基因總覽
SNURF 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 SNRPN upstream open reading frame。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 15q11.2。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000577949 ★ | 24,954,987–24,968,821 | 3 |
| ENST00000338327 | 24,954,920–24,970,868 | 4 |
| ENST00001135773 | 24,954,920–24,970,868 | 3 |
| ENST00000999095 | 24,954,943–24,970,868 | 3 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>SNURF ENST00000577949 GRCh38 chr15:24953987-24955087 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CAACCTCCACTCACATCACCCTCCCTTCTTCGATAATGGGCAATTGAGAAAGGGCAAATGTGTGTAAAAA CTATGCAGATGCAGTTTCAGGATTATTTTCTTCTTTTCTGCAGTGTCTTTTCCCAAGCTACATCAGCGTC TAAATTTTGGAGTTACTGATGCTTCCGTTATTTCTGCAGATAGAATATTATGTCGTAAATAATGTTTACT TGTCCATTAGTATTATATAAAAGTGCCTGTTTCTCCCCACTCCAGCTATCATTGATTATTGGTAAAAATT TTAATGTATCCAATTCTAATAGGCAAAGAAAGGCTCTCCTACTTAGATCTTAGGTGGGGGTCTAAGTTCA TATTTTTGTTTTACAAAAATTGAATAGCCAGTGTTTTTGAGTTGAATGATCTATCCATTCCGTATAGGAG AGTTTAATTATATTGTGATTTTGGGGGAGATAATTTTCACAATTTACCCCCTCAAAATGTAGAAAGTAGA AAAAGGGTAGAAAAATCGCACCAAATTTGAACAATGTAGCATGCTTTTAGAGTTAGGGATATTTTCTTTT GGAAGGATTTCAAGTCTGGCGTATTTGCATTGATTGTGGTTATGGCGCATTTAACTTTTCCAAACCAGCT TTTTTGTACCGCACATAGGAAGACCTGAGGGTGAGTGTAAATTAGGATTGTTTGGCCAGTGGTGTGTGCA AAAATTTATTGTAGAACCAAGAATTATTTCTTTAGTATTTTACACATTTTAAAAAACAGGTAGACATGTC CATTGATCCCAGGTTGCTTATGGTTTCTAGAGGCCCCCTCTCATTGCAACAGTGCTGTGGGGCCCTAGGG GTCCAGTAGCCCCCTCCCCCCAGGTCATTCCGGTGAGGGAGGGAGCTGGGACCCCTGCACTGCGGCAAAC AAGCACGCCTGCGCGGCCGCAGAGGCAGGCTGGCGCGCATGCTCAGGCGGGGATGTGTGCGAAGCCTGCC GCTGCTGCAGCGAGTCTGGCGCAGAGTGGAGCGGCCGCCGGAGATGCCTGACGCATCTGTCTGAGGAGCG GTCAGTGACGCGATGGAGCGGGCAAGGTCAGCTGTGCCGGTGGCTTCTCTC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR15_9CWFP · promoter · 24954701–24955024 · regulatory
ENSR15_9CWFS · enhancer · 24955025–24955282 · regulatory
ENSR15_9CWG7 · promoter · 24956283–24956783 · regulatory
ENSR15_8PRWM · enhancer · 24956784–24956996 · regulatory
· motif · 24954900–24954911 · motif
· motif · 24954900–24954911 · motif
· motif · 24954930–24954941 · motif
· motif · 24954930–24954941 · motif
· motif · 24955058–24955070 · motif
· motif · 24955368–24955376 · motif
· motif · 24955368–24955383 · motif
· motif · 24956278–24956287 · motif
· motif · 24956338–24956349 · motif
· motif · 24956338–24956349 · motif
· motif · 24956400–24956409 · motif
· motif · 24956539–24956550 · motif
· motif · 24956677–24956686 · motif
· motif · 24957836–24957846 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:71 aa
SNRPN upstream reading frame protein 屬於 SNURF family。來源未提供其結構域、功能區域或序列註解的細節。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SNURF 定位於細胞核;來源未提供定位變化條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 細胞定位 | SNURF 被註記定位於細胞核。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GCAGAGTGGAGCGGCCGCCGGAGATGCCTGACGCATCTGT40CTGAGGAGCGGTCAGTGACGCGATGGAGCGGGCAAGGGAT80CGCTTACACCTGAGACGAACTACAGAACAGCACGTACCAG120AGGTGGAAGTCCAAGTCAAACGCAGAAGGACTGCCTCACT160GAGCAACCAAGAGTGTCAGTTGTACCCGAGGCGTTCTCAG200CAGCAGCAAGTACCTGTGGTGGATTTCCAGGCTGAACTGA240GGCAGGCATTCTTAGCTGAGACACCAAGAGGTGGTTAAAG280CCATATTGGAGTAGCGAGGAATCTGATTCCAAGCAAAAAC320CAGGTTAGAGCTAATGCAGCAATGATCAAGAATAAAGAAT360CATTAAAGAATGGGGTGTTGGGGGTTCTCTTAATTATCAG400TGACACATTAATTTTTTTCCTTAGAGCTTCATACAATAAA440CACATTGCAGAAAGTTTTAGAAAGTTTTGCAGGACCTTAA480ATTTTCTGCCCTGACACTTTCGTCATGTTTCTGTATTCCA520GTTATTGTAGCGCATGCTTTTCAGGTAGTTTTCTTTTGCG560TTTTTTTTAATTATATAAAAATATTTCACTATAAATGGCT600CTTGAATACCCTGTTACTGAATGTTTATAATTTCCTTTTG640TGGGAGGTGTCATTTTTTTCTGCCAGTAGTTTGAACAAAG680CTTTAGTAGATAGCTTTGTATAAAACTTAGAATAATTTTT720TCAAATATGCAGATGTGAAAATAAATTGAATCAAGGAATA760TGAACTTAAGGTACATTTTTCTAAATTATATTGCAAAGTA800TTAAATTAGTATTCATTGCTTTCGAAAAATAAAGGGCCAG840TTACAACATACTTTCACAGCATTATTTTAATTCAAATATG880GTTTATGTCAGTGAATTATAAATACACAGCACATAATTAA920CAATGAGTATTAGAGAATCTAAATACTTTCTCATGCTTAT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。