演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN GENE LOCUS

SRIP1SRIL

sorcin pseudogene 1

SRIP1 的基因身分與分類資料已收錄,功能註解尚待補充。

Homo sapiens4q12
OFFICIAL SYMBOL
SRIP1
CHROMOSOME
4
LOCUS TYPE
processed_pseudogene
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SRIP1 是人類假基因(pseudogene),正式名稱為 sorcin pseudogene 1。登錄類型為 pseudogene。此基因座位於 4q12。

Official symbol
SRIP1
Gene name
sorcin pseudogene 1
Organism
Homo sapiens
Gene type
pseudogene
HGNC ID
HGNC:11293
Locus type
pseudogene
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
SRIL

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 44q12
chr4 · 190,214,555 bp · GRCh38chr4p16.3 · 1–4500000 · gnegchr4p16.2 · 4500001–6000000 · gpos25chr4p16.1 · 6000001–11300000 · gnegchr4p15.33 · 11300001–15000000 · gpos50chr4p15.32 · 15000001–17700000 · gnegchr4p15.31 · 17700001–21300000 · gpos75chr4p15.2 · 21300001–27700000 · gnegchr4p15.1 · 27700001–35800000 · gpos100chr4p14 · 35800001–41200000 · gnegchr4p13 · 41200001–44600000 · gpos50chr4p12 · 44600001–48200000 · gnegchr4p11 · 48200001–50000000 · acenchr4q11 · 50000001–51800000 · acenchr4q12 · 51800001–58500000 · gnegchr4q13.1 · 58500001–65500000 · gpos100chr4q13.2 · 65500001–69400000 · gnegchr4q13.3 · 69400001–75300000 · gpos75chr4q21.1 · 75300001–78000000 · gnegchr4q21.21 · 78000001–81500000 · gpos50chr4q21.22 · 81500001–83200000 · gnegchr4q21.23 · 83200001–86000000 · gpos25chr4q21.3 · 86000001–87100000 · gnegchr4q22.1 · 87100001–92800000 · gpos75chr4q22.2 · 92800001–94200000 · gnegchr4q22.3 · 94200001–97900000 · gpos75chr4q23 · 97900001–100100000 · gnegchr4q24 · 100100001–106700000 · gpos50chr4q25 · 106700001–113200000 · gnegchr4q26 · 113200001–119900000 · gpos75chr4q27 · 119900001–122800000 · gnegchr4q28.1 · 122800001–127900000 · gpos50chr4q28.2 · 127900001–130100000 · gnegchr4q28.3 · 130100001–138500000 · gpos100chr4q31.1 · 138500001–140600000 · gnegchr4q31.21 · 140600001–145900000 · gpos25chr4q31.22 · 145900001–147500000 · gnegchr4q31.23 · 147500001–150200000 · gpos25chr4q31.3 · 150200001–154600000 · gnegchr4q32.1 · 154600001–160800000 · gpos100chr4q32.2 · 160800001–163600000 · gnegchr4q32.3 · 163600001–169200000 · gpos100chr4q33 · 169200001–171000000 · gnegchr4q34.1 · 171000001–175400000 · gpos75chr4q34.2 · 175400001–176600000 · gnegchr4q34.3 · 176600001–182300000 · gpos100chr4q35.1 · 182300001–186200000 · gnegchr4q35.2 · 186200001–190214555 · gpos25SRIP1pq1 bp190,214,555 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr4:58,103,147–58,103,434
Gene span
288 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000489235 ★58,103,147–58,103,4341

顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

已知功能與來源註解

目前匯入的來源未提供可採用的功能敘述。這不代表此基因缺乏生物學作用;有新的可用註解時可再補充。
05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 58103147 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SRIP1 ENST00000489235 GRCh38 chr4:58102147-58103247 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
GTGAGTTAGGCCCATCCCCTGATATCCTTGCTGGGCTGTTAAATTCCATGTCCTAAGAAAATACCCCAAT
CATGAACCCTTATCCAATCTGATATTCCAAACAGCTTGATCAAGCACTCTAAAAATTTACTCCTAGAAAT
ACTTCCTTGGGTCCTGCGGCTACAAGCCACTTAATTCTTACAATTATTGTTGGTATATAGGCTATTTCCC
TTCTTATCAGTCCCAGAATACCTCCAGCCACTTTCTGCTGTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTT
TTGTTTTGTTTAGGTGGAGTCTTGCTCTGTTGCTCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTCGGCGCATTG
CAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCACGCCGTTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTAGGACTACAGGCGCC
TGCCACCACACACGGTTAATTTTTTCTATTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCGTGTTAGTCAGGATGGTCTC
AATCTCCTGACCTCGTGACCCGCCCTCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCCTGAGCCACTGC
GCCCAGCCTTCTCCTGGTATTTAATTATTGTTATTGGTCTGACAGCTAACAAAGAAGGTAGAGGCAGCTT
CTGAGGGGCCACCTGCAGCATTCTAGGAGAGAGGCCTCTGTAGTGTCTTCCAGAAGTGTGGAAATGCTAC
ATCTTACTAGGGTAGAGGTGCTAGCTCTGCAAACCTCAAGAGTTTGAGACGTAACACTGCAGAGTCAACA
TCTAAAGGGAAATCCATGCAGATGACCTCTTCTCATGTGCAGGGTCCTGGGGTTTCTTCACCAGAGTCCC
AACCTTTGTATAACAGGCCTGCCTTCTTTGAGCATTTAAATGTGTGGAGCTCTGGAATGCTAACAAATAG
ATCATTGGCCTGTGTGTCAACTGAGTTTGCCCTTCTAACTGAGGAGATAAAGGCCTCTATAAAAGCTACA
ACAGAGACCTTCTGGCTGTTGGCTGGAGAGAACGCTTCATCAGTTTTGACACCTATAGGAGTGGAATGGT
GGTTCCACAAGAATTGCAGAAGGCGCTGACGACAATGGGATTTAGGTTGAG
SRIP1 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / GENE ANATOMY

基因座與轉錄註解

pseudogene

SRIP1 依 HGNC/Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000489235 ★processed_pseudogene288 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

0 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 0 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000489235 · 288 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1GGCTGGAGAGAACGCTTCATCAGTTTTGACACCTATAGGA40
41GTGGAATGGTGGTTCCACAAGAATTGCAGAAGGCGCTGAC80
81GACAATGGGATTTAGGTTGAGTCCCAAGACCGCGAATTCA120
121ATTGGAAAATGATACACCACCAATGGAAAGATCACCATCG160
161ATGAATACATCACCTGCTGTGTCAAACTTAGGGCTCTGAC200
201AGATAGCTTTCGAAGATGGCATACTGCTCAGCAAGGCATT240
241GTGAATTTCCCATGTGATGATTTCATTCAATGGGTCATGA280
281GTGTTTAA288

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。