基因總覽
SNX1（sorting nexin 1）是由蛋白質編碼基因產生的 sorting nexin 家族成員，參與細胞內多個階段的運輸。它可與含有特定磷脂的膜互動，並以周邊膜蛋白的形式出現在胞內體及 trans-Golgi network 等膜區域。其蛋白質包含 PX 與 BAR 結構域，另有一段膜結合兩親性螺旋；這些結構特色與其膜互動及膜形狀調節相關。SNX1 也可作為 SNX-BAR 次複合體的一部分，參與貨物蛋白在不同細胞膜區域間的運送。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000559844 ★ | 64,095,982–64,144,231 | 15 |
| ENST00000560829 | 64,094,123–64,138,006 | 14 |
| ENST00000559061 | 64,094,276–64,126,099 | 7 |
| ENST00000261889 | 64,095,956–64,139,875 | 15 |
| ENST00000909216 | 64,095,956–64,138,021 | 14 |
| ENST00000909217 | 64,095,956–64,138,005 | 15 |
| ENST00000909218 | 64,095,956–64,138,014 | 16 |
| ENST00000909219 | 64,095,956–64,138,008 | 15 |
| ENST00000909220 | 64,095,956–64,138,004 | 15 |
| ENST00000955626 | 64,095,956–64,138,006 | 16 |
| ENST00000955627 | 64,095,956–64,137,997 | 15 |
| ENST00000977571 | 64,095,956–64,138,013 | 15 |
顯示 12/25 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SNX1 參與細胞內膜運輸，尤其涉及胞內體與 trans-Golgi network 之間的逆向運送，也參與胞內體至細胞表面的貨物回收。它能與含有 PtdIns(3P) 或 PtdIns(3,5)P2 的膜互動，並可感知膜曲率；體外研究亦顯示其具有囊泡與膜之間的重塑活性。
SNX1 部分作為 SNX-BAR retromer 膜變形次複合體的組成成員。此複合體可使供體膜形成管狀結構，稱為 endosome-to-TGN transport carrier（ETC），以協助貨物由胞內體運往 trans-Golgi network。SNX1 涉及溶酶體酵素受體 IGF2R、M6PR 與 SORT1 的逆向運送，也參與 Shiginella dysenteria toxin stxB 的運輸。
SNX1 亦影響受體的分流與降解。配體活化的 EGFR 經細胞表面內吞及自 Golgi 釋放後，SNX1 參與其送往溶酶體降解；此外，SNX1 也參與不依賴 retromer 的 P2RY1 內吞運輸，以及 protease-activated receptor-1/F2R 的溶酶體降解。DRD5 在促效劑刺激後的內吞需要 SNX1，但其基礎運輸不需要 SNX1。
在另一種不依賴 retromer 的膜重塑作用中，SNX1 促進由 KALRN 與 RHOG 參與的過程，例如 lamellipodium 形成；這項功能依賴 KALRN 的 GEF 活性。
Promoter 與基因調控
>SNX1 ENST00000559844 GRCh38 chr15:64094982-64096082 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GCCTTCAAACAGCTCACATGACCTGTGAGGGAGTCCATCCCTGAATTTGCAGTTACAACCAAACTAACTA AACCTCTTGTCAAAGTTGGTGACAAATGCCATTTCTATTGAGAAGATAGGATTATCTTGCAGAATTGTCC CATGCTAACATGCCCATTTATCTTTAAACTCCAGTCTTGTTTGTCTAGTTAATGTAGGCCTTAGGATCAC CAGACAATGAATTGCTTAGGTCCCAAGGAAATTTTGGTCAGGGTTCAATAATTTCCCTGCCGTCTATTCC ACTCCACTTACTCCACAGCAATTGAGAGGATAATCCTAACATTTTTCCAGCCAAATCTAGGACACTGAGG CCTCACTTCATCTGTGAGGCCTCCCTACTTCTCCAAGCAGAATTGATTATCTCTTTCCCTGTGCTCCCAC AGGGCACCATAGCATTGAACATGTCGAACTGTCGATTAAATACCTGATTTCTGTATCTGAAACTCACAGC AAGGTGCCAGGCATACAGTAGATGCTCAGTATCTGTATTTCTTAATGAATTAACTGAATGTTGCTCAAGG AATAAGTGGTGAAGCTTTCTTCTAGTCTTGTTCAGATACCTCAATCGAAATATTTATTGACTCTCTGTGA GGGCATTGTGCTTGGCATGGGTAGATGGCATGTAGAGGTTTTCAAACATTTTAGTGACACTCCTTCATTC AGACGAACTCTTAGAAGCCTGTTGGATAAAGCTATCCAGAGCACAAAGGGCCCTAGAAACCTGAGCAGCC CCTAACTCCTACTTTTCTGCCCCTTTGGCCCCACTCGTTAATATCTCAGCATCGCGAACCAGGCCTCGGA TTTGCTGCGCAGCCTCAGCTGGCCGGGTGCCGCCCCGCCCCCAGCGCCTAAGCCCCGCCCCTAGGTCTCC GCCCCTCGGATCCCACGGGGTCCCTTGCGGCCCTCCCACTCCTCGCACCGTTGGATCGCTTTGCTCACGG CGCTATCTCTCGATAAAGTTGTTGTTGCGGCTTCCGCCGCGGGTGGAAGAAGATGGCGTCGGGTGGTGGT GGCTGTAGCGCTTCGGAGAGACTGCCTCCGCCCTTCCCCGGCCTGGAGCCG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SNX1_1 ↗ | 15:64,096,002 | 正股 | 64,095,953–64,096,012 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR15_C8CPC · enhancer · 64092122–64093827 · regulatory
ENSR15_9XFTP · promoter · 64093828–64094133 · regulatory
ENSR15_75QQJ4 · enhancer · 64094134–64094251 · regulatory
ENSR15_9XFTT · promoter · 64094252–64094718 · regulatory
