基因總覽
SNORD59A 的正式名稱為 small nucleolar RNA, C/D box 59A,屬於非編碼 RNA,並歸入 C/D box 小核仁 RNA。這類基因產物是 RNA,而非蛋白質;現有資料未提供其序列、結構細節或其他分子特性,因此不據此推定具體結構或作用方式。資料將 SNORD59A 列為可能參與 RNA 處理的 RNA,並預測其位於核仁;這些描述均為預測性註記。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000384304 ★ | 56,645,027–56,645,101 | 1 |
顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
資料預測 SNORD59A 可能參與 RNA 處理,但未提供其作用對象、分子機制或參與的具體處理步驟。因此,目前只能將其功能描述為與 RNA 處理可能相關,不能據此判定它直接作用於特定 RNA,或負責某一特定反應。
Promoter 與基因調控
>SNORD59A ENST00000384304 GRCh38 chr12:56645001-56646101 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CTGTAGAAGCAGCACAGAGAATGATGAGCAGCCAGTTCACCCAATGGACCTGCCTACTGCAGCGTAGGCC TCGCCTCAACGGCAGGAGAGCAGGCGGCTGCGGTTGCTGCAGCCTTCAGTCTCCACCCGGACTACGCCAT GTTGGGGTTTGTGGGTCGGGTGGCCGCTGCTCCGGCCTCCGGGGCCTTGCGGAGACTCACCCCTTCAGCG TCGCTGCCCCCAGCTCAGCTCTTACTGCGGGCCGCTCCGACGGCGGTCCATCCTGGTAAGTGCTTTTCTC TAGGAGCTAACGTTCCATTTTGCCGCCCCATGACCTTGAGCCGGGGAACGATGGTAGCTCGGGCCTAAGG GATCCGTGGTGTTAAAAGGATGCCTGGAGCCGCGTCTTGCTCTCTAATGGCTGGAGAACAAGAATGGGAC ACCCATAGGAGGTTTCTTCGACCCAGCTCTGTCCCATTTTGTATAAAGTCCTTTGTGTGACGGAAAAGGT GCGGGCAGGTGCGTTGACCTTCCGGTTGAATAGGGGTACTGAACTCTCGAAAAATGGGGTCTTGTGCATG CGGATGGGAAGGCTGTGCAGGCGCTTTATCGATCGCTGCGCGGCCTTCCCTCTTGGACACGCGTTCCGTA CAAGCGGAAAGAGGCCTGACTTCGGCTGAGTTTTCCTCTCCTTGTGTGTTAAGTCCTGGCTTCCGATGAC CTTTAACTGGCCTGACCCCAGCTCCTTCCAATATCTTTTGTCTGTTAGTCAGGGACTATGCGGCGCAAAC ATCTCCTTCGCCAAAAGCAGGCGCCGCCACCGGGCGCATCGTGGCGGTCATTGGCGCAGTGGTGGACGTC CAGTTTGATGAGGGACTACCACCAATTCTAAATGCCCTGGAAGTGCAAGGCAGGGAGACCAGACTGGTTT TGGAGGTGGCCCAGCATTTGGGTAAGTAGAGTTTGTTAGGAATAGTAAAGACCTTGTGTAGCCCAAATAT CCCCAAAACCAAGCTGTCTGCCTTCTATGATGATTTTATCAAAATGACTTTCGTTCTTCTGAGTTTGCTG AAGCCACATTTAGGTACTGAGAAGGAGTCTTGGTCGATTTAGGTCTTGATA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR12_9SH3N · promoter · 56645974–56646474 · regulatory
· motif · 56641406–56641415 · motif
· motif · 56644835–56644846 · motif
· motif · 56645392–56645405 · motif
· motif · 56645566–56645579 · motif
· motif · 56645591–56645598 · motif
· motif · 56645783–56645795 · motif
· motif · 56645785–56645798 · motif
· motif · 56645945–56645960 · motif
· motif · 56645987–56646004 · motif
· motif · 56645996–56646004 · motif
· motif · 56646363–56646373 · motif
· motif · 56646483–56646496 · motif
RNA 轉錄本與序列
SNORD59A 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000384304 ★ | snoRNA | 75 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
RNA 細胞內定位
SNORD59A 被預測位於核仁。 此定位屬預測資訊;資料未說明其定位是否會因細胞狀態而改變,也未提供異構型之間的定位差異。
深綠色圓點:來源記載的RNA定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
DNA 與 RNA 序列
CCTTCTATGATGATTTTATCAAAATGACTTTCGTTCTTCT40GAGTTTGCTGAAGCCACATTTAGGTACTGAGAAGG75cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。