基因總覽
SNORD55 的正式名稱為 small nucleolar RNA, C/D box 55,屬於人類非編碼 RNA。現有資料將其歸為 C/D box small nucleolar RNA,並指出其可能參與 RNA processing。來源未提供 RNA 的長度、序列特徵或更詳細的分子作用方式,因此不宜據此推定其結構或功能細節。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000581525 ★ | 44,775,864–44,775,943 | 1 |
顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
目前資料將 SNORD55 與 RNA processing 相連,但此功能屬預測,並非已確立的實驗結論。來源沒有說明它參與哪一類 RNA 的處理、作用於哪些分子,也未交代其具體分子機制,因此無法進一步判定它在相關過程中的精確角色。
Promoter 與基因調控
>SNORD55 ENST00000581525 GRCh38 chr1:44774864-44775964 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ATATCCTTCTAGCTCAGAAAAGTTAGCTGATCCCTCCTTTATACTCTCTTCCTAAGTTCCGTTCATTCTG GTGGCTTTAATTACCATTTATAAGCCAACGATTCCCAAAATAACATCTTCGGTGCAGATCCCTTATAAGG ATGACCAGTCATTAATATTCAGCTTCCTATCTGTTAGTCCCACTCAACATGACTTAGCAAGATCTCAAAA TGAACGTGTCCAGAACAGCTCCTACCTTAGCCTACCCCATCTCAGTAAATGGCCCCAATATTTATCCGAT TGATCAAGTGACAATCTTAGGAATCCTTGACACCGCCCTCTCCCTCAATCCCCATGTCCAATCTACCACC AAACCCTTCAAAACAAAACCCAAGTCCACACTCGTTTCCAATTCCATTGCCTTCCACTCTTTTTCAACGC AGCCGCACCCACATCTCATCCTAAACGACCGCAGCAGCCTCTGAAACTAGTCTAAACACGCCCAGATCTG CCGACGCCGCAGACCCCCTTCCCCCAGCCCAGGGTCGGAGGCGAGTCGCCGGGGGTCGGCAGAGGTCAGC AGCCTGCGAGACCCTCCTAGGCTCGTGGCCCTAGGCGCGGCAGCTGACACGTAAGTCTCGTCGCCCGACG TTGTTTCGGCGCTCAGAAACAACGTAAAGTAAAGGGGCGGGGCAGCGTTTTACAAACCGAACCGTGAATC TTTGCGGTTTCTCTTTCCAGCCAGCGCCGAGCGATGGGTGAGTGTCGCTCTGCATTGAGGCGGGTGAAGG GAGGTTGAGCTCAATCAGGCCCCATCCTGCTTCACAGCCTACTGAGGAGTCCAGACGCCCCGACCCCCGG CCAGGGACAGCCACGAGGAGTGGTGGCCCTCGGGTTTCGGCCGCCCAGCCCGTCTCTGGGGGCTGCGAAG GCTCTGGGCTCCGGGTTCCGGGCCGCGGGCTGCGGGCTCCGAGCGGCGCCAACATGGCTGCCGCGAGGAG GAGGCCCCGGCCTGGCCGCACGTGTATGATGACAACTCGGTAATGCTGCATACTCCCGAGTGCGCGGTGG GGAAGCCAACCTTGGAGAGCTGAGCGTGCGACCGGCCCGGCGCGGGGGTCT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR1_BBTWW · promoter · 44775050–44775583 · regulatory
ENSR1_83BJNT · enhancer · 44775584–44775799 · regulatory
ENSR1_BBTX2 · promoter · 44775800–44776572 · regulatory
ENSR1_9MQW6 · enhancer · 44779810–44780252 · regulatory
ENSR1_C6FZC · enhancer · 44780454–44781651 · regulatory
· motif · 44773428–44773440 · motif
· motif · 44773430–44773437 · motif
· motif · 44773430–44773445 · motif
· motif · 44775245–44775265 · motif
· motif · 44775309–44775326 · motif
· motif · 44775338–44775348 · motif
· motif · 44775357–44775372 · motif
· motif · 44775413–44775425 · motif
· motif · 44775415–44775422 · motif
· motif · 44775460–44775473 · motif
· motif · 44775460–44775473 · motif
· motif · 44775526–44775536 · motif
· motif · 44775562–44775582 · motif
· motif · 44775565–44775573 · motif
· motif · 44775568–44775588 · motif
· motif · 44775690–44775700 · motif
· motif · 44775754–44775767 · motif
· motif · 44775754–44775767 · motif
· motif · 44775796–44775811 · motif
· motif · 44775824–44775840 · motif
· motif · 44775824–44775840 · motif
· motif · 44775860–44775869 · motif
· motif · 44775860–44775869 · motif
· motif · 44776098–44776109 · motif
· motif · 44776098–44776109 · motif
· motif · 44776100–44776109 · motif
· motif · 44776904–44776916 · motif
· motif · 44776906–44776913 · motif
· motif · 44776906–44776921 · motif
· motif · 44777321–44777328 · motif
· motif · 44778831–44778844 · motif
· motif · 44779034–44779042 · motif
· motif · 44779135–44779147 · motif
· motif · 44779580–44779595 · motif
· motif · 44779585–44779597 · motif
· motif · 44779588–44779595 · motif
· motif · 44780161–44780176 · motif
· motif · 44780161–44780176 · motif
· motif · 44780731–44780741 · motif
RNA 轉錄本與序列
SNORD55 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000581525 ★ | snoRNA | 80 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
RNA 細胞內定位
資料預測 SNORD55 位於核仁;此定位屬預測資訊,來源未提供實驗驗證或條件性定位變化的描述。
深綠色圓點:來源記載的RNA定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SNORD55 預測可能參與 RNA processing,並預測位於核仁;這些描述屬推論性資訊,來源未提供具體作用機制或實驗條件。 | 推論支持 | 證據與來源Predicted to be involved in RNA processing. Predicted to be located in nucleolus. · CC BY 4.0 |
| 細胞定位 | SNORD55 預測位於核仁;此定位資訊屬推論性描述,來源未提供定位的實驗條件或驗證細節。 | 推論支持 |
DNA 與 RNA 序列
CGTGTATGATGACAACTCGGTAATGCTGCATACTCCCGAG40TGCGCGGTGGGGAAGCCAACCTTGGAGAGCTGAGCGTGCG80cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。