基因總覽
SPINT2 是蛋白質編碼基因,其正式名稱為 serine peptidase inhibitor, Kunitz type 2。基因產物為 252 個胺基酸的蛋白質,屬 Kunitz 型蛋白酶抑制因子,具有兩個 BPTI/Kunitz inhibitor 結構域。蛋白質包含訊號胜肽、細胞外區段、單次跨膜區段與細胞質區段;這些特徵構成其基本的膜蛋白架構。來源所列的功能涵蓋多種絲胺酸蛋白酶抑制作用。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000301244 ★ | 38,264,573–38,292,615 | 7 |
| ENST00000590510 | 38,244,035–38,287,905 | 3 |
| ENST00000454580 | 38,264,222–38,292,615 | 6 |
| ENST00000902577 | 38,264,222–38,292,615 | 5 |
| ENST00000902578 | 38,264,222–38,292,615 | 5 |
| ENST00000902579 | 38,264,222–38,292,615 | 7 |
| ENST00000918438 | 38,264,222–38,292,615 | 7 |
| ENST00000918439 | 38,264,222–38,292,615 | 6 |
| ENST00000918440 | 38,264,222–38,292,615 | 7 |
| ENST00000918441 | 38,264,222–38,292,615 | 7 |
| ENST00000964700 | 38,264,222–38,292,615 | 6 |
| ENST00000964701 | 38,264,222–38,292,615 | 6 |
顯示 12/26 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SPINT2 的產物可抑制多種絲胺酸蛋白酶。來源指出,它是 HGFAC 的抑制因子,也能抑制 plasmin,以及血漿與組織 kallikrein。這些資料支持其作用範圍涉及不同蛋白酶,但未提供各靶點之間的相對抑制強度或共同作用條件。
對 TMPRSS13,SPINT2 可抑制其絲胺酸蛋白酶活性。SPINT2 也能在體外抑制 ST14/matriptase 與 PRSS8/prostasin 的絲胺酸蛋白酶活性;這項證據限定於體外條件,不宜直接視為已證實這些抑制作用在生理環境中的效果。
SPINT2 與 TMPRSS13 的互作另與 TMPRSS13 的磷酸化及其定位至細胞膜有關。這項互作所支持的是對 TMPRSS13 磷酸化和膜定位的促進作用,與 SPINT2 對蛋白酶活性的抑制是不同層面的功能描述;來源未進一步說明兩者如何在分子層級連結。
因此,來源所支持的 SPINT2 功能包括抑制多種蛋白酶,以及透過互作促進 TMPRSS13 的磷酸化與細胞膜定位。現有資料並未提供這些作用彼此如何協調或其下游生物學結果,故不宜據此延伸出未載明的機制。
Promoter 與基因調控
>SPINT2 ENST00000301244 GRCh38 chr19:38263573-38264673 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CCAGCCTGGGCAACAAGAGCAAAACTTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAATAATCTAAAAGTGTT TTCAATAATAATGCATTTATGTTGATTACCTTGTTGGCTATCCTCTACTCGTGTGCCTGCCCCACTCCAT TCCCCTTTCTAGAGTCTGTTCACGTAACTCCTCTTCCAGGAAGCCCTCTTTGACTCCCAGGCTTGGTCAG GTGTCTTCTCTGGGTTTCCCCAGGGGCTTCCTTCCTCTCAATTCTGATGCTGCCTGTGCTAAGTATTTGT CTCCATATCTGTCCTGAGAACCTTGGAGCCAGGGCTCGGGGCTGTTTTTGCATGGGCCTATCACCTCCTC CAGGAAGCCCTCCTTGGCCCTCTCTCAGGCTGGATGGGAAAGCTGTCTGGGCTCCCATCATGCCCTGGTT TTCTAGCGACCCAGCCTCTGATCCCTAAGCTTGGCCTTCCCCATCACAGCTTTCATCACTTTGTGCTAAG CTTCCGCTATCACTACTCTGGGCCGTTCCTGTTTGGTGACTCAGGGACCAGTCTGGCATGGCCACCGCTG GGTCCCCAGCATTAAGCCCTGGAGCATGAGCCCAGTGAACTTTGAAATTCAGGAAGGAATTCACAGGAAA GCTGCGGCGAGGCGGGCAGAAAACCACAGGCTTCCAAGAAACGCGTGTCTGCCGCCCCCTCCTCCCACCC TGAGGCCAGTCCTAGAGCGAAGGCCCTCCTCCGACGTCGTCACCAAGCCCAAGGGAAGGGTGGCAGGTGC TCAGCGGGCAGACGCCCCGCCCCGCCCCGCCAGGTTCTGTTGGGGGCGAGGCCCGCGCAAGCCCCGCCTC TTCCCCGGCACCAGGGGCGGGCCCAGGTGCGCCCAGGGCCGGGGAGCGGCCGCGCAGGTGCCTGCCCTTT GCGCCTGCGCCCAGCTCGCCCTGCCTAGCCAGGTGCGCCCCGCCCCCTGCCTGCCCGGCCACCTTCGGGA GCCGCTTCCAATAGGCGTTCGCCATTGGCTCTGGCGACCTCCGCGCGTTGGGAGGTGTAGCGCGGCTCTG AACGCGCTGAGGGCCGTTGAGTGTCGCAGGCGGCGAGGGCGCGAGTGAGGA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SPINT2_3 ↗ | 19:38,244,042 | 正股 | 38,243,993–38,244,052 |
