基因總覽
SPAG8(sperm associated antigen 8)是位於人類第 9 號染色體的蛋白質編碼基因,產物屬於 SPAG8 family。其蛋白質可作為微管內蛋白(microtubule inner protein, MIP),是纖毛軸絲中帶有 dynein 的雙聯微管構造之一,也存在於精子鞭毛的雙聯微管。來源亦指出,SPAG8 與精子生成及細胞週期調控相關;這些功能的具體作用方式見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000396638 ★ | 35,809,795–35,812,262 | 7 |
| ENST00000340291 | 35,808,045–35,812,272 | 8 |
| ENST00000974606 | 35,808,045–35,812,272 | 6 |
| ENST00000484764 | 35,809,795–35,812,188 | 7 |
| ENST00001133786 | 35,809,795–35,812,272 | 7 |
| ENST00000871850 | 35,809,813–35,812,272 | 7 |
| ENST00000871851 | 35,809,814–35,812,272 | 6 |
| ENST00001053301 | 35,809,814–35,812,272 | 3 |
| ENST00000497810 | 35,809,836–35,812,146 | 7 |
| ENST00001130211 | 35,811,148–35,812,272 | 2 |
顯示 10/10 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SPAG8 的一項角色是作為微管內蛋白,參與纖毛軸絲中帶有 dynein 的雙聯微管。這項微管結構對可運動纖毛的擺動是必要的;SPAG8 也屬於精子鞭毛雙聯微管的組成部分,顯示其功能與微管構成的運動結構相關。
在精子生成方面,SPAG8 可增強 CREM isoform tau 與其共活化因子 FHL5 的結合,並提高 FHL5 所調控的 CREM isoform tau 轉錄活化。這些作用可能參與精子生成的轉錄調控。相關敘述標示為依相似性推定,應視為功能推論,而非此處直接確立的機制。
SPAG8 也與精子受精相關過程有關;來源指出它參與頂體反應及精子與透明帶的結合,這些敘述同樣依相似性推定。另有資料指出,SPAG8 可能透過與 RANBP9 互作,參與生育能力及微管形成;此功能以「可能」描述,不能視為已確定的因果作用。
在細胞週期調控中,SPAG8 參與控制細胞通過 G2/M 期的進程。它可能延緩 CDK1 活化;CDK1 活化是進入有絲分裂所需的條件,因此這項延遲可能影響細胞進入有絲分裂的時機。來源將此機制表述為可能性,並未將其描述為確定機制。
Promoter 與基因調控
>SPAG8 ENST00000396638 GRCh38 chr9:35812162-35813262 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AGTGACTTTTGGCCCTTGGTCCCTCACCTATGAATTCTCATTCCTACTTCTCAATATGATCTTCATTCTT CGACCTCTGCCATGATCCTGACTCCCTAACCCCAAGCTCAATTTCAGTGATCAACGATGGGAAGCTGGGT GCACAATCTGTGTATCATCTGCACATTCATGTACTTGGGGGCCGGCAGCTCCAGTGGCCTCCAGGTTGAA CCTGCCAACTGATTAAAGGACACCAGACTCTGGATGCTTGGATGGAAAGGGAAAAATGGACCCTGTGATG CTAATAAAACTGTTCTCCCTTAATTATGCTCTCCTGTCTTTAATATAAAATTTTATACCACAAAGGGGAA AGAAAACTGATTCAGGGCTATGATGCCCCTTGACTGGTCTGAGTGAAAGACACTGAGGAGGTCCAACCTG TGGTTAAATGTTGCCTGCAGATATGTAAGTCTTCTTGACAAGTGGTCCACCCTAGGTCAAGCTTCTAGAA AAGTAACAGTAGGAATGAGCCTAAATGAGTAGGAAGAAACTGAAAGCCAATCCTGGCCCTTCTTCAGAGG TCAAACCAGGTTCTAAGGGCGCTTAGGAGGAGGGTGGTCAATATGAGGGTCTTTTATTAGAGGAGGAGTA ATCACACCCAAACAAAAGCGGCTGCCTTTTCACTATTCTACGTCTCACCATTTTGCTCAAGCTAGTTTGT TTATTTTCATCCTTAACATTTGTTAAAGACCCCACTCACTTTTGAGAATGAACTAAGCAAACTAAGGGGA AGCTACTTGCCTCTCAGCAAACACCAAGTAGGCTGTAATCTAATGCCACAACCCTGTGCCTGTTTCCAAC ATATCCCCATAAAGCATCATCTTAGAAAACCGCACGCAAAGACTGTTTGGACGTGGAGGGCGAGGTCTTA AGCCAGCGGAACCCTAAAACCCCGTCTGAGGCGGAATGCCGCCGGGACCGGAAAGCGGACCTCCCTAACA GCACTAGGCTGAAGACTTCCGCCCCGCAGAGGACTTGCCTCCACCGCCACCTGCAAGTCCGCCCAGCTGT ACTTCTGCGCAGGCTCCAGGAGTTGTTTGCTGTCTCTATGGCAACCCAGTA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SPAG8_1 ↗ | 9:35,812,255 | 負股 | 35,812,245–35,812,304 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR9_B94W7 · promoter · 35812178–35812762 · regulatory
ENSR9_9J7RX · promoter · 35814170–35814461 · regulatory
ENSR9_5BFG3D · CTCF_binding_site · 35814601–35814622 · regulatory
ENSR9_9J7S7 · promoter · 35815032–35815532 · regulatory
ENSR9_5BFG75 · CTCF_binding_site · 35815408–35815429 · regulatory
ENSR9_5BFG7D · CTCF_binding_site · 35815462–35815483 · regulatory
ENSR9_833FND · enhancer · 35816808–35816998 · regulatory
· motif · 35810962–35810976 · motif
· motif · 35810962–35810976 · motif
· motif · 35811307–35811320 · motif
· motif · 35811307–35811320 · motif
· motif · 35811889–35811906 · motif
· motif · 35811898–35811906 · motif
· motif · 35812196–35812207 · motif
· motif · 35812258–35812269 · motif
· motif · 35812388–35812396 · motif
· motif · 35812536–35812558 · motif
· motif · 35812623–35812635 · motif
