演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

SNRPNSMN

small nuclear ribonucleoprotein polypeptide N

SNRPN 編碼 small nuclear ribonucleoprotein polypeptide N,屬於 snRNP SmB/SmN family,可能參與具組織特異性的 RNA 替代性處理。

Homo sapiens15q11.2UniProt P63162
OFFICIAL SYMBOL
SNRPN
CHROMOSOME
15
UNIPROT
P63162
PDB / ALPHAFOLD
8TBP
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SNRPN 是位於人類第 15 號染色體 15q11.2 的蛋白質編碼基因,產物名稱為 small nuclear ribonucleoprotein polypeptide N。此蛋白質屬於 snRNP SmB/SmN family;來源提供的家族分類與基本蛋白質特徵,勾勒出它作為小核核糖核蛋白相關多肽的身分。現有資料指出其可能涉及具組織特異性的 RNA 替代性處理,但沒有提供更細的組織條件或作用機制,因此不宜將這項可能功能延伸為已確立的普遍角色。

Official symbol
SNRPN
Gene name
small nuclear ribonucleoprotein polypeptide N
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:11164
UniProt
P63162
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
SMNSM-DHCERN3SNRNP-NSNURF-SNRPNRT-LIPWCR

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1515q11.2
chr15 · 101,991,189 bp · GRCh38chr15p13 · 1–4200000 · gvarchr15p12 · 4200001–9700000 · stalkchr15p11.2 · 9700001–17500000 · gvarchr15p11.1 · 17500001–19000000 · acenchr15q11.1 · 19000001–20500000 · acenchr15q11.2 · 20500001–25500000 · gnegchr15q12 · 25500001–27800000 · gpos50chr15q13.1 · 27800001–30000000 · gnegchr15q13.2 · 30000001–30900000 · gpos50chr15q13.3 · 30900001–33400000 · gnegchr15q14 · 33400001–39800000 · gpos75chr15q15.1 · 39800001–42500000 · gnegchr15q15.2 · 42500001–43300000 · gpos25chr15q15.3 · 43300001–44500000 · gnegchr15q21.1 · 44500001–49200000 · gpos75chr15q21.2 · 49200001–52600000 · gnegchr15q21.3 · 52600001–58800000 · gpos75chr15q22.1 · 58800001–59000000 · gnegchr15q22.2 · 59000001–63400000 · gpos25chr15q22.31 · 63400001–66900000 · gnegchr15q22.32 · 66900001–67000000 · gpos25chr15q22.33 · 67000001–67200000 · gnegchr15q23 · 67200001–72400000 · gpos25chr15q24.1 · 72400001–74900000 · gnegchr15q24.2 · 74900001–76300000 · gpos25chr15q24.3 · 76300001–78000000 · gnegchr15q25.1 · 78000001–81400000 · gpos50chr15q25.2 · 81400001–84700000 · gnegchr15q25.3 · 84700001–88500000 · gpos50chr15q26.1 · 88500001–93800000 · gnegchr15q26.2 · 93800001–98000000 · gpos50chr15q26.3 · 98000001–101991189 · gnegSNRPNpq1 bp101,991,189 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr15:24,823,627–24,978,723
Gene span
155,097 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000390687 ★24,954,987–24,978,72310
ENST0000064500224,823,627–24,978,72315
ENST0000064280724,823,627–24,978,72314
ENST0000101043224,823,627–24,978,72310
ENST0000101043324,823,627–24,978,72311
ENST0000040010024,823,647–24,978,72313
ENST0000040009724,856,521–24,978,72312
ENST0000096982924,856,521–24,978,7239
ENST0000101043424,856,521–24,978,72311
ENST0000101043524,856,521–24,978,72312
ENST0000101043624,856,521–24,978,72313
ENST0000101043724,856,521–24,978,72314

顯示 12/109 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

SNRPN 的產物 small nuclear ribonucleoprotein polypeptide N,可能參與具組織特異性的替代性 RNA 處理事件。這項描述指出其潛在功能與 RNA 處理有關,且可能因組織而異;來源並未說明涉及哪些組織、RNA 類型或特定處理步驟,因此目前不能進一步判定其作用範圍或分子機制。

