基因總覽
SNORD82 是人類非蛋白質編碼 RNA 基因,正式名稱為 small nucleolar RNA, C/D box 82。登錄類型為 RNA, small nucleolar。此基因座位於 2q37.1。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000365530 ★ | 231,460,371–231,460,440 | 1 |
顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>SNORD82 ENST00000365530 GRCh38 chr2:231460340-231461440 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AGAATCCTTGTGGGAATTCTCTGGGTTGTTGTGGTGTGCTAGACTTAATTACCCATGAATGATTTTTGTG CCTCTTGAGAAAATTTCAATAGCACATTCTATTAGTGTTTTTTATAATGTAGGATTTTGTTTCTAAGTGA TTTTTTTTTTTTTTAAATTTTTTTGAGATGGAGCTTTTGCTGTTTCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCGC TATCTCGGCTCACTGCAGCCTCCATCTCCTGGGTTCAAGCAGTTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGG ATTACAGGTGCCCACCACCACACCCTACTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGACATTTCACCATGTTG GCCAGGCTGGTCTCGAACTTTTGACCTCAGGTGATCCACCCACCTTGGTCTCCCAAAGTGCTAGGATTAC AGGCGTGAGCCACTGCGCCCGGCCCCAAGTGATCTATTCTTGCCATGACTGTTAACTAAACATGGTGACA GGATTGCATTTTCTTTACATTAGATTTGAAAACCGATGTTGGTTTTGGGAGATTGCTGCAATTTTTAGGT GACTTCTCTTTCAGACTCTGAAGAAGAAGCTATGGAGACTACACCAGCCAAAGGAAAGAAAGCTGCAAAA GTTGTTCCTGTGAAAGCCAAGAACGTGGCTGAGGATGAAGATGAAGAAGAGGATGATGAGGACGAGGATG ACGACGACGACGAAGATGATGAAGATGATGATGATGAAGATGATGAGGAGGAGGAAGAAGAGGAGGAGGA AGGTACTTAAATTAGATTCTGACATACGACATGAGTTATGTTTAAAGGAGGCACTTAAGTGTTTGTGGCT ACTGATGTGTGATACATTGTTTGACATCTTGTCCAGAGCCTGTCAAAGAAGCACCTGGAAAACGAAAGAA GGAAATGGCCAAACAGAAAGCAGCTCCTGAAGCCAAGAAACAGAAAGTGGAAGGTAACTTGCAGAATTAG GGGATATGGGGGAGATAAACAGCACAAATGATGAATAACAAAGGGACTTAATACTGAAACCTGATGTTAC ATTGTAGTGTGCTGATGTGCTGTGTATAGAAATTTTGCTTTGGAAACTAAC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR2_CSZ5M · promoter · 231463683–231465041 · regulatory
ENSR2_542FXQS · CTCF_binding_site · 231464903–231464924 · regulatory
· motif · 231459596–231459607 · motif
· motif · 231461869–231461882 · motif
· motif · 231463793–231463802 · motif
· motif · 231463793–231463802 · motif
· motif · 231463793–231463802 · motif
· motif · 231463793–231463802 · motif
· motif · 231463850–231463859 · motif
· motif · 231463850–231463859 · motif
· motif · 231463918–231463928 · motif
· motif · 231464006–231464015 · motif
· motif · 231464006–231464015 · motif
· motif · 231464138–231464147 · motif
· motif · 231464172–231464187 · motif
· motif · 231464251–231464262 · motif
· motif · 231464311–231464322 · motif
· motif · 231464353–231464363 · motif
· motif · 231464417–231464427 · motif
· motif · 231464583–231464599 · motif
· motif · 231464583–231464599 · motif
· motif · 231464625–231464638 · motif
· motif · 231464656–231464666 · motif
· motif · 231464677–231464690 · motif
· motif · 231464682–231464692 · motif
· motif · 231464752–231464762 · motif
· motif · 231464787–231464800 · motif
· motif · 231464792–231464802 · motif
· motif · 231464807–231464822 · motif
· motif · 231464905–231464921 · motif
· motif · 231464942–231464953 · motif
· motif · 231464944–231464953 · motif
· motif · 231465055–231465068 · motif
RNA 轉錄本與序列
SNORD82 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000365530 ★ | snoRNA | 70 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
DNA 與 RNA 序列
AGCACAAATGATGAATAACAAAGGGACTTAATACTGAAAC40CTGATGTTACATTGTAGTGTGCTGATGTGC70cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。