演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN NON-CODING RNA GENE

SNORD60U60

small nucleolar RNA, C/D box 60

SNORD60(small nucleolar RNA, C/D box 60)是人類的非編碼 RNA;資料預測它可能參與 RNA 處理,並與細胞內膽固醇運輸相關。

Homo sapiens16p13.3
OFFICIAL SYMBOL
SNORD60
CHROMOSOME
16
RNA TYPE
snoRNA
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SNORD60 的正式名稱為 small nucleolar RNA, C/D box 60,屬於人類非編碼 RNA。現有資料將它歸為小核仁 RNA,並以 C/D box 標示其類別;資料未提供其序列、長度或更細部的結構描述,因此不宜據此補充其他分子特徵。

Official symbol
SNORD60
Gene name
small nucleolar RNA, C/D box 60
Organism
Homo sapiens
Gene type
Non-coding RNA
HGNC ID
HGNC:10217
RNA type
RNA, small nucleolar
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
U60RNU60

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1616p13.3
chr16 · 90,338,345 bp · GRCh38chr16p13.3 · 1–7800000 · gnegchr16p13.2 · 7800001–10400000 · gpos50chr16p13.13 · 10400001–12500000 · gnegchr16p13.12 · 12500001–14700000 · gpos50chr16p13.11 · 14700001–16700000 · gnegchr16p12.3 · 16700001–21200000 · gpos50chr16p12.2 · 21200001–24200000 · gnegchr16p12.1 · 24200001–28500000 · gpos50chr16p11.2 · 28500001–35300000 · gnegchr16p11.1 · 35300001–36800000 · acenchr16q11.1 · 36800001–38400000 · acenchr16q11.2 · 38400001–47000000 · gvarchr16q12.1 · 47000001–52600000 · gnegchr16q12.2 · 52600001–56000000 · gpos50chr16q13 · 56000001–57300000 · gnegchr16q21 · 57300001–66600000 · gpos100chr16q22.1 · 66600001–70800000 · gnegchr16q22.2 · 70800001–72800000 · gpos50chr16q22.3 · 72800001–74100000 · gnegchr16q23.1 · 74100001–79200000 · gpos75chr16q23.2 · 79200001–81600000 · gnegchr16q23.3 · 81600001–84100000 · gpos50chr16q24.1 · 84100001–87000000 · gnegchr16q24.2 · 87000001–88700000 · gpos25chr16q24.3 · 88700001–90338345 · gnegSNORD60pq1 bp90,338,345 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr16:2,155,023–2,155,105
Gene span
83 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000383903 ★2,155,023–2,155,1051

顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

目前資料將 SNORD60 的功能描述為預測性註釋,而非已確立的實驗結論。它被預測可能參與 RNA 處理,但來源沒有說明涉及哪一類 RNA、處理步驟或分子機制,因此不能進一步推定其具體作用方式。

此外,SNORD60 被預測可能作用於細胞內膽固醇運輸的上游或該過程之中。這項描述指出了可能相關的生物學過程與作用位置,但沒有界定它是直接參與運輸,或透過其他途徑影響該過程;其方向與具體功能也未在資料中交代。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 2155105 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SNORD60 ENST00000383903 GRCh38 chr16:2155005-2156105 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
GAATGAGTAAAGAACTGCGCGAGAACAGGACGGAGCGAGGGACGGACTACTGACTGGCGGACGGACAGCG
ACGCGGACCCCGACCCTGACCCCGACCCCGACCGTCTCAGCCCCGCCCCCCCCTCCCCGCCCCGGCCCGA
CCCCTCGCCTCGCCTCGCCTCGCCTCGATCTCCACGCGCCCGATCCCGCCCCACCGCGCGGTCCCGAGGC
GCGAGCCCCGGGTCGGGCGCGCCGCGGGGACACTCACCCGCCCGCGGCCGCCCGGGAGCGGCAGCGCCGC
CAGCCCGCTTCATGATGCCCCCTCGGCCGCCGGCCGGGAAAGGGACTAGACGCGCGAGCCGGAAGCGCCA
GGCCGCTGCGCCCGCCGGGACGTGTAGTTCCCCGCCTCTCCGGGCCCGGACGGCTGCCTCACGCGCCGCA
CTTCCGAAACTACGACTTCCGGCGGCCTCGTCGTCGCGGGGCGGGAATGGCAGCTTCAGAATCACTCTAT
GTTGCAGATCGAAGTCTGATTGGCTTTGTTCATCCGTCACTCACCGTTAGGCTTCACGGACTCTGCATAA
GGGAGGAGCTTCGGGTCTGGGTCTGAGAGACCGTCTCCAAAAGAAATGCCACGGTACGATTGGTGGAAAC
AACGCGGCAGGGAGCGGAGCGTACCAGCGGCGGGGGAAGGCGGGCACTTCCGCCAGGATAGCCCAATGAC
AGAGGTGGGACAGTTTCTATAAAAGCTTGAGCCTCGCCCGCCCCTGTCTTTTCGGGGTCGAGTCCGAGGG
GGAAGAGGTTTGTTAATACGTTCGCCATGTGCTACGATCTTGGGACGAACTGAGCCACGAGCGTGGCTTT
GAGGGCCGTCCGAACGCTGCAGGCCGGCCAGGTCCCTGGGCGTCCAGGCCTGGCCTACGCACCACTTTGT
CCCTTAGCGTTTAAAGGTTTCTTCCCGAATCTCAGGCCCTCAGCTACCTGCAGGTAAGACTGGGCCGGGC
TTGGGTTCCCTTATTCTCCCAGTCTGTGATGAATTGCTTTGACTTCTGACACCTCGTATGAAAACTGCAC
GTGCAGTCTGATTATTTAGCAAGACTGAGGCTTGAGGGTGCGCACTCCTGA
SNORD60 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR16_9T4P · promoter · 2155348–2155814 · regulatory

