基因總覽
SNX3 是一種蛋白質編碼基因，產物 sorting nexin 3 屬於 sorting nexin 家族。此蛋白長 162 個胺基酸，具有 PX 結構域，並能結合磷脂醯肌醇類分子；這些特性與其在胞內膜系統中的運輸角色相符。來源指出，SNX3 參與不同細胞區室間的蛋白質運輸，也與多泡體形成及 retromer 相關運輸有關。其功能涵蓋內膜貨物運送，以及離子通道、鐵受體與 WNT 訊號相關蛋白的細胞內運輸調節。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000230085 ★ | 108,211,222–108,261,040 | 4 |
| ENST00000426155 | 108,210,873–108,261,223 | 3 |
| ENST00000349379 | 108,210,873–108,261,255 | 4 |
| ENST00000909211 | 108,210,873–108,261,255 | 3 |
| ENST00000909212 | 108,210,873–108,260,995 | 4 |
| ENST00000909213 | 108,210,873–108,261,223 | 4 |
| ENST00000909214 | 108,210,873–108,261,223 | 5 |
| ENST00000946326 | 108,210,873–108,261,223 | 5 |
| ENST00000946327 | 108,210,873–108,261,255 | 4 |
| ENST00000978315 | 108,210,873–108,261,223 | 3 |
| ENST00000978316 | 108,210,873–108,261,255 | 3 |
| ENST00001136666 | 108,210,873–108,261,223 | 4 |
顯示 12/16 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SNX3 是磷脂醯肌醇結合蛋白，來源指出它對 phosphatidylinositol 3-phosphate（PtdIns(P3)）具有特異性結合能力；依相似性推定，也可結合 PtdIns(P4)、PtdIns(P5) 與 PtdIns(3,5)P2。SNX3 為多泡體形成所需，並參與細胞區室間的蛋白質運輸。它與 RAB7A 一同促進 retromer cargo-selective subcomplex（CSC/VPS）在胞內體膜上的結合。SNX3 可能作為 SNX3-retromer complex 的部分組成，參與 WLS 從胞內體逆行運送至 TGN；此路徑不同於 SNX-BAR retromer pathway。
SNX3 也與特定膜蛋白的運輸及穩定性相關。依相似性推定，它能促進 epithelial sodium channel（ENAC）次單元 SCNN1A 和 SCNN1G 的穩定性及細胞表面表現，但不參與 EGFR 降解。它亦參與 transferrin receptor TFRC 的內吞後回收，可能藉由將 transferrin:transferrin receptor 複合物送至回收胞內體來維持鐵恆定；此作用可能涉及 retromer CSC 次複合體。
在樹突細胞中，SNX3 參與吞噬作用的調節，可能透過調控 EEA1 招募至新形成的吞噬體發揮作用。於原代神經元中，依相似性推定，SNX3 參與神經突生長調節。SNX3 亦是 WLS 運送至早期胞內體以供回收所需；這項運輸促進典型與非典型 WNT 訊號，並對神經管閉合不可或缺。
在 Salmonella enterica 感染情境下，SNX3 參與 Salmonella-containing vacuole（SCV）的成熟，並促進 LAMP1 招募至 SCV。
Promoter 與基因調控
>SNX3 ENST00000230085 GRCh38 chr6:108260940-108262040 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GGATTACAGGCGCGCACCACCACGCCCAGCTAATTTTGCATTTTTAAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGT GGGCAAGGCTAGTATCGAACTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTAC AGGCATAAGCCACCGTGCCCGGCCTTCCTCCCCGTTTCTTAAAAAGGCTCATGTGAGTTGCATTTCCAGT CCTGTAGAGGTACGTTTAATACTTTTCAAAAAAAAAAAAAACTTATCAGGACTTCGTGAGAAACGAAAGT GGACACCCAAAGCAGCTTGCAGCCGGTCTACTGTTACTTTGTTTTAGCGGACCGACCTGTCTCCAAAATC GATTTGACCATAATGCTAGGATTTAACTAGGGCTTTAGTTTTTATTTCACTCCCCCACTTTACTGGTTTC AACCTATCAATCCAGACGCGTGTCTGGTGCAACGCTCGGGTTTATGGCAAAATCATCTCAGGCATTTGCT TAACCTTCTCCAGAAAGGCATTTTCAGGGGTTCACAGTGAGACGGTGCACAGGTTGGCACAGAGTTAGTA GGGGCAGTTTTGTTTCGATTTGCGGGCAAATCTCTAAGATCTCTCCGTTTAACTTTCGCCCGCAATTCCC AAAGCCGCTAAAGCCGTTTCCGGCGCTCTACCCCGCCGCAGGCCGAGGCTGGCGCAGAGAGACAGGAAGC