基因總覽
SREBF1 是蛋白質編碼基因，其產物為 SREBP family 成員 Sterol regulatory element-binding protein 1。此蛋白質以膜結合前驅物形式存在，具有兩段跨膜區域；前驅物經加工後，可釋出能進入細胞核的轉錄因子形式。其序列包含 bHLH 結構域與 leucine-zipper 區域，並具有轉錄活化相關區段。SREBF1 有不同異構型，在組織分布及轉錄活性上有所差異；其中 SREBP-1C 是多數組織中的主要異構型，SREBP-1A 則只在特定組織表現。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000261646 ★ | 17,811,334–17,836,986 | 19 |
| ENST00000918821 | 17,811,334–17,837,035 | 19 |
| ENST00001134604 | 17,811,334–17,837,035 | 19 |
| ENST00000892469 | 17,811,336–17,837,035 | 20 |
| ENST00000892473 | 17,811,343–17,837,035 | 19 |
| ENST00000892472 | 17,811,349–17,837,035 | 19 |
| ENST00000395757 | 17,811,356–17,837,035 | 19 |
| ENST00000355815 | 17,812,073–17,837,035 | 20 |
| ENST00000892475 | 17,812,077–17,837,035 | 18 |
| ENST00000892477 | 17,812,077–17,837,035 | 19 |
| ENST00000918822 | 17,812,077–17,837,035 | 19 |
| ENST00000918823 | 17,812,077–17,837,035 | 13 |
顯示 12/16 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SREBF1 產物是調控膽固醇生合成與脂質恆定相關基因表現的重要轉錄因子。它可辨識 sterol regulatory element 1（SRE-1），也具有結合 E-box motif 的序列特異性，並調節膽固醇生合成基因及 LDL receptor（LDLR）固醇調節路徑相關基因的啟動子。
其活性受到固醇狀態調節：前驅物嵌在內質網膜中，低固醇促進加工，釋出的轉錄因子形式移入細胞核並活化相關基因的轉錄。另有一種異構型不需經 Golgi 的蛋白水解加工，即可持續活化脂質生成基因啟動子的轉錄。此差異使不同異構型的活化方式有所不同。
異構型亦呈現功能差異。SREBP-1A 只在特定組織表現，轉錄活性高於 SREBP-1C，並能促進脂質生成與膽固醇生成基因表現；它也參與肝臟等脂質生成器官中脂肪酸與三酸甘油酯的營養調節。來源另指出，SREBP-1A 透過調節脂質代謝，是巨噬細胞先天免疫反應所需的因子。相較之下，SREBP-1C 是多數組織中的主要異構型，轉錄活性較弱，主要控制脂質生成基因；在快速生長的細胞中，它可強烈活化整體脂質合成。
Promoter 與基因調控
>SREBF1 ENST00000261646 GRCh38 chr17:17836886-17837986 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TGTTAATTCTGGTTTATTTCAACCCACCTCATTGGGACCCCTTCCCTCCTTCCTGCCCCACCTGGCTCTG TCCCTAGGCCACAGAACCAGGTTCGGTTTCCAGCCCTCTTCTCAACAGGGCTGCCTGCTCTGATCTAGTC CCAGCTTGTGATGATCCAGGGCAGCCTGGCTCTGATCTAAAGCACAGCTACCTCTTCCTTGCGGCCCCTA TCCTGGCTGCTCCTGGGAATAAGTGCCAAATCTGGGGTCAGACAGCCCTGGGGCCAGTCTTCCTTGGGTA CTGGCTTCCTCCTTCAGGAGCTGCACTGGGCCCACTGGTATCCTATCCCTACAGCTGGATCTGGGAGGAA ACCAGATGACGAAATTCCAGCCTCTTTCTTTGGCCACTCCTGTCCTCAAGAGGCCAATCTTCTGGTTTCT TTGCAGAGAGGGGGCAGGCTGATCTCACAGGTCATGCTCCCCTCCACATTGTCACTAGCCTCCCAGCCTG CCCGTGAGAAAGCATCATTAGGCCCATGTTACAAATGAGGAAAATTGAGGCAGAGTGATGTAACTGGCCC AGCAGTTACATCAGGCCTGCTCACAACACAGCAGGCCTGGGACCCCTATAACTTGGATCCTGGTCTGTCT TGTTCTAAAGAGTCAAATCTAGGAAATGAGGAAATGAAGTTTGGGATGGGCCCAGGCCTGGGGCTTCCAC TCGGCTTCCTTGCTTGGTGCTGGAGAAACAGAGGCCCAGAGAGGGGGCTCGGCTTGCCCGCGTTCCCGCA GCAGCCGGCCAGAGGCCGCTGCCATTGTGCGCGAGGCTGGATAAAATGAATGACTGGAGGGCGCTCTGGA GGAGGGGCCGGCTGAGGGGAGATTTGTGGCGCAGACCGGGGATCAGGGGTCCCCCGCTCTCTCAAGGTGG GGCGGGGCCGTCTATCTGGGAGGGCGGGTCCTCCCCGAAAGGCCCCGCCTCCGCCTCGACCGCCCAGCAG AGCTGCGGCCGGGGGAACCCAGTTTCCGAGGAACTTTTCGCCGGCGCCGGGCCGCCTCTGAGGCCAGGGC AGGACACGAACGCGCGGAGCGGCGGCGGCGACTGAGAGCCGGGGCCGCGGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SREBF1_1 ↗ | 17:17,836,986 | 負股 | 17,836,976–17,837,035 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR17_8J67D · enhancer · 17831795–17832044 · regulatory
