基因總覽
SNRPN 是位於人類第 15 號染色體 15q11.2 的蛋白質編碼基因,產物名稱為 small nuclear ribonucleoprotein polypeptide N。此蛋白質屬於 snRNP SmB/SmN family;來源提供的家族分類與基本蛋白質特徵,勾勒出它作為小核核糖核蛋白相關多肽的身分。現有資料指出其可能涉及具組織特異性的 RNA 替代性處理,但沒有提供更細的組織條件或作用機制,因此不宜將這項可能功能延伸為已確立的普遍角色。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390687 ★ | 24,954,987–24,978,723 | 10 |
| ENST00000645002 | 24,823,627–24,978,723 | 15 |
| ENST00000642807 | 24,823,627–24,978,723 | 14 |
| ENST00001010432 | 24,823,627–24,978,723 | 10 |
| ENST00001010433 | 24,823,627–24,978,723 | 11 |
| ENST00000400100 | 24,823,647–24,978,723 | 13 |
| ENST00000400097 | 24,856,521–24,978,723 | 12 |
| ENST00000969829 | 24,856,521–24,978,723 | 9 |
| ENST00001010434 | 24,856,521–24,978,723 | 11 |
| ENST00001010435 | 24,856,521–24,978,723 | 12 |
| ENST00001010436 | 24,856,521–24,978,723 | 13 |
| ENST00001010437 | 24,856,521–24,978,723 | 14 |
顯示 12/109 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SNRPN 的產物 small nuclear ribonucleoprotein polypeptide N,可能參與具組織特異性的替代性 RNA 處理事件。這項描述指出其潛在功能與 RNA 處理有關,且可能因組織而異;來源並未說明涉及哪些組織、RNA 類型或特定處理步驟,因此目前不能進一步判定其作用範圍或分子機制。
替代性 RNA 處理可涵蓋不同 RNA 產物形成的過程,但現有註記僅支持 SNRPN 可能參與這類事件,沒有指出它直接催化反應、辨識特定 RNA 序列,或調控特定轉錄本。也沒有提供實驗條件、功能變化方向或下游結果;因此,較合適的解讀是保留「可能參與」及「具組織特異性」兩項限制,而不將其描述為已證實或普遍存在的功能。
這項資料所能支持的生物學意義,限於 SNRPN 可能與組織相關的 RNA 處理差異有關。至於這種參與如何影響 RNA 產物或細胞功能,來源沒有進一步說明。
Promoter 與基因調控
>SNRPN ENST00000390687 GRCh38 chr15:24953987-24955087 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CAACCTCCACTCACATCACCCTCCCTTCTTCGATAATGGGCAATTGAGAAAGGGCAAATGTGTGTAAAAA CTATGCAGATGCAGTTTCAGGATTATTTTCTTCTTTTCTGCAGTGTCTTTTCCCAAGCTACATCAGCGTC TAAATTTTGGAGTTACTGATGCTTCCGTTATTTCTGCAGATAGAATATTATGTCGTAAATAATGTTTACT TGTCCATTAGTATTATATAAAAGTGCCTGTTTCTCCCCACTCCAGCTATCATTGATTATTGGTAAAAATT TTAATGTATCCAATTCTAATAGGCAAAGAAAGGCTCTCCTACTTAGATCTTAGGTGGGGGTCTAAGTTCA TATTTTTGTTTTACAAAAATTGAATAGCCAGTGTTTTTGAGTTGAATGATCTATCCATTCCGTATAGGAG AGTTTAATTATATTGTGATTTTGGGGGAGATAATTTTCACAATTTACCCCCTCAAAATGTAGAAAGTAGA AAAAGGGTAGAAAAATCGCACCAAATTTGAACAATGTAGCATGCTTTTAGAGTTAGGGATATTTTCTTTT GGAAGGATTTCAAGTCTGGCGTATTTGCATTGATTGTGGTTATGGCGCATTTAACTTTTCCAAACCAGCT TTTTTGTACCGCACATAGGAAGACCTGAGGGTGAGTGTAAATTAGGATTGTTTGGCCAGTGGTGTGTGCA AAAATTTATTGTAGAACCAAGAATTATTTCTTTAGTATTTTACACATTTTAAAAAACAGGTAGACATGTC CATTGATCCCAGGTTGCTTATGGTTTCTAGAGGCCCCCTCTCATTGCAACAGTGCTGTGGGGCCCTAGGG GTCCAGTAGCCCCCTCCCCCCAGGTCATTCCGGTGAGGGAGGGAGCTGGGACCCCTGCACTGCGGCAAAC AAGCACGCCTGCGCGGCCGCAGAGGCAGGCTGGCGCGCATGCTCAGGCGGGGATGTGTGCGAAGCCTGCC GCTGCTGCAGCGAGTCTGGCGCAGAGTGGAGCGGCCGCCGGAGATGCCTGACGCATCTGTCTGAGGAGCG GTCAGTGACGCGATGGAGCGGGCAAGGTCAGCTGTGCCGGTGGCTTCTCTC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SNRPN_1 ↗ | 15:24,954,989 | 正股 | 24,954,940–24,954,999 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR15_9CWFP · promoter · 24954701–24955024 · regulatory
