基因總覽
SPOCK2 是人類的蛋白質編碼基因,正式名稱為 SPARC (osteonectin), cwcv and kazal like domains proteoglycan 2。其產物 Testican-2 屬於含有 SPARC/osteonectin、CWCV 與 Kazal-like domains 的蛋白聚醣家族;來源指出它能結合鈣,並可能參與神經生成的不同階段。現有資料提供的基本特徵有限,未說明更具體的分子作用或生理情境。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000373109 ★ | 72,059,034–72,088,551 | 11 |
| ENST00000885192 | 72,059,016–72,088,551 | 10 |
| ENST00000317376 | 72,059,016–72,089,032 | 12 |
| ENST00001141921 | 72,059,016–72,088,551 | 11 |
| ENST00000412663 | 72,086,226–72,089,032 | 3 |
顯示 5/5 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SPOCK2 的產物 Testican-2 可結合鈣,並可能參與神經生成的不同階段。這項描述涵蓋多個神經生成步驟,但來源未指出具體涉及哪些階段,也未說明鈣結合如何影響其作用,因此不能據此推定更細緻的調控機制。
目前資料支持的功能範圍主要限於神經生成相關可能性與鈣結合特性;未提供其作用細胞、分子互作對象或特定神經生成過程的資訊。因而,Testican-2 在神經生成中的確切角色及其生物學影響仍無法由此來源進一步界定。
Promoter 與基因調控
>SPOCK2 ENST00000373109 GRCh38 chr10:72088451-72089551 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AACACAATCTAGGGCTTGGGTCCCAAAAGTTCACTAGGTTTTGTCCCATCAGATGATGTTTCCTCTTTAA TGTATTTGTAATGTAAACCTGTCCCCATTTCTGCTGTGCTCTTGGGACTGTGGCCAGCCTCCAGCCTTCC CCGCTGGTATGTCAACATTTAAATCTACAGCCAATAAGGAGGGTCGCAGTTTCAACAAAACCCGAAACAC CTCAAACAAAACCAGCACCCCACCCCAGCCCCCCACTCCCCGGCTTCCCCAGTGGCTTATTCAAACTAAC TTGAAGTCAAAAAACCATAAGCAAATATGCCTTTTCCAAATTTGCAGCCTCCAAGGCAGATGAAATGGTC AGACATTTGCCTTTTAGGGTTGTCCTGGGAAGAGCTGACAAAACGGGTGACAGCCCCTAAACAGCTGCCT GGGGAGGAGGACATCTGCCTCTGTTTCACCAGCCACTCAGTGCTCAGGCCTTGCCTTGCGCAACGCGGTG CCGCTGGGGAGCAATGGTTCTGAGCAGCCAGTTGTTATACGGCTTTTGTCTTAACGAAGCCACCCATTAC GGTAGAGCCATAACTCGCAGGAAGCCAGCTGTCAGGGCTGTGGCGCAGGCCCCTCTGGGTGGGAGGCAAG GGGAGAAAAACAGTGTCTGGCCAAATTCCCTTTCCGACACCTGAGCCTGGCTGGCTTTGTAACCGGAGAG TTTTGTGCCCTCTCCCCCATCCCATCTTCCCCGGGGAGATCCTGGGGCCCTTCTTGCTCTCCATCCTTTG AGGGAGCTCAGGGACATTTCGGGATTCTGGATTTCTTGGTCTGCAACTCCCTGTGTGCCAGGCGGGGCTG GGCCCCGCTGCGGCTGGCTGGCGTTTGGCGCTCTCATCGAGGGAGCGCTTCGCTTTGAAATCTACCCACT CCTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAACCAGGTATGATGATGTCAAACGTGATGCTGATGCTACAGTTACAGCC CCTGCTGGCGCAGCCTCTCTGATTCTCTCTCCCTCTCCGCGTCCAGTGCTGGGCTTTTTCAGACAAGTGC ATCTCCTAACCAGGTCACATTTCAGCCGCGACCCACTCTCCGCCAGTCACC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SPOCK2_1 ↗ | 10:72,088,551 | 負股 | 72,088,541–72,088,600 |
| SPOCK2_2 ↗ | 10:72,088,982 | 負股 | 72,088,972–72,089,031 |
| SPOCK2_3 ↗ | 10:72,089,747 | 負股 | 72,089,737–72,089,796 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR10_5LXRJ3 · CTCF_binding_site · 72086542–72086563 · regulatory
ENSR10_BJB9J · promoter · 72088541–72089440 · regulatory
ENSR10_933LKB · enhancer · 72089685–72089950 · regulatory
· motif · 72085969–72085978 · motif
· motif · 72086544–72086560 · motif
· motif · 72087094–72087103 · motif
· motif · 72089068–72089077 · motif
· motif · 72089068–72089077 · motif
· motif · 72091383–72091396 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:424 aa
Testican-2 長 424 個胺基酸,N 端第 1–22 位為訊號肽。蛋白質包含第 130–182 位的 Kazal-like domain,以及第 310–376 位的 Thyroglobulin type-1 domain;第 387–424 位則註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
Testican-2 註記為分泌至細胞外空間,並位於細胞外基質。 資料未提供不同條件或異構型之間的定位差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- ENKD1Q9H0I2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
GATTCTCTCTCCCTCTCCGCGTCCAGTGCTGGGCTTTTTC40AGACAAGTGCATCTCCTAACCAGGTCACATTTCAGCCGCG80ACCCACTCTCCGCCAGTCACCGGAGGCAGACCGCGGGAGG120AGAGCTGAGGACAGCCGCGTGCGCTTCGCCAGCAGCGGGG160TGGGAGGAAGGACATTAAAATACTGCAGAAGTCAAGACCC200CCCCAGGTCGAACCCAGACCACGATGCGCGCCCCGGGCTG240CGGGCGGCTGGTGCTGCCGCTGCTGCTCCTGGCCGCGGCA280GCCCTGGCCGAAGGCGACGCCAAGGGGCTCAAGGAGGGCG320AGACCCCCGGCAATTTCATGGAGGACGAGCAATGGCTGTC360GTCCATCTCGCAGTACAGCGGCAAGATCAAGCACTGGAAC400CGCTTCCGAGACGAAGTGGAGGATGACTATATCAAGAGCT440GGGAGGACAATCAGCAAGGAGATGAAGCCCTGGATACCAC480CAAGGACCCCTGCCAGAAGGTGAAGTGCAGCCGCCACAAG520GTGTGCATTGCCCAGGGCTACCAGCGGGCCATGTGCATCA560GTCGCAAGAAGCTGGAGCACAGGATCAAGCAGCCGACCGT600GAAACTCCATGGAAACAAAGACTCCATCTGCAAGCCCTGC640CACATGGCCCAGCTTGCCTCTGTCTGCGGCTCAGATGGCC680ACACTTACAGCTCTGTGTGTAAGCTGGAGCAACAGGCGTG720CCTGAGCAGCAAGCAGCTGGCGGTGCGATGCGAGGGCCCC760TGCCCCTGCCCCACGGAGCAGGCTGCCACCTCCACCGCCG800ATGGCAAACCAGAGACTTGCACCGGTCAGGACCTGGCTGA840CCTGGGAGATCGGCTGCGGGACTGGTTCCAGCTCCTTCAT880GAGAACTCCAAGCAGAATGGCTCAGCCAGCAGTGTAGCCG920GCCCGGCCAGCGGGCTGGACAAGAGCCTGGGGGCCAGCTG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。