基因總覽
SPRY1(sprouty RTK signaling antagonist 1)是蛋白質編碼基因,產物屬於 sprouty 家族。其蛋白質長 319 個胺基酸,具有 SPR 結構域,並含有數段被註記為無序的區域。這些基本特徵界定了 SPRY1 的家族歸屬與蛋白質架構;來源亦將其功能描述為涉及晶狀體細胞相關的發育過程。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000651917 ★ | 123,396,795–123,403,755 | 3 |
| ENST00000610581 | 123,396,754–123,407,429 | 3 |
| ENST00000339241 | 123,396,754–123,407,429 | 2 |
| ENST00000858977 | 123,396,754–123,407,429 | 3 |
| ENST00000505319 | 123,396,795–123,401,793 | 3 |
| ENST00000622283 | 123,397,385–123,407,429 | 2 |
| ENST00000927725 | 123,397,385–123,407,429 | 3 |
| ENST00000927726 | 123,397,564–123,407,429 | 2 |
| ENST00000507703 | 123,398,185–123,402,219 | 2 |
| ENST00000927727 | 123,398,562–123,407,429 | 2 |
| ENST00000858978 | 123,398,577–123,407,429 | 2 |
| ENST00000927728 | 123,398,577–123,407,429 | 3 |
顯示 12/17 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SPRY1 與晶狀體細胞的分化及狀態轉變有關。來源指出,它會抑制纖維母細胞生長因子(FGF)誘導的視網膜晶狀體纖維分化;此項功能描述限定於 FGF 誘導的情境,並非對所有晶狀體分化過程的概括。
對此抑制作用的機制,來源以「可能」表述:SPRY1 可能藉由抑制 FGF 介導的 ERK1/2 磷酸化,降低 FGF 誘導的晶狀體纖維分化。這表示所述機制是推定的,而非來源所確立的確定因果途徑;可支持的功能重點,是 SPRY1 與 FGF 訊號及 ERK1/2 磷酸化之間的可能關聯。
來源也指出,SPRY1 會抑制 TGFB 誘導的晶狀體上皮細胞上皮間質轉換。這項作用涉及另一種誘導條件及不同的細胞變化,與 FGF 相關的晶狀體纖維分化描述應分開理解。現有資料未進一步說明 SPRY1 抑制此轉換的分子機制,因此不宜將前述 ERK1/2 磷酸化的可能機制延伸套用於 TGFB 誘導的作用。
上述功能敘述均標示為 By similarity,表示這些主張依相似性推定;來源未提供足以在此補充其實驗系統或更廣泛生理影響的資訊。因此,SPRY1 的功能說明應限於所列出的晶狀體細胞過程及其誘導條件。
Promoter 與基因調控
>SPRY1 ENST00000651917 GRCh38 chr4:123395795-123396895 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TTTGCCAGACTTTAAGCTACTCCTGATATATAGTACCTGGAAAAATATTTCCTTTCCACTAAGTTTTTGG TCTTTAGGTGGCTTTTAAAAGTTTCTACGGAACCTTCAATTCCACAAAAAGTTATCCTCACTGCAGCATG AAAAGGCACAACTTTGATAATAAATGCCTAAAATCCCATAGTTTGTAAGAAAGTAGAAATCAAGTTTCCT ACTTAAAGTGTTTTTTTTCCAGTCATATCAGCTATTACTAAGAATTATAAAACTTCTTGATAAATTTTTT CTATTCTAATTAATTGACTTTTAGCTAATTAAAAAATATACGGGTTTGTATTTTTTGCAAAATTATACAA CTATATTACAAAATTGAAAGAATTTGGTTTTTTCTCCATGTGCTTGATTTTTGGGAAATCATATAACAAG CCAAGGTAAAGCAATTATTTAAAAAACCCACAGCAGAAAATTTCACCTTTATTACATATGCTTATATTAC ATTTGCAGTAAGGAGTGCCACCTTTTGAACTTTAGGTTTCACATATTCTGAACTTTGTTGTAAATAGGAA CTGTAATGTTATATAATCATCTTTTTGTGTCAATATACGTTTTCCCTCTAGTTGGTCAGAAGTGATGGCT TGGCATACAACTTTTTTCATTTTCTTTTATTCTTCACAATTCTTTTCTAATTCAACTTAAGAGTAGAGTC CACCAATCCTTTTAATTGAGATCGACAACTGAAGATTGCTAACTAAATCCGAATGTATTCCTCTATGACA AACTGCATTTGCAGAATTTTTAGAGGCACTCCCGAAGTTTTAAGAGGATGTTTATTACACGAGTCTGTAG GGCAACATTTCCAAGTTGGTACACATAAACGAAAGAGGAAACGATAGTTAAGGAAATCCTGTTCCAGGTT TTCGGGCAGCCCGAGTGATTGACACATGATATCACCGGAGGCGTGTCCTGGAGTGGAGGTGGAGGTGGAG GCAAGGAGCTGAAATTCTGCGTAGCCGGAGTGAGACCGCTCTGCAAACCACTGCGTGCTTTGCAGAGTGA TTATCAGCACAGTTCCCTGCCCTGGATAAGGAACAGCTACAGTCGCTGTTA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SPRY1_1 ↗ | 4:123,396,824 | 正股 | 123,396,775–123,396,834 |
| SPRY1_2 ↗ | 4:123,399,540 | 正股 | 123,399,491–123,399,550 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR4_93RZD9 · enhancer · 123393781–123394111 · regulatory