ENSR17_9945G · enhancer · 17834410–17834767 · regulatory
ENSR17_C3QR7 · enhancer · 17834970–17836975 · regulatory
ENSR17_B5JKL · promoter · 17836976–17837492 · regulatory
ENSR17_9946M · enhancer · 17838493–17838798 · regulatory
ENSR17_99473 · promoter · 17839799–17840299 · regulatory
ENSR17_B5JL5 · enhancer · 17840300–17841052 · regulatory
· motif · 17832172–17832187 · motif
· motif · 17832172–17832187 · motif
· motif · 17834365–17834377 · motif
· motif · 17834473–17834484 · motif
· motif · 17834475–17834484 · motif
· motif · 17834789–17834804 · motif
· motif · 17834795–17834807 · motif
· motif · 17834797–17834812 · motif
· motif · 17835164–17835171 · motif
· motif · 17835202–17835215 · motif
· motif · 17835202–17835215 · motif
· motif · 17835266–17835279 · motif
· motif · 17835282–17835295 · motif
· motif · 17835282–17835297 · motif
· motif · 17835403–17835416 · motif
· motif · 17835403–17835416 · motif
· motif · 17835865–17835872 · motif
· motif · 17836007–17836024 · motif
· motif · 17836262–17836273 · motif
· motif · 17836262–17836273 · motif
· motif · 17836268–17836279 · motif
· motif · 17836268–17836279 · motif
· motif · 17836338–17836351 · motif
· motif · 17836338–17836351 · motif
· motif · 17836463–17836472 · motif
· motif · 17836463–17836472 · motif
· motif · 17836597–17836608 · motif
· motif · 17836605–17836621 · motif
· motif · 17836662–17836671 · motif
· motif · 17838224–17838234 · motif
· motif · 17838411–17838421 · motif
· motif · 17838474–17838484 · motif
· motif · 17838476–17838486 · motif
· motif · 17838552–17838562 · motif
· motif · 17839562–17839577 · motif
· motif · 17839602–17839613 · motif
· motif · 17839641–17839656 · motif
· motif · 17839641–17839656 · motif
· motif · 17839729–17839740 · motif
· motif · 17839845–17839857 · motif
· motif · 17839847–17839854 · motif
· motif · 17839874–17839881 · motif
· motif · 17839932–17839940 · motif
· motif · 17840016–17840025 · motif
· motif · 17840148–17840161 · motif
· motif · 17840148–17840161 · motif
· motif · 17840182–17840192 · motif
· motif · 17840228–17840239 · motif
· motif · 17840374–17840383 · motif
· motif · 17840394–17840403 · motif
· motif · 17840596–17840612 · motif
· motif · 17840596–17840612 · motif
· motif · 17841096–17841104 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：1147 aa
