演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

SPRY3HSPRY3

sprouty RTK signaling antagonist 3

SPRY3(sprouty RTK signaling antagonist 3)是蛋白質編碼基因,其產物與神經突起形態及多種生長因子相關訊息調節有關。

Homo sapiensXq28 and Yq12UniProt O43610
OFFICIAL SYMBOL
SPRY3
CHROMOSOME
X
UNIPROT
O43610
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SPRY3 是位於 Xq28 和 Yq12 的蛋白質編碼基因,正式名稱為 sprouty RTK signaling antagonist 3。其產物屬於 Sprouty 家族;來源將它與神經突起形態、細胞訊息傳遞及呼吸器官發育的調節連結。關於這些作用的具體證據與限制,見下方功能說明。

Official symbol
SPRY3
Gene name
sprouty RTK signaling antagonist 3
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:11271
UniProt
O43610
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
HSPRY3

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome XXq28 and Yq12
chrX · 156,040,895 bp · GRCh38chrXp22.33 · 1–4400000 · gnegchrXp22.32 · 4400001–6100000 · gpos50chrXp22.31 · 6100001–9600000 · gnegchrXp22.2 · 9600001–17400000 · gpos50chrXp22.13 · 17400001–19200000 · gnegchrXp22.12 · 19200001–21900000 · gpos50chrXp22.11 · 21900001–24900000 · gnegchrXp21.3 · 24900001–29300000 · gpos100chrXp21.2 · 29300001–31500000 · gnegchrXp21.1 · 31500001–37800000 · gpos100chrXp11.4 · 37800001–42500000 · gnegchrXp11.3 · 42500001–47600000 · gpos75chrXp11.23 · 47600001–50100000 · gnegchrXp11.22 · 50100001–54800000 · gpos25chrXp11.21 · 54800001–58100000 · gnegchrXp11.1 · 58100001–61000000 · acenchrXq11.1 · 61000001–63800000 · acenchrXq11.2 · 63800001–65400000 · gnegchrXq12 · 65400001–68500000 · gpos50chrXq13.1 · 68500001–73000000 · gnegchrXq13.2 · 73000001–74700000 · gpos50chrXq13.3 · 74700001–76800000 · gnegchrXq21.1 · 76800001–85400000 · gpos100chrXq21.2 · 85400001–87000000 · gnegchrXq21.31 · 87000001–92700000 · gpos100chrXq21.32 · 92700001–94300000 · gnegchrXq21.33 · 94300001–99100000 · gpos75chrXq22.1 · 99100001–103300000 · gnegchrXq22.2 · 103300001–104500000 · gpos50chrXq22.3 · 104500001–109400000 · gnegchrXq23 · 109400001–117400000 · gpos75chrXq24 · 117400001–121800000 · gnegchrXq25 · 121800001–129500000 · gpos100chrXq26.1 · 129500001–131300000 · gnegchrXq26.2 · 131300001–134500000 · gpos25chrXq26.3 · 134500001–138900000 · gnegchrXq27.1 · 138900001–141200000 · gpos75chrXq27.2 · 141200001–143000000 · gnegchrXq27.3 · 143000001–148000000 · gpos100chrXq28 · 148000001–156040895 · gnegSPRY3pq1 bp156,040,895 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chrX:155,612,298–155,782,459
Gene span
170,162 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000695325 ★155,612,586–155,782,4593
ENST00000675360155,612,298–155,782,4594
ENST00000902799155,612,298–155,782,4594
ENST00000902800155,612,298–155,782,4595
ENST00000302805155,767,756–155,782,4592
ENST00000929616155,767,756–155,782,4593
ENST00000929615155,767,759–155,782,4593

顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

SPRY3 參與調節多種細胞訊息途徑。來源指出,它可抑制由表皮生長因子(EGF)介導的 p42/44 ERK 訊號,並負向調節 MAPK 級聯反應;前述 EGF 訊號與神經突起相關作用標示為依相似性推定,應視為推論性描述,而非此處所列的直接實驗結論。

在 MAPK 級聯反應受到負向調節時,細胞外基質蛋白的累積會減少。來源亦指出 SPRY3 可能拮抗 fibroblast growth factor(FGF)路徑,並可能負向調節呼吸器官生成;這兩項作用以「可能」描述,來源未提供足以將其表述為確定作用的細節。

