基因總覽
SPRY3 是位於 Xq28 和 Yq12 的蛋白質編碼基因,正式名稱為 sprouty RTK signaling antagonist 3。其產物屬於 Sprouty 家族;來源將它與神經突起形態、細胞訊息傳遞及呼吸器官發育的調節連結。關於這些作用的具體證據與限制,見下方功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000695325 ★ | 155,612,586–155,782,459 | 3 |
| ENST00000675360 | 155,612,298–155,782,459 | 4 |
| ENST00000902799 | 155,612,298–155,782,459 | 4 |
| ENST00000902800 | 155,612,298–155,782,459 | 5 |
| ENST00000302805 | 155,767,756–155,782,459 | 2 |
| ENST00000929616 | 155,767,756–155,782,459 | 3 |
| ENST00000929615 | 155,767,759–155,782,459 | 3 |
顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SPRY3 參與調節多種細胞訊息途徑。來源指出,它可抑制由表皮生長因子(EGF)介導的 p42/44 ERK 訊號,並負向調節 MAPK 級聯反應;前述 EGF 訊號與神經突起相關作用標示為依相似性推定,應視為推論性描述,而非此處所列的直接實驗結論。
在 MAPK 級聯反應受到負向調節時,細胞外基質蛋白的累積會減少。來源亦指出 SPRY3 可能拮抗 fibroblast growth factor(FGF)路徑,並可能負向調節呼吸器官生成;這兩項作用以「可能」描述,來源未提供足以將其表述為確定作用的細節。
在神經突起方面,依相似性資料,SPRY3 會抑制神經突起分支、樹狀延伸長度及複雜度。這些描述指出其與神經突起形態的關聯,但來源未交代作用所處的物種、細胞系統或實驗條件,因此不宜延伸推論其在特定神經生理情境中的功能。
Promoter 與基因調控
>SPRY3 ENST00000695325 GRCh38 chrX:155611586-155612686 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ACTAAACAAGCCCCCAGACTCAACCACCCCAGTAAACATTCCCTTCATCACACTGGTTATGAGATAAAGT ATAAGTTTTTTAAGCCTTATTATAAATAACCTTACTTAACGTCTTCTGGTTGTTGTGAAAATTATAGTAT TTTGCAAAATATATGTTCACCATTATCATTACCACCAGTTCCTTAATGAGGAGAAACCAGAAGTTGACAC CAAAATGTTGATCCATAATGTTTATAGTCCTTCTTTGTCTTTATAGTTAATGTAAAATAAACTGTATGTA ATTTTTACTACAGTGTGTCCTGAAAGGGCAAACCAAGCTACAAGCAACTCTAAAAGACTACTACTGTATG GGAGTGGATTATGAAAGTGTTTCTTAAATATGAGAGCTCAAGTTTTTCTTTCAGCGACTGAGTTAAAGCA CGCAACTCATTTATCATGAGACTTTTGCTAGGCAGTGTACTATGTCCACTCAACACACATCATTTTAGGC AATCATCTGGTTAAAACGTTTAATAGTATGGCATTCACAAACCCATTCTTCAGAGTTGACATTCAATTAA TGGTTTGAATGTCGTTTCCAGGGCAGTCAGGAGTATTTAAAGGCTTTTCCATTGTTTTCGGAAGAGAAAG AAAACTTCCTAGCCTAACTTACTTACCCAGAGCCTTGCTCCAGAGGGGGCAGACAAAGGGTAAAATCTGG GCAGAGAACATTAGTGGATATGAGAACGAAAGAAAGTGCTGCAAGATCTTGCAGACAGCTGAGTTCCACC TTCCACTCTACTGCCGAACAAAGTGAGGCAGGAAGAGGGTAGGGACTCGCTGAAAGCTAAACACCAAGTC AGTGACAGATCCAGGGCTGTAAAGTCCGACCGAGATTGAAACAATGTACACTGGGCGTCAGTCCCAACGC GAGCTTGCTCCAGCTCTTCCAGCTCTTCCTGAGCGCTAGGCCCATCCGGCCTCACGCTGATCTCCGGGCA GACTCTGTCGCGCAACTGGCACAGATCGTGACGACAACCCTGCGGCAAGGCAGGAGTGGCCTTCCTCTCC GCCAGGGTTAAGGTGAGTACCACCGCCCTTGGGCCCAGCAGCCCGGGTGAG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SPRY3_1 ↗ | X:155,612,586 | 正股 | 155,612,537–155,612,596 |
| SPRY3_2 ↗ | X:155,767,752 | 正股 | 155,767,703–155,767,762 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSRX_949QMP · promoter · 155612096–155612598 · regulatory
ENSRX_949QMS · enhancer · 155612599–155612866 · regulatory
ENSRX_B35TSG · promoter · 155612867–155613394 · regulatory
· motif · 155611524–155611537 · motif
· motif · 155612969–155612978 · motif
· motif · 155613199–155613210 · motif
· motif · 155617414–155617423 · motif
SPRY3 受 FGF 訊號調節;來源未進一步說明調節方向。microRNA-143-3P 會抑制 SPRY3,並伴隨 MAPK 訊號活化及細胞外基質過度累積;此調控可能與心肌纖維化有關。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:288 aa
SPRY3 產物為 288 個胺基酸的蛋白質,屬於 Sprouty 家族。其 SPR 結構域位於第 154 至 260 個胺基酸的位置。
蛋白質三維結構
細胞內定位
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 27 個夥伴
