演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

SPTBN2SCA5

spectrin beta, non-erythrocytic 2

SPTBN2 編碼 spectrin beta, non-erythrocytic 2,屬於 spectrin 家族;此蛋白可能在神經元膜骨架中扮演重要角色。

Homo sapiens11q13.2UniProt O15020
OFFICIAL SYMBOL
SPTBN2
CHROMOSOME
11
UNIPROT
O15020
PDB / ALPHAFOLD
6ANU
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SPTBN2 是蛋白質編碼基因,產物為 spectrin beta, non-erythrocytic 2,屬於 spectrin 家族。其蛋白序列具有多個 spectrin 重複區,並含有 Calponin-homology(CH)結構域及 PH 結構域;此外,序列註解指出其具有肌動蛋白結合區域與部分無序區。這些結構特徵構成此蛋白的基本分子架構。

Official symbol
SPTBN2
Gene name
spectrin beta, non-erythrocytic 2
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:11276
UniProt
O15020
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
SCA5

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1111q13.2
chr11 · 135,086,622 bp · GRCh38chr11p15.5 · 1–2800000 · gnegchr11p15.4 · 2800001–11700000 · gpos50chr11p15.3 · 11700001–13800000 · gnegchr11p15.2 · 13800001–16900000 · gpos50chr11p15.1 · 16900001–22000000 · gnegchr11p14.3 · 22000001–26200000 · gpos100chr11p14.2 · 26200001–27200000 · gnegchr11p14.1 · 27200001–31000000 · gpos75chr11p13 · 31000001–36400000 · gnegchr11p12 · 36400001–43400000 · gpos100chr11p11.2 · 43400001–48800000 · gnegchr11p11.12 · 48800001–51000000 · gpos75chr11p11.11 · 51000001–53400000 · acenchr11q11 · 53400001–55800000 · acenchr11q12.1 · 55800001–60100000 · gpos75chr11q12.2 · 60100001–61900000 · gnegchr11q12.3 · 61900001–63600000 · gpos25chr11q13.1 · 63600001–66100000 · gnegchr11q13.2 · 66100001–68700000 · gpos25chr11q13.3 · 68700001–70500000 · gnegchr11q13.4 · 70500001–75500000 · gpos50chr11q13.5 · 75500001–77400000 · gnegchr11q14.1 · 77400001–85900000 · gpos100chr11q14.2 · 85900001–88600000 · gnegchr11q14.3 · 88600001–93000000 · gpos100chr11q21 · 93000001–97400000 · gnegchr11q22.1 · 97400001–102300000 · gpos100chr11q22.2 · 102300001–103000000 · gnegchr11q22.3 · 103000001–110600000 · gpos100chr11q23.1 · 110600001–112700000 · gnegchr11q23.2 · 112700001–114600000 · gpos50chr11q23.3 · 114600001–121300000 · gnegchr11q24.1 · 121300001–124000000 · gpos50chr11q24.2 · 124000001–127900000 · gnegchr11q24.3 · 127900001–130900000 · gpos50chr11q25 · 130900001–135086622 · gnegSPTBN2pq1 bp135,086,622 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr11:66,682,496–66,744,670
Gene span
62,175 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000533211 ★66,682,497–66,729,21638
ENST0000071373866,682,496–66,728,50038
ENST0000071374166,682,496–66,729,21638
ENST0000071374266,682,496–66,728,50038
ENST0000088876966,682,496–66,727,47337
ENST0000093053066,682,496–66,728,50038
ENST0000093053166,682,496–66,728,42938
ENST0000096139766,682,496–66,722,91437
ENST0000114254166,682,496–66,729,21638
ENST0000052999766,685,252–66,721,24035
ENST0000071373966,685,252–66,721,24035
ENST0000071374066,685,254–66,721,24034

