基因總覽
SP100 是蛋白質編碼基因，產物正式名稱為 SP100 nuclear body protein。此蛋白質是 PML nuclear bodies 的主要組成之一；這些核內結構與細胞生長、分化及細胞凋亡等生理過程相關。SP100 具有多種異構型，且不同異構型可能呈現不同的亞核定位。其序列含有 HSR 與 SAND 結構域、兩個 HMG box DNA 結合區，以及多個核定位訊號；另有多段被註記為無序的區域。這些基本特徵構成其核內蛋白質身分，具體功能依細胞情境而異。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000340126 ★ | 230,416,201–230,545,606 | 29 |
| ENST00000264052 | 230,414,871–230,516,527 | 25 |
| ENST00000409824 | 230,414,871–230,470,489 | 14 |
| ENST00000409341 | 230,414,871–230,470,517 | 15 |
| ENST00000409112 | 230,414,871–230,508,146 | 23 |
| ENST00000427101 | 230,414,871–230,470,534 | 14 |
| ENST00000884435 | 230,414,871–230,545,700 | 28 |
| ENST00000884436 | 230,414,871–230,545,700 | 28 |
| ENST00000884437 | 230,414,871–230,545,700 | 26 |
| ENST00000884438 | 230,414,871–230,545,700 | 26 |
| ENST00000884439 | 230,414,871–230,545,700 | 27 |
| ENST00000957126 | 230,414,871–230,545,700 | 28 |
顯示 12/60 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SP100 與 PML 一同構成 PML nuclear bodies 的主要成分。這些核內結構涉及細胞生長、分化與細胞凋亡等多種生理過程，SP100 因而參與的功能範圍不止於單一細胞反應。
在轉錄調控方面，SP100 可作為 ETS1 與 ETS2 的轉錄共活化因子；但在特定條件下，也可能轉為 ETS1 的共抑制因子，阻止 ETS1 與 DNA 結合。因此，SP100 對 ETS1 的調節方向並非固定。透過調控 ETS1，SP100 可能參與血管新生，並影響內皮細胞的移動與侵襲。
SP100 與 MRN 複合體的互作，可能使其參與端粒延長的調節。此外，SP100 也可能調節 TP53 介導的轉錄；透過 CASP8AP2，則可能參與 FAS 介導的細胞凋亡調控。這些描述指出其與轉錄及細胞凋亡過程的關聯，但不表示其作用在所有情境中都相同。
SP100 也參與病毒感染相關過程，包括人類巨細胞病毒與 Epstein-Barr virus 感染；其作用機制可能涉及染色質或轉錄調控。現有描述並未將這些感染相關作用歸結為單一機制。
Promoter 與基因調控
>SP100 ENST00000340126 GRCh38 chr2:230415201-230416301 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CGGCCTGGAGTTCTGGTCCCTGGTTGTGTCCTGTGGCCCCATTCTCATGCGCCCTTTGCTTCTGTTTCTT TACCTATGACTTTATACTGATGTAAAGCGAGTCTTCTCGGTCGCTTCTTGTTCTCTGAGGAATGATGAAT CAGAATCTAAATGGAAAATCTGGGCAGAGATAGAACCTCCCGCGGGAGCCACCCTGCCCTTCCATGTCTA GATCATCTGGGTTCCAACCTCCATCCTCCTCCAATGAGAAGCTTTTGTTCTCTCAAGATTCCAGTGACTT CTCCGAAGCTTAGGTGTCTCTTCACCCCTGGCTGTTCCAAGGCGGCCCCATAGTCAAGATTCCTTAAACC CTTGCCCCTTAAAATGTTTGCCTTTCTTACCATGCTGGCTCCAGCCTCTGGTCCCAGGGGTGTGGAGAGT TCTCTCTTACTTCTGGCTGATTTCCAGGAAGGCTAAGCACACTCTCCCCAGGTTATAATGCTGAGCATTT TGGTTCTCTCCAGCCCTGGGTCCCAATGTCAGGACCTACCTTAGTCCAGTCCATGCTCTCCCATGGGCCT GAGAGAAGATTTGAGGTTTCTGGCTTTCCCTCCAACCCTCCAACTCCCACCCCAAGCCATGTCAGCAAGG GGAAGGGGCAAACATGGAGTTTCCCCCCCAACTCCCATGTAAACTATGCCCCCTCTTAGAGGGCAGAGCA GCTAAGGACAATTTTGTTTCAAGGACATTTTTTTTGGCTGTGTATTGCACAAACAAGTGGACACCCGGGA GCTGGCCCTGCTCGTCCCCTGGGCCCTCCTTCCCTGGTCCTGCAGGTCTTGCTGCTTGTCAGGCCTCTCC TCCAACCCTCTGCCACATTTCAGAAAAGCTGAGAATCCCTTGGAGTGAAAAAGGAGGAGAAACACAGTGT CCGTAGCCCAGAAGGAGGTTAAATACTTTCACTTCTCTTTTCCCCATTTGGGCGGAGCCCTTTCTGAGTC AGTCTGTCGGCCGACTTCCTGCTTGGGGCCTGGGCAGCCACACTGCACGCAGGCTGGGCCGACTGAGGGG CTCAGAGGCCAGGCTCTGAGGCCCACGCAGGGCCTAGGGTGGGAAGATGGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SP100_1 ↗ | 2:230,416,220 | 正股 | 230,416,171–230,416,230 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR2_DFFMQ · enhancer · 230410859–230412976 · regulatory
ENSR2_5427985 · CTCF_binding_site · 230411973–230411994 · regulatory