ENSR15_9CWFS · enhancer · 24955025–24955282 · regulatory
ENSR15_9CWG7 · promoter · 24956283–24956783 · regulatory
ENSR15_8PRWM · enhancer · 24956784–24956996 · regulatory
· motif · 24954900–24954911 · motif
· motif · 24954900–24954911 · motif
· motif · 24954930–24954941 · motif
· motif · 24954930–24954941 · motif
· motif · 24955058–24955070 · motif
· motif · 24955368–24955376 · motif
· motif · 24955368–24955383 · motif
· motif · 24956278–24956287 · motif
· motif · 24956338–24956349 · motif
· motif · 24956338–24956349 · motif
· motif · 24956400–24956409 · motif
· motif · 24956539–24956550 · motif
· motif · 24956677–24956686 · motif
· motif · 24957836–24957846 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:240 aa
small nuclear ribonucleoprotein polypeptide N 長 240 個胺基酸,屬於 snRNP SmB/SmN family。蛋白質第 4–86 位標註有 Sm domain;第 163–240 位為無序區域,其中第 175–236 位是富含重複序列的區域,並標註多段重複序列。這些序列註解描述了蛋白質的區域特徵,來源未提供其各自的具體功能。
蛋白質三維結構
細胞內定位
small nuclear ribonucleoprotein polypeptide N 的定位資料標示為細胞核。 來源未提供定位變化的條件、細胞狀態差異或異構型間的定位差別。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- CD2BP2O95400 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- CFTRP13569 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
資料記載 SNRPN 產物與 TDRD3 有交互作用。此註記未進一步說明交互作用的性質、是否構成穩定複合體,或其功能後果,因此不能據此推定更具體的分子關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SNRPN 產物可能參與具組織特異性的替代性 RNA 處理事件。此描述保留可能性及組織特異性的限制;來源未指出相關組織、RNA 類型、處理步驟或作用機制。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | SNRPN 產物與 TDRD3 有交互作用。來源未說明這項交互作用是否屬於直接結合或形成複合體,也未提供其功能意義。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | small nuclear ribonucleoprotein polypeptide N 的定位註記為細胞核;來源沒有提供定位變化條件或其他定位細節。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
GCAGAGTGGAGCGGCCGCCGGAGATGCCTGACGCATCTGT40CTGAGGAGCGGTCAGTGACGCGATGGAGCGGGCAAGGGAT80CGCTTACACCTGAGACGAACTACAGAACAGCACGTACCAG120AGGTGGAAGTCCAAGTCAAACGCAGAAGGACTGCCTCACT160GAGCAACCAAGAGTGTCAGTTGTACCCGAGGCGTTCTCAG200CAGCAGCAAGTACCTGTGGTGGATTTCCAGGCTGAACTGA240GGCAGGCATTCTTAGCTGAGACACCAAGAGGTGGTTAAAG280CCATATTGGAGTAGCGAGGAATCTGATTCCAAGCAAAAAC320CAGGCTCCATCTACTCTTTGAAGCTTCTGCCCAGCTTGCA360TTGTTTCTAGGAGAACCTGCGTCATACCTTTATCTATAGC400CTTCCCCTAGGTCTTCAGAAGCATCAAGTTTTAACTGTGG440ACATTGGATTTGGTGGAACAGCAATCATGACTGTTGGCAA480GAGTAGCAAGATGCTGCAGCACATTGACTATAGAATGAGA520TGTATCCTGCAAGATGGCCGAATCTTCATTGGCACCTTTA560AGGCTTTTGACAAGCATATGAATTTGATCCTCTGTGATTG600TGATGAGTTCAGAAAGATCAAGCCAAAGAATGCGAAGCAA640CCAGAGCGTGAAGAAAAGCGGGTTTTGGGTCTGGTGTTGC680TGCGTGGGGAGAACTTGGTATCCATGACTGTGGAGGGGCC720ACCCCCCAAAGATACTGGCATTGCTCGGGTACCACTTGCT760GGAGCTGCTGGAGGCCCTGGGGTTGGTAGGGCAGCTGGTA800GAGGAGTACCAGCTGGTGTGCCAATTCCCCAGGCCCCTGC840TGGATTGGCAGGCCCTGTCCGAGGAGTTGGGGGACCATCC880CAGCAGGTAATGACTCCACAGGGAAGAGGCACTGTAGCAG920CTGCTGCTGTTGCTGCGACTGCCAGTATTGCTGGAGCCCC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。