基因總覽
SORT1 是蛋白質編碼基因，產物 sortilin 1 屬於 VPS10-related sortilin family 的 SORT1 subfamily。這種單次穿膜受體具有大型胞外區域、跨膜區及短的細胞質區域；胞外區包含 Vps10p domain，並具有 10-bladed beta-propeller 與 cysteine-knot 等結構特色。這些結構安排使其能在膜區室間承載並分選多種蛋白質與配體。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000256637 ★ | 109,309,575–109,397,918 | 20 |
| ENST00000538502 | 109,309,568–109,393,357 | 20 |
| ENST00000902724 | 109,309,568–109,397,967 | 21 |
| ENST00000902725 | 109,309,568–109,397,967 | 21 |
| ENST00000902726 | 109,309,568–109,397,967 | 20 |
| ENST00000902727 | 109,309,568–109,397,947 | 20 |
| ENST00000934841 | 109,309,568–109,397,967 | 19 |
| ENST00000934842 | 109,309,568–109,397,967 | 20 |
| ENST00000934843 | 109,309,568–109,397,967 | 21 |
| ENST00000934844 | 109,309,568–109,397,967 | 17 |
| ENST00000957898 | 109,309,568–109,397,967 | 21 |
| ENST00000957899 | 109,309,568–109,397,967 | 20 |
顯示 12/23 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
sortilin 1 在 Golgi compartment 中作為分選受體，並可在細胞表面執行清除受體的功能。它負責將蛋白質由 Golgi apparatus 運送至 lysosomes，這條路徑不依賴 mannose-6-phosphate receptor（M6PR）。溶酶體蛋白會在 Golgi apparatus 特異性結合受體，形成的受體—配體複合體接著被運送至酸性的溶酶體前區室；低 pH 促使複合體解離。受體再透過與 retromer 結合而回到 Golgi，進入下一輪運輸。sortilin 1 也參與由 Golgi apparatus 前往 endosomes 的蛋白質運輸。
在神經細胞相關作用中，sortilin 1 介導促凋亡前驅物 proBDNF 與 proNGFB 的內吞，並促進神經元凋亡；它也可作為 neurotensin 的受體。這些作用與其辨識不同配體並將其帶入細胞的能力相符，但來源未進一步說明各配體作用間的調控關係。
在骨生成分化期間，sortilin 1 可能藉由清除細胞外 LPL，促進細胞外基質礦化。此作用屬可能性描述，來源未將其表述為確定機制。脂肪細胞中，sortilin 1 可能是形成含有葡萄糖轉運蛋白 SLC2A4/GLUT4 的特化儲存囊泡（GLUT4 storage vesicles，GSVs）所需；這些囊泡提供穩定的 SLC2A4 儲存池，並提高細胞對 insulin 的反應性。此外，sortilin 1 也可能介導蛋白質由 endoplasmic reticulum 運送至 Golgi。
Promoter 與基因調控
>SORT1 ENST00000256637 GRCh38 chr1:109397818-109398918 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GCTACGTGTTGTAGAAGTTGTGTGTGCAGCTTCTGCGGTAAAGGGAACAGCGTAGGGGTTTTATTTTATT CATTAGAGGTGGATCGGGGTGCTAATTTAGAGGACATCACATACTGGAACCAAACTTGTCCGAAGCTCTC ACTGCAGAGTTAAGGCACTTTGGTAAAATAAATGTGCATCTAGGAAATGATCATGTGTACAGTAGGCATT GGATCATTCTCTTGCCCCTCTTTTACCTGCCCCTAATGCCTAAGCTACATTCGAAGTCCTGGAAAACCTG TAAGTAATTCCGCCTTTGGCCTACCTCCCCTCAGAAGAGGAAGGTGAGAGAGGCCAAACGTATGGAAAGA CTATTCTTCAGGCTTGCAGGAGTCACGGATGTCCTGATGTCTGTCTCCGTAGGATGTGGCCCACATCAGT TCGCATTCACCTTCTTGCAGCAAGGCAGCTGCTTAGCAGACAATGGGCGCTCCAGTGAGCGGGGTTTATA AAAACCCGAAGCCCCGGTTCATGATGGAGCCCCCTTTTCCAGCTGAGCAAGCTCAGGGATTTCCTGGGTA GGTTTTTCCAGGCTCTGCCTCACCGAAGGAATTTTAGGAGTGTCTCTGGGGAACAGGAGGGACGTAACCC AGCCCCAACTTGAGGGCGCTAGAGGTGCGGCAAGGGGTCGCGACGCCAGGAGCCCGGGGCTCGGCGGGAA GGTATGAGAAGCTCCTACGTGAACTCCACAAGCCGGGCCCGGGAGACGCCGGGCGAGGCGGGGTTGACCT CAGCAGTCTCTGCCCCGTTCCAGCCAATCAGTCCCGCATCTTAGCATCCGAATCCAGGACCCCCGAAGCC GGAGGCGACGCGAGCCAATGAGGAGTGGGCCGGGGAAGAGGGACAGGCGGCCAGCCTATGGGGCGGAGAG GCCCGGCCGCGCGTATCCAAGGAGCGCCGCGCTCGGCTCGGGGGTGTGGCGCGCGCCGGCGGGGGTGGGC GGGCGCGCCGGGCGGCAGGTGTCGGCGTCGGCGGCATTCGGCGGCGATGGAGCGGCCCTGGGGAGCTGCG GACGGCCTCTCGCGCTGGCCCCATGGCCTCGGCCTCCTCCTCCTCCTGCAG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SORT1_1 ↗ | 1:109,397,918 | 負股 | 109,397,908–109,397,967 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR1_BRP6J · enhancer · 109392538–109393346 · regulatory
ENSR1_93LFC7 · promoter · 109393347–109393720 · regulatory
ENSR1_93LFD3 · enhancer · 109396168–109396667 · regulatory
ENSR1_93LFDJ · promoter · 109397908–109398224 · regulatory
