基因總覽
SNX2 基因編碼 sorting nexin 2，屬於 sorting nexin 家族。此蛋白質含有 PX 與 BAR 結構域，並具有可與膜結合的兩親性螺旋；其胺基端另有一段無序區域。這些結構特色與它辨識膜脂質、參與膜形態調節的角色相符。SNX2 涉及細胞內膜運輸，並可作為 SNX-BAR retromer 膜變形次複合體的一員，參與內體相關運輸。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000379516 ★ | 122,775,080–122,834,543 | 15 |
| ENST00000925948 | 122,775,010–122,834,543 | 15 |
| ENST00000925949 | 122,775,010–122,834,543 | 15 |
| ENST00000958472 | 122,775,010–122,834,543 | 16 |
| ENST00000958473 | 122,775,010–122,834,543 | 14 |
| ENST00000958478 | 122,775,010–122,834,543 | 15 |
| ENST00000958479 | 122,775,010–122,834,543 | 13 |
| ENST00000958480 | 122,775,010–122,834,543 | 15 |
| ENST00000976868 | 122,775,010–122,834,543 | 16 |
| ENST00000976869 | 122,775,010–122,834,543 | 15 |
| ENST00001055041 | 122,775,010–122,834,543 | 15 |
| ENST00001130596 | 122,775,010–122,800,795 | 3 |
顯示 12/15 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SNX2 參與細胞內運輸的多個階段。它會與含有 phosphatidylinositol 3-phosphate（PtdIns(3P)）或 phosphatidylinositol 3,5-bisphosphate（PtdIns(3,5)P2）的膜互動，並可作為 SNX-BAR retromer 膜變形次複合體的一部分。這個次複合體參與內體至 trans-Golgi network（TGN）的逆向運輸，也涉及由內體送往細胞膜、以回收貨物蛋白的運輸途徑。
在內體至 TGN 的運輸中，SNX-BAR 次複合體被認為能將供體膜塑形成管狀結構，稱為 endosome-to-TGN transport carrier（ETC）。SNX2 可感知膜曲率；在體外實驗中，也觀察到它具有囊泡至膜的重塑活性。這些特性與其參與膜形態改變及運輸載體形成相符。SNX2 對 TGN38 從內體逆向運輸至 TGN 是必要的。
SNX2 也參與一條不依賴 retromer 的膜重塑途徑，可促進 KALRN 與 RHOG 依賴的過程，例如 lamellipodium 形成。這項功能依賴 KALRN 的 GEF 活性，顯示 SNX2 的作用不只限於 retromer 相關的內體運輸，也涉及由 KALRN、RHOG 參與的膜形態調節。
Promoter 與基因調控
>SNX2 ENST00000379516 GRCh38 chr5:122774080-122775180 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TAAAAAAGATAAGCTGGGAATATATATGACCATAGCATAAGACAGAAAGTAGTAAGCAATAAATAGAGAC ACATGTAAAAATTAAGGATGTGTATAATAATCACCTCAAGTCAAGCTGGGAGCTTTCATAAGAGGTTGAA GTTTTTGATCCATGACAGACTCCAGACTTTCCATAAGGTGGTGGATTTGCAGGCCAGGGAATGTGACTAT GTGCTCTTAAGAATCATCCATTGATTTTCCTATCATTTTTCTAGACCTTTTGACTTATTGAGAAAAGAAT TATGTGGCTTATGATAAAATTGGAGTGAATCGCAGACGAGAAATTATTCAGAGTCCTTTCGTTATCTAGA GCTGCAATCACTAAATAGGTAACCACTGGCCACATGTGGCTAATTAGATTTAAATTAATTAAAATTAAAT AAAATTTTAAAACTCAGTTCCACACACCGGCCACATTTCAAGTGTTCAGGGGTCACAGGTTGCCAGTAGC TACTGTATTGGACAGCACAGATAGGGAACATTTCCATCATGTCAGAAAATTCTATTGGACAGTTCTAGAG AGATCTAAGAGACAGTACGTGTCTCTCGCTCACCAATACTCCATCTCGCCTCAGCCTGCGTGCAATCCAA GCCCAGAGACTGGTGCCCAGGCTCTACCACTTCCTACAGAAGATTTAAAAACTGGTAGTGCCAACAGAAA TTATTTAGCCTAGTCCCGCCAAGAAGGTGATGTGGTAATAAAGTCCAAGATTCTGCCACATAAGTCGGGT CAGCAAGTCGGTGGCGAAAAGAGGGCCACGTCCCAGACTTTCTGGGAGGAGGCGGGACAAAGGGGCGGGG CGAGCGCAGCGCCCTCCGGGTGGGCGCCGTCAAGAGGCCGGGGGCGGGGCCGAGCGCGGCTGGGCGGGGC CTTGAGAGGCCGGCCGGGGGCGGGGAGGCTGGCGGGTCGGCGCGGGCCCAGCCGTGCGTGCTCACGTGAC GGGTCCGCGAGGCCCAGCTCGCGCAGTCGTTCGGGTGAGCGAAGATGGCGGCCGAGAGGGAACCTCCTCC GCTGGGGGACGGGAAGCCCACCGACTTTGAGGATCTGGAGGACGGAGAGGA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SNX2_1 ↗ | 5:122,775,082 | 正股 | 122,775,033–122,775,092 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR5_93RPPG · enhancer · 122772367–122772832 · regulatory