ENSR16_C7R2 · enhancer · 2155815–2157341 · regulatory

ENSR16_9T5C · enhancer · 2157528–2157958 · regulatory

ENSR16_C7R7 · enhancer · 2159037–2160158 · regulatory

· motif · 2150529–2150542 · motif

· motif · 2151033–2151050 · motif

· motif · 2151035–2151050 · motif

· motif · 2151042–2151050 · motif

· motif · 2151328–2151340 · motif

· motif · 2151330–2151337 · motif

· motif · 2151330–2151345 · motif

· motif · 2151422–2151429 · motif

· motif · 2151587–2151598 · motif

· motif · 2151924–2151935 · motif

· motif · 2152751–2152764 · motif

· motif · 2152751–2152765 · motif

· motif · 2152751–2152766 · motif

· motif · 2152764–2152777 · motif

· motif · 2152927–2152940 · motif

· motif · 2152988–2153003 · motif

· motif · 2153359–2153368 · motif

· motif · 2153359–2153370 · motif

· motif · 2153359–2153370 · motif

· motif · 2153978–2153993 · motif

· motif · 2154089–2154098 · motif

· motif · 2154578–2154593 · motif

· motif · 2154578–2154593 · motif

· motif · 2154745–2154767 · motif

· motif · 2154745–2154767 · motif

· motif · 2154869–2154884 · motif

· motif · 2155306–2155316 · motif

· motif · 2155420–2155431 · motif

· motif · 2155420–2155431 · motif

· motif · 2155422–2155431 · motif

· motif · 2155663–2155672 · motif

· motif · 2155759–2155768 · motif

· motif · 2155759–2155770 · motif

· motif · 2155759–2155770 · motif

· motif · 2156013–2156020 · motif

· motif · 2156843–2156856 · motif

· motif · 2156843–2156857 · motif

· motif · 2157733–2157743 · motif

· motif · 2158005–2158020 · motif

· motif · 2158044–2158059 · motif

· motif · 2158044–2158059 · motif

· motif · 2158045–2158059 · motif

· motif · 2158046–2158059 · motif

· motif · 2158130–2158137 · motif

· motif · 2158350–2158363 · motif

· motif · 2158595–2158602 · motif

· motif · 2160105–2160116 · motif

· motif · 2160105–2160116 · motif

· motif · 2160105–2160118 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / RNA TRANSCRIPTS

RNA 轉錄本與序列

Non-coding RNA

SNORD60 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000383903 ★snoRNA83 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

RNA 細胞內定位

動物細胞結構與RNA定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Nucleolus

SNORD60 被預測位於核仁。 此定位屬於預測性資訊,來源未提供定位變化的條件或不同異構型的差異。

深綠色圓點:來源記載的RNA定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能SNORD60 被預測可能參與 RNA 處理,也可能作用於細胞內膽固醇運輸的上游或該過程之中;此外,它被預測位於核仁。上述均為預測性註釋,資料未說明其具體機制或作用條件。推論支持
證據與來源

Predicted to be involved in RNA processing. Predicted to act upstream of or within intracellular cholesterol transport. Predicted to be located in nucleolus.

開啟資料庫紀錄 ↗

· CC BY 4.0
細胞定位SNORD60 被預測位於核仁。這是預測性定位資訊,來源未提供實驗條件或其他定位細節。推論支持
證據與來源

Predicted to be located in nucleolus.

開啟資料庫紀錄 ↗

· CC BY 4.0
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000383903 · 83 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AGTCTGTGATGAATTGCTTTGACTTCTGACACCTCGTATG40
41AAAACTGCACGTGCAGTCTGATTATTTAGCAAGACTGAGG80
81CTT83

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。