ENSR1_5XPQ7T · CTCF_binding_site · 109397911–109397932 · regulatory
ENSR1_BRP7C · enhancer · 109398225–109399038 · regulatory
ENSR1_5XPQ9H · CTCF_binding_site · 109398267–109398288 · regulatory
ENSR1_BRP7G · enhancer · 109399215–109399731 · regulatory
ENSR1_5XPQHF · CTCF_binding_site · 109399547–109399568 · regulatory
· motif · 109393022–109393036 · motif
· motif · 109393023–109393036 · motif
· motif · 109397839–109397854 · motif
· motif · 109397913–109397929 · motif
· motif · 109397938–109397948 · motif
· motif · 109397959–109397969 · motif
· motif · 109398146–109398158 · motif
· motif · 109398148–109398155 · motif
· motif · 109398269–109398285 · motif
· motif · 109399549–109399565 · motif
資料指出 SORT1 與 osteoblast differentiation 期間的調控情境相關，但未提供其表現變化方向或具體調控機制。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：831 aa
sortilin 1 長 831 個胺基酸，具有 N 端訊號序列；胞外區約位於胺基酸 78–755，之後接一段跨膜螺旋及細胞質區。胞外區包含 Vps10p domain，並具有 10-bladed beta-propeller、兩個 cysteine-knot 區域及多個 BNR repeats。細胞質區含 endocytosis signal，並有參與 GGA1 interaction 的 DXXLL motif。
蛋白質三維結構
細胞內定位
sortilin 1 主要位於 endoplasmic reticulum、endosomes、Golgi stack、lysosomes 與 nucleus 的膜上，少部分分布於 plasma membrane；脂肪細胞中也可能位於 SLC2A4/GLUT4 storage vesicles。 脂肪細胞受到 insulin 作用時，sortilin 1 在 plasma membrane 的定位可能增加。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 25 個夥伴
- ADGRG7Q96K78 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BDNFP23560-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BRICD5Q6PL45-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CNIH3Q8TBE1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CNTFP26441 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- FAM3CQ92520 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GGA1Q9UJY5 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- GLAP06280 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GRNP28799 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- IL6P05231 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- LIFRP42702 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LRPAP1P30533 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- NGFP01138 · UniProt INTERACTION · 5 experiments · 2 筆來源紀錄
- NTRK1P04629 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NTRK3Q16288 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- SORCS1Q8WY21 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- TFP02787 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TGP01266 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- VAMP5O95183 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- VPS29Q9UBQ0-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- Ctf2P83714 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- LPLP11151 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- Sorcs1Q9JLC4 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TgP06882 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- APPP05067-4 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
sortilin 1 與 GGA1、GGA2 及 retromer cargo-selective complex 實體互作，後者參與受體由 endosomes 回運至 Golgi。它也與 LPL、SLC2A4、LRPAP1/RAP、GM2A、NTS、CLN5、PSAP 及 SMPD1 互作；其中 LPL 與 SLC2A4 的互作標示為 By similarity。sortilin 1 與 NGFR 形成複合體，該複合體可特異性結合 proNGFB 與 proBDNF。它與 NTRK1、NTRK2、NTRK3 的互作可能調節其順向軸突運輸與訊號傳遞；與 GRN 的互作則在受壓力的神經系統中介導 progranulin 的內吞及溶酶體運送。與 SMPD1 的互作對 SMPD1 定位至 lysosomes 有必要性。