Sterol regulatory element-binding protein 1 長 1147 個胺基酸，屬於 SREBP family。蛋白質含兩段螺旋型跨膜區，並有 bHLH 結構域與 leucine-zipper 區域。序列註解亦標示酸性轉錄活化區、9aaTAD motif，以及與 LMNA 互作的區域；部分區段被註解為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
未加工的蛋白質位於內質網膜；高固醇時 SCAP-SREBP 複合體滯留於內質網，低固醇則促進其進入 COPII-coated vesicles 並運往 Golgi 加工。 加工後的轉錄因子形式位於細胞核；SREBP-1aDelta 與 SREBP-1cDelta 也各自註記於細胞核。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
- ATXN1P54253 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- HTTP42858 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CREBBPQ92793 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- MED15Q96RN5 · UniProt INTERACTION · 7 experiments · 2 筆來源紀錄
- GAL11P19659 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SIRT1Q96EB6 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- LMNAP02545-1 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
SREBP 與 SCAP 在內質網膜及 Golgi 形成緊密的 SCAP-SREBP 複合體；低膽固醇時，SREBP 與 PAQR3 的互作可將該複合體錨定於 Golgi。可溶性轉錄因子片段有效結合 DNA 需要與另一個 bHLH 蛋白二聚化。SREBP 也與 CEBPA 互作並產生轉錄協同作用，且與 LMNA 互作。
疾病與遺傳關聯
SREBF1 的變異被報告與兩種常染色體顯性疾病相關。IFAP syndrome 2 的表現包括毛囊性魚鱗癬或毛囊角化過度、角化斑塊、體毛稀少至缺失，以及不同程度的畏光與角膜病變；毛髮超微結構分析可見結節性脆髮。遺傳性黏膜上皮發育不良則以慢性黏膜病灶為主，並可伴隨角膜炎、非瘢痕性落髮、毛囊角化及會陰間擦疹。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 13 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | Sterol regulatory element-binding protein 1 的前驅物嵌在內質網膜中。低固醇濃度會促進其加工，釋出的轉錄因子形式移入細胞核，並活化參與膽固醇生合成與脂質恆定基因的轉錄；此作用部分依據相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Precursor of the transcription factor form (Processed sterol regulatory element-binding protein 1), which is embedded in the endoplasmic reticulum membrane. Low sterol concentrations promote processing of this form, releasing the transcription factor form that translocates into the nucleus and activates transcription of genes involved in cholesterol biosynthesis and lipid homeostasis (By similarity) PMID 32322062 ↗ |
| 功能 | 此轉錄因子調控膽固醇生合成與脂質恆定相關基因，能結合 sterol regulatory element 1（SRE-1；5'-ATCACCCCAC-3'），也能辨識 E-box motif（5'-ATCACGTGA-3'）。它調節膽固醇生合成基因，以及 LDL receptor（LDLR）固醇調節路徑相關基因的啟動子。 | 含實驗來源 | 證據與來源Key transcription factor that regulates expression of genes involved in cholesterol biosynthesis and lipid homeostasis. Binds to the sterol regulatory element 1 (SRE-1) (5'-ATCACCCCAC-3'). Has dual sequence specificity binding to both an E-box motif (5'-ATCACGTGA-3') and to SRE-1 (5'-ATCACCCCAC-3'). Regulates the promoters of genes involved in cholesterol biosynthesis and the LDL receptor (LDLR) pathway of sterol regulation PMID 12177166 ↗ · PMID 32322062 ↗ · PMID 8402897 ↗ |
