基因總覽
small proline rich protein 2G 是由 SPRR2G 編碼的蛋白質,屬於 cornifin(SPRR)家族,並被描述為角質形成細胞的包膜蛋白。其序列含有三段約九個胺基酸的串聯重複區,另有一段被註記為無序區。這些序列特徵構成此蛋白的基本結構概況;來源另將其描述為最初位於細胞質、之後參與角質形成細胞包膜形成的蛋白。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000368748 ★ | 153,149,582–153,150,890 | 2 |
| ENST00001094604 | 153,149,565–153,164,447 | 2 |
| ENST00001145843 | 153,149,565–153,150,890 | 2 |
顯示 3/3 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SPRR2G 被描述為角質形成細胞包膜蛋白。依據相似性(By similarity)的註解,這種蛋白起初出現在細胞質中,之後會透過 transglutaminase 與膜蛋白形成交聯。此過程將其納入質膜下方的不溶性包膜,說明 SPRR2G 的功能涉及從細胞質中的蛋白,轉變為與膜蛋白交聯的包膜成分。
來源提供的功能資訊聚焦於這項交聯與包膜形成過程,未進一步說明參與交聯的具體膜蛋白、反應調控方式或其在其他生物學過程中的作用。由於註解標示為依據相似性推定,這些描述應視為相似性支持的功能註解,而非在此來源中直接呈現的實驗證實。
Promoter 與基因調控
>SPRR2G ENST00000368748 GRCh38 chr1:153150790-153151890 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TATACTAAGAAATTATCCGTGGGATCTGTGCCAGCTATACTTTACTTATTTAGGTAAAAACATCCATGAA GTAAACAGCAGGATAAATAGCTTTACAGAACTTCACTCCTCGAATGTGCAAAGAAAGCCTGAAATCCTAC TAAATGTCATTTCAAAAGAGAGAAATTGTGAAGGAGTAAATTGAATTAGCATGTAGGAGAAAAGCTTCAA AATGGATGCAGCACATACATTAAGGCAGTTTGGAAGAAAATGGGAGAAGATGAGTTTGGATTTCTAGTAG ACCACAAGTCACTCATAGTTACAAGGGCCACAGAGATGAGGTTAGTGTGTAAATCTGCAAATGTGAAGCT TTAAGAAGGGGCCCCAACATGACTCTAATGGCCTAGAAAACTGAGAGATGATGTTGCCTTGTTCAAGCCC ATTAATACCATGTCAGAACACACCCAGGTTGGGGCTGTCAGCATCTAGGAAGCTGATATATGATTTTGTC ACCCTGTTCAAGTCAATTAATTGTCAAGAAAAGCCTAAGGATCAATAGGCCATGATAAAAGGGGAAGTTA GTTGTAAAGAAAAACTGCAGTTGAGGGTTAGGATATAGCCAGGCTGCAGGATCAGCACATACTGGTCTCT ACTAAAGAGAACACAGCTAGATACTGGGCATGTGCAACTGAATGGGAGTAGTTTTACATACAGGATACTT TGGAAGCTGGGAAGTAGGAGAAGCACCATCTCTAATTATAGGGAAGCACCACAATTGTCAGACAATTTGT CACGTTCTACAATTGCCACTGGCATGAGGAACCTGAGATAATGTCCCAAGTGAATCACTGTGCACTTATC CTGCTGGGGAGGATCATGGACTAGGAATTTTGTGATACCAGCATGGATTACATGCAAGTGGTATTTTGGT TGGGAAATAAGCACATCATGCTAGTCCTGGGCTGTTCCCTGTGTAGGGCTGCCTGCCCCTTATAAAAGGA CTCTCCACCACACTGATGCTATCTTCTTGCCATTCAGTTGTAGATCTTTGAAGACTCTGGTGAGTACAAA TATTAGAAGCTTTTCTTGCACTTGGATGGTGTTAGGGTCTAACCTGGGTAC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SPRR2G_1 ↗ | 1:153,150,890 | 負股 | 153,150,880–153,150,939 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
· motif · 153155731–153155742 · motif
SPRR2G 的相關註記指出,該情境發生於表皮角質形成細胞的鱗狀分化期間;來源未提供更具體的誘導因子或調控機制。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:73 aa
small proline rich protein 2G 屬於 cornifin(SPRR)家族。蛋白質長度為 73 個胺基酸;第 1–20 位被註記為無序區,第 21–47 位含有三段各約九個胺基酸的串聯重複,分別位於第 21–29、30–38 與 39–47 位。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SPRR2G 的定位註記為細胞質;功能描述亦指出它最初出現在角質形成細胞的細胞質中,之後參與形成質膜下包膜。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SPRR2G 被描述為角質形成細胞的交聯包膜蛋白。依據相似性,此蛋白最初出現在細胞質,之後由 transglutaminase 促成其與膜蛋白交聯,最終形成位於質膜下方的不溶性包膜;此功能描述保留依據相似性的推論性質。 | 推論支持 | 證據與來源Cross-linked envelope protein of keratinocytes. It is a keratinocyte protein that first appears in the cell cytosol, but ultimately becomes cross-linked to membrane proteins by transglutaminase. All that results in the formation of an insoluble envelope beneath the plasma membrane (By similarity) |
| 細胞定位 | 此定位註記指出 SPRR2G 位於細胞質。 | 推論支持 | |
| 調控 | 相關情境為表皮角質形成細胞進行鱗狀分化期間;此註記未說明具體誘導因子或調控機制。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
ATCTTCTTGCCATTCAGTTGTAGATCTTTGAAGACTCTGA40TTCTCTGAGACTGAGGAGAGATGTCTTACCAGCAGCAGCA80GTGCAAGCAGCCCTGCCAGCCACCTCCTGTGTGCCCCACG120CCAAAGTGCCCAGAGCCATGTCCACCCCCGAAGTGCCCTG160AGCCTTACCTGCCTCCTCCTTGTCCACCTGAGCATTGCCC200ACCTCCACCATGCCAGGATAAATGCCCTCCTGTGCAACCA240TACCCACCCTGCCAGCAGAAGTATCCACCCAAGAGCAAGT280AACATCACTAGAATTCATCAGGACCATGAAACAACAAGAT320CCAGTGGCTCTTCTTACTCCCAGGACTCCATCATCTTCCC360TTCAGCTGTAGTGGGAGGCTGCATCTTCCCTAACCTCTGT400CTGGCTTGAGCGTTGACAGAGAAAAGGCTTAGTTCTGAAA440ACCGATATGTTGTTGGAAGATGAGCAGCCAGATCACTGCC480TAATCTCGCTTTGCTGTCTGTGATGTAGATGGTGGTTCCT520ATCCTGAGAGCAAGTGTGTTTATTCTTTTGCTTCTCCCCA560ATAAAGCACATGTTTCATGGTCAAGCCCA589cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。