GCCAGCTCTGGGCGTCTGGGTCCTCGCCTCCTCGGCCGCAGCCCCGCGGCGGCGCGCTCGCGGTGCATTG TGGGCGCTGTAGTCCGGCCGGAACCTGTTTGCGACCCCGAGTCCCATGACACCGCTTCTCCTCACACCCC AGTCCGCAGTGCCCCTCCCCAGCCTCGGCCGGGCCTCCCGGGAGCCGGGCGTGGCGTTCCAGCTAGTGAG CCGTTTCTCCCCTGGGCTCGGAGGCGGAAGCTTGAGGGGCGCGGGGAGGAGCTTCGCGTGCGGGGTGAAC GCCCGCTCTACGTGCTCGTTCTCTTCGCGACCGCTGCGCGCGAGCCCCGTGTCCCCACGGCGGGCAGCAG CGGCGGCGGCGGCGGCTGAACGCGGAGGGGGCGGAGGGAGCCCGCGGCGGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SNX3_1 ↗ | 6:108,261,040 | 負股 | 108,261,030–108,261,089 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR6_93KZ6Z · enhancer · 108258888–108259259 · regulatory
ENSR6_856XF3 · promoter · 108260954–108261144 · regulatory
ENSR6_93KZ7M · promoter · 108261234–108261734 · regulatory
· motif · 108258980–108258989 · motif
· motif · 108259074–108259087 · motif
· motif · 108259076–108259087 · motif
· motif · 108259076–108259087 · motif
· motif · 108260761–108260768 · motif
· motif · 108260804–108260819 · motif
· motif · 108260913–108260923 · motif
· motif · 108261099–108261110 · motif
· motif · 108261099–108261113 · motif
· motif · 108261192–108261207 · motif
· motif · 108261387–108261396 · motif
· motif · 108261392–108261409 · motif
· motif · 108261407–108261424 · motif
· motif · 108261452–108261463 · motif
· motif · 108261453–108261468 · motif
· motif · 108261461–108261471 · motif
· motif · 108261635–108261655 · motif
· motif · 108261768–108261779 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：162 aa
sorting nexin 3 長 162 個胺基酸，屬於 sorting nexin 家族，含有位於第 27 至 151 個胺基酸的 PX 結構域。第 147 至 162 個胺基酸區段主要結合 PtdIns(P5)，對 PtdIns(P3) 與 PtdIns(P4) 的結合較弱；此區段亦與神經突生長調節有關。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SNX3 位於早期胞內體與吞噬體。 在樹突細胞的新生吞噬體上，它與 EEA1 共定位，但會競爭吞噬體膜上的結合。 在 Salmonella enterica 感染時，SNX3 轉位至 SCV；感染後 30–60 分鐘，可由 SCV 形成含 SNX3 的小管。 SNX3 亦位於網格蛋白包被的胞內體囊泡，與 retromer 標記的非分枝胞內體小管在形態上不同。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- ARL6IP1Q15041 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CRKP46108 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- EGFRP00533 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- RPRMQ9NS64 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SNX3 與 VPS26A、VPS29、VPS35 互作，其中與 VPS35 的互作為直接結合；這些 retromer CSC 次複合體次單元的關聯，被提出可能構成功能上不同的 SNX3-retromer complex。SNX3 也與 USP10、SCNN1A、TFRC、PTPRU、MON2 和 DOP1B 互作；其中 USP10、SCNN1A 與 TFRC 的關係依相似性推定。另有研究指出，兩個 SNX8 分子似乎與一個 SNX3 分子相聯。
疾病與遺傳關聯