在神經突起方面,依相似性資料,SPRY3 會抑制神經突起分支、樹狀延伸長度及複雜度。這些描述指出其與神經突起形態的關聯,但來源未交代作用所處的物種、細胞系統或實驗條件,因此不宜延伸推論其在特定神經生理情境中的功能。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 155612586 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SPRY3 ENST00000695325 GRCh38 chrX:155611586-155612686 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
ACTAAACAAGCCCCCAGACTCAACCACCCCAGTAAACATTCCCTTCATCACACTGGTTATGAGATAAAGT
ATAAGTTTTTTAAGCCTTATTATAAATAACCTTACTTAACGTCTTCTGGTTGTTGTGAAAATTATAGTAT
TTTGCAAAATATATGTTCACCATTATCATTACCACCAGTTCCTTAATGAGGAGAAACCAGAAGTTGACAC
CAAAATGTTGATCCATAATGTTTATAGTCCTTCTTTGTCTTTATAGTTAATGTAAAATAAACTGTATGTA
ATTTTTACTACAGTGTGTCCTGAAAGGGCAAACCAAGCTACAAGCAACTCTAAAAGACTACTACTGTATG
GGAGTGGATTATGAAAGTGTTTCTTAAATATGAGAGCTCAAGTTTTTCTTTCAGCGACTGAGTTAAAGCA
CGCAACTCATTTATCATGAGACTTTTGCTAGGCAGTGTACTATGTCCACTCAACACACATCATTTTAGGC
AATCATCTGGTTAAAACGTTTAATAGTATGGCATTCACAAACCCATTCTTCAGAGTTGACATTCAATTAA
TGGTTTGAATGTCGTTTCCAGGGCAGTCAGGAGTATTTAAAGGCTTTTCCATTGTTTTCGGAAGAGAAAG
AAAACTTCCTAGCCTAACTTACTTACCCAGAGCCTTGCTCCAGAGGGGGCAGACAAAGGGTAAAATCTGG
GCAGAGAACATTAGTGGATATGAGAACGAAAGAAAGTGCTGCAAGATCTTGCAGACAGCTGAGTTCCACC
TTCCACTCTACTGCCGAACAAAGTGAGGCAGGAAGAGGGTAGGGACTCGCTGAAAGCTAAACACCAAGTC
AGTGACAGATCCAGGGCTGTAAAGTCCGACCGAGATTGAAACAATGTACACTGGGCGTCAGTCCCAACGC
GAGCTTGCTCCAGCTCTTCCAGCTCTTCCTGAGCGCTAGGCCCATCCGGCCTCACGCTGATCTCCGGGCA
GACTCTGTCGCGCAACTGGCACAGATCGTGACGACAACCCTGCGGCAAGGCAGGAGTGGCCTTCCTCTCC
GCCAGGGTTAAGGTGAGTACCACCGCCCTTGGGCCCAGCAGCCCGGGTGAG
SPRY3 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
SPRY3_1 ↗X:155,612,586正股155,612,537–155,612,596
SPRY3_2 ↗X:155,767,752正股155,767,703–155,767,762

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSRX_949QMP · promoter · 155612096–155612598 · regulatory

ENSRX_949QMS · enhancer · 155612599–155612866 · regulatory

ENSRX_B35TSG · promoter · 155612867–155613394 · regulatory

· motif · 155611524–155611537 · motif

· motif · 155612969–155612978 · motif

· motif · 155613199–155613210 · motif

· motif · 155617414–155617423 · motif

SPRY3 受 FGF 訊號調節;來源未進一步說明調節方向。microRNA-143-3P 會抑制 SPRY3,並伴隨 MAPK 訊號活化及細胞外基質過度累積;此調控可能與心肌纖維化有關。

序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:288 aa

1 aa288 aa結構域
依 O43610 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

SPRY3 產物為 288 個胺基酸的蛋白質,屬於 Sprouty 家族。其 SPR 結構域位於第 154 至 260 個胺基酸的位置。

結構域SPR154–260 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · O43610…

AlphaFold · O43610

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cytoplasm

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 27 個夥伴 · 最多顯示 50 個
HSPRY3SPRY3AQP1BEX2CATSPER1CHRDCREB5GNEGPSM3HOXA1HRKPRPKRT34LCE1ALCE1BLCE1FLCE2BLCE3ALCE3DLCE3EMAPKBP1MEOX2NEK6R3HDM2SLC39A7VSNL1ZDHHC17ZNF587ZNF655
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 27 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

