基因總覽
SP3 是蛋白質編碼基因，產物名稱為 Sp3 transcription factor，屬於 Sp1 C2H2-type zinc-finger protein family。其蛋白質長 781 個胺基酸，具有三個 C2H2 型鋅指，以及富含麩醯胺酸的轉錄活化區和一段抑制區。這些區域構成其轉錄調控相關的蛋白質特徵；其作用可隨異構型及轉譯後修飾而有所不同。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000310015 ★ | 173,900,775–173,965,373 | 7 |
| ENST00000418194 | 173,900,775–173,964,219 | 5 |
| ENST00000652005 | 173,900,775–173,964,069 | 6 |
| ENST00001143253 | 173,900,775–173,965,877 | 7 |
| ENST00000416195 | 173,908,530–173,964,553 | 5 |
顯示 5/5 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Sp3 transcription factor 可調節轉錄，依異構型及／或轉譯後修飾的不同，能作為轉錄活化因子或抑制因子。因此，SP3 的調控方向並非固定；來源並未進一步界定各種異構型或修飾分別對應的作用條件。
SP3 可結合啟動子中的 GT box 與 GC box 元件，並能與 SP1 競爭 GC-box 啟動子。這些結合及競爭關係提供了調控轉錄的方式，但來源未說明競爭在不同基因或情境中的具體結果。
來源將 SP3 描述為轉錄活化能力較弱的因子，同時指出它仍可活化多個參與不同過程的基因，包括細胞週期調控、荷爾蒙誘導及管家基因相關過程。資料未列出這些基因的名稱，也未詳述 SP3 如何在各過程中產生作用，因此其功能範圍可概括為參與多類基因的轉錄調控。
Promoter 與基因調控
>SP3 ENST00000310015 GRCh38 chr2:173965273-173966373 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ACAAAAATGTTCCAATGGGGGAAAAAAGGTAGTTCACCGGTTCACGACTTTAAAAAACGTTGGCAGTGGT TGATGGGCTTATTTCAGGAGATATCTGACTTGGTACCAAGAGGATAAAGAGGCCGGGAATAATACGTTTG TGCAGCAAAATGGTTATGTGACCGATTTTTTAAAACACAGAATTCTGCCCCACTGAATACATACACATAC CACAAGTAAAATGAAATATACTTTTAAGTGCCCGTTTTGGTGCCACTGGCCAAAATTAAAACTCTCCTTC CGTATGTGAGGTGACTTGAGATTTCTTTTTTGCTTTAAATGCCTGCCTTCAGGGTACGTGAAAGTGGGAG ACCGGTTGGAAAACTGGGGCTAAGGGGGCTGGGAGCGAGATGGCTGTGACTGAATCAGGAAGCTGGATGT GAGAGAGAAAAATCCTCCTCCAGCCTCGGAGGGGGTGTCTCCCCTAATACCAGCTCCCTCCCCCCGGGCT CGTGGGGCGGGTCTGGTTTGCTCAGTAGCGGCAGCGGCCGCAGCAGCAGCCCCGGGGCTGAGCAGCGGTG GCCTCCTGGCAGCGCAGGGAAGCGGCGGCTCCAAGAGCGCGAGGCCCTGGGGAGATCCGGCCAAGACTGC TGCCGGGATGGAGGAAGCGTCCAGTGGAGCAGGAGTCACCGGGGACGAATTTCCTCCCCAGCTCAGCTCC CCTACAGCTTGGCTAGGCCTGCTCCGAGCGCCTGCAAGGTGGAGGAGGCCTGCGCCTCGGGCCTGGCAGC GGCAGCCGGCGAGGGAGGCGGGCACAGCGGGGTAACCGGCGAGCCGTAGCCGCTCTCGAAAACCTACGCT GCCACGGCCGCTCATTGTCTCTCCCCTTCCACCCGGGGGCAAACAGGAAGCGCGCCGCCTGGCAGACCGA CGGACAGGCGCCTGGACCAATGAGCACAGCCGACAAAGAGCACGGCGGCGAATGAGAGCCAAGAAGAGGG GCGGGAGTTCCGGGCGGGCTGTCACCCTCTTCCCCCCTTTTGGGCTGGAGGCTCCACCTTTTGTGTTTCC CGCACAGTCAATCAAAATAGGAAAAAAAAATCCCCGGACCGCTCCGGCCGT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 5 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SP3_1 ↗ | 2:173,963,880 | 負股 | 173,963,870–173,963,929 |
| SP3_2 ↗ | 2:173,964,220 | 負股 | 173,964,210–173,964,269 |
| SP3_6 ↗ | 2:173,964,537 | 負股 | 173,964,527–173,964,586 |
| SP3_4 ↗ | 2:173,965,373 | 負股 | 173,965,363–173,965,422 |
| SP3_3 ↗ | 2:173,965,864 | 負股 | 173,965,854–173,965,913 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR2_94K3B3 · enhancer · 173961193–173961638 · regulatory