ENSR4_5342MH7 · CTCF_binding_site · 123396296–123396317 · regulatory
ENSR4_93RZF2 · promoter · 123396305–123396811 · regulatory
ENSR4_5342MQG · CTCF_binding_site · 123397867–123397888 · regulatory
ENSR4_93RZFH · promoter · 123397896–123398396 · regulatory
ENSR4_93RZFR · promoter · 123399020–123399520 · regulatory
ENSR4_5342MXX · CTCF_binding_site · 123399053–123399074 · regulatory
ENSR4_CG8LH · enhancer · 123399521–123400812 · regulatory
ENSR4_5342N6J · CTCF_binding_site · 123400258–123400279 · regulatory
· motif · 123396298–123396314 · motif
· motif · 123396483–123396498 · motif
· motif · 123396741–123396751 · motif
· motif · 123396960–123396982 · motif
· motif · 123396972–123396984 · motif
· motif · 123397869–123397885 · motif
· motif · 123398316–123398327 · motif
· motif · 123398318–123398327 · motif
· motif · 123398355–123398368 · motif
· motif · 123398361–123398374 · motif
· motif · 123398436–123398445 · motif
· motif · 123398436–123398445 · motif
· motif · 123398582–123398591 · motif
· motif · 123398684–123398697 · motif
· motif · 123398685–123398698 · motif
· motif · 123398685–123398698 · motif
· motif · 123399055–123399071 · motif
· motif · 123399159–123399171 · motif
· motif · 123399161–123399168 · motif
· motif · 123399161–123399176 · motif
· motif · 123400260–123400276 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:319 aa
SPRY1 蛋白質長 319 個胺基酸,屬於 sprouty 家族。其 SPR 結構域位於胺基酸 183–295;另有兩段被註記為無序區,分別位於 54–78 與 100–160。來源未提供這些無序區的特定功能說明。
蛋白質三維結構
細胞內定位
未受刺激的細胞中,SPRY1 位於細胞質;EGF 刺激後,則會轉移至膜皺褶。 其定位因此會隨刺激狀態改變,並被描述為細胞質及周邊膜蛋白。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
未繪示構造:Membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 75 個夥伴
- ADAM12O43184-4 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- ADAMTSL4Q6UY14-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ANKRD11X5D778 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCDC57Q2TAC2-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CDR2LQ86X02 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CHRDQ9H2X0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CREB5Q02930-3 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- CYSRT1A8MQ03 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- FARS2O95363 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FBLN1P23142-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FHL5Q5TD97 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- GEMIN4P57678 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- GNEQ9Y223-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GUCD1Q96NT3-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HEXIM2Q96MH2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HOXA1P49639 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- HSF2BPO75031 