患者中曾發現涉及 SNX3 的染色體異常，並與 syndromic microphthalmia 有關。所報告的異常為 t(6;13)(q21;q12)；此資料呈現的是染色體異常與疾病的關聯，未指出 SNX3 變異直接造成該疾病。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SNX3 是結合磷脂醯肌醇的蛋白質，為多泡體形成所需，並參與細胞區室間蛋白質運輸。它與 RAB7A 促進 retromer CSC/VPS 次複合體結合胞內體膜，並可能參與 WLS 逆行運送至 TGN。依相似性推定，它也影響 ENAC 次單元穩定與表面表現、TFRC 回收及鐵恆定；另參與樹突細胞吞噬、神經突生長與 WNT 訊號相關的 WLS 回收。來源明確指出它不參與 EGFR 降解。 | 含實驗來源 | 證據與來源Phosphoinositide-binding protein required for multivesicular body formation. Specifically binds phosphatidylinositol 3-phosphate (PtdIns(P3)). Can also bind phosphatidylinositol 4-phosphate (PtdIns(P4)), phosphatidylinositol 5-phosphate (PtdIns(P5)) and phosphatidylinositol 3,5-biphosphate (PtdIns(3,5)P2) (By similarity). Plays a role in protein transport between cellular compartments. Together with RAB7A facilitates endosome membrane association of the retromer cargo-selective subcomplex (CSC/VPS). May in part act as component of the SNX3-retromer complex which mediates the retrograde endosome-to-TGN transport of WLS distinct from the SNX-BAR retromer pathway. Promotes stability and cell surface expression of epithelial sodium channel (ENAC) subunits SCNN1A and SCNN1G (By similarity). Not involved in EGFR degradation. Involved in the regulation of phagocytosis in dendritic cells possibly by regulating EEA1 recruitment to the nascent phagosomes. Involved in iron homeostasis through regulation of endocytic recycling of the transferrin receptor TFRC presumably by delivering the transferrin:transferrin receptor complex to recycling endosomes; the function may involve the CSC retromer subcomplex (By similarity). Involved in regulation of neurite outgrowth in primary neurons (By similarity). Required for trafficking of WLS to the early endosome for recycling which promotes both canonical and non-canonical WNT signaling and is essential for neural tube closure (By similarity) PMID 11433298 ↗ · PMID 18767904 ↗ · PMID 21725319 ↗ · PMID 23237080 ↗ · PMID 24344282 ↗ |
| 功能 | 在 Salmonella enterica 感染情境下，SNX3 參與 Salmonella-containing vacuole（SCV）的成熟，並促進 LAMP1 招募至 SCV。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) In the case of Salmonella enterica infection, plays a role in maturation of the Salmonella-containing vacuole (SCV) and promotes recruitment of LAMP1 to SCVs PMID 20482551 ↗ |