ENSR2_94K3BB · enhancer · 173962063–173962447 · regulatory
ENSR2_CM946 · enhancer · 173962637–173964058 · regulatory
ENSR2_94K3BT · promoter · 173964059–173964395 · regulatory
ENSR2_53HWRC3 · CTCF_binding_site · 173964674–173964695 · regulatory
ENSR2_8754NF · promoter · 173965363–173965497 · regulatory
ENSR2_53HWRGS · CTCF_binding_site · 173965489–173965510 · regulatory
ENSR2_CM94C · enhancer · 173965498–173966998 · regulatory
· motif · 173963640–173963657 · motif
· motif · 173963730–173963743 · motif
· motif · 173963765–173963778 · motif
· motif · 173963821–173963831 · motif
· motif · 173963840–173963855 · motif
· motif · 173963957–173963966 · motif
· motif · 173964050–173964063 · motif
· motif · 173964477–173964490 · motif
· motif · 173964489–173964502 · motif
· motif · 173964492–173964505 · motif
· motif · 173964676–173964692 · motif
· motif · 173964726–173964739 · motif
· motif · 173965387–173965397 · motif
· motif · 173965482–173965493 · motif
· motif · 173965482–173965495 · motif
· motif · 173965491–173965507 · motif
· motif · 173965759–173965772 · motif
· motif · 173965841–173965858 · motif
· motif · 173966088–173966099 · motif
· motif · 173966824–173966838 · motif
· motif · 173966980–173966994 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：781 aa
Sp3 transcription factor 長 781 個胺基酸，屬於 Sp1 C2H2-type zinc-finger protein family。蛋白質含三個 C2H2 型鋅指，位置分別為 621–645、651–675 與 681–703；另有兩段富含麩醯胺酸的轉錄活化區（138–237、350–499）及抑制區（534–620）。
蛋白質三維結構
細胞內定位
Sp3 transcription factor 位於細胞核，也有部分定位於 PML 核體。 SUMO 化時，蛋白質可定位於核周邊及核內點狀區域；來源未提供其他定位變化條件。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 8 個夥伴
- CIB3Q96Q77 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ESR1P03372 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- HTTP42858 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- LIN54Q6MZP7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PHF21AQ96BD5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- POGZQ7Z3K3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SNRPBP14678-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SPANXN2Q5MJ10 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SP3 與 HLTF、HDAC1、HDAC2、MEIS2 isoform 4 及 PBX1 isoform PBX1a 有互作記錄。SP3 與 HLTF 的互作可能是 HLTF 基礎轉錄活性的必要條件。HDAC1 與 HDAC2 可去乙醯化 SP3，並調節其轉錄活性；HDAC2 對 CK2 磷酸化型 SP3 的互作偏好較高。來源未說明 MEIS2 isoform 4 或 PBX1 isoform PBX1a 與 SP3 互作的功能結果。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | Sp3 transcription factor 可依異構型或轉譯後修飾作為轉錄活化因子或抑制因子，並結合啟動子中的 GT box 與 GC box。它也會和 SP1 競爭 GC-box 啟動子；雖是較弱的轉錄活化因子，仍可活化參與細胞週期調控、荷爾蒙誘導及管家基因相關過程的多個基因。 | 含實驗來源 | 證據與來源Transcriptional factor that can act as an activator or repressor depending on isoform and/or post-translational modifications. Binds to GT and GC boxes promoter elements. Competes with SP1 for the GC-box promoters. Weak activator of transcription but can activate a number of genes involved in different processes such as cell-cycle regulation, hormone-induction and house-keeping PMID 10391891 ↗ · PMID 11812829 ↗ · PMID 12419227 ↗ · PMID 12837748 ↗ · PMID 15247228 ↗ · PMID 15494207 ↗ · PMID 15554904 ↗ · PMID 16781829 ↗ · PMID 17548428 ↗ · PMID 18187045 ↗ · PMID 18617891 ↗ · PMID 9278495 ↗ |
| 交互作用 | SP3 與 HLTF 的互作可能是 HLTF 基礎轉錄活性的必要條件。SP3 也與 HDAC1 及 HDAC2 互作，兩者可去乙醯化 SP3 並調節其轉錄活性；HDAC2 對 CK2 磷酸化型 SP3 的互作偏好較高。此外，SP3 與 MEIS2 isoform 4 及 PBX1 isoform PBX1a 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with HLTF; the interaction may be required for basal transcriptional activity of HLTF. Interacts with HDAC1; the interaction deacetylates SP3 and regulates its transcriptional activity. Interacts with HDAC2 (preferably the CK2-phosphorylated form); the interaction deacetylates SP3 and regulates its transcriptional activity. Interacts with MEIS2 isoform 4 and PBX1 isoform PBX1a PMID 10391891 ↗ · PMID 12176973 ↗ · PMID 12837748 ↗ · PMID 17548428 ↗ · PMID 21746878 ↗ |
| 細胞定位 | SP3 定位於細胞核，部分分布於 PML 核體。當 SP3 發生 SUMO 化時，會定位於核周邊及核內點狀區域；來源未提供其他定位改變條件。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Nucleus; Nucleus, PML body; Localizes to the nuclear periphery and in nuclear dots when sumoylated. Some localization in PML nuclear bodies |
核酸與蛋白質序列
GTCACCCTCTTCCCCCCTTTTGGGCTGGAGGCTCCACCTT40TTGTGTTTCCCGCACAGTCAATCAAAATAGGAAAAAAAAA80TCCCCGGACCGCTCCGGCCGTGTCCGCCGCCGCTTCCCGC120ATCCTCTCCCGCCGCCGCCGCCTTCGCTCCTCACCATGTG160TAAGGCGGCGGGGAGCCCCGCCTGAGGTGCCCTAAACACA200CTATGACCGCTCCCGAAAAGCCCGTGAAACAAGAGGAAAT240GGCTGCCTTGGACGTGGATAGCGGCGGCGGCGGTGGCGGC280GGCGGCGGCCACGGCGAGTATCTGCAGCAGCAGCAACAGC320ACGGAAACGGTGCGGTGGCGGCGGCAGCGGCGGCCCAGGA360CACTCAGCCGTCACCGCTCGCTCTGCTGGCCGCTACCTGC400AGCAAGATAGGGCCGCCATCGCCGGGCGACGACGAGGAGG440AGGCGGCCGCCGCAGCCGGGGCCCCCGCCGCCGCCGGAGC480GACAGGTGATTTGGCTTCTGCACAGTTAGGAGGAGCACCA520AACCGATGGGAGGTTTTGTCAGCCACACCTACAACTATAA560AAGATGAAGCTGGTAATCTAGTCCAGATTCCAAGTGCTGC600TACTTCAAGTGGGCAGTATGTTCTTCCCCTTCAGAATTTG640CAGAATCAACAAATATTTTCCGTTGCACCAGGATCAGATT680CATCAAATGGTACAGTGTCCAGTGTTCAATATCAAGTGAT720ACCACAGATCCAGTCAGCAGATGGTCAGCAGGTTCAAATT760GGTTTCACAGGCTCTTCAGATAATGGGGGTATAAATCAAG800AAAGCAGTCAAATTCAGATCATTCCTGGCTCTAATCAAAC840CTTACTTGCCTCTGGAACACCTTCTGCTAACATCCAGAAT880CTCATACCACAGACTGGTCAAGTCCAGGTTCAGGGAGTTG920CAATTGGTGGTTCATCTTTTCCTGGTCAAACCCAAGTAGT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。