基因總覽
SOX14 是位於人類第 3 號染色體的蛋白質編碼基因,正式名稱為 SRY-box transcription factor 14。其產物名稱為 Transcription factor SOX-14,長 240 個胺基酸,具有 HMG box DNA 結合區域。現有資料將其基本角色概述為轉錄的負向調節因子;未提供更細緻的靶標或作用機制資訊。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000306087 ★ | 137,764,315–137,766,334 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SOX14 的產物被註解為轉錄的負向調節因子,表示其作用方向為抑制轉錄。現有資料未說明受調節的基因或轉錄因子、作用所需的細胞或生理條件,也未提供其如何造成轉錄抑制的分子細節,因此不能據此推定特定靶標、調控路徑或生物學效應。
Promoter 與基因調控
>SOX14 ENST00000306087 GRCh38 chr3:137763315-137764415 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AGAAACGAGTCTCGCAGCCTCCCTGGGTGGGAAGAGGCGCCCAGGGACAAACCGACCCTGGTTGCGATAC ACCGTGAGACTCCGCTGTAGGGCCGCTGCAGAAGGGGCACCGGGAAGAGCCCCATACCCAGCCTCTAGGC TCTTCTTACGGTATGAACATTTGTGGAGTAAAAGTTGGAGGTTTAAAGACACTAAATAATAATAACATAA ATGGGAACTGCAATAGAAATCTCAGCCCCATCCCTGCCCCAAAAGTGAAGAACAGGTCGTAGTGCTTTTA AGGGCTCACCAACTAGGGTTCGAAATCTCTGCATTGCCTGACGCGAGGCCTTCCAGGAGCAGGTCAGACA ACATTGCTCAGCCACCCAGGGTCCCAGCGCTACGCCCGGGCGCCGCATCCTGGGGCAGGGGTGGATGCCT AGTTGCAGGGGCTTCCCGGGAGAACACTGCCAAAGCACCGCCGAGGGTGGGGCGCGAAAAGTTTATTTCG CTTTTACCCTGAGCCTGCTATATGTTATTTTTCTCTTCCAAGGATATTTGACAAGAGGGCAAAGTGCTGT CCTTGCATTTCGCGGCAAAGCTGTCCTATTTATCAACACAAGCTCTCGCCTCGCTCCCTTTGCTGTCCCT TCCCCGGCCTTTGTATTTCAAGCCCTAATTCTCTTTCACAACCGGGAAAGGAAACAGGAGACGCGGAAGA GTTTTATTTGTTGACAGTGCCCGAGACAATGTGGAACCGAAGTCCCCAGTCTAGAGCTAGCCTCTCTGCT CTAGCCCTCTCTCTGCCTCTGTCCCTCACACCTCTCCCCGCCCCCACCAGTCGCGCTCTCTGTTTCTTGC ACCGGCGTGTTGGCAGGTGCGCCCCCTCGGCTTCTCTGCTGCTGATTGGCGCCCAGGTTGGGGAGTCGCC GCCCCGCGCTTATGTCAGAGTGCGTGCAGTCCCGGCCCACCTCGCCTTTGAACTTCGCCGCTTTTGGCTC TCGTTCACCAGCCTCCCCGCATTCTCAGCCAGGTGCAGCGCTAGGCGCGGCAGCTCCGGGAAAGCCACGG GAAGGGGGAGCCACGACTGGAAACGCAAGAGGAGAGAAGGGAACTAGAGAA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR3_863CNX · enhancer · 137761104–137761331 · regulatory
ENSR3_942ND9 · promoter · 137763825–137764325 · regulatory
ENSR3_863CQQ · enhancer · 137764326–137764476 · regulatory
ENSR3_B32C7H · enhancer · 137766294–137766834 · regulatory
ENSR3_D8SJX · enhancer · 137767182–137769331 · regulatory
· motif · 137764119–137764129 · motif
· motif · 137767315–137767325 · motif
· motif · 137767889–137767899 · motif
· motif · 137767912–137767922 · motif
· motif · 137767919–137767929 · motif
· motif · 137768195–137768204 · motif
· motif · 137768195–137768204 · motif
· motif · 137768197–137768213 · motif
· motif · 137768197–137768213 · motif
· motif · 137768211–137768224 · motif
· motif · 137768211–137768225 · motif
· motif · 137768211–137768226 · motif
· motif · 137768225–137768240 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:240 aa
Transcription factor SOX-14 長 240 個胺基酸。其第 8 至第 76 位胺基酸區段註解為 DNA 結合區域,並標示為 HMG box。
蛋白質三維結構
細胞內定位
資料未提供定位改變的條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 16 個夥伴
- APBB1O00213-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ATXN1P54253 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ATXN3P54252 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CRXO43186 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FOXH1O75593 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GRNP28799-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HTTP42858 · UniProt INTERACTION · 12 experiments
- KRTAP15-1Q3LI76 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NAIF1Q69YI7 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- NR3C1P04150 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PSEN2P49810 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ROR2Q01974 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- SPMIP9Q96LM6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TGM2P21980-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UQCRC1P31930 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- VENTXO95231 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
ATTCTCAGCCAGGTGCAGCGCTAGGCGCGGCAGCTCCGGG40AAAGCCACGGGAAGGGGGAGCCACGACTGGAAACGCAAGA80GGAGAGAAGGGAACTAGAGAAGGCAAAGGTGGAGAGGGGG120AGAAGGAGGAGCTTCTTGCCCTGGCTAAAAAATTACCTGG160CCACTTAATCCCGGAGACTCCGATACTTGGGTCCCAGCCC200CTGGTGCCTGAAGCCCCCCGGCCGATCGCCCTCTCCTCCC240CCGCCCTTTCTGCCCCCACTCGCTCCCCCGGGGCTGCCTG280GGCGCTGGGACTGGCATGATCAGCTGAACTTTGTGGGGTC320AGCGCTTCTCTCTGGCTTCCCCTCAGCGGCGCCAAGGCGA360GGGGAGCGCAGAACCCCGGCTCAGGACGGACAGACAGACG400GCCAGCCGCGCCCAGGCTCGTCTGCAGAACCCTTGCACTC440CCTACCCCCACCCACCTAGCCGCCGGGACCATGTCCAAAC480CTTCAGACCACATCAAGCGGCCCATGAACGCCTTCATGGT520ATGGTCCCGGGGCCAGCGGCGCAAGATGGCCCAGGAAAAC560CCCAAGATGCACAACTCGGAGATCAGCAAACGCCTAGGTG600CCGAATGGAAGCTTCTGTCCGAGGCAGAGAAGCGGCCATA640CATCGATGAAGCCAAGCGGCTACGCGCCCAGCACATGAAG680GAGCACCCTGACTACAAGTACCGACCTCGGCGCAAGCCCA720AGAACCTGCTCAAGAAGGACAGGTATGTCTTCCCCTTGCC760CTACCTGGGCGACACGGACCCGCTCAAGGCGGCTGGCCTG800CCCGTGGGGGCCTCCGACGGCCTCCTGAGCGCGCCCGAGA840AAGCCCGGGCCTTCTTGCCGCCGGCCTCGGCGCCCTACTC880CCTGCTGGACCCCGCGCAGTTTAGCTCGAGCGCCATCCAG920AAGATGGGCGAAGTGCCCCACACCTTGGCTACCGGCGCTC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。