ENSR15_BGPG5 · promoter · 64095492–64096024 · regulatory
ENSR15_5K43DR · CTCF_binding_site · 64096003–64096024 · regulatory
· motif · 64092236–64092244 · motif
· motif · 64092236–64092251 · motif
· motif · 64092319–64092332 · motif
· motif · 64092322–64092334 · motif
· motif · 64092698–64092710 · motif
· motif · 64092700–64092707 · motif
· motif · 64092894–64092909 · motif
· motif · 64093179–64093191 · motif
· motif · 64093322–64093330 · motif
· motif · 64093367–64093376 · motif
· motif · 64093455–64093464 · motif
· motif · 64093455–64093464 · motif
· motif · 64093637–64093650 · motif
· motif · 64093839–64093850 · motif
· motif · 64093977–64093988 · motif
· motif · 64094008–64094019 · motif
· motif · 64094260–64094271 · motif
· motif · 64094260–64094271 · motif
· motif · 64094274–64094283 · motif
· motif · 64094369–64094382 · motif
· motif · 64094369–64094382 · motif
· motif · 64095853–64095863 · motif
· motif · 64095873–64095883 · motif
· motif · 64095900–64095913 · motif
· motif · 64095900–64095913 · motif
· motif · 64095920–64095930 · motif
· motif · 64095977–64095994 · motif
· motif · 64096005–64096021 · motif
· motif · 64096170–64096185 · motif
· motif · 64096428–64096441 · motif
· motif · 64096431–64096443 · motif
· motif · 64096434–64096441 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：522 aa
SNX1 蛋白質長 522 個胺基酸，屬於 sorting nexin 家族。其 PX 結構域位於第 143–272 個胺基酸，BAR 結構域位於第 302–522 個胺基酸；第 281–298 個胺基酸區段註記為膜結合兩親性螺旋。第 1–84 與第 115–142 個胺基酸區段註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SNX1 位於胞內體膜及 trans-Golgi network 膜的細胞質側，並富集於早期胞內體膜的管狀區域。 它偏好結合富含 PtdIns(3P) 或 PtdIns(3,5)P2 的高曲率膜；在 ETC 形成期間，可與 SORT1 共定位於管狀內膜結構。 SNX1 也會在 KALRN 依賴的情況下，與 F-actin 共定位於 lamellipodia 前緣。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Cell projection, lamellipodium。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 34 個夥伴
- AGTRAPQ6RW13 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ARL6IP1Q15041 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- ARMC12Q5T9G4-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CHRNGP07510-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CMTM4Q8IZR5-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CMTM5Q96DZ9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- COQ3Q9NZJ6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM25AB3EWG3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FKBP7Q9Y680 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FUNDC1Q8IVP5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HCCSP53701 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LIME1Q9H400 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MPC2O95563 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PLIN3O60664 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- RABAC1Q9UI14 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- REEP5Q00765 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- REEP6Q96HR9 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- RHEXQ6ZWK4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RTN3O95197 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RTN4Q9NQC3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SDCBPO00560 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SDR16C5Q8N3Y7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SFT2D1Q8WV19 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SH3GLB1Q9Y371 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SNX2O60749 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
