演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN NON-CODING RNA GENE

SNORD82Z25

small nucleolar RNA, C/D box 82

SNORD82 的基因身分與分類資料已收錄,功能註解尚待補充。

Homo sapiens2q37.1
OFFICIAL SYMBOL
SNORD82
CHROMOSOME
2
RNA TYPE
snoRNA
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SNORD82 是人類非蛋白質編碼 RNA 基因,正式名稱為 small nucleolar RNA, C/D box 82。登錄類型為 RNA, small nucleolar。此基因座位於 2q37.1。

Official symbol
SNORD82
Gene name
small nucleolar RNA, C/D box 82
Organism
Homo sapiens
Gene type
Non-coding RNA
HGNC ID
HGNC:10240
RNA type
RNA, small nucleolar
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
Z25U82RNU82

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 22q37.1
chr2 · 242,193,529 bp · GRCh38chr2p25.3 · 1–4400000 · gnegchr2p25.2 · 4400001–6900000 · gpos50chr2p25.1 · 6900001–12000000 · gnegchr2p24.3 · 12000001–16500000 · gpos75chr2p24.2 · 16500001–19000000 · gnegchr2p24.1 · 19000001–23800000 · gpos75chr2p23.3 · 23800001–27700000 · gnegchr2p23.2 · 27700001–29800000 · gpos25chr2p23.1 · 29800001–31800000 · gnegchr2p22.3 · 31800001–36300000 · gpos75chr2p22.2 · 36300001–38300000 · gnegchr2p22.1 · 38300001–41500000 · gpos50chr2p21 · 41500001–47500000 · gnegchr2p16.3 · 47500001–52600000 · gpos100chr2p16.2 · 52600001–54700000 · gnegchr2p16.1 · 54700001–61000000 · gpos100chr2p15 · 61000001–63900000 · gnegchr2p14 · 63900001–68400000 · gpos50chr2p13.3 · 68400001–71300000 · gnegchr2p13.2 · 71300001–73300000 · gpos50chr2p13.1 · 73300001–74800000 · gnegchr2p12 · 74800001–83100000 · gpos100chr2p11.2 · 83100001–91800000 · gnegchr2p11.1 · 91800001–93900000 · acenchr2q11.1 · 93900001–96000000 · acenchr2q11.2 · 96000001–102100000 · gnegchr2q12.1 · 102100001–105300000 · gpos50chr2q12.2 · 105300001–106700000 · gnegchr2q12.3 · 106700001–108700000 · gpos25chr2q13 · 108700001–112200000 · gnegchr2q14.1 · 112200001–118100000 · gpos50chr2q14.2 · 118100001–121600000 · gnegchr2q14.3 · 121600001–129100000 · gpos50chr2q21.1 · 129100001–131700000 · gnegchr2q21.2 · 131700001–134300000 · gpos25chr2q21.3 · 134300001–136100000 · gnegchr2q22.1 · 136100001–141500000 · gpos100chr2q22.2 · 141500001–143400000 · gnegchr2q22.3 · 143400001–147900000 · gpos100chr2q23.1 · 147900001–149000000 · gnegchr2q23.2 · 149000001–149600000 · gpos25chr2q23.3 · 149600001–154000000 · gnegchr2q24.1 · 154000001–158900000 · gpos75chr2q24.2 · 158900001–162900000 · gnegchr2q24.3 · 162900001–168900000 · gpos75chr2q31.1 · 168900001–177100000 · gnegchr2q31.2 · 177100001–179700000 · gpos50chr2q31.3 · 179700001–182100000 · gnegchr2q32.1 · 182100001–188500000 · gpos75chr2q32.2 · 188500001–191100000 · gnegchr2q32.3 · 191100001–196600000 · gpos75chr2q33.1 · 196600001–202500000 · gnegchr2q33.2 · 202500001–204100000 · gpos50chr2q33.3 · 204100001–208200000 · gnegchr2q34 · 208200001–214500000 · gpos100chr2q35 · 214500001–220700000 · gnegchr2q36.1 · 220700001–224300000 · gpos75chr2q36.2 · 224300001–225200000 · gnegchr2q36.3 · 225200001–230100000 · gpos100chr2q37.1 · 230100001–234700000 · gnegchr2q37.2 · 234700001–236400000 · gpos50chr2q37.3 · 236400001–242193529 · gnegSNORD82pq1 bp242,193,529 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr2:231,460,371–231,460,440
Gene span
70 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000365530 ★231,460,371–231,460,4401

顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

目前匯入的來源未提供可採用的功能敘述。這不代表此基因缺乏生物學作用;有新的可用註解時可再補充。
05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 231460440 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SNORD82 ENST00000365530 GRCh38 chr2:231460340-231461440 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
AGAATCCTTGTGGGAATTCTCTGGGTTGTTGTGGTGTGCTAGACTTAATTACCCATGAATGATTTTTGTG
CCTCTTGAGAAAATTTCAATAGCACATTCTATTAGTGTTTTTTATAATGTAGGATTTTGTTTCTAAGTGA
TTTTTTTTTTTTTTAAATTTTTTTGAGATGGAGCTTTTGCTGTTTCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCGC
TATCTCGGCTCACTGCAGCCTCCATCTCCTGGGTTCAAGCAGTTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGG
ATTACAGGTGCCCACCACCACACCCTACTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGACATTTCACCATGTTG
GCCAGGCTGGTCTCGAACTTTTGACCTCAGGTGATCCACCCACCTTGGTCTCCCAAAGTGCTAGGATTAC
AGGCGTGAGCCACTGCGCCCGGCCCCAAGTGATCTATTCTTGCCATGACTGTTAACTAAACATGGTGACA
GGATTGCATTTTCTTTACATTAGATTTGAAAACCGATGTTGGTTTTGGGAGATTGCTGCAATTTTTAGGT
GACTTCTCTTTCAGACTCTGAAGAAGAAGCTATGGAGACTACACCAGCCAAAGGAAAGAAAGCTGCAAAA
GTTGTTCCTGTGAAAGCCAAGAACGTGGCTGAGGATGAAGATGAAGAAGAGGATGATGAGGACGAGGATG
ACGACGACGACGAAGATGATGAAGATGATGATGATGAAGATGATGAGGAGGAGGAAGAAGAGGAGGAGGA
AGGTACTTAAATTAGATTCTGACATACGACATGAGTTATGTTTAAAGGAGGCACTTAAGTGTTTGTGGCT
ACTGATGTGTGATACATTGTTTGACATCTTGTCCAGAGCCTGTCAAAGAAGCACCTGGAAAACGAAAGAA
GGAAATGGCCAAACAGAAAGCAGCTCCTGAAGCCAAGAAACAGAAAGTGGAAGGTAACTTGCAGAATTAG
GGGATATGGGGGAGATAAACAGCACAAATGATGAATAACAAAGGGACTTAATACTGAAACCTGATGTTAC
ATTGTAGTGTGCTGATGTGCTGTGTATAGAAATTTTGCTTTGGAAACTAAC
SNORD82 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR2_CSZ5M · promoter · 231463683–231465041 · regulatory

ENSR2_542FXQS · CTCF_binding_site · 231464903–231464924 · regulatory

· motif · 231459596–231459607 · motif

· motif · 231461869–231461882 · motif

· motif · 231463793–231463802 · motif

· motif · 231463793–231463802 · motif

· motif · 231463793–231463802 · motif

· motif · 231463793–231463802 · motif

· motif · 231463850–231463859 · motif

· motif · 231463850–231463859 · motif

· motif · 231463918–231463928 · motif

· motif · 231464006–231464015 · motif

· motif · 231464006–231464015 · motif

· motif · 231464138–231464147 · motif

· motif · 231464172–231464187 · motif

· motif · 231464251–231464262 · motif

· motif · 231464311–231464322 · motif

· motif · 231464353–231464363 · motif

· motif · 231464417–231464427 · motif

· motif · 231464583–231464599 · motif

· motif · 231464583–231464599 · motif

· motif · 231464625–231464638 · motif

· motif · 231464656–231464666 · motif

· motif · 231464677–231464690 · motif

· motif · 231464682–231464692 · motif

· motif · 231464752–231464762 · motif

· motif · 231464787–231464800 · motif

· motif · 231464792–231464802 · motif

· motif · 231464807–231464822 · motif

· motif · 231464905–231464921 · motif

· motif · 231464942–231464953 · motif

· motif · 231464944–231464953 · motif

· motif · 231465055–231465068 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / RNA TRANSCRIPTS

RNA 轉錄本與序列

Non-coding RNA

SNORD82 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000365530 ★snoRNA70 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

0 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 0 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000365530 · 70 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AGCACAAATGATGAATAACAAAGGGACTTAATACTGAAAC40
41CTGATGTTACATTGTAGTGTGCTGATGTGC70

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。