| SPINT2_2 ↗ | 19:38,264,437 | 正股 | 38,264,388–38,264,447 |
| SPINT2_1 ↗ | 19:38,264,573 | 正股 | 38,264,524–38,264,583 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_9K73H · enhancer · 38262881–38263333 · regulatory
ENSR19_9K73T · promoter · 38264083–38264586 · regulatory
ENSR19_5C225L · CTCF_binding_site · 38264519–38264540 · regulatory
ENSR19_C5RJ3 · enhancer · 38264587–38266500 · regulatory
ENSR19_5C2275 · CTCF_binding_site · 38264848–38264869 · regulatory
ENSR19_D3W94 · enhancer · 38266642–38269040 · regulatory
· motif · 38264061–38264072 · motif
· motif · 38264223–38264231 · motif
· motif · 38264334–38264343 · motif
· motif · 38264356–38264366 · motif
· motif · 38264361–38264371 · motif
· motif · 38264403–38264413 · motif
· motif · 38264425–38264435 · motif
· motif · 38264434–38264443 · motif
· motif · 38264463–38264474 · motif
· motif · 38264482–38264493 · motif
· motif · 38264482–38264493 · motif
· motif · 38264510–38264519 · motif
· motif · 38264519–38264529 · motif
· motif · 38264521–38264537 · motif
· motif · 38264569–38264579 · motif
· motif · 38264736–38264745 · motif
· motif · 38264736–38264747 · motif
· motif · 38264805–38264816 · motif
· motif · 38264805–38264816 · motif
· motif · 38264850–38264866 · motif
· motif · 38265107–38265117 · motif
· motif · 38268913–38268922 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:252 aa
SPINT2 蛋白長 252 個胺基酸,包含位於第 1–27 位的訊號胜肽、第 28–197 位的細胞外區段、第 198–218 位的螺旋跨膜區,以及第 219–252 位的細胞質區段。細胞外區段含兩個 BPTI/Kunitz inhibitor 結構域,分別位於第 38–88 位與第 133–183 位;第 100–122 位另註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SPINT2 被標註為單次跨膜的第一型膜蛋白,並位於細胞膜與細胞質。 此定位資料未指出特定條件下的定位變化或異構型差異。 TMPRSS13 的細胞膜定位則是互作資料所述的夥伴變化,不應視為 SPINT2 自身定位的改變。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
SPINT2 與 TMPRSS13 互作;該互作促進 TMPRSS13 的磷酸化及其細胞膜定位。來源未將此描述為兩者形成特定複合體,也未提供其他實體結合夥伴。此互作效應不同於 SPINT2 對 TMPRSS13 蛋白酶活性的抑制描述。
疾病與遺傳關聯
影響 SPINT2 的基因變異與先天性分泌性鈉腹瀉(DIAR3)相關。此疾病可伴有或不伴有其他先天異常,特徵包括可能危及生命的分泌性腹瀉、嚴重代謝性酸中毒與低血鈉;低血鈉與糞便鈉流失異常偏高有關,尿鈉排出量則偏低或正常。資料指出疾病成因為影響此基因的變異,並排除感染、自體免疫及內分泌原因。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SPINT2 可抑制 HGFAC、plasmin、血漿與組織 kallikrein,並抑制 TMPRSS13 的絲胺酸蛋白酶活性;對 ST14/matriptase 與 PRSS8/prostasin 的絲胺酸蛋白酶活性,則有體外抑制證據。 | 含實驗來源 | 證據與來源Inhibitor of HGFAC. Also inhibits plasmin, and plasma and tissue kallikrein. Inhibits serine protease activity of TMPRSS13. Inhibits serine protease activity of ST14/matriptase and PRSS8/prostasin in vitro PMID 20977675 ↗ · PMID 28710277 ↗ · PMID 30445423 ↗ · PMID 9115294 ↗ · PMID 9346890 ↗ |