替代性 RNA 處理可涵蓋不同 RNA 產物形成的過程,但現有註記僅支持 SNRPN 可能參與這類事件,沒有指出它直接催化反應、辨識特定 RNA 序列,或調控特定轉錄本。也沒有提供實驗條件、功能變化方向或下游結果;因此,較合適的解讀是保留「可能參與」及「具組織特異性」兩項限制,而不將其描述為已證實或普遍存在的功能。

這項資料所能支持的生物學意義,限於 SNRPN 可能與組織相關的 RNA 處理差異有關。至於這種參與如何影響 RNA 產物或細胞功能,來源沒有進一步說明。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 24954987 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SNRPN ENST00000390687 GRCh38 chr15:24953987-24955087 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
CAACCTCCACTCACATCACCCTCCCTTCTTCGATAATGGGCAATTGAGAAAGGGCAAATGTGTGTAAAAA
CTATGCAGATGCAGTTTCAGGATTATTTTCTTCTTTTCTGCAGTGTCTTTTCCCAAGCTACATCAGCGTC
TAAATTTTGGAGTTACTGATGCTTCCGTTATTTCTGCAGATAGAATATTATGTCGTAAATAATGTTTACT
TGTCCATTAGTATTATATAAAAGTGCCTGTTTCTCCCCACTCCAGCTATCATTGATTATTGGTAAAAATT
TTAATGTATCCAATTCTAATAGGCAAAGAAAGGCTCTCCTACTTAGATCTTAGGTGGGGGTCTAAGTTCA
TATTTTTGTTTTACAAAAATTGAATAGCCAGTGTTTTTGAGTTGAATGATCTATCCATTCCGTATAGGAG
AGTTTAATTATATTGTGATTTTGGGGGAGATAATTTTCACAATTTACCCCCTCAAAATGTAGAAAGTAGA
AAAAGGGTAGAAAAATCGCACCAAATTTGAACAATGTAGCATGCTTTTAGAGTTAGGGATATTTTCTTTT
GGAAGGATTTCAAGTCTGGCGTATTTGCATTGATTGTGGTTATGGCGCATTTAACTTTTCCAAACCAGCT
TTTTTGTACCGCACATAGGAAGACCTGAGGGTGAGTGTAAATTAGGATTGTTTGGCCAGTGGTGTGTGCA
AAAATTTATTGTAGAACCAAGAATTATTTCTTTAGTATTTTACACATTTTAAAAAACAGGTAGACATGTC
CATTGATCCCAGGTTGCTTATGGTTTCTAGAGGCCCCCTCTCATTGCAACAGTGCTGTGGGGCCCTAGGG
GTCCAGTAGCCCCCTCCCCCCAGGTCATTCCGGTGAGGGAGGGAGCTGGGACCCCTGCACTGCGGCAAAC
AAGCACGCCTGCGCGGCCGCAGAGGCAGGCTGGCGCGCATGCTCAGGCGGGGATGTGTGCGAAGCCTGCC
GCTGCTGCAGCGAGTCTGGCGCAGAGTGGAGCGGCCGCCGGAGATGCCTGACGCATCTGTCTGAGGAGCG
GTCAGTGACGCGATGGAGCGGGCAAGGTCAGCTGTGCCGGTGGCTTCTCTC
SNRPN 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
SNRPN_1 ↗15:24,954,989正股24,954,940–24,954,999

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR15_9CWFP · promoter · 24954701–24955024 · regulatory

ENSR15_9CWFS · enhancer · 24955025–24955282 · regulatory

ENSR15_9CWG7 · promoter · 24956283–24956783 · regulatory

ENSR15_8PRWM · enhancer · 24956784–24956996 · regulatory

· motif · 24954900–24954911 · motif

· motif · 24954900–24954911 · motif

· motif · 24954930–24954941 · motif

· motif · 24954930–24954941 · motif

· motif · 24955058–24955070 · motif

· motif · 24955368–24955376 · motif

· motif · 24955368–24955383 · motif

· motif · 24956278–24956287 · motif

· motif · 24956338–24956349 · motif

· motif · 24956338–24956349 · motif

· motif · 24956400–24956409 · motif

· motif · 24956539–24956550 · motif

· motif · 24956677–24956686 · motif

· motif · 24957836–24957846 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:240 aa