| 功能 | SREBP-1A 只在特定組織表現，且轉錄活性高於 SREBP-1C；它可促進脂質生成與膽固醇生成基因表現。此異構型參與肝臟等脂質生成器官中脂肪酸及三酸甘油酯的營養調節，並透過調節脂質代謝，為巨噬細胞先天免疫反應所需。後兩項為相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Isoform expressed only in select tissues, which has higher transcriptional activity compared to SREBP-1C (By similarity). Able to stimulate both lipogenic and cholesterogenic gene expression. Has a role in the nutritional regulation of fatty acids and triglycerides in lipogenic organs such as the liver (By similarity). Required for innate immune response in macrophages by regulating lipid metabolism (By similarity) PMID 12177166 ↗ · PMID 32497488 ↗ |
| 功能 | SREBP-1C 是多數組織中的主要異構型，轉錄活性弱於 SREBP-1A，主要控制脂質生成基因的表現。在快速生長的細胞中，它可強烈活化整體脂質合成；此項描述為相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Predominant isoform expressed in most tissues, which has weaker transcriptional activity compared to isoform SREBP-1A (By similarity). Primarily controls expression of lipogenic gene. Strongly activates global lipid synthesis in rapidly growing cells (By similarity) PMID 12177166 ↗ |
| 功能 | 此異構型不需要 Golgi 的蛋白水解加工，即可持續活化脂質生成基因啟動子的轉錄。 | 推論支持 | 證據與來源The absence of Golgi proteolytic processing requirement makes this isoform constitutively active in transactivation of lipogenic gene promoters PMID 7759101 ↗ |
| 交互作用 | SREBP 與 SCAP 在內質網膜及 Golgi 形成緊密的 SCAP-SREBP 複合體。低膽固醇條件下，SREBP 與 PAQR3 互作，該互作會將 SCAP-SREBP 複合體錨定在 Golgi。 | 含實驗來源 | 證據與來源Forms a tight complex with SCAP, the SCAP-SREBP complex, in the endoplasmic reticulum membrane and the Golgi apparatus. Interacts with PAQR3; the interaction anchors the SCAP-SREBP complex to the Golgi apparatus in low cholesterol conditions PMID 26311497 ↗ · PMID 32322062 ↗ |
| 交互作用 | 可溶性轉錄因子片段有效結合 DNA，需要與另一個 bHLH 蛋白形成二聚體。SREBP 與 CEBPA 互作可產生轉錄協同作用；另有相似性推定指出 SREBP 與 LMNA 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Efficient DNA binding of the soluble transcription factor fragment requires dimerization with another bHLH protein. Interacts with CEBPA, the interaction produces a transcriptional synergy (By similarity). Interacts with LMNA (By similarity) PMID 8402897 ↗ |
| 細胞定位 | SREBP 位於內質網膜、Golgi 膜及 COPII-coated vesicle 膜。高固醇濃度時，SCAP-SREBP 滯留在內質網；低固醇則促使複合體進入 COPII-coated vesicles 並運至 Golgi，在該處加工。 | 含實驗來源 | 證據與來源Sterol regulatory element-binding protein 1; Endoplasmic reticulum membrane / Multi-pass membrane protein; Golgi apparatus membrane / Multi-pass membrane protein; Cytoplasmic vesicle, COPII-coated vesicle membrane / Multi-pass membrane protein; At high sterol concentrations, the SCAP-SREBP is retained in the endoplasmic reticulum. Low sterol concentrations promote recruitment into COPII-coated vesicles and transport of the SCAP-SREBP to the Golgi, where it is processed PMID 12202038 ↗ · PMID 26311497 ↗ |