| 交互作用 | SNX3 與 VPS26A、VPS29、VPS35 互作，且與 VPS35 為直接結合；其與 retromer CSC 次單元的關聯被提出可能代表功能上不同的 SNX3-retromer complex。SNX3 亦與 USP10、SCNN1A、TFRC、PTPRU、MON2、DOP1B 互作，其中部分關係依相似性推定。另有報告指出兩個 SNX8 分子似乎與一個 SNX3 分子相聯。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with VPS26A, VPS29 and VPS35; the interaction with VPS35 is direct. The association with the retromer CSC subcomplex subunits is proposed to represent a functional distinct retromer variant described as SNX3-retromer complex. Interacts with USP10 and SCNN1A (By similarity). Interacts with TRFC (By similarity). Interacts with SNX8; 2 molecules of SNX8 seems to associate with one molecule of SNX3. Interacts with PTPRU. Interacts with MON2 and DOP1B PMID 17622474 ↗ · PMID 21725319 ↗ · PMID 24344282 ↗ · PMID 24866125 ↗ · PMID 30213940 ↗ |
| 細胞定位 | SNX3 位於早期胞內體與吞噬體，並定位於形態上不同於 retromer 標記非分枝胞內體小管的網格蛋白包被胞內體囊泡。在樹突細胞新生吞噬體中，SNX3 與 EEA1 共定位，但會競爭吞噬體膜結合。Salmonella enterica 感染時 SNX3 定位於 SCV，感染後 30–60 分鐘可由 SCV 形成含 SNX3 的小管。 | 含實驗來源 | 證據與來源Early endosome; Cytoplasmic vesicle, phagosome; Colocalizes to clathrin-coated endosomal vesicles morphologically distinct from retromer-decorated non-branched endosomal tubule structures Colocalizes with EEA1 on nascent phagosomes in dendritic cells but competes with EEA1 for binding to phagosomal membrane. In the case of Salmonella enterica infection localizes to Salmonella-containing vacuoles (SCVs) from which SNX3-containing tubules form 30-60 minutes after infection PMID 11433298 ↗ · PMID 21725319 ↗ · PMID 30213940 ↗ · PMID 23237080 ↗ |
| 疾病關聯 | 患者中曾發現涉及 SNX3 的染色體異常，並與 syndromic microphthalmia 有關。來源列出的異常為 t(6;13)(q21;q12)，但未提供證據說明此異常與疾病之間的因果關係。 | 含實驗來源 | 證據與來源A chromosomal aberration involving SNX3 has been found in patients with syndromic microphthalmia. Translocation t(6;13)(q21;q12) PMID 12471201 ↗ |
核酸與蛋白質序列
CTCTTCGCGACCGCTGCGCGCGAGCCCCGTGTCCCCACGG40CGGGCAGCAGCGGCGGCGGCGGCGGCTGAACGCGGAGGGG80GCGGAGGGAGCCCGCGGCGGCGGCAGCAGCTACAGCGAAA120TGGCGGAGACCGTGGCTGACACCCGGCGGCTGATCACCAA160GCCGCAGAACCTGAATGACGCCTACGGACCCCCCAGCAAC200TTCCTCGAGATCGATGTGAGCAACCCGCAAACGGTGGGGG240TCGGCCGGGGCCGCTTCACCACTTACGAAATCAGGGTCAA280GACAAATCTTCCTATTTTCAAGCTGAAAGAATCTACTGTT320AGAAGAAGATACAGTGACTTTGAATGGCTGCGAAGTGAAT360TAGAAAGAGAGAGCAAGGTCGTAGTTCCCCCGCTCCCTGG400GAAAGCGTTTTTGCGTCAGCTTCCTTTTAGAGGAGATGAT440GGAATATTTGATGACAATTTTATTGAGGAAAGAAAACAAG480GGCTGGAGCAGTTTATAAACAAGGTCGCTGGTCATCCTCT520GGCACAGAACGAACGTTGTCTTCACATGTTTTTACAAGAT560GAAATAATAGATAAAAGCTATACTCCATCTAAAATAAGAC600ATGCCTGAAATTTGGCAAGAAGGGGCAAAAACGTGACTAT640TAATGATTGATAAGCACCAGTGAAGAAGTTCTAACTTTTA680GCATGCTGCACAGAAACTGGTATAACATGCCTTCAGTATA720CTAACACTCATATGCTCAGTTTTGTTTTGTTTTGGCAGTT760GACAAGAAGTTAATTTGCTTTAGTAAAAATCCCTCATTCC800AGCCTTTCTATATAAATAGCTCTTTCTTGCTGTTTTAATG840TGGTGCACACTATAGCCTCACAAACCTGTTATTCCAGTGT880AATCTGCAGTGTCGTAACTAAAGTTACTGGCTTGGTCTTA920TTTGCACAGTTTTTGCGTCTTGTTTGCTTCTTGCATCTGA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。