基因總覽
SPANXC 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 SPANX family member C。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 Xq27.2。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000358993 ★ | 141,241,463–141,242,517 | 2 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>SPANXC ENST00000358993 GRCh38 chrX:141242417-141243517 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CAATGGTGGTTTTAATAATGGCTGTCCTGGCTGGGTGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGG AGGCCAAGGCGGGTGGATCACGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCTTGGCCAAGATGGTGAGACCCCCGTC TCTCCTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCACAGGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAAGCTG AGCCAGAGAATCACTTAAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCATGCCATTGCACTCCAGC CTGGGCAACAACAGTGAAACTCCATTTCAAAAAGAGAAAAAAATATACACCCCTGATTTGAAACAAGACT AGGATACACGGTAAAGAATGTTTATTCACTAAAGTTTTGACAGACTGAAGGCCATTATTTCAGATTGGAG ATAGGAAACTTAAAAGAACTACATGGACATTGGGTAAAAGAACATGGGTTGAAATTTGCCTGGCAGTAGC CCAAAAGTAAATGGTCTTCGAGGTGCATGTGAAGGAACTGTAGGAGGGAAATGGGATAATTCACATCTCT GCCAATAAATAAATGTAGCCACACTAGCTTGGGGGATTTGAGGTGAGACATCGAAAATACTAAGTCATGG TGAGGGCTGGAAGACAAAAGAATGAATCACTTAATAGGAATGGCTGTGGGGAAGGGCTTGAAGGAATCAT CCTCTGACTTCCATGTGAACCGTGAACATTAAACATGGAGAAATGAGGAGCGGCGGCAGATCGGTTTGGG ATGCATCTTCAGGGGATGCTGAAACAACAACAGCATTTGGTTTGCTCTACACCCCTGTCACCCCTCGCCC GCAAGCCCAGGGAGTGGTCAGCAGTGGGGCTTTGTGATGTGAAGCCACCCTAGGGCTGCCATTGGCTGGG ACACTGCCTGTATGATCAAACAAAGCTCAAGGGTGTGGCTTTGCCTTGTCACCAGGAGGGTATATACAGG GAGGGCAAGAGCTCCGGGCCACTGCGAAGATTCAAAACCTACAAAAGCCTGCCGCTGACATTGAAGAACC AATATATACAATGGACAAACAATCCAGTGCCGGCGGGGTGAAGAGGAGCGT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SPANXC_1 ↗ | X:141,242,517 | 負股 | 141,242,507–141,242,566 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:97 aa
SPANX family member C 屬於 SPAN-X family,蛋白質全長 97 個胺基酸。其第 1–47 位胺基酸區段被註記為無序區;第 37–45 位胺基酸則包含核定位訊號。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SPANX family member C 被報告位於細胞質與細胞核,並與核凹陷(nuclear craters)相關;來源未提供定位改變的條件或不同異構型之間的差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- HTTP42858 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SETBP1Q9Y6X0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 細胞定位 | SPANX family member C 曾被報告位於細胞質與細胞核,並與核凹陷(nuclear craters)相關。此敘述未指出定位變化的條件,也未說明不同異構型之間是否有定位差異。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
ACTGCGAAGATTCAAAACCTACAAAAGCCTGCCGCTGACA40TTGAAGAACCAATATATACAATGGACAAACAATCCAGTGC80CGGCGGGGTGAAGAGGAGCGTCCCCTGTGATTCCAACGAG120GCCAACGAGATGATGCCGGAGACCTCGAGTGGGTACTCAG160ACCCGCAACCTGCTCCGAAAAAACTAAAAACATCTGAGTC200CTCGACCATACTAGTGGTTCGCTACAGGAGGAACGTGAAA240AGAACATCTCCAGAGGAACTGGTGAATGACCACGCCCGAG280AGAACAGAATCAACCCCCTCCAAATGGAGGAGGAGGAATT320CATGGAAATAATGGTTGAAATACCTGCAAAGTAGCAAGAA360GCTACATCTCTCAACCTTGGGCAATGAAAATAAAGTTTGA400GAAGCTGA408cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。