| 細胞定位 | 加工後的 Sterol regulatory element-binding protein 1 位於細胞核。 | 含實驗來源 | 證據與來源Processed sterol regulatory element-binding protein 1; Nucleus PMID 11477106 ↗ · PMID 32322062 ↗ |
| 細胞定位 | SREBP-1aDelta 異構型位於細胞核。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | SREBP-1cDelta 異構型位於細胞核。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | IFAP syndrome 2 是常染色體顯性 IFAP syndrome，患者可有毛囊性魚鱗癬或毛囊角化過度、角化斑塊、體毛稀疏至缺失，以及不同程度畏光；眼部表現包括點狀角膜上皮缺損、角膜血管翳及複雜性白內障，毛髮超微結構可見結節性脆髮。此病被描述為由影響該基因的變異所致。 | 含實驗來源 | 證據與來源IFAP syndrome 2 IFAP2 An autosomal dominant form of IFAP syndrome, a disease characterized by a peculiar triad of follicular ichthyosis, total or subtotal atrichia, and photophobia of varying degree. IFAP2 patients manifest ichthyosis follicularis or follicular hyperkeratosis, hyperkeratotic plaques, sparse to no body hair, and photophobia with punctate corneal epithelial defects, corneal pannus, and complicated cataract. Ultrastructural hair analysis shows trichorrhexis nodosa. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 619016 PMID 32497488 ↗ |
| 疾病關聯 | 遺傳性黏膜上皮發育不良是一種常染色體顯性皮膚病，主要表現為慢性黏膜病灶，並可伴隨角膜炎、非瘢痕性落髮、毛囊角化及會陰間擦疹。來源描述此病由影響該基因的變異所致。 | 含實驗來源 | 證據與來源Mucoepithelial dysplasia, hereditary HMD An autosomal dominant genodermatosis mainly characterized by chronic mucosal lesions associated with keratitis, non-scarring alopecia, keratosis pilaris and perineal intertrigo. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 158310 PMID 31790666 ↗ · PMID 32902915 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGTTTCCGAGGAACTTTTCGCCGGCGCCGGGCCGCCTCTG40AGGCCAGGGCAGGACACGAACGCGCGGAGCGGCGGCGGCG80ACTGAGAGCCGGGGCCGCGGCGGCGCTCCCTAGGAAGGGC120CGTACGAGGCGGCGGGCCCGGCGGGCCTCCCGGAGGAGGC160GGCTGCGCCATGGACGAGCCACCCTTCAGCGAGGCGGCTT200TGGAGCAGGCGCTGGGCGAGCCGTGCGATCTGGACGCGGC240GCTGCTGACCGACATCGAAGACATGCTTCAGCTTATCAAC280AACCAAGACAGTGACTTCCCTGGCCTATTTGACCCACCCT320ATGCTGGGAGTGGGGCAGGGGGCACAGACCCTGCCAGCCC360CGATACCAGCTCCCCAGGCAGCTTGTCTCCACCTCCTGCC400ACATTGAGCTCCTCTCTTGAAGCCTTCCTGAGCGGGCCGC440AGGCAGCGCCCTCACCCCTGTCCCCTCCCCAGCCTGCACC480CACTCCATTGAAGATGTACCCGTCCATGCCCGCTTTCTCC520CCTGGGCCTGGTATCAAGGAAGAGTCAGTGCCACTGAGCA560TCCTGCAGACCCCCACCCCACAGCCCCTGCCAGGGGCCCT600CCTGCCACAGAGCTTCCCAGCCCCAGCCCCACCGCAGTTC640AGCTCCACCCCTGTGTTAGGCTACCCCAGCCCTCCGGGAG680GCTTCTCTACAGGAAGCCCTCCCGGGAACACCCAGCAGCC720GCTGCCTGGCCTGCCACTGGCTTCCCCGCCAGGGGTCCCG760CCCGTCTCCTTGCACACCCAGGTCCAGAGTGTGGTCCCCC800AGCAGCTACTGACAGTCACAGCTGCCCCCACGGCAGCCCC840TGTAACGACCACTGTGACCTCGCAGATCCAGCAGGTCCCG880GTCCTGCTGCAGCCCCACTTCATCAAGGCAGACTCGCTGC920TTCTGACAGCCATGAAGACAGACGGAGCCACTGTGAAGGC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。