顯示 12/16 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

spectrin beta, non-erythrocytic 2 可能在神經元膜骨架中扮演重要角色。現有資料支持其與神經元膜骨架相關,但沒有進一步說明其具體分子作用方式、參與的其他生物學過程,或這些作用如何影響神經元功能,因此不宜將其角色延伸為已確立的特定機制。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 66729216 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SPTBN2 ENST00000533211 GRCh38 chr11:66729116-66730216 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TCCCCCGAACCAACCAACACATAATCCTACCTCTGGGAAGAGTTGCAGTTTATGCCCTTGTTTCTTTAAT
GCCATTGCCTGAAAGAGTGGCTATTAAAAATAATAAATAGCCTCAGGCCTGGCACGGCAGCTCACGTCTG
TAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGCAGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCAAGAACAGCCTGGCC
AACATGGCAAAACTCTGACTCTACTAAAGATACAAAAATTAGTCGGGCATGGTGGCATGCACCTGTAATC
CCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAAAATTGCTTGAACCCGGGAAGAGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGA
TCAAGCCACTGTACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCACGACTCCGTCTCAAAATAATAATAATAATAAATAG
CCTCAAATGCAGCTAACTGTGAGGTACACACCAGAGAGCCAGTTCCAGTTTCGTGGTAGAAGCACAGATA
TCAGAGCTAGGAGAGAACTTCAAAGTAATCTTTCAATGGAACTCCCCAACCCTCCTCCCAACCCATTTTA
TAGACTAGGAAAACCAAGGCGAGGTAGATGACACCACTAGTTAGGGTTGTCAAAACCATATCTGGAAAGT
ACTTCAATTGCACATATTTGTTTCAGTATGCATACCTTTTCAGAAAGGAGCAAAATCCTAAATTACCCAT
AAATCTATTATAAAACCTTAAATCCAATAATTCACTCAAAGCCCATTCTTTGAGTGCCCTTACTTGACCA
TTTCAGGCATTCCCTGGATAGAAACGGGCCCTCATCTTCAGGGGCAGTACATAACCTAACGGCTCTGTAC
AAAGCTCACCCTGTTACCACTGGCTCATCTCTGAGCTGAGTTCTCTAATCTGGAAGAACAGCACCTACTT
CTCAGAGCTGGAGTGGGGGTGGGAGTGTCACATGAGATGATGCGCTTTTAGCACCCACCTGGCACTCTGT
GAGTTTGTCATGATTTGGGCATAATTCCTTCCTCTCCTAAGCAGGCAGCAGTTCACCTTGGTTAAGGACC
TTGGACCTTAGACCACTCAGACGCTAACAAACCAAGGAGAAACCCAGCCGT
SPTBN2 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
SPTBN2_1 ↗11:66,744,680負股66,744,670–66,744,729

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR11_9ZH48 · enhancer · 66725659–66726042 · regulatory

ENSR11_C8LQX · enhancer · 66726973–66728447 · regulatory

ENSR11_5KNQPX · CTCF_binding_site · 66728209–66728230 · regulatory

ENSR11_BH8K3 · promoter · 66728448–66729405 · regulatory

· motif · 66727432–66727447 · motif

· motif · 66728211–66728227 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:2390 aa

1 aa2390 aa結構域功能區域重複區
依 O15020 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

spectrin beta, non-erythrocytic 2 長 2390 個胺基酸,屬於 spectrin 家族。其 N 端區域含兩個 Calponin-homology(CH)結構域,並標註有肌動蛋白結合區;蛋白中段包含 17 個 spectrin 重複區。C 端附近另有 PH 結構域,並有兩段註解為無序的區域。

結構域Calponin-homology (CH) 157–161 aa
結構域Calponin-homology (CH) 2176–281 aa
重複區Spectrin 1306–414 aa
重複區Spectrin 2427–527 aa
重複區Spectrin 3532–639 aa
重複區Spectrin 4642–744 aa
重複區Spectrin 5749–849 aa
重複區Spectrin 6855–954 aa
重複區Spectrin 7960–1063 aa
重複區Spectrin 81066–1169 aa
重複區Spectrin 91174–1262 aa
重複區Spectrin 101279–1379 aa
重複區Spectrin 111384–1485 aa
重複區Spectrin 121489–1586 aa
重複區Spectrin 131589–1692 aa
重複區Spectrin 141696–1797 aa
重複區Spectrin 151801–1904 aa
重複區Spectrin 161910–2010 aa
重複區Spectrin 172017–2076 aa
結構域PH2218–2328 aa
功能區域Actin-binding2–278 aa
功能區域Disordered2081–2222 aa
功能區域Disordered2331–2390 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 6ANU…

PDB · 6ANU

EM · 7.00 A · a/b/c/d/e/f=1-284

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cytoplasm, cytoskeleton;Cytoplasm, cell cortex

此蛋白的定位註解包括細胞質中的細胞骨架與細胞皮質。 資料未提供不同條件下的定位變化或異構型差異。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
SCA5SPTBN2
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

目前未取得此類註解。
10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

SPTBN2 的變異與兩種脊髓小腦性共濟失調相關。Spinocerebellar ataxia 5(SCA5)為常染色體顯性遺傳,病程緩慢進展,發病年齡約介於 10 至 50 歲。Spinocerebellar ataxia, autosomal recessive, 14(SCAR14)則可見心理動作發展遲緩、早發且嚴重的步態共濟失調、眼球運動異常、小腦萎縮及智能障礙。這些資料描述的是與基因變異的疾病關聯。

個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

4 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 4 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能SPTBN2 的產物可能在神經元膜骨架中扮演重要角色;資料以可能性描述其作用,未提供進一步的分子機制或其他功能細節。資料庫紀錄
證據與來源