ENSR2_542798T · CTCF_binding_site · 230412130–230412151 · regulatory
ENSR2_CSTBS · promoter · 230415452–230416766 · regulatory
ENSR2_95DGBK · enhancer · 230416767–230417196 · regulatory
ENSR2_95DGC2 · enhancer · 230418327–230418682 · regulatory
· motif · 230411351–230411371 · motif
· motif · 230411556–230411573 · motif
· motif · 230411645–230411660 · motif
· motif · 230411709–230411724 · motif
· motif · 230411903–230411923 · motif
· motif · 230411909–230411929 · motif
· motif · 230411975–230411991 · motif
· motif · 230411978–230411991 · motif
· motif · 230412132–230412148 · motif
· motif · 230413227–230413240 · motif
· motif · 230413227–230413240 · motif
· motif · 230416193–230416204 · motif
· motif · 230416268–230416281 · motif
· motif · 230416299–230416308 · motif
· motif · 230416301–230416314 · motif
· motif · 230416547–230416563 · motif
· motif · 230416547–230416563 · motif
· motif · 230419585–230419596 · motif
· motif · 230420888–230420902 · motif
· motif · 230420888–230420902 · motif
在蛋白質層級，干擾素、視黃酸、TNF/TNFA 與脂多醣會上調 SP100；熱休克後也觀察到 SP100 上調。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：879 aa
SP100 nuclear body protein 長 879 個胺基酸。其序列含 HSR 結構域（33–149）與 SAND 結構域（595–676），以及 HMG box 1、HMG box 2 兩個 DNA 結合區。333–478 區段足以介導與 ETS1 的互作；165–168 有與 CDC20 介導降解相關的 D-box，284–297 含 PxVxL motif。另有多段序列被註記為無序區域。
蛋白質三維結構
PDB · 9TNZ
EM · 3.52 A · A/AA/B/C/D/E/F/G/H/I/J/K/L/M/N/O/P/Q/R/S/T/V/W/X/Y/Z=33-149
查看原始結構紀錄 ↗實驗模型；依序列位置著色，可能只覆蓋局部區域。
細胞內定位
SP100 位於細胞核及其 PML bodies、其他核內小體，也可見於細胞質；不同異構型的亞核分布可能不同，且可能受細胞週期與干擾素影響。 FAS 活化時，SP100 會在細胞質累積。 Sp100-C 異構型則呈網狀或軌跡狀核內分布，在核纖層附近及核仁周圍較密集。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 25 個夥伴
- ACTN2P35609 · UniProt INTERACTION · 6 experiments · 2 筆來源紀錄
- AMOTL2Q9Y2J4-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CASP8AP2Q9UKL3 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- DNMT3AQ9Y6K1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DYRK2Q92630 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ETS1P14921 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- GIPC2Q8TF65 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- HEL25V9HWG0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HMGB1P09429 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- L3MBTL3Q96JM7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RBM39Q14498-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RTP5Q14D33 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- SUMO1P63165 · UniProt INTERACTION · 6 experiments · 2 筆來源紀錄