疾病與遺傳關聯
位於 CELSR2 與 PSRC1 之間非編碼區的一種常見多型性會改變 CEBP transcription factor 的結合位點，並影響肝臟中的 SORT1 表現。肝臟 SORT1 表現改變會影響血漿低密度脂蛋白膽固醇濃度，且與心肌梗塞易感性相關；此資料描述的是關聯，未指出 SORT1 變化必然造成心肌梗塞。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | sortilin 1 在 Golgi compartment 作為分選受體，也能在細胞表面清除配體；它以不依賴 M6PR 的方式將蛋白質由 Golgi 送往 lysosomes，並在酸性溶酶體前區室釋放配體，再藉 retromer 回收至 Golgi。它也參與 Golgi 至 endosomes 的運輸、促進神經元凋亡、作為 neurotensin 受體；在骨生成分化及脂肪細胞中另有可能的作用，亦可能介導 endoplasmic reticulum 至 Golgi 的運輸。 | 含實驗來源 | 證據與來源Functions as a sorting receptor in the Golgi compartment and as a clearance receptor on the cell surface. Required for protein transport from the Golgi apparatus to the lysosomes by a pathway that is independent of the mannose-6-phosphate receptor (M6PR). Lysosomal proteins bind specifically to the receptor in the Golgi apparatus and the resulting receptor-ligand complex is transported to an acidic prelysosomal compartment where the low pH mediates the dissociation of the complex. The receptor is then recycled back to the Golgi for another round of trafficking through its binding to the retromer. Also required for protein transport from the Golgi apparatus to the endosomes. Promotes neuronal apoptosis by mediating endocytosis of the pro-apoptotic precursor forms of BDNF (proBDNF) and NGFB (proNGFB). Also acts as a receptor for neurotensin. May promote mineralization of the extracellular matrix during osteogenic differentiation by scavenging extracellular LPL. Probably required in adipocytes for the formation of specialized storage vesicles containing the glucose transporter SLC2A4/GLUT4 (GLUT4 storage vesicles, or GSVs). These vesicles provide a stable pool of SLC2A4 and confer increased responsiveness to insulin. May also mediate transport from the endoplasmic reticulum to the Golgi PMID 10085125 ↗ · PMID 11331584 ↗ · PMID 11390366 ↗ · PMID 12209882 ↗ · PMID 12598608 ↗ · PMID 14657016 ↗ · PMID 14985763 ↗ · PMID 15313463 ↗ · PMID 15930396 ↗ · PMID 15987945 ↗ · PMID 16787399 ↗ · PMID 18817523 ↗ |
| 交互作用 | sortilin 1 與多種配體、轉運因子及受體互作，包括 GGA1、GGA2 與 retromer complex；與 NGFR 形成可結合 proNGFB 和 proBDNF 的複合體。它與 NTRK1、NTRK2、NTRK3 的互作可能調節其順向軸突運輸與訊號；在受壓力的神經系統中，與 GRN 的互作介導 progranulin 內吞及送往 lysosomes。與 SMPD1 的互作則是 SMPD1 定位至 lysosomes 所需。LPL 與 SLC2A4 的互作依據為 By similarity。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with LPL and SLC2A4 (By similarity). Interacts with the cytosolic adapter proteins GGA1 and GGA2. Interacts with numerous ligands including the receptor-associated protein LRPAP1/RAP, GM2A and NTS. Forms a complex with NGFR which binds specifically to the precursor forms of NGFB (proNGFB) and BDNF (proBDNF). Interacts with the Trk receptors NTRK1, NTRK2 and NTRK3; may regulate their anterograde axonal transport and signaling. Interacts with CLN5. Interacts with PSAP. Interacts with GRN; this interaction mediates endocytosis and lysosome delivery of progranulin; interaction occurs at the neuronal cell surface in a stressed nervous system. Interacts with the heterotrimeric retromer cargo-selective complex (CSC), also described as vacuolar protein sorting subcomplex (VPS), formed by VPS26 (VPS26A or VPS26B), VPS29 and