- AQP1P29972 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BEX2Q9BXY8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CATSPER1Q8NEC5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CHRDQ9H2X0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CREB5Q02930-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GNEQ9Y223-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GPSM3Q9Y4H4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HOXA1P49639 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HRO43593 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KPRPQ5T749 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRT34O76011 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LCE1AQ5T7P2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LCE1BQ5T7P3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LCE1FQ5T754 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LCE2BO14633 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LCE3AQ5TA76 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LCE3DQ9BYE3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LCE3EQ5T5B0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MAPKBP1O60336 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MEOX2Q6FHY5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NEK6Q9HC98-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- R3HDM2Q9Y2K5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SLC39A7Q92504 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- VSNL1P62760 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZDHHC17Q8IUH5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SPRY3 與 TESK1 和 USP11 有交互作用;來源未進一步說明這些交互作用是否形成特定複合體或其功能後果。SPRY3 也被報告可透過其 C 端與 CAV1 交互作用,此項描述依相似性推定。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SPRY3 可抑制神經突起分支、延伸長度與複雜度,以及 EGF 介導的 p42/44 ERK 訊號,這些描述依相似性推定。它也會負向調節 MAPK 級聯反應,使細胞外基質蛋白累積減少;此外,可能拮抗 FGF 路徑,並可能負向調節呼吸器官生成。 | 含實驗來源 | 證據與來源Inhibits neurite branching, arbor length and neurite complexity (By similarity). Inhibits EGF-mediated p42/44 ERK signaling (By similarity). Negatively regulates the MAPK cascade, resulting in a reduction of extracellular matrix protein accumulation. May function as an antagonist of fibroblast growth factor (FGF) pathways and may negatively modulate respiratory organogenesis PMID 30878395 ↗ · PMID 9458049 ↗ |
| 交互作用 | SPRY3 與 TESK1、USP11 有交互作用;來源另指出 SPRY3 可透過 C 端與 CAV1 交互作用,後者依相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with TESK1. Interacts with USP11. Interacts with CAV1 (via C-terminus) (By similarity) PMID 17974561 ↗ · PMID 29293652 ↗ |
| 細胞定位 | SPRY3 蛋白質位於細胞質;此項定位資料未提供其他條件或異構型差異。 | 資料庫紀錄 | |
| 調控 | SPRY3 受 FGF 訊號調節,來源未說明調節方向。microRNA-143-3P 會抑制 SPRY3,並導致 MAPK 訊號活化及細胞外基質過度累積;此現象可能與心肌纖維化有關。 | 含實驗來源 | 證據與來源By FGF signaling. Repressed by microRNA-143-3P, which results in activation of MAPK signaling and promotion of excess accumulation of extracellular matrix. May thereby play a role in myocardial fibrosis PMID 30878395 ↗ · PMID 9458049 ↗ |
核酸與蛋白質序列
ACAGATCGTGACGACAACCCTGCGGCAAGGCAGGAGTGGC40CTTCCTCTCCGCCAGGGTTAAGAACAAGACAGAACTATCT80CTGTTTCTGGCTCCACTGCCTGCCAGTGAAGGAGTTTTCA120TTCAGACTTTCCGAAGAGAGGTGGAGAAACCTAAAGACTG160AGGAGAAGAGATCCTTTGAGCCAGATGGGGCATTAGTTCT200TCTGCTTTTCTCAGCATGGATAAACCATTTCCTCAAGGAT240TTTCTCATGTGCCCTGAAATCCATGTAACTACAAGGGCTC280CTCTTTATCACCATAAGTGCCACCCTGACTTAAAACCACT320CAGAGCTAAAAAATCAAGGCAAAATGGATGCTGCGGTGAC360AGATGATTTTCAACAAATTCTGCCTATTGAACAGCTGCGC400TCTACTCATGCTAGCAATGACTACGTGGAACGGCCTCCAG440CCCCCTGTAAACAGGCCCTCTCCAGCCCTTCCCTTATTGT480GCAAACCCACAAGTCTGATTGGTCTCTGGCTACCATGCCT520ACTTCTCTCCCCCGCAGTCTCAGCCAGTGCCATCAACTGC560AGCCCTTGCCTCAGCATCTGAGCCAATCTAGCATTGCCAG600CTCAATGTCCCATAGCACCACTGCCTCTGATCAAAGGCTC640TTGGCCAGCATTACACCCTCACCTTCAGGCCAATCCATCA680TCCGAACCCAACCTGGAGCAGGGGTCCACCCAAAGGCTGA720TGGTGCTCTGAAGGGAGAAGCTGAGCAATCTGCAGGGCAC760CCTAGTGAGCACCTCTTCATCTGTGAGGAATGTGGGCGCT800GCAAGTGCGTCCCCTGCACAGCAGCTCGCCCTCTCCCCTC840CTGCTGGCTGTGCAACCAGCGCTGCCTTTGCTCTGCTGAG880AGCCTCCTCGATTATGGCACTTGTCTCTGCTGTGTCAAGG920GCCTCTTCTACCACTGCTCCACTGATGATGAAGACAACTG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。