基因總覽
SPRYD7 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 SPRY domain containing 7。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 13q14.2。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000361840 ★ | 49,912,702–49,936,340 | 5 |
| ENST00000378195 | 49,912,702–49,936,513 | 4 |
| ENST00000881383 | 49,912,702–49,936,513 | 6 |
| ENST00000881384 | 49,912,702–49,936,513 | 5 |
| ENST00000881385 | 49,912,702–49,936,513 | 6 |
| ENST00000881386 | 49,912,702–49,936,513 | 3 |
| ENST00000881387 | 49,912,702–49,936,513 | 5 |
| ENST00000881388 | 49,912,702–49,936,513 | 7 |
| ENST00000881389 | 49,912,702–49,936,513 | 5 |
| ENST00000917016 | 49,912,702–49,936,513 | 5 |
| ENST00000917017 | 49,912,702–49,936,513 | 6 |
| ENST00000946795 | 49,912,702–49,936,513 | 5 |
顯示 12/20 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>SPRYD7 ENST00000361840 GRCh38 chr13:49936240-49937340 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GATCCGCCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCCGGCCTGAAGATG TAAAATCTACCACGGAAGGATGATCTAAGTGGGGAAGGAGATGACAGGTGACAGCCTCCCGTGTGGAAGC AGAAAGTAGCGGACGGTAGGAGCCGAAGGCTTCCCTCGGGACCCAGCAGACTTCCCGCAGCCTCCTGGGT TCCCGTCACATTCCTCGGAACCCTCAGTGCACCAGACAGGGGGAGCTTGGAAGAGGCAGGTCAAGAATCG CCCCCGACCCCGCCCCAGCGTTCTGCTCCCAGGGCGGCCTCCCACGCGCCCCGGACCACGCAGCCCGATG GGCCAGGTAGGGCGCGTCTCTGCACCGAAAATGCATTAGGGCCCGCGTGAGCCCCGGTGAACATCCACAG TGCAGTCACTAACAGGCATTACTCCTGGGGCCCACGTGAGTCTATTTAGCATGTGAGGGAAACCAGCCAC GGCAGGGAGACTGGGGCTCTCCGTGGTGGCAAAGCCTGCTCAACCTGGGCCCGCGGAGGGAAAACTCGGA AGTCATTTCCATTAGCTCCCCTTCCCCCAAACTGATTCGCTTCTGTCAATCCATCCCTAGAAATAATGTC GAGGCCGGGACCAAGGGGTGCTGCGTTTTAAAAATTCTGCATAGGAAAACCCCTGGAAGTACTGAGGGAC AGACAGCCCCACTCACCTGTCAGCCCTGGGGGCGTGCGCGAAACCGCCCAAGGAGAAAAAACCAGCTGGT GCGCAGGCGCACGCCGTCCCACATCCGCAGGCCCGCAACGCCACGCCCCCTGCCACGCCTCCGCGCGCCA CTAGCCCCACCCGTCTCCCCGGCCCAGCCCGGCCGCTCGCCCTGTCCGGTCTCTCCCCGGCCCCTTGATT CTCCGCGTCTTCCTCGCAGGCCAGCCTAAGCTCAGCCTGCATTGCGCCCTCCCGGCCTAGGGTGTCGCTG TACCGGCCTCCGAGCTCCACATAGACAAGTCCGGACCTCGGGCGGGGGCAGGAGACGGAGCTGAGCGGCG GGGGGCAGTGTCGCCTCGGTCTAGGGACGGCGGCGGAGTCGGTGGTCCCTG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SPRYD7_1 ↗ | 13:49,936,308 | 負股 | 49,936,298–49,936,357 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR13_83GMBD · promoter · 49936330–49936555 · regulatory
ENSR13_BCWKN · enhancer · 49936556–49937353 · regulatory
ENSR13_9PS6R · enhancer · 49938312–49938723 · regulatory
· motif · 49936046–49936061 · motif
· motif · 49936048–49936061 · motif
· motif · 49936051–49936063 · motif
