基因總覽
SRF（serum response factor）是蛋白質編碼基因，產物為轉錄因子。它能辨識 DNA 上的特定序列，並與轉錄共活化因子 MRTFA 協同調控基因表現。其功能涵蓋細胞骨架相關基因的調控，也與心臟分化及成熟有關。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000265354 ★ | 43,171,269–43,181,506 | 7 |
| ENST00000922430 | 43,171,269–43,181,506 | 8 |
| ENST00000922431 | 43,171,269–43,181,506 | 6 |
顯示 3/3 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SRF 是轉錄因子，可結合血清反應元件（SRE）。這是一段具有二重對稱性的短序列，位於某些基因（例如 FOS）轉錄起始位點上游約 300 bp 處。SRF 對特定 DNA 序列的辨識，使其能參與相關基因的轉錄調控。
SRF 與轉錄共活化因子 MRTFA 協同，控制調節細胞骨架的基因表現。這些基因的調控涉及發育、形態形成與細胞遷移等生物過程。SRF-MRTFA 複合體的活性會因 Rho GTPase 引發的細胞內球狀肌動蛋白（G-actin）濃度變化而改變，因而將細胞骨架基因表現與細胞骨架動態連結。
此外，SRF 對心臟分化與成熟是必需的。現有資料指出其參與上述過程，但未進一步說明其在心臟中的具體分子作用方式。
Promoter 與基因調控
>SRF ENST00000265354 GRCh38 chr6:43170269-43171369 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TGGGCGACAGAGCGATACCCTGTGTGAAACTTTTTTTTTTTTCTCCAACGGGCTTTCCAGAGAAGTGTGT GTATGTGCGTGTGTGTGCGCGAGCGTGCTTGCTTGGGCTTAAACTTTCTGTCGGGCCACACTTTCCCAAG TCTTTGCACTGGCTGTAGGGTGGGCTTTATCCTCGGGACGTCCTCCTCCCCAAGTCCAGCCTGCAGCTGG AAGTCTTCACTGATCTCCATCTCTCCTCCCTGATCTCCGTCTCTCCTCCCTGCCCGCCTCAGGACTGGGA GGCCGATCTCTCTCTCTCGCCCTCCCCTCCACCAGCCTTTTCCAGATGTATGTCTGCCAAAGACCCCCCA GTGCAGAGGATGATGAATGAAGATCCTCGAGCCAGCCCGGTGGGAAAGTTTCGTCGCCTACAAAAGCGAG GGAAAGGGAAGGGAAGTTGGGGGTAGGGGAAAAGTTAGAGCTGAGAGGCTGGGGCGCGACGAGTCTGGAC ACCGGGCGGGGACCCAAGCTCTCTCCGCTCAGCCAATAACTGTGCCTCCCTTAGGAAGGCGTGAGGAAAT GCTCCAATCAATCCCTGCACTCCTCCCTTGGAATTTGGGCTGTATTTTTTTATTTACTGCAAACCCCACA ATCCACCCAGGGGTTTCCCCAGTGTTTGCCTCCAGCGGTCCCGGTGCCCATTTACTAGTGCTGCTCCCTC TCTTCCGCAAGACTGCGCTCCAGTCCCAGCCTCCTTCTCCGCGGGTGCCTCCCAAACCGTTCTATCATTC TCGGGTTCAGGGAGGCGGAATCGTGCCTGCTCTCCGGTTCCTTTAAGAGGCGTCGGCTCCACCCCTCTCA GAGTCGCGGTCTGACGCGAGATGACAGCAACGAGTTCGGTATGTCTATGCAAATAAGCGCCCTCTTGTGG GCCAATGGGGAGCGGAGGTGCCGGAACCACGGACCAATGGGGCGGGGGCGCTGGGGCTCACCATATAAGG AGCGGCCTCGCCATAAAAGGAAACATTGTATCTCTTTATATGGGGGGAAGGGTCGGGGGATCCCTCCGCC GCCAGCGCGTGGTCCCGGCCCCCTCCACCCGCCGTCTCGGCCGCGGCCAGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SRF_1 ↗ | 6:43,171,269 | 正股 | 43,171,220–43,171,279 |
| SRF_2 ↗ | 6:43,171,455 | 正股 | 43,171,406–43,171,465 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR6_BBKBQ · enhancer · 43170234–43171046 · regulatory
ENSR6_5D66FM · CTCF_binding_site · 43170969–43170990 · regulatory
ENSR6_8399BB · promoter · 43171047–43171279 · regulatory
ENSR6_5D66GJ · CTCF_binding_site · 43171162–43171183 · regulatory
ENSR6_9M5MQ · promoter · 43171306–43171806 · regulatory
ENSR6_5D66NW · CTCF_binding_site · 43172535–43172556 · regulatory
ENSR6_9M5NP · promoter · 43174657–43175157 · regulatory
ENSR6_5D673T · CTCF_binding_site · 43174690–43174711 · regulatory
· motif · 43170882–43170897 · motif
· motif · 43170882–43170899 · motif
