演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

SOX14SOX28

SRY-box transcription factor 14

SOX14(SRY-box transcription factor 14)是蛋白質編碼基因,其產物被註解為轉錄的負向調節因子。

Homo sapiens3q22.3UniProt O95416
OFFICIAL SYMBOL
SOX14
CHROMOSOME
3
UNIPROT
O95416
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SOX14 是位於人類第 3 號染色體的蛋白質編碼基因,正式名稱為 SRY-box transcription factor 14。其產物名稱為 Transcription factor SOX-14,長 240 個胺基酸,具有 HMG box DNA 結合區域。現有資料將其基本角色概述為轉錄的負向調節因子;未提供更細緻的靶標或作用機制資訊。

Official symbol
SOX14
Gene name
SRY-box transcription factor 14
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:11193
UniProt
O95416
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
SOX28

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 33q22.3
chr3 · 198,295,559 bp · GRCh38chr3p26.3 · 1–2800000 · gpos50chr3p26.2 · 2800001–4000000 · gnegchr3p26.1 · 4000001–8100000 · gpos50chr3p25.3 · 8100001–11600000 · gnegchr3p25.2 · 11600001–13200000 · gpos25chr3p25.1 · 13200001–16300000 · gnegchr3p24.3 · 16300001–23800000 · gpos100chr3p24.2 · 23800001–26300000 · gnegchr3p24.1 · 26300001–30800000 · gpos75chr3p23 · 30800001–32000000 · gnegchr3p22.3 · 32000001–36400000 · gpos50chr3p22.2 · 36400001–39300000 · gnegchr3p22.1 · 39300001–43600000 · gpos75chr3p21.33 · 43600001–44100000 · gnegchr3p21.32 · 44100001–44200000 · gpos50chr3p21.31 · 44200001–50600000 · gnegchr3p21.2 · 50600001–52300000 · gpos25chr3p21.1 · 52300001–54400000 · gnegchr3p14.3 · 54400001–58600000 · gpos50chr3p14.2 · 58600001–63800000 · gnegchr3p14.1 · 63800001–69700000 · gpos50chr3p13 · 69700001–74100000 · gnegchr3p12.3 · 74100001–79800000 · gpos75chr3p12.2 · 79800001–83500000 · gnegchr3p12.1 · 83500001–87100000 · gpos75chr3p11.2 · 87100001–87800000 · gnegchr3p11.1 · 87800001–90900000 · acenchr3q11.1 · 90900001–94000000 · acenchr3q11.2 · 94000001–98600000 · gvarchr3q12.1 · 98600001–100300000 · gnegchr3q12.2 · 100300001–101200000 · gpos25chr3q12.3 · 101200001–103100000 · gnegchr3q13.11 · 103100001–106500000 · gpos75chr3q13.12 · 106500001–108200000 · gnegchr3q13.13 · 108200001–111600000 · gpos50chr3q13.2 · 111600001–113700000 · gnegchr3q13.31 · 113700001–117600000 · gpos75chr3q13.32 · 117600001–119300000 · gnegchr3q13.33 · 119300001–122200000 · gpos75chr3q21.1 · 122200001–124100000 · gnegchr3q21.2 · 124100001–126100000 · gpos25chr3q21.3 · 126100001–129500000 · gnegchr3q22.1 · 129500001–134000000 · gpos25chr3q22.2 · 134000001–136000000 · gnegchr3q22.3 · 136000001–139000000 · gpos25chr3q23 · 139000001–143100000 · gnegchr3q24 · 143100001–149200000 · gpos100chr3q25.1 · 149200001–152300000 · gnegchr3q25.2 · 152300001–155300000 · gpos50chr3q25.31 · 155300001–157300000 · gnegchr3q25.32 · 157300001–159300000 · gpos50chr3q25.33 · 159300001–161000000 · gnegchr3q26.1 · 161000001–167900000 · gpos100chr3q26.2 · 167900001–171200000 · gnegchr3q26.31 · 171200001–176000000 · gpos75chr3q26.32 · 176000001–179300000 · gnegchr3q26.33 · 179300001–183000000 · gpos75chr3q27.1 · 183000001–184800000 · gnegchr3q27.2 · 184800001–186300000 · gpos25chr3q27.3 · 186300001–188200000 · gnegchr3q28 · 188200001–192600000 · gpos75chr3q29 · 192600001–198295559 · gnegSOX14pq1 bp198,295,559 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr3:137,764,315–137,766,334
Gene span
2,020 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000306087 ★137,764,315–137,766,3341

顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

SOX14 的產物被註解為轉錄的負向調節因子,表示其作用方向為抑制轉錄。現有資料未說明受調節的基因或轉錄因子、作用所需的細胞或生理條件,也未提供其如何造成轉錄抑制的分子細節,因此不能據此推定特定靶標、調控路徑或生物學效應。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 137764315 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SOX14 ENST00000306087 GRCh38 chr3:137763315-137764415 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
AGAAACGAGTCTCGCAGCCTCCCTGGGTGGGAAGAGGCGCCCAGGGACAAACCGACCCTGGTTGCGATAC
ACCGTGAGACTCCGCTGTAGGGCCGCTGCAGAAGGGGCACCGGGAAGAGCCCCATACCCAGCCTCTAGGC
TCTTCTTACGGTATGAACATTTGTGGAGTAAAAGTTGGAGGTTTAAAGACACTAAATAATAATAACATAA
ATGGGAACTGCAATAGAAATCTCAGCCCCATCCCTGCCCCAAAAGTGAAGAACAGGTCGTAGTGCTTTTA
AGGGCTCACCAACTAGGGTTCGAAATCTCTGCATTGCCTGACGCGAGGCCTTCCAGGAGCAGGTCAGACA
ACATTGCTCAGCCACCCAGGGTCCCAGCGCTACGCCCGGGCGCCGCATCCTGGGGCAGGGGTGGATGCCT
AGTTGCAGGGGCTTCCCGGGAGAACACTGCCAAAGCACCGCCGAGGGTGGGGCGCGAAAAGTTTATTTCG
CTTTTACCCTGAGCCTGCTATATGTTATTTTTCTCTTCCAAGGATATTTGACAAGAGGGCAAAGTGCTGT
CCTTGCATTTCGCGGCAAAGCTGTCCTATTTATCAACACAAGCTCTCGCCTCGCTCCCTTTGCTGTCCCT
TCCCCGGCCTTTGTATTTCAAGCCCTAATTCTCTTTCACAACCGGGAAAGGAAACAGGAGACGCGGAAGA
GTTTTATTTGTTGACAGTGCCCGAGACAATGTGGAACCGAAGTCCCCAGTCTAGAGCTAGCCTCTCTGCT
CTAGCCCTCTCTCTGCCTCTGTCCCTCACACCTCTCCCCGCCCCCACCAGTCGCGCTCTCTGTTTCTTGC
ACCGGCGTGTTGGCAGGTGCGCCCCCTCGGCTTCTCTGCTGCTGATTGGCGCCCAGGTTGGGGAGTCGCC
GCCCCGCGCTTATGTCAGAGTGCGTGCAGTCCCGGCCCACCTCGCCTTTGAACTTCGCCGCTTTTGGCTC
TCGTTCACCAGCCTCCCCGCATTCTCAGCCAGGTGCAGCGCTAGGCGCGGCAGCTCCGGGAAAGCCACGG
GAAGGGGGAGCCACGACTGGAAACGCAAGAGGAGAGAAGGGAACTAGAGAA
SOX14 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR3_863CNX · enhancer · 137761104–137761331 · regulatory