SPRY3 與 TESK1 和 USP11 有交互作用;來源未進一步說明這些交互作用是否形成特定複合體或其功能後果。SPRY3 也被報告可透過其 C 端與 CAV1 交互作用,此項描述依相似性推定。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

4 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 4 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能SPRY3 可抑制神經突起分支、延伸長度與複雜度,以及 EGF 介導的 p42/44 ERK 訊號,這些描述依相似性推定。它也會負向調節 MAPK 級聯反應,使細胞外基質蛋白累積減少;此外,可能拮抗 FGF 路徑,並可能負向調節呼吸器官生成。含實驗來源
證據與來源

Inhibits neurite branching, arbor length and neurite complexity (By similarity). Inhibits EGF-mediated p42/44 ERK signaling (By similarity). Negatively regulates the MAPK cascade, resulting in a reduction of extracellular matrix protein accumulation. May function as an antagonist of fibroblast growth factor (FGF) pathways and may negatively modulate respiratory organogenesis

PMID 30878395 ↗ · PMID 9458049 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用SPRY3 與 TESK1、USP11 有交互作用;來源另指出 SPRY3 可透過 C 端與 CAV1 交互作用,後者依相似性推定。含實驗來源
證據與來源

Interacts with TESK1. Interacts with USP11. Interacts with CAV1 (via C-terminus) (By similarity)

PMID 17974561 ↗ · PMID 29293652 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位SPRY3 蛋白質位於細胞質;此項定位資料未提供其他條件或異構型差異。資料庫紀錄
證據與來源

Cytoplasm

開啟資料庫紀錄 ↗

調控SPRY3 受 FGF 訊號調節,來源未說明調節方向。microRNA-143-3P 會抑制 SPRY3,並導致 MAPK 訊號活化及細胞外基質過度累積;此現象可能與心肌纖維化有關。含實驗來源
證據與來源

By FGF signaling. Repressed by microRNA-143-3P, which results in activation of MAPK signaling and promotion of excess accumulation of extracellular matrix. May thereby play a role in myocardial fibrosis

PMID 30878395 ↗ · PMID 9458049 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 4 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000695325 · 8,931 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ACAGATCGTGACGACAACCCTGCGGCAAGGCAGGAGTGGC40
41CTTCCTCTCCGCCAGGGTTAAGAACAAGACAGAACTATCT80
81CTGTTTCTGGCTCCACTGCCTGCCAGTGAAGGAGTTTTCA120
121TTCAGACTTTCCGAAGAGAGGTGGAGAAACCTAAAGACTG160
161AGGAGAAGAGATCCTTTGAGCCAGATGGGGCATTAGTTCT200
201TCTGCTTTTCTCAGCATGGATAAACCATTTCCTCAAGGAT240
241TTTCTCATGTGCCCTGAAATCCATGTAACTACAAGGGCTC280
281CTCTTTATCACCATAAGTGCCACCCTGACTTAAAACCACT320
321CAGAGCTAAAAAATCAAGGCAAAATGGATGCTGCGGTGAC360
361AGATGATTTTCAACAAATTCTGCCTATTGAACAGCTGCGC400
401TCTACTCATGCTAGCAATGACTACGTGGAACGGCCTCCAG440
441CCCCCTGTAAACAGGCCCTCTCCAGCCCTTCCCTTATTGT480
481GCAAACCCACAAGTCTGATTGGTCTCTGGCTACCATGCCT520
521ACTTCTCTCCCCCGCAGTCTCAGCCAGTGCCATCAACTGC560
561AGCCCTTGCCTCAGCATCTGAGCCAATCTAGCATTGCCAG600
601CTCAATGTCCCATAGCACCACTGCCTCTGATCAAAGGCTC640
641TTGGCCAGCATTACACCCTCACCTTCAGGCCAATCCATCA680
681TCCGAACCCAACCTGGAGCAGGGGTCCACCCAAAGGCTGA720
721TGGTGCTCTGAAGGGAGAAGCTGAGCAATCTGCAGGGCAC760
761CCTAGTGAGCACCTCTTCATCTGTGAGGAATGTGGGCGCT800
801GCAAGTGCGTCCCCTGCACAGCAGCTCGCCCTCTCCCCTC840
841CTGCTGGCTGTGCAACCAGCGCTGCCTTTGCTCTGCTGAG880
881AGCCTCCTCGATTATGGCACTTGTCTCTGCTGTGTCAAGG920
921GCCTCTTCTACCACTGCTCCACTGATGATGAAGACAACTG960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。