基因總覽
SPANXB1 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 SPANX family member B1。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 Xq27.1。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000449283 ★ | 141,002,594–141,003,706 | 2 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>SPANXB1 ENST00000449283 GRCh38 chrX:141001594-141002694 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AAATTCTTGTATGCTACAGAAGTAACCAAAATTTACTTGTCAATGGTGGTTTTAATAATGGCCGTCCTGG CTGGGTGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGAGGCCAAGGCAGGTGGATCACGAGGTCAGG AGTTCAAGACCAGCTTGGCCAAGATGGTGAGACCCCGTCTCTCCTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGT GGTGGCACAGGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGCCAGAGAATCACTTAAACCCAGGAGGCAG AGGTTGCAGTGAGCTGAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAACAGTGAAACTCCATTTGAAA AAAAGAAAAAAATATACACCCCTGATTTGAAACAAGACTAGGATACACGGTAAAGAATGTTTATTCACTA AAGTTTTGACAGACTGAAGGCCATTATTTCAGATTGGAGATAGGAAACTTAAAAGAACTACATGGACATT GGGTAAAAGAACATGGGTTGAAATTTGCCTGGCAGTAGCCCAAAAGTAAATGGTCTTCGAGGTGCATGTG AAGGAACTGTAGGAGGGAAATGGGATAATTCACATCTCCGCCAATAAATAAATGTAGCCACACTAGCGTG GGGGATTTGAGGTGAGACATCGAAAATACTAAGTCATGGTGAGGGCTGGAAGACAAAAGAATGAATCACT TAATAGGAATGGCTGTGGGGAAGGGCTTGAAGGAATCATCCTCTGACTTCCATGTGAACCGTGAACATTA AACATGGAGAAATGAGGAGCGGCGGCAGATCGGTTTGGGATGCATCTTCAGGGGATGCTGAAACAACAAC AGCATTTGGTTTGCTCTACACCCCTGTCACCCCTCGCCCGCAAGCCCAGGGAGTGGTCAGCAGTGGGGCT TTGTGACGTCGAAGCCACCCTAGGGCTGCCATTGGCTGGGACACTGCCTGTATGATCAAACAAAGCTCAA GGGTGTGGCTTTGCCTTGTCACCAGGAGGGTATGCATAGGGAGGGCAAGAGCTCTGGGCCACTGCGAAGA TTCAAAAGCTCCAAAAACCTACTGTAGACATCGAAGAACCAATATATACAA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SPANXB1_1 ↗ | X:141,002,634 | 正股 | 141,002,585–141,002,644 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:103 aa
SPANXB1 蛋白質長 103 個胺基酸,屬於 SPAN-X family。全長被註解為無序區域;第 43 至 51 位胺基酸含有核定位訊號基序。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SPANXB1 位於細胞質與細胞核,並與核內 crater 結構相關聯。 來源未提供定位變化條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 5 個夥伴
- ARID4BQ4LE39-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NTAQ1Q96HA8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SNX1Q13596 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- SNX32Q86XE0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UBL5Q9BZL1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 細胞定位 | SPANXB1 的定位包括細胞質與細胞核,並與核內 crater 結構相關聯。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
ACCAGGAGGGTATGCATAGGGAGGGCAAGAGCTCTGGGCC40ACTGCGAAGATTCAAAAGCTCCAAAAACCTACTGTAGACA80TCGAAGAACCAATATATACAATGGGCCAACAATCCAGTGT120CCGCAGGCTGAAGAGGAGCGTCCCCTGTGAATCCAACGAG160GCCAACGAGGCCAATGAGGCCAACAAGACGATGCCGGAGA200CCCCAACTGGGGACTCAGACCCGCAACCTGCTCCTAAAAA240AATGAAAACATCTGAGTCCTCGACCATACTAGTGGTTCGC280TACAGGAGGAACGTGAAAAGAACATCTCCAGAGGAACTGC320TGAATGACCACGCCCGAGAGAACAGAATCAACCCCGACCA360AATGGAGGAGGAGGAATTCATAGAAATAACGACTGAAAGA400CCTAAAAAGTAGCAAGAAGCTACATCCCTCAAACTTCGGC440AATGAAAATAAAGTTTGAGAAGCTGA466cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。