ENSR5_BWCTK · promoter · 122774590–122775213 · regulatory
ENSR5_533TNXJ · CTCF_binding_site · 122774940–122774961 · regulatory
ENSR5_533TNXR · CTCF_binding_site · 122774995–122775016 · regulatory
ENSR5_93RPQ9 · enhancer · 122775214–122775633 · regulatory
ENSR5_93RPQF · promoter · 122775634–122776134 · regulatory
ENSR5_533TP46 · CTCF_binding_site · 122775719–122775740 · regulatory
ENSR5_85LGJC · enhancer · 122776612–122776814 · regulatory
· motif · 122774892–122774905 · motif
· motif · 122774942–122774958 · motif
· motif · 122774954–122774967 · motif
· motif · 122774997–122775013 · motif
· motif · 122775000–122775013 · motif
· motif · 122775050–122775059 · motif
· motif · 122775050–122775059 · motif
· motif · 122775102–122775112 · motif
· motif · 122775226–122775243 · motif
· motif · 122775260–122775273 · motif
· motif · 122775323–122775336 · motif
· motif · 122775325–122775334 · motif
· motif · 122775409–122775424 · motif
· motif · 122775705–122775721 · motif
· motif · 122775721–122775737 · motif
· motif · 122775972–122775985 · motif
· motif · 122776275–122776286 · motif
· motif · 122776275–122776286 · motif
· motif · 122776277–122776286 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：519 aa
sorting nexin 2 長 519 個胺基酸，屬於 sorting nexin 家族。其 PX 結構域位於第 140–269 個胺基酸，BAR 結構域位於第 299–519 個胺基酸；第 1–104 位為無序區域。第 278–295 位含有膜結合兩親性螺旋，另有第 260–519 位的區域註記為與 RHOG 互動。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SNX2 位於早期內體膜的細胞質側，也可見於細胞突起中的 lamellipodium。 它與 SORT1 共定位於由早期內體囊泡出芽、並在其成熟為晚期內體囊泡前形成的 ETC 管狀結構；在細胞中，SNX2 也會以 KALRN 依賴的方式與 lamellipodium 前緣的 F-actin 共定位。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Cell projection, lamellipodium。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 17 個夥伴
- APPP05067 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ARL6IP1Q15041 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CENPQQ7L2Z9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DNM2P50570-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FNBP1Q96RU3 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- GDAP1Q8TB36 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HTTP42858 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- MTIF3Q9H2K0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PLIN3O60664 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PNKPQ96T60 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SMN2Q16637 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SNX1Q13596 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- SNX32Q86XE0 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- SNX5Q9Y5X3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SNX6Q9UNH7 · UniProt INTERACTION · 10 experiments