SNX1 主要與含 BAR 結構域的 SNX5、SNX6 或 SNX32 形成異源二聚體，也能形成同源二聚體。這些異源二聚體被認為可在膜上組成螺旋排列，穩定並擴大局部膜曲率。SNX1 被認為是 SNX-BAR retromer 的一部分；其中 SNX-BAR 次複合體與 cargo-selective complex（CSC）以低親和力結合。已報告的互作對象還包括 VPS26A、VPS29、VPS35、DRD5、DENND5A、KALRN 與 GDP 結合型 RHOG。SNX1 與 SNX2 的互作報告則有爭議；它也與 DNAJC13 及 HGS 互作，而 HGS 的存在會阻止 SNX1 與 DNAJC13 互作。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SNX1 參與多階段細胞內運輸，並與含 PtdIns(3P) 或 PtdIns(3,5)P2 的膜互動；它可作為 SNX-BAR retromer 成員，協助膜形成管狀運輸載體及貨物分流。其作用涵蓋多種受體與毒素的運送、受體內吞或溶酶體降解，也參與 KALRN、RHOG 依賴且不依賴 retromer 的膜重塑；DRD5 的內吞需求則限於促效劑刺激後。 | 含實驗來源 | 證據與來源Involved in several stages of intracellular trafficking. Interacts with membranes containing phosphatidylinositol 3-phosphate (PtdIns(3P)) or phosphatidylinositol 3,5-bisphosphate (PtdIns(3,5)P2). Acts in part as component of the retromer membrane-deforming SNX-BAR subcomplex. The SNX-BAR retromer mediates retrograde transport of cargo proteins from endosomes to the trans-Golgi network (TGN) and is involved in endosome-to-plasma membrane transport for cargo protein recycling. The SNX-BAR subcomplex functions to deform the donor membrane into a tubular profile called endosome-to-TGN transport carrier (ETC) (Probable). Can sense membrane curvature and has in vitro vesicle-to-membrane remodeling activity. Involved in retrograde endosome-to-TGN transport of lysosomal enzyme receptors (IGF2R, M6PR and SORT1) and Shiginella dysenteria toxin stxB. Plays a role in targeting ligand-activated EGFR to the lysosomes for degradation after endocytosis from the cell surface and release from the Golgi. Involvement in retromer-independent endocytic trafficking of P2RY1 and lysosomal degradation of protease-activated receptor-1/F2R. Promotes KALRN- and RHOG-dependent but retromer-independent membrane remodeling such as lamellipodium formation; the function is dependent on GEF activity of KALRN. Required for endocytosis of DRD5 upon agonist stimulation but not for basal receptor trafficking PMID 12198132 ↗ · PMID 15498486 ↗ · PMID 16407403 ↗ · PMID 17101778 ↗ · PMID 17550970 ↗ · PMID 18088323 ↗ · PMID 19816406 ↗ · PMID 20070609 ↗ · PMID 20604901 ↗ · PMID 21040701 ↗ · PMID 23085988 ↗ · PMID 23152498 ↗ |
| 交互作用 | SNX1 主要與 SNX5、SNX6 或 SNX32 形成異源二聚體，也可自我結合成同源二聚體；異源二聚體被認為可在膜上形成螺旋排列以穩定和擴大局部曲率。SNX1 被認為屬於 SNX-BAR retromer，該次複合體與 CSC 低親和力結合。SNX1 與 SNX2 的互作報告具爭議；DNAJC13 與 SNX1 的互作會受 HGS 阻止。 | 含實驗來源 | 證據與來源Predominantly forms heterodimers with BAR domain-containing sorting nexins SNX5, SNX6 and SNX32; can self-associate to form homodimers. The heterodimers are proposed to self-assemble into helical arrays on the membrane to stabilize and expand local membrane curvature underlying endosomal tubule formation. Thought to be a component of the originally described retromer complex (also called SNX-BAR retromer) which is a pentamer containing the heterotrimeric retromer cargo-selective complex (CSC), also described as vacuolar protein sorting subcomplex (VPS) and a heterodimeric membrane-deforming subcomplex formed between SNX1 or SNX2 and SNX5 or SNX6 (also called SNX-BAR subcomplex); the respective CSC and SNX-BAR subcomplexes associate with low affinity (Probable). Interacts with SNX5, SNX6, SNX32, VPS26A, VPS29, VPS35, DRD5, DENND5A, KALRN, RHOG (GDP-bound form). The interaction with SNX2 is reported controversially. Interacts with DNAJC13; prevented by presence of HGS. Interacts with HGS (By similarity) PMID 11102511 ↗ · PMID 11997453 ↗ · PMID 12198132 ↗ · PMID 15498486 ↗ · PMID 17101778 ↗ · PMID 19619496 ↗ · PMID 19874558 ↗ · PMID 19935774 ↗ · PMID 20604901 ↗ · PMID 23085988 ↗ · PMID 23152498 ↗ · PMID 37158588 ↗ · PMID 39073202 ↗ · PMID 9819414 ↗ |
| 細胞定位 | SNX1 位於胞內體及 trans-Golgi network 膜的細胞質側，並富集於早期胞內體膜管狀區域；它偏好結合富含 PtdIns(3P) 或 PtdIns(3,5)P2 的高曲率膜。SNX1 與 SORT1 共定位於由早期胞內體芽生的 ETC，也與 DNAJC13 及 Shiginella dysenteria toxin stxB 共定位於早期胞內體；在 KALRN 依賴情況下，則與 F-actin 共定位於 lamellipodia 前緣。 | 含實驗來源 | 證據與來源Endosome membrane / Peripheral membrane protein / Cytoplasmic side; Golgi apparatus, trans-Golgi network membrane / Peripheral membrane protein / Cytoplasmic side; Early endosome membrane / Peripheral membrane protein / Cytoplasmic side; Cell projection, lamellipodium; Enriched on tubular elements of the early endosome membrane. Binds preferentially to highly curved membranes enriched in phosphatidylinositol 3-phosphate (PtdIns(3P)) or phosphatidylinositol 3,5-bisphosphate (PtdIns(3,5)P2). Colocalized with SORT1 to tubular endosomal membrane structures called endosome-to-TGN transport carriers (ETCs) which are budding from early endosome vacuoles just before maturing into late endosome vacuoles. Colocalizes with DNAJC13 and Shiginella dysenteria toxin stxB on early endosomes. Colocalized with F-actin at the leading edge of lamellipodia in a KALRN-dependent manner PMID 15498486 ↗ · PMID 18088323 ↗ · PMID 22431521 ↗ · PMID 20604901 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GTTGTTGCGGCTTCCGCCGCGGGTGGAAGAAGATGGCGTC40GGGTGGTGGTGGCTGTAGCGCTTCGGAGAGACTGCCTCCG80CCCTTCCCCGGCCTGGAGCCGGAGTCCGAGGGGGCGGCCG120GGGGATCAGAACCCGAGGCTGGGGACAGCGACACCGAGGG160GGAGGACATTTTCACCGGCGCCGCGGTGGTCAGTAAACAT200CAGTCTCCAAAGATAACTACATCCCTTCTTCCCATCAACA240ATGGCTCCAAAGAAAATGGGATCCATGAAGAACAAGACCA280AGAGCCACAGGATCTCTTTGCAGATGCCACAGTGGAGCTA320TCCTTGGACAGCACACAAAATAATCAGAAGAAGGTGCTAG360CCAAAACACTCATTTCTCTTCCTCCTCAGGAAGCCACAAA400TTCTTCGAAGCCCCAGCCAACCTATGAGGAGCTAGAGGAA440GAAGAACAGGAGGATCAATTTGATTTGACAGTCGGTATAA480CTGATCCTGAGAAGATAGGGGATGGTATGAATGCATATGT520AGCCTACAAAGTTACAACACAGACAAGCTTACCATTGTTC560AGAAGCAAACAGTTTGCAGTAAAAAGAAGATTTAGTGACT600TTCTGGGTCTTTATGAGAAGCTTTCCGAGAAGCACTCTCA640GAATGGCTTCATTGTCCCTCCGCCCCCGGAGAAGAGCCTC680ATAGGGATGACAAAAGTGAAAGTTGGGAAGGAAGATTCTT720CTTCTGCAGAATTTCTTGAAAAACGGAGGGCCGCTTTAGA760AAGGTACCTTCAGAGGATTGTAAATCATCCTACCATGTTA800CAGGACCCTGACGTCAGAGAGTTCTTGGAAAAAGAAGAGC840TGCCACGTGCCGTGGGTACCCAGACATTGAGTGGTGCTGG880TCTCCTCAAGATGTTCAACAAAGCCACAGATGCCGTCAGC920AAAATGACCATCAAGATGAATGAATCAGACATTTGGTTTG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。