· motif · 49936203–49936218 · motif
· motif · 49936203–49936220 · motif
· motif · 49936309–49936322 · motif
· motif · 49936504–49936517 · motif
· motif · 49936560–49936571 · motif
· motif · 49936560–49936571 · motif
· motif · 49936601–49936612 · motif
· motif · 49936749–49936760 · motif
· motif · 49936750–49936761 · motif
· motif · 49936777–49936788 · motif
· motif · 49936883–49936899 · motif
· motif · 49936883–49936899 · motif
· motif · 49937011–49937024 · motif
· motif · 49937039–49937052 · motif
· motif · 49937158–49937171 · motif
· motif · 49937158–49937171 · motif
· motif · 49937217–49937230 · motif
· motif · 49937343–49937355 · motif
· motif · 49937345–49937352 · motif
· motif · 49937345–49937360 · motif
· motif · 49938073–49938095 · motif
· motif · 49938447–49938460 · motif
· motif · 49938657–49938670 · motif
· motif · 49938692–49938707 · motif
· motif · 49938792–49938807 · motif
· motif · 49939100–49939115 · motif
· motif · 49939100–49939115 · motif
· motif · 49939101–49939115 · motif
· motif · 49939102–49939115 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:196 aa
SPRYD7 的蛋白質長 196 個胺基酸。其第 2 至 184 位胺基酸標註有 B30.2/SPRY 結構域;此區域註解依 PROSITE-ProRule 提供。
蛋白質三維結構
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 20 個夥伴
- CAMK2BQ13554 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
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- Q9Y649Q9Y649 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
ATAGACAAGTCCGGACCTCGGGCGGGGGCAGGAGACGGAG40CTGAGCGGCGGGGGGCAGTGTCGCCTCGGTCTAGGGACGG80CGGCGGAGTCGGTGGTCCCTGCGCGATGGCCACCTCGGTG120TTGTGCTGCCTGCGGTGCTGCAGAGACGGGGGGACTGGCC160ACATCCCTCTGAAGGAGATGCCGGCCGTGCAGCTGGACAC200GCAGCACATGGGAACAGATGTTGTTATTGTAAAGAATGGA240AGAAGAATATGTGGAACAGGAGGTTGTTTAGCCAGCGCAC280CTTTACATCAAAACAAAAGCTATTTTGAATTCAAAATCCA320GTCCACAGGAATCTGGGGTATTGGTGTTGCAACTCAGAAG360GTTAACTTGAATCAGATTCCTCTTGGCCGAGATATGCACA400GTCTGGTGATGAGAAATGATGGAGCCCTTTACCACAACAA440TGAAGAGAAAAATAGGCTGCCAGCAAACAGTCTTCCGCAG480GAAGGAGATGTGGTGGGTATTACTTATGACCATGTCGAAT520TAAATGTATACTTGAATGGAAAAAACATGCATTGTCCAGC560ATCAGGTATACGAGGGACAGTGTATCCAGTTGTTTATGTT600GATGACAGTGCAATTTTGGATTGCCAGTTCAGTGAGTTTT640ATCATACGCCTCCACCTGGTTTTGAAAAAATATTATTTGA680ACAGCAAATCTTCTGAATGTATTTGTTTTTAAAACTTGTA720TTTCTGCACTGTTAAAAAATGTTCATCATTTAATAAAACT760TTACCTGGCCTATAGATGAAAATATATTCTTAAAAATATG800CTTGTTGATGCTGTCTAAGGAACCAATGTATTCAGTATAC840CACCCTGAAGTTGTGATTTAAAATACTTTATGTTTTGTGA880AATGAAAATAAGCATTTGGGCAGTTTATTTAATTCTTATT920TAAATAAATAGAATTATGGGTTTAATTAACAGTATAACAT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。