VPS35; which is involved in retrograde trafficking of the receptor from endosomes to the Golgi apparatus. Interacts with SMPD1; the interaction is required for SMPD1 targeting to lysosomes PMID 11331584 ↗ · PMID 11390366 ↗ · PMID 11859376 ↗ · PMID 14657016 ↗ · PMID 14985763 ↗ · PMID 15364913 ↗ · PMID 15987945 ↗ · PMID 16787399 ↗ · PMID 18817523 ↗ · PMID 19122660 ↗ · PMID 20015111 ↗ · PMID 21092856 ↗ · PMID 21102451 ↗ · PMID 22431521 ↗ · PMID 9013611 ↗ · PMID 9657377 ↗ · PMID 9927419 ↗ |
| 細胞定位 | sortilin 1 分布於 endoplasmic reticulum、endosomes、Golgi stack、lysosomes 與 nucleus 的膜上，少部分位於 plasma membrane；脂肪細胞中也可能出現在 SLC2A4/GLUT4 storage vesicles。脂肪細胞中的 insulin 可能提高 sortilin 1 在 plasma membrane 的定位程度。 | 含實驗來源 | 證據與來源Golgi apparatus, Golgi stack membrane / Single-pass type I membrane protein; Endosome membrane / Single-pass type I membrane protein; Endoplasmic reticulum membrane / Single-pass type I membrane protein; Nucleus membrane / Single-pass type I membrane protein; Cell membrane / Single-pass type I membrane protein / Extracellular side; Lysosome membrane / Single-pass type I membrane protein; Localized to membranes of the endoplasmic reticulum, endosomes, Golgi stack, lysosomes and nucleus. A small fraction of the protein is also localized to the plasma membrane. May also be found in SLC2A4/GLUT4 storage vesicles (GSVs) in adipocytes. Localization to the plasma membrane in adipocytes may be enhanced by insulin PMID 16787399 ↗ · PMID 18817523 ↗ |
| 調控 | SORT1 與 osteoblast differentiation 期間的調控情境相關；資料未提供表現變化方向或具體調控方式。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | CELSR2 與 PSRC1 之間非編碼區的常見多型性會改變 CEBP transcription factor 結合位點，並影響肝臟 SORT1 表現。肝臟 SORT1 表現變動會影響血漿低密度脂蛋白膽固醇濃度，且與心肌梗塞易感性相關；來源未將此關聯表述為必然因果。 | 含實驗來源 | 證據與來源A common polymorphism located in a non-coding region between CELSR2 and PSRC1 alters a CEBP transcription factor binding site and is responsible for changes in hepatic expression of SORT1. Altered SORT1 expression in liver affects low density lipoprotein cholesterol levels in plasma and is associated with susceptibility to myocardial infarction PMID 20686566 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GTCGGCGTCGGCGGCATTCGGCGGCGATGGAGCGGCCCTG40GGGAGCTGCGGACGGCCTCTCGCGCTGGCCCCATGGCCTC80GGCCTCCTCCTCCTCCTGCAGCTGCTGCCGCCGTCGACCC120TCAGCCAGGACCGGCTGGACGCGCCGCCGCCGCCCGCTGC160GCCGCTGCCGCGCTGGTCTGGCCCCATCGGGGTGAGCTGG200GGGCTGCGGGCGGCCGCAGCCGGGGGCGCGTTTCCCCGCG240GCGGCCGTTGGCGTCGCAGCGCGCCGGGCGAGGACGAGGA280GTGCGGCCGGGTCCGGGACTTCGTCGCCAAGCTGGCCAAC320AACACGCACCAGCATGTGTTTGATGATCTCAGAGGCTCAG360TATCCTTGTCCTGGGTTGGAGATAGCACTGGGGTCATTCT400AGTCTTGACTACCTTCCATGTACCACTGGTAATTATGACT440TTTGGACAGTCCAAGCTATATCGAAGTGAGGATTATGGGA480AGAACTTTAAGGATATTACAGATCTCATCAATAACACCTT520TATTCGGACTGAATTTGGCATGGCTATTGGTCCTGAGAAC560TCTGGAAAGGTGGTGTTAACAGCAGAGGTGTCTGGAGGAA600GTCGTGGAGGAAGAATCTTTAGATCATCAGATTTTGCGAA640GAATTTTGTGCAAACAGATCTCCCTTTTCATCCTCTCACT680CAGATGATGTATAGCCCTCAGAATTCTGATTATCTTTTAG720CTCTCAGCACTGAAAATGGCCTGTGGGTGTCCAAGAATTT760TGGGGGAAAATGGGAAGAAATCCACAAAGCAGTATGTTTG800GCCAAATGGGGATCAGACAACACCATCTTCTTTACAACCT840ATGCAAATGGCTCCTGCAAAGCTGACCTTGGGGCTCTGGA880ATTATGGAGAACTTCAGACTTGGGAAAAAGCTTCAAAACT920ATTGGTGTGAAAATCTACTCATTTGGTCTTGGGGGACGTT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。