- SUMO3P55854 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TRAF3IP3Q9Y228 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- ZC2HC1AQ96GY0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- Q59GP6Q59GP6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- repP0DTD1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UL123P03169 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CBX1P83916 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CBX3Q13185 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CBX5P45973 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- POLR3CQ9BUI4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SNCAP37840 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SUMO2P61956 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SP100 可形成同源二聚體，不同異構型之間也能形成異源二聚體。它經由 PxVxL motif 與 HP1 family 成員 CBX5、CBX3 互作，並直接與 ETS1 互作以調節其轉錄活性。SP100 也與 MRN 複合體互作，並將其招募至 PML-related bodies；此複合體由兩個 RAD50/MRE11 異源二聚體與一個 NBN 組成。此外，SP100 與 HIPK2、CASP8AP2、SUMO1P1/SUMO5 互作；CASP8AP2 的核外輸出可能因此受到負向調節。病毒感染相關互作包括 Epstein-Barr virus 的 EBNA-LP，以及 human cytomegalovirus/HHV-5 的 UL123 蛋白。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 7 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SP100 與 PML 是 PML bodies 的主要成分，該核內結構涉及細胞生長、分化及凋亡。SP100 可共活化 ETS1、ETS2，但在特定條件下可能抑制 ETS1 與 DNA 結合；並可能透過 ETS1 參與血管新生，或透過 MRN、TP53 與 CASP8AP2 關聯端粒、轉錄及 FAS 介導的凋亡調控。它也參與人類巨細胞病毒與 Epstein-Barr virus 感染，機制可能涉及染色質或轉錄調控。 | 含實驗來源 | 證據與來源Together with PML, this tumor suppressor is a major constituent of the PML bodies, a subnuclear organelle involved in a large number of physiological processes including cell growth, differentiation and apoptosis. Functions as a transcriptional coactivator of ETS1 and ETS2 according to. Under certain conditions, it may also act as a corepressor of ETS1 preventing its binding to DNA according to. Through the regulation of ETS1 it may play a role in angiogenesis, controlling endothelial cell motility and invasion. Through interaction with the MRN complex it may be involved in the regulation of telomeres lengthening. May also regulate TP53-mediated transcription and through CASP8AP2, regulate FAS-mediated apoptosis. Also plays a role in infection by viruses, including human cytomegalovirus and Epstein-Barr virus, through mechanisms that may involve chromatin and/or transcriptional regulation PMID 11909962 ↗ · PMID 14647468 ↗ · PMID 15247905 ↗ · PMID 15592518 ↗ · PMID 15767676 ↗ · PMID 16177824 ↗ · PMID 17245429 ↗ · PMID 21274506 ↗ · PMID 21880768 ↗ |
| 交互作用 | SP100 可形成同源二聚體，不同異構型也能形成異源二聚體。它經 PxVxL motif 與 HP1 family 成員 CBX5、CBX3 互作，並直接結合 ETS1、調節其轉錄活性；亦與 MRN 複合體互作並將其招募至 PML-related bodies。SP100 還與 HIPK2、CASP8AP2 及 SUMO1P1/SUMO5 互作；它正向調節 TP53 依賴性轉錄，並可能抑制 CASP8AP2 從細胞核輸出至細胞質。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer; isoforms are able to heterodimerize. Interacts with members of the HP1 family of nonhistone chromosomal protein, such as CBX5 and CBX3 via the PxVxL motif. Interacts with ETS1; the interaction is direct and modulates ETS1 transcriptional activity. Interacts with the MRN complex which is composed of two heterodimers RAD50/MRE11 associated with a single NBN; recruits the complex to PML-related bodies. Interacts with HIPK2; positively regulates TP53-dependent transcription. Interacts with CASP8AP2; may negatively regulate CASP8AP2 export from the nucleus to the cytoplasm. Interacts with SUMO1P1/SUMO5 PMID 11313457 ↗ · PMID 11909962 ↗ · PMID 12470659 ↗ · PMID 14647468 ↗ · PMID 15247905 ↗ · PMID 15767676 ↗ · PMID 15882967 ↗ · PMID 17245429 ↗ · PMID 27211601 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染相關情境中，SP100 與 Epstein-Barr virus 的 EBNA-LP 互作；此互作對 EBNA-LP 的共活化因子活性具有重要性。