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- INCA1Q0VD86 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KPRPQ5T749 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRT31Q15323 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP1-1Q07627 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP1-3Q8IUG1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-11P60412 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-5P60370 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-7P60409 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
SPRY1 與 SPRY2 形成異源二聚體;來源另指出 SPRY1 與 TESK1 及 CAV1 互作,其中與 CAV1 的互作涉及 SPRY1 的 C 端。這些互作資訊均標示為 By similarity;來源未說明它們是否構成更大的複合體,或其功能後果。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SPRY1 抑制纖維母細胞生長因子(FGF)誘導的視網膜晶狀體纖維分化;此作用可能是透過抑制 FGF 介導的 ERK1/2 磷酸化。它也抑制 TGFB 誘導的晶狀體上皮細胞上皮間質轉換。這些功能描述均為依相似性推定。 | 推論支持 | 證據與來源Inhibits fibroblast growth factor (FGF)-induced retinal lens fiber differentiation, probably by inhibiting FGF-mediated phosphorylation of ERK1/2 (By similarity). Inhibits TGFB-induced epithelial-to-mesenchymal transition in lens epithelial cells (By similarity) |
| 交互作用 | SPRY1 與 SPRY2 形成異源二聚體,也與 TESK1 及 CAV1 互作;其中與 CAV1 的互作涉及 SPRY1 的 C 端。這些互作描述均標示為依相似性推定。 | 推論支持 | 證據與來源Forms heterodimers with SPRY2 (By similarity). Interacts with TESK1 (By similarity). Interacts with CAV1 (via C-terminus) (By similarity) |
| 細胞定位 | SPRY1 在未受刺激的細胞中位於細胞質,並被描述為周邊膜蛋白;EGF 刺激後,SPRY1 會轉移至膜皺褶。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Cytoplasm; Membrane / Peripheral membrane protein; Found in the cytoplasm in unstimulated cells but is translocated to the membrane ruffles in cells stimulated with EGF (epidermal growth factor) |
核酸與蛋白質序列
GTAGCCGGAGTGAGACCGCTCTGCAAACCACTGCGTGCTT40TGCAGAGTGATTATCAGCACAGTTCCCTGCCCTGGATAAG80GAACAGCTACAGTCGCTGTTAAATGTGCCTGAAAAGCAAT120TTGCAATCTTTGCATTAGGCATTTCGGCCGTGGAACCCCA160GGCTCGGAGGACTGGGTGTGAGCGCTGCCCGGGAGAGGCT200GACCTGCCGGGACCGGAGTGCCCGGGGACGCTGTGCCCCC240ACTTGCCCAACGTGCGGAATCGGCTAAGCGCGTCGGCCTG280CGCGGGGCACAAGGGACGACGCCCGCCTTTCTCTCTCCGA320GAAGGATCCCCAAACCTCACTCTCTTCACTCCTCCCCGCT360AAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAGGGATTTCAGATGCATGC400CAGGTTTCCACTGATTGCCAGAACTCGAGATCACTACACA440TGGATCCCCAAAATCAACATGGCAGTGGCAGTTCGTTAGT480TGTGATCCAGCAGCCTTCTTTGGATAGCCGTCAGAGATTA520GACTATGAGAGAGAGATTCAGCCTACTGCTATTTTGTCCT560TAGACCAGATCAAGGCCATAAGAGGCAGCAATGAATACAC600AGAAGGGCCTTCGGTGGTGAAAAGACCTGCTCCTCGGACA640GCACCAAGACAAGAAAAGCATGAAAGGACTCATGAAATCA680TACCAATTAATGTGAATAATAACTACGAGCACAGACACAC720AAGCCACCTGGGACATGCAGTACTCCCAAGTAATGCCAGG760GGCCCCATTTTGAGCAGATCAACCAGCACTGGAAGTGCAG800CCAGCTCTGGGAGCAACAGCAGTGCCTCTTCTGAACAGGG840ACTGTTAGGAAGGTCACCACCAACCAGACCAGTCCCTGGT880CATAGGTCTGAAAGGGCAATCCGGACCCAGCCCAAGCAAC920TGATTGTGGATGACTTGAAGGGTTCCTTGAAAGAGGACCT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。