- TMEM239Q8WW34-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- YIF1AO95070 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SNX2 主要與含 BAR 結構域的 sorting nexins SNX5、SNX6 或 SNX32 形成異源二聚體，也可自行形成同源二聚體。這些異源二聚體被認為能在膜上組成螺旋排列，穩定並擴展局部膜曲率，支持內體管狀結構形成。SNX2 也被認為是 SNX-BAR retromer 的一員；此複合體包含 retromer cargo-selective complex（CSC）與由 SNX1 或 SNX2 搭配 SNX5 或 SNX6 所成的膜變形次複合體，兩者以低親和力結合。另有互動紀錄涉及 VPS26A、VPS29、VPS35、FNBP1、KALRN，以及 GDP 結合型 RHOG。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SNX2 參與多個階段的細胞內運輸，並與含 PtdIns(3P) 或 PtdIns(3,5)P2 的膜互動。它可作為 SNX-BAR retromer 膜變形次複合體的一部分，參與內體至 TGN 的逆向運輸及內體至細胞膜的貨物回收；該次複合體可能將供體膜塑形成 ETC。SNX2 能感知膜曲率，且在體外具有囊泡至膜的重塑活性，對 TGN38 的內體至 TGN 逆向運輸是必要的。它也促進依賴 KALRN 與 RHOG、但不依賴 retromer 的膜重塑，例如 lamellipodium 形成；此功能仰賴 KALRN 的 GEF 活性。 | 含實驗來源 | 證據與來源Involved in several stages of intracellular trafficking. Interacts with membranes containing phosphatidylinositol 3-phosphate (PtdIns(3P)) or phosphatidylinositol 3,5-bisphosphate (PtdIns(3,5)P2). Acts in part as component of the retromer membrane-deforming SNX-BAR subcomplex. The SNX-BAR retromer mediates retrograde transport of cargo proteins from endosomes to the trans-Golgi network (TGN) and is involved in endosome-to-plasma membrane transport for cargo protein recycling. The SNX-BAR subcomplex functions to deform the donor membrane into a tubular profile called endosome-to-TGN transport carrier (ETC) (Probable). Can sense membrane curvature and has in vitro vesicle-to-membrane remodeling activity. Required for retrograde endosome-to-TGN transport of TGN38. Promotes KALRN- and RHOG-dependent but retromer-independent membrane remodeling such as lamellipodium formation; the function is dependent on GEF activity of KALRN PMID 16179610 ↗ · PMID 17101778 ↗ · PMID 20138391 ↗ · PMID 20604901 ↗ · PMID 23085988 ↗ |
| 交互作用 | SNX2 主要與 SNX5、SNX6 或 SNX32 形成異源二聚體，也能形成同源二聚體。這些異源二聚體被認為會在膜上自行組成螺旋排列，穩定並擴展局部膜曲率，支持內體管狀結構形成。SNX2 被認為是 SNX-BAR retromer 的一員；此五聚體由異源三聚體 retromer cargo-selective complex（CSC，也稱 vacuolar protein sorting subcomplex）及異源二聚體 SNX-BAR 膜變形次複合體構成，兩個次複合體以低親和力結合。互動對象還包括 VPS26A、VPS29、VPS35、FNBP1、KALRN 與 GDP 結合型 RHOG。 | 含實驗來源 | 證據與來源Predominantly forms heterodimers with BAR domain-containing sorting nexins SNX5, SNX6 and SNX32; can self-associate to form homodimers. The heterodimers are proposed to self-assemble into helical arrays on the membrane to stabilize and expand local membrane curvature underlying endosomal tubule formation. Thought to be a component of the originally described retromer complex (also called SNX-BAR retromer) which is a pentamer containing the heterotrimeric retromer cargo-selective complex (CSC), also described as vacuolar protein sorting subcomplex (VPS), and a heterodimeric membrane-deforming subcomplex formed between SNX1 or SNX2 and SNX5 or SNX6 (also called SNX-BAR subcomplex); the respective CSC and SNX-BAR subcomplexes associate with low affinity (Probable). Interacts with SNX5, SNX6, SNX32, VPS26A, VPS29, VPS35, FNBP1, KALRN, RHOG (GDP-bound form) PMID 11438682 ↗ · PMID 14596906 ↗ · PMID 17101778 ↗ · PMID 19619496 ↗ · PMID 19935774 ↗ · PMID 20604901 ↗ · PMID 23085988 ↗ · PMID 39073202 ↗ · PMID 11102511 ↗ · PMID 9819414 ↗ |
| 細胞定位 | SNX2 位於早期內體膜的細胞質側，也見於細胞突起中的 lamellipodium。它與 SORT1 共定位於 ETC 管狀內體膜結構；這些結構由早期內體囊泡出芽，發生於其成熟為晚期內體囊泡之前。SNX2 也以 KALRN 依賴的方式，與細胞中 lamellipodium 前緣的 F-actin 共定位。 | 含實驗來源 | 證據與來源Early endosome membrane / Peripheral membrane protein / Cytoplasmic side; Cell projection, lamellipodium; Colocalized with SORT1 to tubular endosomal membrane structures called endosome-to-TGN transport carriers (ETCs) which are budding from early endosome vacuoles just before maturing into late endosome vacuoles. Colocalized with F-actin at the leading edge of lamellipodia in cells in a KALRN-dependent manner PMID 16179610 ↗ · PMID 17101778 ↗ · PMID 20604901 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GCGCAGTCGTTCGGGTGAGCGAAGATGGCGGCCGAGAGGG40AACCTCCTCCGCTGGGGGACGGGAAGCCCACCGACTTTGA80GGATCTGGAGGACGGAGAGGACCTGTTCACCAGCACTGTC120TCCACCCTAGAGTCAAGTCCATCATCTCCAGAACCAGCTA160GTCTTCCTGCAGAAGATATTAGTGCAAACTCCAATGGCCC200AAAACCCACAGAAGTTGTATTAGATGATGACAGAGAAGAT240CTTTTTGCAGAAGCCACAGAAGAAGTTTCTTTGGACAGCC280CTGAAAGGGAACCTATCCTATCCTCGGAACCTTCTCCTGC320AGTCACACCTGTCACTCCTACTACACTCATTGCTCCTAGA360ATTGAATCAAAGAGTATGTCTGCTCCCGTGATCTTTGATA400GATCCAGGGAAGAGATTGAAGAAGAAGCAAATGGAGACAT440TTTTGACATAGAAATTGGTGTATCAGATCCAGAAAAAGTT480GGTGATGGCATGAATGCCTATATGGCATATAGAGTAACAA520CAAAGACATCTCTTTCCATGTTCAGTAAGAGTGAATTTTC560AGTGAAAAGAAGATTCAGCGACTTTCTTGGTTTGCACAGC600AAATTAGCAAGCAAATATTTACATGTTGGTTATATTGTGC640CACCAGCTCCAGAAAAGAGTATAGTAGGGATGACCAAGGT680CAAAGTGGGTAAAGAAGACTCATCATCCACTGAGTTTGTA720GAAAAACGGAGAGCAGCTCTTGAAAGGTATCTTCAAAGAA760CAGTAAAACATCCAACTTTACTACAGGATCCTGATTTAAG800GCAGTTCTTGGAAAGTTCAGAGCTGCCTAGAGCAGTTAAT840ACACAGGCTCTGAGTGGAGCAGGAATATTGAGGATGGTGA880ACAAGGCTGCCGACGCTGTCAACAAAATGACAATCAAGAT920GAATGAATCGGATGCATGGTTTGAAGAAAAGCAGCAGCAA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。