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with Epstein-Barr virus EBNA-LP; this interaction is important for EBNA-LP coactivator activity PMID 16177824 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染相關情境中，SP100 與 human cytomegalovirus/HHV-5 蛋白 UL123 互作；這項互作可能參與該病毒的感染過程。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with human cytomegalovirus/HHV-5 protein UL123; may play a role in infection by the virus PMID 21880768 ↗ |
| 細胞定位 | SP100 可位於細胞核、PML bodies、核內小體及細胞質。不同異構型似乎有不同的亞核定位，且定位可能依細胞週期或干擾素而變；FAS 活化後，SP100 會在細胞質累積。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Nucleus, PML body; Nucleus, nuclear body; Cytoplasm; Differences in the subnuclear localization of the different isoforms seem to exist and may also be cell cycle- and interferon-dependent. Accumulates in the cytoplasm upon FAS activation PMID 25593309 ↗ · PMID 27211601 ↗ · PMID 17245429 ↗ |
| 細胞定位 | Sp100-C 異構型位於細胞核，呈網狀或軌跡狀分布；訊號在核纖層附近及核仁周圍較密集，這種分布模式類似富含異染色質的區域。 | 含實驗來源 | 證據與來源Isoform Sp100-C; Nucleus; Forms a reticulate or track-like nuclear pattern with denser concentrations at the nuclear lamina and surrounding the nucleoli, a pattern reminiscent of heterochromatin-rich regions according to PMID 11313457 ↗ |
| 調控 | 在蛋白質層級，干擾素、視黃酸、TNF/TNFA 與脂多醣會上調 SP100；熱休克後也會上調。 | 含實驗來源 | 證據與來源Up-regulated by interferon, retinoic acid, TNF/TNFA and lipopolysaccharide (at protein level). Up-regulated following heat-shock PMID 15247905 ↗ · PMID 15592518 ↗ · PMID 21880768 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GCTTGGGGCCTGGGCAGCCACACTGCACGCAGGCTGGGCC40GACTGAGGGGCTCAGAGGCCAGGCTCTGAGGCCCACGCAG80GGCCTAGGGTGGGAAGATGGCAGGTGGGGGCGGCGACCTG120AGCACCAGGAGGCTGAATGAATGTATTTCACCAGTAGCAA160ATGAGATGAACCATCTTCCTGCACACAGCCACGATTTGCA200AAGGATGTTCACGGAAGACCAGGGTGTAGATGACAGGCTG240CTCTATGACATTGTATTCAAGCACTTCAAAAGAAATAAGG280TGGAGATTTCAAATGCAATAAAAAAGACATTTCCATTCCT320CGAGGGCCTCCGTGATCGTGATCTCATCACAAATAAAATG360TTTGAAGATTCTCAAGATTCTTGTAGAAACCTGGTCCCTG400TACAGAGAGTGGTGTACAATGTTCTTAGTGAACTGGAGAA440GACATTTAACCTGCCAGTTCTGGAAGCACTGTTCAGCGAT480GTCAACATGCAGGAATACCCCGATTTAATTCACATTTATA520AAGGCTTTGAAAATGTAATCCATGACAAATTGCCTCTCCA560AGAAAGTGAAGAAGAAGAGAGGGAGGAGAGGTCTGGCCTC600CAACTAAGTCTTGAACAAGGAACTGGTGAAAACTCTTTTC640GAAGCCTGACTTGGCCACCTTCGGGTTCCCCATCTCATGC680TGGTACAACCCCACCTGAAAATGGACTCTCAGAGCACCCC720TGTGAAACAGAACAGATAAATGCAAAGAGAAAAGATACAA760CCAGTGACAAAGATGATTCGCTAGGAAGCCAACAAACAAA800TGAACAATGTGCTCAAAAGGCTGAGCCAACAGAGTCCTGC840GAACAAATTGCTGTCCAAGTGAATAATGGGGATGCTGGAA880GGGAGATGCCCTGCCCGTTGCCCTGTGATGAAGAAAGCCC920AGAGGCAGAGCTACACAACCATGGAATCCAAATTAATTCC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。