· motif · 43170968–43170979 · motif
· motif · 43170971–43170987 · motif
· motif · 43171152–43171165 · motif
· motif · 43171164–43171180 · motif
· motif · 43171216–43171226 · motif
· motif · 43171236–43171251 · motif
· motif · 43171236–43171251 · motif
· motif · 43171279–43171294 · motif
· motif · 43171290–43171303 · motif
· motif · 43171377–43171390 · motif
· motif · 43171377–43171390 · motif
· motif · 43171459–43171474 · motif
· motif · 43171555–43171569 · motif
· motif · 43171589–43171599 · motif
· motif · 43171745–43171758 · motif
· motif · 43171748–43171761 · motif
· motif · 43171835–43171852 · motif
· motif · 43172230–43172247 · motif
· motif · 43172239–43172254 · motif
· motif · 43172285–43172298 · motif
· motif · 43172537–43172553 · motif
· motif · 43172624–43172637 · motif
· motif · 43173753–43173766 · motif
· motif · 43173753–43173766 · motif
· motif · 43174066–43174088 · motif
· motif · 43174066–43174088 · motif
· motif · 43174239–43174252 · motif
· motif · 43174305–43174320 · motif
· motif · 43174305–43174320 · motif
· motif · 43174344–43174359 · motif
· motif · 43174375–43174384 · motif
· motif · 43174405–43174415 · motif
· motif · 43174411–43174421 · motif
· motif · 43174443–43174456 · motif
· motif · 43174571–43174581 · motif
· motif · 43174628–43174638 · motif
· motif · 43174658–43174668 · motif
· motif · 43174660–43174670 · motif
· motif · 43174692–43174708 · motif
· motif · 43174698–43174709 · motif
· motif · 43174747–43174762 · motif
· motif · 43174747–43174762 · motif
· motif · 43174815–43174825 · motif
· motif · 43174876–43174896 · motif
· motif · 43174890–43174903 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：508 aa
SRF 蛋白長 508 個胺基酸。其 MADS-box 位於第 141–201 位胺基酸；DNA 結合區域涵蓋第 133–222 位，且第 168–222 位區域與二聚化有關。第 1–97、219–240 及 362–385 位胺基酸區段註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- GTF2F1P35269 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- MRTFAQ969V6 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- MRTFBQ9ULH7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MYOCDQ8IZQ8 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
SRF 可多聚體形式結合 DNA，且可能以二聚體存在；它與 MRTFA 形成核內複合體，由 SRF 結合 DNA 上的 CArG box。SRF 也可與 MRTFA、SCAI 形成核內三元複合體，並與 MRTFB、MLLT7/FOXO4、NKX3A、SSRP1、ARID2、SRFBP1、FOXK1、LPXN、NKX3-1、KAT5 及 PURB 互作。與 OLFM2 的互作會促進 SRF 脫離轉錄抑制因子 HEY2，並有助於 SRF 結合標的基因及平滑肌分化。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SRF 是轉錄因子，能結合血清反應元件（SRE）；此短序列具有二重對稱性，位於部分基因（如 FOS）轉錄起始位點上游約 300 bp。SRF 與轉錄共活化因子 MRTFA 協同，調控發育、形態形成及細胞遷移相關的細胞骨架基因；複合體活性會回應 Rho GTPase 引起的細胞內 G-actin 濃度變化，連結基因表現與細胞骨架動態。SRF 也是心臟分化與成熟所必需。 | 推論支持 | 證據與來源SRF is a transcription factor that binds to the serum response element (SRE), a short sequence of dyad symmetry located 300 bp to the 5' of the site of transcription initiation of some genes (such as FOS). Together with MRTFA transcription coactivator, controls expression of genes regulating the cytoskeleton during development, morphogenesis and cell migration. The SRF-MRTFA complex activity responds to Rho GTPase-induced changes in cellular globular actin (G-actin) concentration, thereby coupling cytoskeletal gene expression to cytoskeletal dynamics. Required for cardiac differentiation and maturation |
| 交互作用 | SRF 以多聚體結合 DNA，且可能形成二聚體；它與 MRTFA 組成核內複合體，由 SRF 辨識 DNA 上的 CArG box，也能與 MRTFA、SCAI 形成三元複合體。SRF 另與多種蛋白質互作；其中 OLFM2 促進 SRF 脫離轉錄抑制因子 HEY2，並有助於 SRF 結合標的基因及平滑肌分化。 | 含實驗來源 | 證據與來源Binds DNA as a multimer, probably a dimer. Interacts with MRTFA, forming the SRF-MRTFA nuclear complex which binds the 5'-CArG-3' consensus motif (CArG box) on DNA via SRF. Forms a nuclear ternary complex with MRTFA and SCAI. Interacts with MRTFB. Interacts with MLLT7/FOXO4, NKX3A and SSRP1. Interacts with ARID2 (By similarity). Interacts with SRFBP1 (By similarity). Interacts with FOXK1. Interacts with LPXN. Interacts with OLFM2; the interaction promotes dissociation of SRF from the transcriptional repressor HEY2, facilitates binding of SRF to target genes and promotes smooth muscle differentiation. Interacts with NKX3-1 (By similarity). Interacts with KAT5 (By similarity). Interacts with PURB (By similarity) PMID 14565952 ↗ · PMID 16054032 ↗ · PMID 17670796 ↗ · PMID 18497331 ↗ · PMID 19350017 ↗ · PMID 25298399 ↗ · PMID 7637780 ↗ |
| 細胞定位 | SRF 位於細胞核。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
AAACATTGTATCTCTTTATATGGGGGGAAGGGTCGGGGGA40TCCCTCCGCCGCCAGCGCGTGGTCCCGGCCCCCTCCACCC80GCCGTCTCGGCCGCGGCCAGCAGCCCCTGCCCCCCGGGGG120ACGCTGACGGCCGCCCGGCGCGCCGCCCTAGCAGACGGAC160AGGGGGCGCTGCGCGCGGCCTGGGGCAACCCGGGCCACAG200GGGCAGGAAAGTGAGGGCCCAGGTCGGCCCGGGCGTGCAG240GGGCCCCGGGTTCGCAGCGGCGGCCGCGGCAGCGATAGCG280GCACTAGCAGCAGCGGGAGTGCCGGGTTGAGCCGGGAAGC320CGATGGCGGCGGCTGCGGCGGCTCCGATTCCTCGCTGACT360GCCCGTCCGCCCTCCTGCATCGAGCGCCATGTTACCGACC400CAAGCTGGGGCCGCGGCGGCTCTGGGCCGGGGCTCGGCCC440TGGGGGGCAGCCTGAACCGGACCCCGACGGGGCGGCCGGG480CGGCGGCGGCGGGACACGCGGGGCTAACGGGGGCCGGGTC520CCCGGGAATGGCGCGGGGCTCGGGCCCGGCCGCCTGGAGC560GGGAGGCTGCGGCAGCGGCGGCAACCACCCCGGCGCCCAC600CGCGGGGGCCCTCTACAGCGGCAGCGAGGGCGACTCGGAG640TCGGGCGAGGAGGAGGAGCTGGGCGCCGAGCGGCGCGGCC680TGAAGCGGAGCCTGAGCGAGATGGAGATCGGTATGGTGGT720CGGTGGGCCCGAGGCGTCGGCAGCGGCCACCGGGGGCTAC760GGGCCGGTGAGCGGCGCGGTGAGCGGGGCCAAGCCGGGTA800AGAAGACCCGGGGCCGCGTGAAGATCAAGATGGAGTTCAT840CGACAACAAGCTGCGGCGCTACACGACCTTCAGCAAGAGG880AAGACGGGCATCATGAAGAAGGCCTATGAGCTGTCCACGC920TGACAGGGACACAGGTGCTGTTGCTGGTGGCCAGTGAGAC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。