· motif · 35814301–35814313 · motif
· motif · 35814304–35814311 · motif
· motif · 35814313–35814329 · motif
· motif · 35814313–35814329 · motif
· motif · 35814369–35814382 · motif
· motif · 35814385–35814397 · motif
· motif · 35814388–35814402 · motif
· motif · 35814389–35814402 · motif
· motif · 35814487–35814499 · motif
· motif · 35814490–35814497 · motif
· motif · 35814603–35814619 · motif
· motif · 35814782–35814795 · motif
· motif · 35814840–35814856 · motif
· motif · 35814971–35814981 · motif
· motif · 35815037–35815047 · motif
· motif · 35815066–35815076 · motif
· motif · 35815410–35815426 · motif
· motif · 35815453–35815463 · motif
· motif · 35815464–35815480 · motif
· motif · 35815521–35815531 · motif
· motif · 35815571–35815581 · motif
· motif · 35815577–35815590 · motif
· motif · 35815577–35815591 · motif
· motif · 35815711–35815717 · motif
· motif · 35815780–35815788 · motif
· motif · 35815816–35815822 · motif
· motif · 35816341–35816356 · motif
· motif · 35816341–35816356 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:485 aa
SPAG8 蛋白長 485 個胺基酸,屬於 SPAG8 family。序列註解預測其第 1–42、75–98 及 127–215 位胺基酸區段為無序區。另有兩段標示為 Mn 1(第 327–340 位)及 Mn 2(第 379–393 位);來源未進一步說明這些區段的功能。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SPAG8 在精子發育不同階段的核內分布有所變化:精母細胞與圓形精子細胞中可見於細胞核及細胞質,延長中的精子細胞則位於細胞質而不在細胞核。 成熟精子中,訊號見於頭部頂體區及尾部中段。 細胞分裂期間,其位置亦隨階段改變,從前期的微管組織中心移至中期紡錘體微管、後期的星狀微管與中區,並在胞質分裂後回到微管組織中心。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 103 個夥伴
- CSTF2P33240 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- DTX2Q86UW9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KLHL32Q5THT1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SNRPCQ5TAL4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ACTMAPQ5BKX5-3 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- APPP05067 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- ARMC5Q96C12 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ATXN1P54253 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- ATXN3P54252 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- B9D2Q9BPU9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BATF2Q8N1L9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BSCL2J3KQ12 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCDC120Q96HB5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCNCP24863 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCT5P48643 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CDC23Q9UJX2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CFPP27918 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CISD2Q8N5K1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CSTF2TQ9H0L4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CTAG1BP78358 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- DCTN1Q14203-5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DMRT3Q9NQL9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DMWDG5E9A7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DOK3Q7L591-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DYNLL2Q96FJ2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SPAG8 是精子鞭毛雙聯微管的微管內蛋白成分。來源指出它與 FHL5 互作,並標示互作涉及 FHL5 的第二個 LIM domain;另有資料記載 SPAG8 與 RANBP9 互作。SPAG8 也被描述為纖毛軸絲雙聯微管的一部分,這是結構組成關係,不等同於已記載的特定蛋白質結合。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SPAG8 是纖毛軸絲中帶有 dynein 的雙聯微管之微管內蛋白,該結構是可運動纖毛擺動所需。它可能透過增強 CREM isoform tau 與共活化因子 FHL5 的結合,提高 FHL5 調控的轉錄活化;也與頂體反應及精子結合透明帶有關。SPAG8 參與 G2/M 期進程調控,可能延緩 CDK1 活化;並可能透過 RANBP9 參與生育能力及微管形成。 | 含實驗來源 | 證據與來源Microtubule inner protein (MIP) part of the dynein-decorated doublet microtubules (DMTs) in cilia axoneme, which is required for motile cilia beating. Plays a role in spermatogenesis by enhancing the binding of CREM isoform tau to its coactivator FHL5 and increasing the FHL5-regulated transcriptional activation of CREM isoform tau (By similarity). Involved in the acrosome reaction and in binding of sperm to the zona pellucida (By similarity). Plays a role in regulation of the cell cycle by controlling progression through the G2/M phase, possibly by delaying the activation of CDK1 which is required for entry into mitosis. May play a role in fertility and microtubule formation through interaction with RANBP9 PMID 10500252 ↗ · PMID 19548270 ↗ · PMID 36191189 ↗ |
| 交互作用 | SPAG8 是精子鞭毛雙聯微管中的微管內蛋白,並與 FHL5 互作,所涉區域為 FHL5 的第二個 LIM domain。來源另記載 SPAG8 與 RANBP9 互作;此處提供的是互作關係,未補述其對細胞功能的影響。 | 含實驗來源 | 證據與來源Microtubule inner protein component of sperm flagellar doublet microtubules. Interacts with FHL5 (via second LIM domain) (By similarity). Interacts with RANBP9 PMID 15014887 ↗ |
| 細胞定位 | SPAG8 在精母細胞及圓形精子細胞中位於細胞核與細胞質,在延長中的精子細胞則見於細胞質而不在細胞核;成熟精子中可見於頭部頂體區及尾部中段。細胞週期期間,其位置由前期的微管組織中心轉至中期紡錘體微管、後期星狀微管與中區,於末期留在中區,胞質分裂後再回到微管組織中心;也屬纖毛軸絲雙聯微管的一部分。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Nucleus; Cytoplasmic vesicle, secretory vesicle, acrosome; Cytoplasm, cytoskeleton, microtubule organizing center; Cytoplasm, cytoskeleton, spindle; Cytoplasm, cytoskeleton, cilium axoneme; Cytoplasm, cytoskeleton, flagellum axoneme; In mature sperm cells, detected in the acrosomal region of the head and in the middle piece of the tail (By similarity). Localized to the nucleus and cytoplasm of spermatocytes and round spermatids while, in elongating spermatids, expressed in the cytoplasm but not in the nucleus (By similarity). During the cell cycle, localized on the microtubule-organizing center (MTOC) during prophase. In metaphase, extends along spindle microtubules. In anaphase, detected on the astral microtubules and mid-zone. In telophase, remains at the mid-zone. After cytokinesis, returns to the MTOC. Microtubule inner protein (MIP) part of the dynein-decorated doublet microtubules (DMTs) in cilia axoneme (By similarity) PMID 15014887 ↗ · PMID 17187156 ↗ · PMID 8788182 ↗ · PMID 19548270 ↗ · PMID 36191189 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GCCCCGCAGAGGACTTGCCTCCACCGCCACCTGCAAGTCC40GCCCAGCTGTACTTCTGCGCAGGCTCCAGGAGTTGTTTGC80TGTCTCTATGGCAACCCAGTAGCTGGAGTCTGAAGATGGA120GACCAACGAGTCTACGGAGGGATCGCGGTCGCGGTCGCGA160TCTTTAGACATACAGCCCAGCTCCGAAGGACTGGGGCCCA200CTTCGGAACCGTTTCCTTCTTCAGATGACAGTCCCAGGTC240GGCCCTGGCAGCTGCAACCGCAGCAGCTGCAGCGGCTGCA280TCAGCTGCTGCAGCTACTGCAGCCTTCACCACTGCCAAAG320CAGCTGCATTATCTACAAAGACCCCAGCGCCCTGTTCTGA360GTTCATGGAGCCGTCCTCTGACCCCAGCCTTCTTGGGGAG400CCCTGTGCGGGACCCGGCTTTACCCACAATATAGCCCATG440GGAGTCTTGGCTTTGAGCCCGTCTATGTTTCCTGTATTGC480TCAGGACACTTGCACTACAACTGACCATAGTTCTAATCCT520GGCCCTGTTCCAGGCTCTAGCTCTGGGCCTGTTCTTGGTT560CCAGCTCAGGTGCTGGCCATGGCTCTGGCTCTGGCTCTGG600TCCTGGCTGTGGCTCTGTCCCTGGCTCTGGCTCTGGTCCT640GGTCCTGGCTCTGGTCCTGGCTCTGGTCCTGGTCATGGCT680CTGGCTCTCATCCTGGTCCTGCCTCTGGGCCTGGTCCAGA720CACTGGCCCTGACTCTGAGCTCAGCCCCTGTATTCCTCCA760GGGTTCAGAAACCTGGTGGCAGATCGGGTCCCTAACTATA800CCTCCTGGAGTCAGCACTGCCCCTGGGAGCCCCAGAAACA840ACCACCTTGGGAATTTTTGCAAGTCTTAGAACCGGGTGCC880CGAGGACTATGGAAACCCCCAGACATTAAAGGGAAGCTTA920TGGTTTGCTATGAAACTTTGCCGCGGGGCCAGTGCCTCCT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。