ENSR3_942ND9 · promoter · 137763825–137764325 · regulatory

ENSR3_863CQQ · enhancer · 137764326–137764476 · regulatory

ENSR3_B32C7H · enhancer · 137766294–137766834 · regulatory

ENSR3_D8SJX · enhancer · 137767182–137769331 · regulatory

· motif · 137764119–137764129 · motif

· motif · 137767315–137767325 · motif

· motif · 137767889–137767899 · motif

· motif · 137767912–137767922 · motif

· motif · 137767919–137767929 · motif

· motif · 137768195–137768204 · motif

· motif · 137768195–137768204 · motif

· motif · 137768197–137768213 · motif

· motif · 137768197–137768213 · motif

· motif · 137768211–137768224 · motif

· motif · 137768211–137768225 · motif

· motif · 137768211–137768226 · motif

· motif · 137768225–137768240 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:240 aa

1 aa240 aaDNA 結合
依 O95416 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

Transcription factor SOX-14 長 240 個胺基酸。其第 8 至第 76 位胺基酸區段註解為 DNA 結合區域,並標示為 HMG box。

DNA 結合區HMG box8–76 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · O95416…

AlphaFold · O95416

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Nucleus

資料未提供定位改變的條件或異構型差異。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 16 個夥伴 · 最多顯示 50 個
SOX28SOX14APBB1ATXN1ATXN3CRXFOXH1GRNHTTKRTAP15-1NAIF1NR3C1PSEN2ROR2SPMIP9TGM2UQCRC1VENTX
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 16 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能SOX14 的產物被註解為轉錄的負向調節因子,也就是其作用方向為抑制轉錄。此資料沒有進一步指出受調節的基因、作用條件或抑制轉錄的分子機制。推論支持
證據與來源

Acts as a negative regulator of transcription

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位SOX14 蛋白質被註解定位於細胞核;此項定位資料未提供其他條件、異構型差異或動態變化。推論支持
證據與來源

Nucleus

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000306087 · 2,020 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ATTCTCAGCCAGGTGCAGCGCTAGGCGCGGCAGCTCCGGG40
41AAAGCCACGGGAAGGGGGAGCCACGACTGGAAACGCAAGA80
81GGAGAGAAGGGAACTAGAGAAGGCAAAGGTGGAGAGGGGG120
121AGAAGGAGGAGCTTCTTGCCCTGGCTAAAAAATTACCTGG160
161CCACTTAATCCCGGAGACTCCGATACTTGGGTCCCAGCCC200
201CTGGTGCCTGAAGCCCCCCGGCCGATCGCCCTCTCCTCCC240
241CCGCCCTTTCTGCCCCCACTCGCTCCCCCGGGGCTGCCTG280
281GGCGCTGGGACTGGCATGATCAGCTGAACTTTGTGGGGTC320
321AGCGCTTCTCTCTGGCTTCCCCTCAGCGGCGCCAAGGCGA360
361GGGGAGCGCAGAACCCCGGCTCAGGACGGACAGACAGACG400
401GCCAGCCGCGCCCAGGCTCGTCTGCAGAACCCTTGCACTC440
441CCTACCCCCACCCACCTAGCCGCCGGGACCATGTCCAAAC480
481CTTCAGACCACATCAAGCGGCCCATGAACGCCTTCATGGT520
521ATGGTCCCGGGGCCAGCGGCGCAAGATGGCCCAGGAAAAC560
561CCCAAGATGCACAACTCGGAGATCAGCAAACGCCTAGGTG600
601CCGAATGGAAGCTTCTGTCCGAGGCAGAGAAGCGGCCATA640
641CATCGATGAAGCCAAGCGGCTACGCGCCCAGCACATGAAG680
681GAGCACCCTGACTACAAGTACCGACCTCGGCGCAAGCCCA720
721AGAACCTGCTCAAGAAGGACAGGTATGTCTTCCCCTTGCC760
761CTACCTGGGCGACACGGACCCGCTCAAGGCGGCTGGCCTG800
801CCCGTGGGGGCCTCCGACGGCCTCCTGAGCGCGCCCGAGA840
841AAGCCCGGGCCTTCTTGCCGCCGGCCTCGGCGCCCTACTC880
881CCTGCTGGACCCCGCGCAGTTTAGCTCGAGCGCCATCCAG920
921AAGATGGGCGAAGTGCCCCACACCTTGGCTACCGGCGCTC960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。