Probably plays an important role in neuronal membrane skeleton

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位SPTBN2 蛋白的定位註解包括細胞質中的細胞骨架及細胞皮質。資料庫紀錄
證據與來源

Cytoplasm, cytoskeleton; Cytoplasm, cell cortex

開啟資料庫紀錄 ↗

疾病關聯Spinocerebellar ataxia 5(SCA5)是常染色體顯性遺傳的小腦性共濟失調,病程緩慢進展,發病年齡介於 10 至 50 歲。脊髓小腦性共濟失調是一組臨床表現與遺傳背景具異質性的疾病,患者可有步態、手部、言語及眼球運動協調逐漸惡化,並伴隨小腦退化;腦幹與脊髓受累程度不一。SCA5 與影響此基因的變異相關。含實驗來源
證據與來源

Spinocerebellar ataxia 5 SCA5 Spinocerebellar ataxia is a clinically and genetically heterogeneous group of cerebellar disorders. Patients show progressive incoordination of gait and often poor coordination of hands, speech and eye movements, due to degeneration of the cerebellum with variable involvement of the brainstem and spinal cord. SCA5 is an autosomal dominant cerebellar ataxia (ADCA). It is a slowly progressive disorder with variable age at onset, ranging between 10 and 50 years. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 600224

PMID 16429157 ↗ · PMID 22914369 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

疾病關聯Spinocerebellar ataxia, autosomal recessive, 14(SCAR14)與影響 SPTBN2 的變異相關。其特徵包括心理動作發展遲緩、嚴重且早發的步態共濟失調、眼球運動異常、影像可見小腦萎縮及智能障礙。脊髓小腦性共濟失調整體而言是臨床與遺傳表現具異質性的一組疾病,可伴隨逐漸加重的步態、手部、言語及眼球運動協調障礙,並有程度不一的腦幹與脊髓受累。含實驗來源
證據與來源

Spinocerebellar ataxia, autosomal recessive, 14 SCAR14 A form of spinocerebellar ataxia, a clinically and genetically heterogeneous group of cerebellar disorders. Patients show progressive incoordination of gait and often poor coordination of hands, speech and eye movements, due to degeneration of the cerebellum with variable involvement of the brainstem and spinal cord. SCAR14 is characterized by delayed psychomotor development, severe early onset gait ataxia, eye movement abnormalities, cerebellar atrophy on brain imaging, and intellectual disability. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 615386

PMID 23236289 ↗ · PMID 23838597 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 4 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000533211 · 11,136 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ATAATTCCTTCCTCTCCTAAGCAGGCAGCAGTTCACCTTG40
41GTTAAGGACCTTGGACCTTAGACCACTCAGACGCTAACAA80
81ACCAAGGAGAAACCCAGCCGTGTCAGGCCTAGAAATGTCT120
121GCCCCCACCCCCACCCCCCTCAAGACGGTGACTAGGCCGG160
161AATTCTCCTGGTTGATAAATGAGAGGAGCTGAGAAGCGCT200
201GAGATGCCTGTTTGGAGCATCTGATCTGTAGAAGACGAAT240
241CTTCACTGTGCCATGGAGATGTTCTGGGAGGGAGAGCCGG280
281CCCAGCTGCCTGAAGGAGGACGCGAGAGCGAGGGGACGGG320
321TGAGAGGAATGCTTAGCGGAGACGGACTGGAGGTGCCCGG360
361AGAGGAAAGGGGAACGGAGGCTGGATCTCGGGAAACCTCG400
401TCGGCAGTGTCATTAGAGGAAGGATCGCGTGTCTCGGGGA440
441TACGGATTTTGGAGGAAAAGCAGAATAGGGACAAAGGCTT480
481CCCAGGTGGCTTCCCCTCTTCCCCTGGGGGCTGATTTCCA520
521CTGAGCAGCCAACCGCAGCCTCTGGCCACAAGGAGAGCGG560
561AGCACAGGAGCAGGAAGCCGCCTACCACCATGAGCAGCAC600
601GCTGTCACCCACAGACTTTGACAGCTTGGAAATCCAGGGC640
641CAGTACAGTGACATCAACAACCGCTGGGACCTTCCTGACT680
681CGGACTGGGACAATGACAGCAGCTCGGCCCGCCTCTTTGA720
721GAGGTCTCGCATTAAGGCTCTGGCAGATGAACGAGAAGCT760
761GTGCAGAAGAAAACCTTCACCAAGTGGGTAAACTCGCACC800
801TGGCCCGGGTCACGTGCCGGGTGGGGGACCTGTACAGCGA840
841CCTCCGGGACGGACGCAACCTGCTGAGGCTCCTCGAGGTG880
881CTCTCGGGAGAGATACTGCCAAAGCCTACAAAGGGCCGCA920
921TGCGGATCCACTGCCTGGAGAACGTGGACAAGGCACTGCA960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。