1 aa240 aa結構域功能區域重複區
依 P63162 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

small nuclear ribonucleoprotein polypeptide N 長 240 個胺基酸,屬於 snRNP SmB/SmN family。蛋白質第 4–86 位標註有 Sm domain;第 163–240 位為無序區域,其中第 175–236 位是富含重複序列的區域,並標註多段重複序列。這些序列註解描述了蛋白質的區域特徵,來源未提供其各自的具體功能。

結構域Sm4–86 aa
重複區175–181 aa
重複區191–196 aa
重複區216–221 aa
重複區222–228 aa
重複區230–236 aa
功能區域Disordered163–240 aa
功能區域Repeat-rich region175–236 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 8TBP…

PDB · 8TBP

X-ray · 3.13 A · E/F=65-79

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Nucleus

small nuclear ribonucleoprotein polypeptide N 的定位資料標示為細胞核。 來源未提供定位變化的條件、細胞狀態差異或異構型間的定位差別。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 2 個夥伴 · 最多顯示 50 個
SMNSNRPNCD2BP2CFTR
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

資料記載 SNRPN 產物與 TDRD3 有交互作用。此註記未進一步說明交互作用的性質、是否構成穩定複合體,或其功能後果,因此不能據此推定更具體的分子關係。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

3 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 3 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能SNRPN 產物可能參與具組織特異性的替代性 RNA 處理事件。此描述保留可能性及組織特異性的限制;來源未指出相關組織、RNA 類型、處理步驟或作用機制。資料庫紀錄
證據與來源

May be involved in tissue-specific alternative RNA processing events

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用SNRPN 產物與 TDRD3 有交互作用。來源未說明這項交互作用是否屬於直接結合或形成複合體,也未提供其功能意義。含實驗來源
證據與來源

Interacts with TDRD3

PMID 15955813 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位small nuclear ribonucleoprotein polypeptide N 的定位註記為細胞核;來源沒有提供定位變化條件或其他定位細節。資料庫紀錄
證據與來源

Nucleus

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 3 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000390687 · 1,468 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1GCAGAGTGGAGCGGCCGCCGGAGATGCCTGACGCATCTGT40
41CTGAGGAGCGGTCAGTGACGCGATGGAGCGGGCAAGGGAT80
81CGCTTACACCTGAGACGAACTACAGAACAGCACGTACCAG120
121AGGTGGAAGTCCAAGTCAAACGCAGAAGGACTGCCTCACT160
161GAGCAACCAAGAGTGTCAGTTGTACCCGAGGCGTTCTCAG200
201CAGCAGCAAGTACCTGTGGTGGATTTCCAGGCTGAACTGA240
241GGCAGGCATTCTTAGCTGAGACACCAAGAGGTGGTTAAAG280
281CCATATTGGAGTAGCGAGGAATCTGATTCCAAGCAAAAAC320
321CAGGCTCCATCTACTCTTTGAAGCTTCTGCCCAGCTTGCA360
361TTGTTTCTAGGAGAACCTGCGTCATACCTTTATCTATAGC400
401CTTCCCCTAGGTCTTCAGAAGCATCAAGTTTTAACTGTGG440
441ACATTGGATTTGGTGGAACAGCAATCATGACTGTTGGCAA480
481GAGTAGCAAGATGCTGCAGCACATTGACTATAGAATGAGA520
521TGTATCCTGCAAGATGGCCGAATCTTCATTGGCACCTTTA560
561AGGCTTTTGACAAGCATATGAATTTGATCCTCTGTGATTG600
601TGATGAGTTCAGAAAGATCAAGCCAAAGAATGCGAAGCAA640
641CCAGAGCGTGAAGAAAAGCGGGTTTTGGGTCTGGTGTTGC680
681TGCGTGGGGAGAACTTGGTATCCATGACTGTGGAGGGGCC720
721ACCCCCCAAAGATACTGGCATTGCTCGGGTACCACTTGCT760
761GGAGCTGCTGGAGGCCCTGGGGTTGGTAGGGCAGCTGGTA800
801GAGGAGTACCAGCTGGTGTGCCAATTCCCCAGGCCCCTGC840
841TGGATTGGCAGGCCCTGTCCGAGGAGTTGGGGGACCATCC880
881CAGCAGGTAATGACTCCACAGGGAAGAGGCACTGTAGCAG920
921CTGCTGCTGTTGCTGCGACTGCCAGTATTGCTGGAGCCCC960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。