMID 28076779 ↗ |
| 細胞定位 | SRPK2 可在細胞質與細胞核之間穿梭，核轉位受不同調控：PKB/AKT1 對 Thr-492 的磷酸化會促進核轉位，KAT5/TIP60 則會抑制此過程。SRPK2 優先分布於基因編碼區域；轉錄期間也會聚集於形成非預期 R-loops 的染色質位置，並與暫停中的 Ser-5 磷酸化 POLR2A/RNA polymerase II 及 DDX23 共定位。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Nucleus, nucleoplasm; Nucleus speckle; Chromosome; Shuttles between the nucleus and the cytoplasm. KAT5/TIP60 inhibits its nuclear translocation. Phosphorylation at Thr-492 by PKB/AKT1 promotes nuclear translocation. Preferentially localizes across the entire gene coding region. During transcription, accumulates at chromatin loci where unscheduled R-loops form and colocalizes with paused 'Ser-5'-phosphorylated POLR2A/RNA polymerase II and helicase DDX23 PMID 21056976 ↗ · PMID 21157427 ↗ · PMID 28076779 ↗ · PMID 9472028 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGGCGCGGTTCTCGTCTCCTCCCGGCCGGCGGAGCGAGTG40GAGGCTGCAGCCCAGCTCGTCTCGGCGCCCGCGTCGCCGT80CGCGAAGCCCCCCGCCCCGCTTCCGCCGCGTCGGAATGAG120CTCCCGGAAAGTGCTGGCCATTCAGGCCCGAAAGCGGAGG160CCGAAAAGAGAGAAACATCCGAAAAAGCCGGAGCCTCAAC200AGAAAGCTCCTTTAGTTCCTCCTCCTCCACCGCCACCACC240ACCACCACCGCCACCTTTGCCAGACCCCACACCCCCGGAG280CCAGAGGAGGAGATCCTGGGATCAGATGATGAGGAGCAAG320AGGACCCTGCGGACTACTGCAAAGGTGGATATCATCCAGT360GAAAATTGGAGACCTCTTCAATGGCCGGTATCATGTTATT400AGAAAGCTTGGATGGGGGCACTTCTCTACTGTCTGGCTGT440GCTGGGATATGCAGGGGAAAAGATTTGTTGCAATGAAAGT480TGTAAAAAGTGCCCAGCATTATACGGAGACAGCCTTGGAT520GAAATAAAATTGCTCAAATGTGTTCGAGAAAGTGATCCCA560GTGACCCAAACAAAGACATGGTGGTCCAGCTCATTGACGA600CTTCAAGATTTCAGGCATGAATGGGATACATGTCTGCATG640GTCTTCGAAGTACTTGGCCACCATCTCCTCAAGTGGATCA680TCAAATCCAACTATCAAGGCCTCCCAGTACGTTGTGTGAA720GAGTATCATTCGACAGGTCCTTCAAGGGTTAGATTACTTA760CACAGTAAGTGCAAGATCATTCATACTGACATAAAGCCGG800AAAATATCTTGATGTGTGTGGATGATGCATATGTGAGAAG840AATGGCAGCTGAGGCCACTGAGTGGCAGAAAGCAGGTGCT880CCTCCTCCTTCAGGGTCTGCAGTGAGTACGGCTCCACAGC920AGAAACCTATAGGAAAAATATCTAAAAACAAAAAGAAAAA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。