| 交互作用 | SPINT2 與 TMPRSS13 互作;此互作會促進 TMPRSS13 的磷酸化,並促進其定位至細胞膜。此描述指向互作相關效應,未提供其他複合體資訊。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with TMPRSS13; the interaction promotes the phosphorylation and cell membrane localization of TMPRSS13 PMID 28710277 ↗ · PMID 34562451 ↗ |
| 細胞定位 | SPINT2 被標註為單次跨膜的第一型膜蛋白,定位於細胞膜及細胞質;此資料未提供定位改變的條件或異構型差異。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cell membrane / Single-pass type I membrane protein; Cytoplasm PMID 28710277 ↗ · PMID 34562451 ↗ |
| 疾病關聯 | 影響 SPINT2 的基因變異會造成先天性分泌性鈉腹瀉,可伴有或不伴有其他先天異常。疾病可能危及生命,特徵包括嚴重代謝性酸中毒與低血鈉;低血鈉與糞便鈉流失極高有關,尿鈉排出量偏低或正常,且無感染、自體免疫或內分泌原因。 | 含實驗來源 | 證據與來源Diarrhea 3, secretory sodium, congenital, with or without other congenital anomalies DIAR3 A disease characterized by life-threatening secretory diarrhea, severe metabolic acidosis and hyponatremia. Hyponatremia is secondary to extraordinarily high fecal sodium loss, with low or normal excretion of urinary sodium, in the absence of infectious, autoimmune and endocrine causes. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 270420 PMID 19185281 ↗ · PMID 20009592 ↗ · PMID 24142340 ↗ · PMID 28716867 ↗ · PMID 29575628 ↗ · PMID 30445423 ↗ · PMID 38271183 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GCCATTGGCTCTGGCGACCTCCGCGCGTTGGGAGGTGTAG40CGCGGCTCTGAACGCGCTGAGGGCCGTTGAGTGTCGCAGG80CGGCGAGGGCGCGAGTGAGGAGCAGACCCAGGCATCGCGC120GCCGAGAAGGCCGGGCGTCCCCACACTGAAGGTCCGGAAA160GGCGACTTCCGGGGGCTTTGGCACCTGGCGGACCCTCCCG200GAGCGTCGGCACCTGAACGCGAGGCGCTCCATTGCGCGTG240CGCGTTGAGGGGCTTCCCGCACCTGATCGCGAGACCCCAA280CGGCTGGTGGCGTCGCCTGCGCGTCTCGGCTGAGCTGGCC320ATGGCGCAGCTGTGCGGGCTGAGGCGGAGCCGGGCGTTTC360TCGCCCTGCTGGGATCGCTGCTCCTCTCTGGGGTCCTGGC400GGCCGACCGAGAACGCAGCATCCACGACTTCTGCCTGGTG440TCGAAGGTGGTGGGCAGATGCCGGGCCTCCATGCCTAGGT480GGTGGTACAATGTCACTGACGGATCCTGCCAGCTGTTTGT520GTATGGGGGCTGTGACGGAAACAGCAATAATTACCTGACC560AAGGAGGAGTGCCTCAAGAAATGTGCCACTGTCACAGAGA600ATGCCACGGGTGACCTGGCCACCAGCAGGAATGCAGCGGA640TTCCTCTGTCCCAAGTGCTCCCAGAAGGCAGGATTCTGAA680GACCACTCCAGCGATATGTTCAACTATGAAGAATACTGCA720CCGCCAACGCAGTCACTGGGCCTTGCCGTGCATCCTTCCC760ACGCTGGTACTTTGACGTGGAGAGGAACTCCTGCAATAAC800TTCATCTATGGAGGCTGCCGGGGCAATAAGAACAGCTACC840GCTCTGAGGAGGCCTGCATGCTCCGCTGCTTCCGCCAGCA880GGAGAATCCTCCCCTGCCCCTTGGCTCAAAGGTGGTGGTT920CTGGCGGGGCTGTTCGTGATGGTGTTGATCCTCTTCCTGG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。